uộc tấn công vào Bétio quá đắt giá. Nhiều đơn vị ưu tú bị tàn sát, nhiều tàu đổ quân và xe lội nước bị tiêu hủy. Nhưng các bài học rút ra được từ cuộc tấn công vào một tiểu đảo được phòng thủ kiên cố ấy đều vô giá cho nỗ lực tiếp tục tấn công. Cuộc đánh chiếm quần đảo Gilbert chỉ là bước đầu để tiến lên quần đảo Marshall, nơi có các đảo lớn có thể đưa cả hạm đội vào trú ẩn, và là nơi quân Nhật có năm hoặc sáu phi trường. Biết rằng chúng được phòng thủ chặt chẽ Nimitz muốn tấn công ngay để lợi dụng sự bối rối gây ra cho địch sau cuộc xung phong vào Bétio. Nhưng tám ngày oanh tạc và hải pháo liên tục đã không đủ giảm thiểu hệ thống phòng thủ của tiểu đảo san hô Bétio, thì phải cả tháng oanh kích như thế mới vô hiệu hóa được hệ thống phòng thủ trên các đảo lớn thuộc quần đảo Marshall. Hơn nữa, lực lượng chuyển quân đổ bộ của Turner cần phải được bổ chính lại và Spruance lai muốn chờ bốn mẫu hạm mới và hai thiết giáp hạm sắp từ Mỹ đến.
Địch quân làm gì trong thời gian đó? Họ có toan tính mở cuộc hành quân lớn đánh quần đảo Gilbert để khiêu khích hạm đội của Spruance không?
Nimitz không biết gì cả và phải tiên liệu một viễn ảnh như vậy. Do đó ông đặt hạm đội này trong tìng trạng báo động trong suốt tháng 12 năm 1943, bắt hạm đội thực hiện các cuộc oanh tạc trên các đảo Kwajalein và các cuộc tuần thám trên hải cảng Truk và trên quần đảo Mariannes.
Song song với các hoạt động này, Ủy ban tham mưu hỗn hợp cho phép Mac Arthur đổ bộ lên mũi Gloucester về phía cực tây của Tân-Bretagne. Quân Nhật đã thiết lập một phi trường tại đó để giúp họ ngăn cản mọi sự di chuyển trên hai eo biển Vitraz và Dampier mà lực lượng hải quân chuyển vận đổ bộ khó khăn nên ông đòi hỏi và được sự hỗ trợ của Sư đoàn 1 Thủy quân lục chiến mới được thành lập lại sau những thử thách gay go tại Guadalcannal. Sư đoàn này, với thêm 2.500 bộ binh tăng viện, đổ bộ lên mũi Gloucester ngày 26 tháng 9. Chừng 6.000 hay 7.000 quân Nhật bảo vệ phi trường bị đánh hoàn toàn bất ngờ phải rút lui vào rừng già kế cận mà các điều kiện còn tệ hơn cả ở Guadalcannal. Bệnh kiết lỵ, thương hàn và sốt rét tạo ra nhêìu nạn nhân hơn là súng đạn trong 15 ngày đụng độ sau đó. Tuy vậy, ngày 16 tháng 1 năm 1944, một chu vi phòng thủ kiên cố đã được thiết lập quanh phi trường, nên Mac Arthur đã có thể bắt đầu kế hoạch tiến quân bằng các bước nhảy ếch dọc theo xương sống đảo Tân-Guinée.
Lo âu vì sự khởi đầu các hoạt động bất ngờ này tại phía Tây nam, Koga trở về Đông Kinh để thảo luận về chiến lược phòng thủ mà từ nay ông đành phải chấp nhận. Ông đã quyết định rằng chi vi Đại Đông Á sẽ được giới hạn về phía đông bằng một phòng tuyến mới chạy qua các quần đảo Mariannes, Truk và Biak và các cứ điểm tiền phương trên quần đảo Marshall sẽ được tăng viện tối đa bằng các phi cơ còn sót lại tại Rabaul, đoạn bỏ mặc chúng. Phòng tuyến mới sẽ được bảo vệ quyết liệt không chấp nhận một ý tưởng rút lui nào và nếu hải lực Mỹ mạo hiểm vượt qua, hạm đội liên hợp còn nguyên vẹn có thể tung ra trận quyết định mà từ hai năm nay không lúc nào ngừng chuẩn bị. Nhưng còn phải làm thế nào cho các không đoàn thuộc các mẫu hạm bị tiêu diệt tại Rabaul và tại Bougainville được bô sung ngay lập tức.
