Năm Ất Mão, quân Mông Cổ do Ngột Lương Hợp Thai chỉ huy đánh chiếm được nước Đại Lý (Vân Nam) theo kế hoạch bao vây tiêu diệt nhà Nam Tống. Trong khi đang củng cố nền móng cai trị nước này, Ngột Lương Hợp Thai cử ba sứ giả đến Thăng Long thuyết phục vua nhà Trần đầu hàng. Vua Thái Tôn không những bác bỏ yêu sách của Mông Cổ, lại còn bắt giam sứ giả của họ lại. Ngột Lương Hợp Thai hết sức tức giận nên đầu năm Đinh Tị, y cho điều quân tràn sang nước ta. Ngột Lương Hợp Thai chia quân làm hai cánh, một cánh theo ngả Vân Nam, xuôi sông Thao tiến xuống Hưng Hóa, một cánh theo ngả Hà Giang xuôi theo sông Lô, hai cánh hẹn gặp nhau ở Bạch Hạc, rồi trực chỉ thành Thăng Long. Vua Thái Tôn sai Hưng Đạo vương Trần Quốc Tuấn, bấy giờ mới 31 tuổi chỉ huy cánh quân tiên phong chống giữ ở Bạch Hạc. Nhưng vì quân Nguyên mới sang khí thế quá hăng, vương chống không nổi, phải rút quân về Sơn Tây. Vua Thái Tôn tự cầm quân ra nghênh chiến ở Bình Lễ (Vĩnh Yên). Quân giặc đánh rát quá, quân ta hết sức núng thế. Nhờ tướng Lê Phụ Trần liều mình xông xáo chiến đấu mới tạm cản được bước chân quân Nguyên. Có người khuyên vua Thái Tôn nên đóng quân lại để tử chiến, nhưng Lê Phụ Trần can: - Làm như vậy là coi như bệ hạ dốc túi đánh nước bạc cuối cùng thôi! Nên lánh đi, chớ nên nhẹ tin lời người ta! Vua Thái Tôn nghe lời Lê Phụ Trần, cho lui binh. Lê Phụ Trần lại hăng hái xông xáo cản hậu để đại quân rút lui khá toàn vẹn. Cùng lúc, để bảo toàn lực lượng và né tránh khí thế đang hăng của quân Mông Cổ, Thái sư Trần Thủ Độ cũng tạm thời bỏ ngõ Thăng Long, chạy về giữ Hưng Yên. Trong khi đó Linh Từ quốc mẫu chỉ huy đưa Thái tử Trần Hoảng và đám cung tần mỹ nữ cùng vợ con các quan tướng lánh về vùng Hoàng giang ở Nam Định. Quân Nguyên tràn xuống chiếm Thăng Long rất dễ dàng. Vào thành thấy ba viên sứ giả Mông Cổ vẫn còn bị trói, chúng vội cởi dây ra nhưng một người đã chết. Quân Nguyên nổi giận tàn sát cướp phá dân ta ở kinh thành hết sức man rợ. Vì thế, quan tướng binh sĩ cũng như dân chúng Đại Việt khắp nơi đều nức khí hận thù. Vua Thái Tôn thấy tình thế bi quan, hỏi ý Thái sư Trần Thủ Độ. Thái sư cứng rắn đáp: "Đầu tôi chưa rơi xuống đất, xin bệ hạ đừng lo!". Nhờ câu nói cương quyết đó, vua Thái Tôn giữ được tinh thần để tiếp tục kháng chiến. Sau đó không lâu thời tiết đột ngột chuyển đổi, khí hậu nước ta trở nên oi bức khó chịu lắm. Quân Mông Cổ quen sống ở xứ lạnh chịu không nổi cái khí hậu oi bức đó nên phát sinh ra nhiều thứ bệnh tật, họ đều trở nên uể oải, mất cả tinh thần hăng hái ban đầu. Dò biết được tình hình quân giặc như vậy, vua Trần Thái Tôn bèn ra lệnh tổng phản công. Quân ta tập trung đánh lớn ở Đông Bộ Đầu°. Quân Mông Cổ đau ốm mệt mỏi không sao chống cự không nổi, chịu thảm bại mà rút về Tàu. Trên đường rút lui, quân chúng không còn đủ sức để cướp bóc ai nên dân chúng gọi đùa là "giặc Phật". Cuộc kháng chiến chống Mông Cổ xâm lược dưới thời Trần Thái Tôn đã thắng lợi lớn, quân dân Đại Việt vô cùng phấn khởi. Lúc bấy giờ Thái sư Trần Thủ Độ đã 65 tuổi, vua Trần Thái Tôn đã nắm gần hết thực quyền trong tay. Vua bèn tự mình xét duyệt công lao những người tham gia trong cuộc chiến để ban thưởng. Khi xét đến tướng Lê Phụ Trần, vua Thái Tôn trầm ngâm suy nghĩ rất lâu. Nếu không có Lê Phụ Trần can ngăn, ngài đã có thể dốc túi đánh nước bạc cuối cùng ở Bình Lễ, không biết bây