Quân Nguyễn Hữu Chỉnh bị quân Tây Sơn đánh thua. Vua Chiêu Thống hoảng hốt sai Lê Quýnh cùng hơn 30 người tôn thất đem Hoàng Thái Hậu và Hoàng Hậu chạy sang Kinh Bắc, còn mình thì bỏ Thăng Long chạy theo Nguyễn Hữu Chỉnh đến đóng ở Mục Sơn thuộc Yên Thế, Nguyễn Hữu Chỉnh bị bắt, nhà vua chạy đến Chí Linh định nhờ Trần Quang Châu và Lê Ban dấy binh lấy Hải Dương làm cơ sở, nhưng bị quân Tây Sơn đuổi đánh, nhà vua chạy vào Sơn Nam, định nhờ tỳ tướng của Nguyễn Hữu Chỉnh là Nguyễn Việt Tuyển, nhưng Tuyển đã bị quân Tây Sơn đánh bại ở Hoàng Giang, nên nhà vua cùng Lê Ban chạy vào Thanh hóa. Sau nghe lời Lê Duy Ðoan trở về Kinh Bắc cho người qua cầu viện Thanh triều.Về Kinh Bắc, Chiêu Thống sai hai người bề tôi tin cẩn là Tham tri Chánh sự Lê Duy Ðán và Phó Ðô Ngự Sử Trần Danh Án sang Trung Hoa.Duy Ðán và Danh Án theo đường núi trốn qua biên thùy, đến ra mắt tri phủ Thái Bình. Tri phủ Thái Bình làm tờ đạt lời cầu viện lên Tuần phủ Tôn Vĩnh Thanh và Tổng đốc Lưỡng Quảng Tôn Sĩ Nghị.Trong khi chờ đợi kết quả, Trần Danh Án có thơ cảm hoài:Giá cô tại Giang NamÐỗ quyên tại Kinh BắcGiá cô minh gia giaÐỗ Quyên minh quốc quốcVi cầm do hữu quốc gia thanhCô thần đối thử tình vô cực.Nghĩa là:Giang Nam thì chim đaKinh Bắc thì chim quốcChim đa kêu gia giaChim cuốc kêu quốc quốcNghe chim kêu tiếng quốc giaLòng cô thần những xót xa trăm chiều.Trong lúc đó, Lê Quýnh, Nguyễn Huy Túc đã đưa Thái Hậu qua Tàu, nhờ viên Ðô Ty Long Bằng Trần Hồng Thuận trình Quảng Tây Giang tả Dương Hùng Nghiệp bẩm lên Tôn Sĩ Nghị.Nhận được hai lời thỉnh cầu cùng lúc. Nghị bèn làm sớ dâng về triều.Vua Càn Long chuẩn y lời Tôn Sĩ Nghị và sai Nghị cầm 20 vạn binh sang Việt Nam, mượn cớ giúp Vua Lê đánh Tây Sơn để đặt nền đô hộ lên đất Việt.Tôn Sĩ Nghị chia quân ra làm ba đạo: Một đạo do Tổng binh tỉnh Vân Nam và Quý Châu kéo sang mạn Tuyên Quang.Một đạo do Sầm Nghi Ðống kéo sang mạn Cao Bằng.Một đạo do Nghị cùng Ðề Ðốc Hứa Thế Hanh kéo sang mạn Lạng Sơn.Khí thế rất mạnh.Ba đạo quân Thanh tiến vào nước ta vào khoảng giữa tháng 10 năm Mậu Thân (1788). Sĩ Nghị truyền hịch kể tội nhà Tây Sơn và kêu gọi thần dân nhà Lê ra hợp tác.Viên trấn thủ Lạng Sơn Phạm Khải Ðức khiếp sợ, kéo cờ hàng. Phó tướng Nguyễn Văn Diễm chạy về Kinh Bắc cùng Nguyễn Văn Hòa cố thủ, rồi sai người về Thăng Long cáo cấp.Ðược tin, Ngô Văn Sở dùng kế hoãn binh, khiến Nguyễn Quý Nha và Trần Bá Lãm mang ba tờ bẩm văn ký tên Sùng Nhượng công và bá quan văn võ, đến quân thự Tôn Sĩ Nghị cầu hòa. Sĩ Nghị bác khước Ngô Văn Sở bèn nhóm văn võ lại thương nghị. Nguyễn Văn Dụng đề nghị dùng phục binh đánh địch. Ngô Thời Nhậm nói:- Quân địch mới tới, sức còn mạnh khí đương hăng, lại khoa trương thanh thế làm kinh động nhân dân. Nếu ta đem quân ra khỏi thành sẽ bị chúng sát hại. Cựu binh sĩ của Bắc Hà nhuệ khí vốn đã nhụt, thừa cơ trốn hết. Chừng ấy ta muốn đánh thì không hơn, mà muốn giữ cũng không đặng. Chẳng phải là thiện sách. Chi bằng rút hết quân thủy bộ vào đóng giữ từ Tam Ðiệp ra đến biển, để bảo toàn lực lượng rồi cho cáo cấp về Phú Xuân. Lúc đó ta sẽ quyết chiến cũng không muộn.Ngô Văn Sở nói:- Giặc đến chưa đánh đã chạy, tôi e đắc tội với Bắc Bình Vương.Ngô Thời Nhậm đáp:- Lương tướng thời xưa, lường sức giặc trước rồi mới định việc công hay thủ. Nay ta đem toàn quân lui về, chẳng qua là cho chúng ngủ nhờ một đêm, sáng ngày đuổi đi, có gì quan trọng. Nếu Bắc Bình Vương hỏi tội tôi sẽ bẩm biện. Ông cứ yên tâm.Ngô Văn Sở liền cho gọi binh các trấn Kinh Bắc, Thái Nguyên, Hải Dương, Sơn Tây đến tập hợp tại Bắc Thành trấn Sơn Nam, rồi đồng tiến vào Tam Ðiệp.Chợt có tin quân Thanh đã