Ngay trước khi bắt đầu cuộc viễn chinh xâm lược Xi-ri, Bô-na-pác cũng đã từng có dịp để thấy rõ rằng người A Rập không phải ai ai cũng hứng thú về cái gọi là "công cuộc giải phóng khỏi ách Ma-mơ-lúc" mà người Pháp, kẻ chinh phục, thường luôn luôn nói tới trong các bản tuyên bố của mình. Quân Pháp có đẩy đủ lương thực là do họ đã đặt ra một chế độ trưng thu và thuế khóa rất có hiệu lực, song đó là một ách đè nặng lên nhân dân; nhưng tiền mặt thì không dễ dàng như vậy và người ta đã thi hành nhiều biện pháp khác nhau để kiếm cho ra tiền. Tướng Clê-be, mà Bô-na-pác để lại ở A-lếch-xăng-đri làm toàn quyền, đã cho bắt viên tù trưởng cũ của thành phố đó là Xi-đi Mô-ha-mét En Cô-ra-im, một người rất giàu, bị buộc tội là phản nghịch mặc dầu chẳng có chứng cớ gì. En Cô-râ-im bị áp giải đi Cai-rô, đến đó người ta nói cho En Cô-ra-im biết rằng muốn thoát chết phải nộp 300.000 phrăng vàng. Trước sự bất hạnh của mình, En Cô-ra-im cho rằng đó là định mệnh: "Nếu số mệnh đã bắt tôi phải chết lúc này thì chẳng có cái gì có thể cứu được tôi và tiền bạc của tôi ắt bị mất không; nếu số mệnh cho tôi sống thì tại sao tôi lại phải nộp tiền?". Tướng Bô-na-pác hạ lệnh chém đầu và mang đi bêu ở ngoài phố với tấm biển sau đây: "Tất cả những kẻ phản bội và những kẻ không giữ đúng lời hứa sẽ bị trị tội như thế này". Đã tìm đi tìm lại vẫn không thấy số tiền của viên tù trưởng bị hành hình đã giấu đi. Để bù vào đó, một số nhà giàu ả Rập đã nộp tất cả những gì mà người ta đòi hỏi ở họ, và chỉ trong vài ngày sau cuộc hành hình En Cô-ra-im, chừng bốn triệu phrăng vàng đã nằm trong quỹ quân đội Pháp. Đối với thường dân, cố nhiên người ta chẳng cần dùng đến những biện pháp phiền phức. Cuối tháng 10 năm 1798, một mưu toan khởi nghĩa đã xảy ra ở ngay Cai-rô. Một vài tên lính thuộc quân đoàn chiếm đóng đã bị đánh một cách công nhiên và bị giết, nghĩa quân đã kháng cự trong ba ngày liền ở một vài khu. Cuộc trấn áp diễn ra rất khốc liệt. Ngoài những người ả Rập và Phen-lát bị tàn sát hàng loạt trong cuộc trấn áp, những cuộc hành hình liên tiếp đã diễn ra trong nhiều ngày sau, mỗi lần từ 12 đến 30 người. Cuộc nổi dậy ở Cai-rô vang đội đến các làng lân cận. Khi được tin về cuộc khởi nghĩa đầu tiên trong số các cuộc khởi nghĩa đó, Bô-na-pác hạ lệnh cho viên sĩ quan hầu cận của mình là Cai-roa-đi-ê đến tận nơi, vây chặt bộ lạc lại, chém sạch đàn ông không trừ một ai, dẫn đàn bà, trẻ con về Cai-rô và đốt hết nhà cửa. Mệnh lệnh được chấp hành triệt để. Đàn bà và trẻ con phải đi bộ về Cai-rô, bị chết một số lớn ở dọc đường. Và, sau cuộc hành bình trừng phạt đó vài giờ, người ta thấy đoàn lừa thồ những bao tải đến quảng trường của thành phố Cai-rô. Người ta mở những bao tải ấy và đầu lâu những người đàn ông trong cái bộ lạc phạm tội lăn lóc trên mặt đất. Theo lời những người được mục kích cảnh ấy thì những biện pháp man rợ đó đã làm cho nhân dân hoảng sợ trong một thời gian. Tuy vậy, Bô-na-pác vẫn phải tính đến hai trường hợp cực kỳ nguy hiểm với ông ta. Trước hết là cách đó ít lâu, đúng một