Sau gần ba năm gián đoạn sách đèn, vợ chồng người anh cả của ông là Phan Văn Cừ rước thầy về nhà dạy ông học chữ bốn năm. Vào tuổi hai mươi mốt, thấy ông học hành tiến bộ, vợ chồng người anh bàn tính rồi cho ông đến thọ giáo cụ cử nhân An Tráng (Phạm Đạo Mẫn). Tại đây, ông được kết bạn với Huỳnh Thúc Kháng. Sách đèn và tình thương yêu của anh chị đã giúp ông quên đi nỗi buồn mồ côi cả cha lẫn mẹ. Bốn năm sau (1896), nghe lời khuyên của anh chị, ông lập gia đình với cô gái họ Lê (Lê Thị Tỵ - 1877), người làng An Sơn cùng huyện (nay là xã Tiên Kỳ, huyện Tiên Phước, Quảng Nam). Tuy cưới vợ rồi nhưng hai bên gia đình vẫn động viên ông tiếp tục theo nghiệp sách đèn. Năm sau đứa con trai đầu lòng ra đời là niềm vui của cả hai họ. Biết được sự hi sinh quá lớn của hai bên gia đình, ông chí thú học hành. Năm 1898, Phan Châu Trinh được bổ vào ngạch học sanh, thụ nghiệp với quan đốc học Trần Đình Phong (Mã Sơn). Nơi đây, ngoài Huỳnh Thúc Kháng, ông còn kết thân với nhiều người bạn mới, trong đó có Trần Quý Cáp. Tuy học hành vào loại xuất sắc, nhưng nhiều lần lạc đệ cho đến năm 29 tuổi bảng hổ mới đề tên. Có đi có tới. Ông đã gắng công đi và đã tới đích. Khoa Tân Sửu (1901 - Thành Thái thứ 13), có 9 người đỗ tiến sĩ, 13 người đỗ phó bảng. Quảng Nam không có ai đỗ tiến sĩ, nhưng có đến bốn phó bảng và Phan Châu Trinh là một trong bốn phó bảng ấy. Nghĩ cũng tiếc, song cũng lấy làm vui là quan Hội chủ khảo Cao Xuân Dục tâu xin các viên trúng phó bảng cũng được cấp cho áo mũ, cấp ngựa trạm khi trở về nhà chớ không như các khóa trước và được vua ân chuẩn (1). Niềm vui ấy không chỉ cho mỗi mình ông mà còn cho thầy, cho bạn, cho hai bên gia đình nội ngoại, cho xóm làng… Tội nhất là người anh cả của ông, khi nghe tin em đỗ phó bảng thì cứ như người cuồng, cười đó khóc đó. Khi áo mũ về làng, ai cũng vui mừng ra mặt, riêng người anh cả của ông nằm mệp luôn trước bàn hương án, đứng dậy không nổi khiến ông cũng ứa nước mắt. Lúc này, ông càng ý thức hơn thế nào là chữ hiếu và trả hiếu. Năm trước, ông đỗ cử nhân, anh ông cũng vui như vậy nhưng chưa đến độ đứng không vững, ngồi không yên như những ngày này. Thương quá! Mọi việc đâu vào đó. Màn đêm trở về trả lại sự yên tĩnh cho xóm làng, ông vui với vợ và đứa con trai đầu lòng một chốc, rồi cầm lấy tay vợ xem mạch, nói: - Mạch này chắc là con gái mình ạ. Có nếp có tẻ rứa là mừng. Nhưng trai gái gì cũng quý, mình cố gắng dạy dỗ con nên người. - Thầy hắn nói… - Không phải tôi nói mà cuộc đời đã dạy tôi vậy. Anh hai (Phan Văn Cừ) có tốt thế nào đi nữa mà chị hai không thương yêu tôi như con thì tôi không có được ngày nay đâu. Theo tôi, lời răn dạy của người phụ nữ có tác dụng rất lớn đối với những đứa trẻ. - Em biết rồi… Định nói thêm đôi lời với vợ, thì thằng con làm nũng, nên ông đành để cho vợ dỗ con. Ông bước lên nhà trên thắp mấy nén nhang rồi ngồi yên một mình trước bàn thờ gia tiên. Trong làn khói trầm nghi ngút, ông nghĩ rất lung. Ông nhớ tới cha tới mẹ, nhớ tấm lòng của vợ chồng người anh cả cùng bà con họ hàng, chòm xóm, nhớ tới những chú những bác đã không ngại nắng mưa, khuya sớm dạy cho ông những đường quyền ngọn cước… Nhớ… Nhớ… Mình phải làm gì, nên làm gì? Câu hỏi ấy cứ như vây lấy ông và nước mắt cứ chảy ra… Cái chết của cha, ông không thể nào quên. Nhưng thù ai? Trách ông Hường Hiệu (Nguyễn Duy Hiệu) ư? Có trách cũng rồi. Những người như ông ta chỉ là thứ quân tử Tàu, sẵn sàng chấp nhận cái chết chỉ cần để lại chút danh thơm không xấu mặt với tổ tiên, chứ không hề suy nghĩ tìm một chiến lược lâu dài. Thân phụ ông cũng vậy. Họ chỉ là những… anh hùng Lương Sơn Bạc. Khi các sơn phòng bị quân triều đình đánh úp, lẽ ra với vai trò Hội chủ được nghĩa dân, nghĩa sĩ tin cậy thì ông phải có kế sách gì hay hơn việc khuyên Phan Bá Phiến nên hi sinh trước, còn ông sẽ ra nộp mình cho quân triều đình bắt. Trước khi ra nộp mình, ông đốt tất cả giấy tờ, ấn tín, giải tán nghĩa binh về quê làm ăn. Lúc đưa ông về Huế, nhiều người đến dụ hàng, khuyên ông khai những đồng đảng để được nhẹ tội, nhưng ông trước sau chỉ một lời: “chỉ có mình Hiệu này làm giặc, còn mọi người nếu có chỉ là bắt buộc mà thôi". Việc làm cuối đời của ông ta (Hường Hiệu) quả rất đáng kính trọng, nhưng không phải việc làm của người cơ trí. Với ông, làm người có lúc coi cái chết nhẹ tựa lông hồng, nhưng phải có lúc coi cái chết nặng tựa Thái Sơn, chớ không thể đem tính mạng cha sinh mẹ đẻ ra đánh đố được. Nghĩ tới đây, Phan Châu Trinh thấy người dễ thở hơn, nhẹ nhàng hơn. Chú thích: (1) Việc này sau thành lệ, chứ các khoa trước ân sủng đó chỉ dành cho những người đỗ tiến sĩ còn phó bảng thì không có. Đến khoa Canh Tuất (1910 - Duy Tân thứ 4), bộ Học xin cho các viên trúng phó bảng cũng được dự ban yến như những người đỗ tiến sĩ.