qua khỏi ải Nam Quan, Phan Văn Lân nổi nóng:- Nước không cần phải lớn, binh không cần phải nhiều, hễ quyết chiến thì thắng. Nay làm tướng nắm binh quyền ở cõi ngoài mà giặc đến không đánh thì làm tướng để làm gì?Rồi thừa đêm tối đem quân ra đi. Ðến bờ phía nam sông Nguyệt Ðức thì nghe quân Thanh đã tới núi Tam Tằng, Lân đốc binh sĩ liều lạnh lội càn qua sông. Quân chết đuối quá nửa. Còn một nửa vừa đến bờ bên kia thì quân địch đánh giết hết. Lân một người một ngựa sống sót chạy trở về. Ngô Văn Sở cả kinh, giấu kín việc Lân, khiến chư tướng chỉnh tế đội ngũ, trực tiến đến Tam Ðiệp.Ðến Tam Ðiệp vào ngày 20 tháng 11 năm Mậu Thân (17-12-1788). Một mặt chia đồn cố thủ, một mặt cho Nguyễn Văn Tuyết về cáo cấp Phú Xuân.Không gặp sức cản trở đáng kể, Tôn Sĩ Nghị tiến quân dễ dàng. Ðến Kinh Bắc được Vua Chiêu Thống đón tiếp trọng thể. Nghị cùng nhà vua trực chỉ đến Thăng Long cho đại quân hạ trại ở Yên Phụ còn tướng doanh thì đặt tại Tây Long Cung. Ðể tiện việc qua lại, một dãy cầu phao bắc ngang qua sông Nhị. Ngày hôm sau (21 tháng 11 năm Mậu Thân), Nghị phong Vua Chiêu Thống làm An Nam Quốc Vương tại điện Kính Thiên và quyết định sau tết Nguyên Ðán mới xuất quân đánh Nguyễn Huệ.Vào thành Thăng Long như vào chỗ không người, Nghị nghĩ rằng đánh dẹp Tây Sơn sẽ dễ dàng như lấy đồ trong túi, nên lơ đãng việc binh, ngày ngày lo hưởng lạc thú.Vua Chiêu Thống tuy đã thụ phong, nhưng phải theo niên hiệu Càn Long, và việc gì cũng phải bẩm lên Tôn Sĩ Nghị. Mỗi ngày sau buổi chầu, Chiêu Thống phải đến dinh Sĩ Nghị để chầu chực việc cơ mật. Nhiều khi Nghị không cho vào, chỉ sai một người ra bảo: Không có việc gì quan trọng, Vua hãy về cung nghĩ. Thế mà không biết nhục, ngày ngày chỉ lo việc báo ân báo oán giết hại những người đã theo Tây Sơn. Một người tôn nữ kết duyên cùng một tướng Tây Sơn, đã có mang. Chiêu Thống sai mổ bụng, lấy thai nhi giết chết! Ba người hoàng phái hàng vai chú nhà vua, bị chặt chân quăng ra giữa chợ. Việc chém giết vì tư thù không ngày nào không có. Lương dân khủng khiếp!Một số nhân sĩ, trước hành vi tàn bạo của Chiêu Thống vẫn ôm mối cô trung như Bùi Huy Bích, Phạm Quý Thích, Phạm Ðan Phụng... Có người nói Trung là trung với nhà Lê chớ đâu phải trung với Vua Chiêu Thống. Lại có người nói Quân bất kính thần bất khả bất trung[61].Những quan lại cũ đã bỏ trốn trong lúc Nguyễn Hữu Chỉnh bị giết, nghe tin Vua Chiêu Thống trở về, lục tục kéo nhau tới thành đô bái yết và đến xin Tôn Sĩ Nghị ra quân đánh Tây Sơn. Nghị đáp:Năm đã gần hết. Ði đâu mà vội vàng? Giặc còn gầy, mình dung túng cho nó ít lâu là nuôi cho nó béo, để rồi nó đem thịt đến nạp cho mình xơi, chẳng hay lắm sao?Rồi truyền ba quân đóng trại nghỉ ngơi để ra giêng chiến đấu.Quân lính của Sĩ Nghị thấy chủ tướng tham tàn dâm dật, tướng lệnh lại không nghiêm minh, nên tha hồ ngang dọc. Những vụ cướp bóc, hãm hiếp, tàn sát... xảy ra hàng ngày. Nhân dân không mấy lúc được ăn ngon, ngủ yên. Nơi nơi đồ thán!Cảnh nước loạn dân khổ đến thế là cùng cực.Người người đều trông mong cuộc đời đổi thay.-----------------[61] Người xưa dạy: Phụ từ tử hiếu, quân kính thần trung nghĩa là cha có hiền lành con mới có hiếu Vua có kính vì tôi mới trung tức là người trên có lo tròn bổn phận mình thì mới có quyền buộc kẻ dưới lo tròn bổn phận. Nhưng người sau lại nói: Phụ bất từ, tử bất khả bất hiếu, quân bất kính, thần bất khả bất trung. Nghĩa là Cha không lành, con không thể không hiếu. Vua không kính, tôi không thể không trung. Tức là buộc kẻ dưới phải giữ hết phận mình đối với người trên, dù người trên không giữ tròn bổn phận. Phần đông các nhà Nho theo lời sau.