tháng sau cuộc đổ bộ lên Ai Cập, đô đốc Nen-xơn cuối cùng đã tìm thấy hạm đội Pháp trú ẩn ở vùng biển A-bu-kia và Nen-xơn đã tiến công tiêu diệt được hạm đội ấy. Đô đốc Pháp Bru-ây bị chết trận. Quân đội chiến đấu ở Ai Cập bị đứt liên lạc hẳn với nước Pháp. Sau nữa, chính phủ Thổ kiên quyết không chấp nhận lời tuyên bố xảo trá của Bô-na-pác rằng ông ta không hề chiến tranh với triều đình ốt-tô-man, mà chỉ là trừng phạt bọn Ma-mơ-lúc đã đối xử không tốt với các thương gia Pháp và áp bức nặng nề người A-Rập. Một đạo quân Thổ được đưa đến Xi-ri.Bô-na-pác đã thân hành đến Xi-ri giao chiến với quân Thổ. Bô-na-pác cho rằng tàn bạo là phương pháp tốt nhất để ổn định hậu phương trong thời gian ông ta đi chiến dịch xa xôi. Chiến dịch Xi-ri thật cực kỳ gian khổ, đặc biệt vì thiếu nước. Các thành phố lần lượt đầu hàng Bô-na-pác đầu tiên là En A-rích. Sau khi vượt qua eo Xuy-ê, Bô-na-pác tiến về Giáp-pha và bao vây Giáp-pha vào ngày 4 tháng 3 năm 1799. Vì Giáp-pha không đầu hàng nên Bô-na-pác công bố cho dân chúng biết rằng, nếu họ để quân Pháp phải đánh lấy thành thì tất cả nhân dân trong thành sẽ bị tuyệt diệt, sẽ không giữ một ai làm tù bình. Giáp-pha không đầu hàng. Cuộc công thành diễn ra ngày 6 tháng 3, binh lính ùa vào trong thành, thật sự tàn sát tất cả những ai bị rơi vào tay chúng. Nhà cửa và hiệu buôn đều bị cướp phá. Sau đó không lâu, khi cuộc tàn sát và cướp phá thành phố đã chấm dứt, người ta báo cáo với tướng Bô-na-pác rằng trong thành phố còn 4.000 lính Thổ, phần lớn là người An-ba-ni còn sót lại trong cuộc tàn sát, họ vẫn kháng cự ở trong một vị trí, luỹ đắp bốn bề; khi các sĩ quan Pháp đến doạ dẫm để buộc họ đầu hàng, họ đã trả lời rằng sẽ chỉ đầu hàng nếu người ta hứa không giết họ, bằng không, họ sẽ chống cự đến giọt máu cuối cùng. Sĩ quan Pháp đã hứa với họ và họ đã rời khỏi chiến luỹ hạ khí giới đầu hàng. Quân Pháp nhốt những tù binh đó trong một nhà kho. Bô-na-pác tức giận đến cực điểm. Ông ta cho rằng hứa tha chết cho những lính Thổ ấy là một sự điên rồ. "Chúng định bắt tôi làm gì bây giờ? Làm gì có lương thực để nuôi chúng? Làm gì có tàu để chở chúng về Ai Cập hay về Pháp? Chúng đã làm được gì cho tôi?". Quả thực, không có một chiếc tàu nào để chở từ Giáp-pha về Ai Cập, cũng không đủ binh lính để áp giải 4.000 lính tinh nhuệ ấy qua những bãi sa mạc Xi-ri, Ai Cập để đến A-lếch-xăng-đri hoặc Cai-rô. Thoạt tiên Na-pô-lê-ông còn chưa quyết tâm thực hiện ý định khủng khiếp... Qua ba ngày suy nghĩ, do dự và ngần ngại, cuối cùng, ngày thứ tư, Bô-na-pác hạ lệnh đem bắn hết 4.000 tù bình bị dẫn ra bờ biển và bị bắn đến người cuối cùng. Một trong số sĩ quan Pháp đã nói: "Tôi mong rằng đừng ai cảm thấy những điều mà chúng tôi đã cảm thấy khi chứng kiến cuộc hành hình ấy". Ngay sau đó, Na-pô-lê-ông tiến về pháo đài A-crơ mà quân Pháp vẫn thường gọi là Xanh Giăng-đác, người Thổ gọi là ác-ca. Nấn ná mãi ở Giáp-pha chẳng hay ho gì nữa vì bệnh dịch hạch đang bám lấy quân đội Pháp và về mặt vệ sinh, ở lại đấy thật cực kỳ nguy hiểm. Trong nhà, ngoài