giờ số phận nước Đại Việt sẽ ra sao? Với khí thế của giặc lúc đó, quân ta thật khó lòng mà thắng được! Rồi đến cuộc lui quân, nếu không có Lê Phụ Trần liều mình cản hậu, chắc chắn quân ta cũng phải tổn thất nặng nề. Đến chiến dịch phản công quân Mông Cổ, Lê Phụ Trần cũng góp công quá lớn. Lấy chức tước gì mà ban thưởng ông ta cho xứng đáng đây? Rốt cục, vua Thái Tôn phải thỉnh cầu ý kiến của Quốc thượng phụ Thái sư Trần Thủ Độ. Thái sư nói: - Lê Phụ Trần là người có tài thao lược, lại khảng khái, ngay thẳng, hãy ban cho ông ấy chức Ngự sử đại phu vậy! Vua Thái Tôn bèn nghe lời. Tuy vậy, nhà vua vẫn cảm thấy chức vụ ấy chưa xứng đáng với công lao của Lê Phụ Trần. Trong khi nghĩ đến cảnh góa bụa của viên tướng này, vua sực nhớ tới lời trăng trối của Thuận Thiên hoàng hậu: "...Thứ hai, xin Hoàng thượng nghĩ đến tình nghĩa cũ đối với Chiêu Thánh công chúa mà gả nàng cho một người nào đó đàng hoàng để nàng có chỗ nương dựa..." Thế là vua Thái Tôn xuống chỉ triệu công chúa Chiêu Thánh vào triều. Mọi người đều ngạc nhiên không biết vì lẽ gì. Sau hơn hai mươi năm bị biếm truất, đây là lần đầu Chiêu Thánh được trở lại hoàng cung. Công chúa bây giờ tuy đã 41 tuổi nhưng vẫn còn đẹp thanh cảnh, vẫn giữ được vẻ quí phái tự nhiên. Bà tỏ ra rất mực nghiêm trang, ít khi nói năng. Bà được nội thị dẫn vào nội điện, nơi bà đã từng ngự trị, để bái kiến vua... Trước mặt vua Thái Tôn, Chiêu Thánh vẫn bình thản, không xúc động: - Tiện thiếp là Chiêu Thánh công chúa xin bái kiến Hoàng thượng! Vua Thái Tôn ôn tồn phán: - Trẫm miễn lễ! Cho phép công chúa ngồi! Đây là một biệt lệ. Nội thị đưa công chúa đến một chiếc ghế đặt sẵn trước án vua làm việc. Vua Thái Tôn nói: - Trẫm biết bao nhiêu năm nay công chúa đã phải sống trong sự đau khổ tột cùng. Thật sự trẫm cũng đau lòng vì chuyện đó lắm. Trẫm rất thông cảm hoàn cảnh công chúa nhưng trẫm không thể nào cứu vớt công chúa được. Lúc bấy giờ chính trẫm cũng bị bao vây bốn mặt và không có được một chút quyền tự chủ nào cả. Trẫm hi vọng công chúa hiểu cho trẫm mà không oán trách trẫm. Bây giờ tình hình đã biến cải, trẫm muốn được đền bù một phần nào những đau khổ mà công chúa phải chịu bấy lâu nay. Nay trẫm muốn tác hợp công chúa với một vị đại quan danh giá văn võ kiêm toàn để hưởng hạnh phúc lâu dài, công chúa nghĩ sao? Công chúa Chiêu Thánh suy nghĩ một lúc rồi thưa: - Hiện tại thần thiếp đang có một cuộc sống tương đối vừa ý. Thần thiếp xin cám ơn lòng ưu ái của bệ hạ đã dành cho thiếp nhưng thần thiếp không muốn có sự xáo trộn nào nữa. - Trẫm thật tình vì công chúa mà nghĩ đến việc này sao công chúa lại từ chối? Hay là công chúa còn căm giận trẫm? - Không, thần thiếp rất hiểu hoàn cảnh bệ hạ lúc ấy. Thần thiếp không bao giờ giận hờn gì bệ hạ cả. Nhưng như thần thiếp đã nói, thần thiếp hiện đang có một cuộc sống vui vẻ thoải mái, thần thiếp không muốn có sự xáo trộn nào nữa! Vua Thái Tôn nói: - Trẫm đồng ý là hiện tại công chúa đang có một cuộc sống vui vẻ thoải mái, nhưng đó chỉ mới là phần thể xác. Một con người đúng nghĩa không phải chỉ có phần thể xác mà còn có phần linh hồn nữa. Công chúa hiện tại không còn là người của họ Trần mà cũng không thể hồi tôn về họ Lý, mai sau khi trăm tuổi rồi linh hồn của công chúa sẽ trôi nổi về đâu? Ai sẽ thờ cúng công chúa? Hơn nữa, khi lâm chung, Thuận Thiên hoàng hậu có yêu cầu trẫm thế nào