phố, trên mái nhà, trong hầm chứa, trong vườn rau, vườn cây ăn quả, đâu đâu cũng thấy xác dân chúng bị tàn sát đang rữa thối không ai thu dọn. Cuộc vây pháo đài A-crơ kéo dài đúng hai tháng và kết thúc bằng một thất bại Bô-na-pác không có pháo tham gia bao vây. Pháo đài A-crơ do người Anh tên là Xít-nây Xmít chỉ huy; được nước Anh tiếp tế vũ khí và lương thực bằng đường biển; quân đồn trú người Thổ rất đông. Sau nhiều đợt xung phong vô hiệu, ngày 20 tháng 5 năm 1799, quân Pháp phải bỏ cuộc bao vây, tổng cộng quân Pháp đã mất 3.000 người. Bên bị bao vây còn thiệt hại lớn hơn thế nữa. Sau đó, quân Pháp đã lại lên đường về Ai-Cập. Đến đây cũng nên chú ý là cho đến những ngày cuối cùng của cuộc đời, Na-pô-lê-ông vẫn gán cho thất bại ấy một ý nghĩa đặc biệt và có tính chất định mệnh. A-crơ là nơi xa nhất của phương Đông mà số mệnh đã cho Na-pô-lê-ông được đặt chân tới. Chuẩn bị ở lại lâu đài ở Ai Cập, Na-pô-lê-ông ra lệnh cho các kỹ sư nghiên cứu những vết tích về dự định đào kênh Xuy-ê của thời cổ đại và xây dựng quy hoạch công trình đào kênh để sau này tiến hành. Chúng ta biết rằng Na-pô-lê-ông đã viết thư hứa giúp đỡ hoàng đế Mi-đo-rơ (ở phía nam ấn Độ) lúc đó đang chiến tranh chống người Anh. Ông ta cũng dự định đặt quan hệ và ký hiệp ước liên minh với vua Ba Tư. Cuộc kháng cự vấp phải ở A-crơ, những tin tức đáng lo ngại về những cuộc nổi dậy của các làng Xi-ri ở hậu phương của Na-pô-lê-ông, giữa En A-rích và A-crơ, và nhất là việc không thể kéo dài hơn nữa tuyến đường giao thông hiện đã kéo dài một cách rất nguy hiểm vì không có viện binh mới, tất cả những tình hình đó đã đập tan cái mộng ổn định nền thống trị Pháp trên đất nước Xi-ri của Na-pô-lê-ông. Cuộc rút lui còn gay go hơn cuộc tiến công nhiều, vì lúc đó đã vào cuối tháng 5 và tháng 6, cái mùa nóng bức ghê người, không sao chịu nổi đang sắp tới. Bao giờ cũng vậy, Bô-na-pác không ngần ngại gì không trừng phạt tàn nhẫn các làng Xi-ri mà ông ta cho là cần phải trừng phạt.Một điều đáng chú ý là viên tướng tổng chỉ huy này đã cùng chịu đựng với quân lính mọi nỗi gian khổ trên con đường rút lui dài dặc đó, không hề dành cho bản thân mình, cũng như tướng tá của mình, dù ở cấp bậc cao nhất, một chút ưu tiên nào. Bệnh dịch hạch vẫn hoành hành, ngày càng dữ dội hơn. Người ta bỏ lại tại chỗ những người mắc bệnh ấy, chỉ mang theo những thương binh và những bệnh binh khác. Bô-na-pác đã hạ lệnh cho mọi người xuống ngựa để nhường cho thương binh, bệnh binh. Sau khi lệnh đó ban ra người giám mã, tưởng rằng đối với vị tướng tổng chỉ huy thì được miễn, nên hỏi Bô-na-pác sẽ dành lại con ngựa nào, Bô-na-pác nổi giận vừa quất roi ngựa vào giữa mặt người giám mã vừa hét lên: "Tất cả đi bộ, đ... mẹ...! Ta là người đầu tiên! Anh không biết thế nào là mệnh lệnh à? Cút đi!...". Do những cơn nổi khùng như vậy, binh lính lại càng mến Na-pô-lê-ông hơn; và trong những ngày trở về già của họ, họ thường hay nhớ đến Na-pô-lê-ông với những nét tương tự như vậy hơn là những chiến công và những cuộc chinh phục của ông ta. Bô-na-pác rất biết điều đó và không bao giờ do dự trong những trường hợp tương tự. Trong số những người quan sát Bô-na-pác, về sau này không ai có thể phân định được lúc Bô-na-pác làm như vậy thì đâu là do bản năng tự phát, đâu là đóng kịch và có tính toán. Có thể là có cả hai trong cùng một lúc như ở một diễn viên lành nghề. Và Na-pô-lê-ông đã là một bậc thầy về nghệ thuật này, mặc dù trong buổi bình minh của sự nghiệp của ông ta, ở Tu-lông, ở ý, ở Ai Cập, tài năng ấy của ông ta chỉ có rất ít người và những người tinh ý nhất trong số gần gũi ông ta phát hiện được. Nhưng hồi đó những người như vậy lại quá hiếm ở trong số những người thân thiết của ông ta. Ngày 14 tháng 6 năm 1799, quân đội của Bô-na-pác đã trở về đến Cai-rô. nhưng thời gian - trong khoảng đó, nếu không phải toàn quân thì ít ra cũng là vị tướng tổng chỉ huy còn được ở lại trên mảnh đất do mình đã đánh chiếm và khuất phục được - đã chấm hết. Bô-na-pác chưa nghỉ ngơi được mấy ở Cai-rô thì đã nhận được tin một đạo quân Thổ, được phái đến để giải phóng Ai Cập khỏi ách xâm lược Pháp, đã đổ bộ ở gần A-bu-kia, nơi mà một năm trước đây Nen-xơn đã tiêu diệt hạm đội Pháp. Bô-na-pác lập tức rời Cai-rô cùng với quân đội tiến lên phái bắc, phía đồng bằng sông Nin. Ngày 25 tháng 7, Bô-na-pác đột kích và tiêu diệt quân đội Thổ. Gần 15.000 quân Thổ bị chết. Na-pô-lê-ông đã hạ lệnh không bắt làm tù binh và tàn sát hết. Với giọng chiến thắng, Na-pô-lê-ông viết: "Trận đánh này là một trong những trận đẹ p nhất mà chưa bao giờ tôi được thấy 40.000 quân địch không chạy thoát được một". Dường như cuộc chinh phục của quân Pháp đã được ổn định lâu dài. Một số nhỏ lính Thổ chạy trốn lên tàu Anh. Mặt biển vẫn luôn luôn thuộc về người Anh, nhưng đất Ai Cập lại thuộc về quyền lực của Bô-na-pác một cách vững vàng hơn bao giờ hết. Bỗng dưng lúc đó một sự cố bất thần xảy ra, không ai lường được. Đã lâu ngày bị đứt mọi liên lạc với châu Âu, tình cơ qua một từ báo, Bô-na-pác mới hay rằng trong khi ông ta đi chinh phục Ai Cập thì nước áo, nước Anh, nước Nga và vương quốc Nap-lơ đã gây lại chiến tranh với nước Pháp. Xu-vô-rốp đã xuất hiện ở ý để đánh bại quân Pháp và đã thủ tiêu nước Cộng hoà bên kia rằng núi An-po, Xu-vô-rốp đang tiến đến gần núi An-po và nước Pháp bị đe doạ; trộm cướp, rối loạn, hoang mang cao độ đang đè lên nước Pháp. Viện Đốc chính bị đa số nhân dân chán ghét, suy yếu và bối rối. "Nước ý đã mất! Quân khốn kiếp! Thế là mọi chiến quả của chúng ta đã tiêu tan hết! Ta phải về mới được!". Bô-na-pác nói như vậy sau khi đọc ở tờ báo. Na-pô-lê-ông lập tức quyết đinh. Ông ta giao lại quyền chỉ huy tối cao cho quân đội cho tướng Clê-be, hạ lệnh cấp tốc và rất bí mật trang bị bốn chiếc tàu, đưa xuống 500 người chọn lọc kỹ càng, và, ngày 23 tháng 8 năm 1799, rời bến về Pháp, để lại cho Clê-be một đội quân lớn trang bị rất đầy đủ, cả một bộ máy cái trị và tài chính do Na-pô-lê-ông xây dựng và hoạt động rất hoàn hảo, cùng với dân chúng câm lặng, bị khuất phục và bị khủng bố của cái nước lớn đã bị chinh phục ấy.