cũng phải tìm một người thật xứng đáng để công chúa gởi thân, trẫm đã hứa chắc với hoàng hậu sẽ thực hiện việc ấy. Nay trẫm đã lựa được một đấng nam nhi tài đức vẹn toàn rất xứng đáng với công chúa. Nếu công chúa không chịu nghe, không những công chúa đã phụ ý tốt của trẫm mà còn phụ cả lòng của hoàng hậu Thuận Thiên nữa. Công chúa cần phải có con cái để nương tựa về sau. Mong công chúa suy nghĩ lại! Công chúa Chiêu Thánh lại suy nghĩ một hồi rồi mở tròn cặp mắt long lanh cảm động nói với vua Thái Tôn: - Bệ hạ nói đúng, phần xác không ra gì thì phải lo đến phần hồn. Cảm tạ bệ hạ còn đoái nghĩ lo lắng chu đáo cho thần thiếp. Vậy, bệ hạ quyết định thế nào thần thiếp cũng xin tuân mệnh. Vua Thái Tôn nói: - Trẫm nghĩ rằng đây là một người đàn ông rất xứng đáng, chắc chắn ông ta sẽ mang lại hạnh phúc cho công chúa. Đó là quan Ngự sử đại phu Lê Phụ Trần, một người có công rất lớn trong cuộc chiến bình Mông vừa qua... Đầu năm Mậu Ngọ, vua Thái Tôn chỉ thị triều đình tổ chức đám cưới cho Ngự sử đại phu Lê Phụ Trần và Chiêu Thánh công chúa. Việc làm này đã được cả triều đình lẫn dân chúng hoan nghênh nhiệt liệt. Trong buổi tiệc cưới, Linh Từ quốc mẫu quá xúc động đã ôm chầm lấy Chiêu Thánh công chúa với nước mắt ràn rụa mà nói: - Khổ tận cam lai, mẹ rất vui mừng thấy con có được ngày hôm nay! Từ đó Lê Phụ Trần và Lý Chiêu Thánh đã thật sự tìm được hạnh phúc bên nhau. Hai người có với nhau được hai người con là Lê Tông° và Lê Ngọc Khuê lớn lên đều được phong tước xứng đáng. Họ cũng được sống hạnh phúc bên nhau đến bạc đầu. Năm sau tức năm Kỷ Mùi thì Linh Từ quốc mẫu qua đời, thọ 65 tuổi. ° Về sau, quân Nguyên còn sang xâm lược nước ta hai lần nữa, vào các giai đoạn 1284-1285 và 1287-1288 với những đội quân vô cùng hùng mạnh. Lúc này Thái sư Trần Thủ Độ cũng như vua Trần Thái Tôn đều đã mất. Quân dân nhà Trần bấy giờ được đặt dưới sự chỉ huy tài ba của Tiết Chế Quốc công Hưng Đạo vương Trần Quốc Tuấn, đã chiến thắng vẻ vang cả hai lần làm nhà Nguyên nản lòng, cam chịu bỏ hẳn ý đồ xâm lược nước ta. Dân tộc ta chiến thắng được một đội quân hùng mạnh và lớn lao nhất hoàn vũ thời bấy giờ ấy là nhờ đâu? Trước hết là nhờ sự đoàn kết một lòng của toàn dân mà biểu hiệu là Hội Nghị Diên Hồng. Tiếp đó là lòng tuyệt đối tin tưởng nhau giữa những người lãnh đạo chính yếu. Đó là hai nhân vật đối nghịch liên hệ chí thiết với vụ tình hận lịch sử: Tiết Chế Quốc công Hưng Đạo vương, con của An Sinh vương Trần Liễu và Thượng Tướng Thái sư Chiêu Minh vương Trần Quang Khải, con vua Trần Thái Tôn. Họ đã từng có nhiều điểm bất đồng sâu sắc với nhau đáng kể. Hai người này vì sự sinh tồn của dân tộc, đã tự chế ngự được những tham, sân, oán thù riêng tư của mình. Hai ngài cùng nêu một tấm gương sáng ngời: Coi nhẹ thù riêng, biết đoàn kết để bảo vệ sự sống còn của quốc gia, dân tộc. Thật là đại phúc cho dân tộc Đại Việt! Hết.
Chú thích:Ất Mão: 1255, Đinh Tỵ: 1257, Mậu Ngọ: 1258, Kỷ Mùi: 1259.°Đông Bộ Đầu: Nay là đầu phố Hàng Than, Hà Nội, gần cầu Long Biên.°Theo ông Kiều Văn thì Lê Tông chính là Trần Bình Trọng sau này (trong "Giai Thoại Lịch Sử Việt Nam").
Chú thích:Ất Mão: 1255, Đinh Tỵ: 1257, Mậu Ngọ: 1258, Kỷ Mùi: 1259.°Đông Bộ Đầu: Nay là đầu phố Hàng Than, Hà Nội, gần cầu Long Biên.°Theo ông Kiều Văn thì Lê Tông chính là Trần Bình Trọng sau này (trong "Giai Thoại Lịch Sử Việt Nam").