Koga được hứa rằng các nhu cầu về phi cơ và phi công sẽ được ưu tiên thỏa mãn, ông cũng đã yêu cầu cho tạm thời rút các mẫu hạm lui về Tân Gia Ba và về quần đảo Mã Lai, nơi chúng có thể được tiếp nhiên liệu và huấn luyện các phi công mới khi nào họ dần đần được đến. Song song với cuộc rút lui chiến lược này, Koga đã được thượng cấp chấp thuận một kế hoạch cải tổ hạm đội liên hợp căn cứ trên những nguyên tắc mới mẻ. Các đại thiết giáp hạm Musachi, Yamato và chiếc Nagato (Không mạnh bằng các chiếc kia, Nagato là một thiết giáp hạm 35.000 tấn, võ trang 8 đại bác 360 ly hoàn toàn được canh tân) cũng như hai thiết giáp hạm cũ, Kongo và Haruna, sẽ được sử dụng để che chở cho các mẫu hạm sẽ là vũ khí phòng vệ chính yếu. Về mặt cơ cấu, hạm đội liên hợp được chia làm hai hạm đội: hạm đội thứ nhất gồm có ba đoàn mẫu hạm tổng cộng 9 mẫu hạm, và 15 khu trục hạm hộ tống; hạm đội thứ hai gồm có năm thiết giáp hạm phân làm hai hải đội và mười tuần dương hạm nặng phân thành ba hải đội.
Phó đô đốc Ozawa, người đã chỉ huy với sự thành công, ai cũng biết, cuộc xâm chiếm Sumatra và Java, lãnh quyền chỉ huy hạm đội mẫu hạm được mệnh danh là “Hạm đội lưu động số 1”. Hạm đội thiết giáp được giao cho Phó đô đốc Kurita, chiến sĩ kỳ cựu tại Midway và tại Guadalcanal, Ugaki, cựu Tham mưu trưởng của Yamamoto, sống sót nhờ phép lạ sau cuộc phục kích tại Bougainville, nắm quyền chỉ huy lực lượng thiết giáp hạm khổng lồ.
Một quyết định chiến lược khác bổ túc cho các sự sắp xếp bố trí trên: không lực số 1 của hải quân mà quyền chỉ huy vừa được giao cho Phó đô đốc Kakuta (phi công kỳ cựu, nguyên chỉ huy trưởng không lực số 2 của các mẫu hạm) sẽ được phân phối cho các căn cứ trên đất liền rải dọc theo chu vi phòng thủ mới từ Iwo Jima cho đến Kiak (Tân Guinée) ngang qua quần đảo Mariannes và tiểu quần đảo Palaos. Kakuta, với chừng 1.500 phi cơ trong tay, đặt ban chỉ huy tại Tinian, thuộc quần đảo Mariannes.
Tất cả các biện pháp ấy không phải đã được Tổng hành dinh Thiên hoàng chấp thuận dễ dàng. Những giới chức cao cấp sống trong tháp ngà cách xa chiến trường hàng ngàn cây số ấy, khó chấp nhận rằng Nhật Bản phải rút lại thế phòng thủ trong khi còn có cả một hạm đội nguyên vẹn và một đạo quân đang bành trướng - thêm vào đặc tính này, còn là một đạo quân quen chiến đấu thắng lợi trong thế một chống mười. Phải cần cả một sức mạnh thuyết phục của vị Tư lệnh hạm đội liên hợp, mới lấy được quyết định. Trong các cuộc bàn cãi, ông không ngừng bị Tojo đương đầu vì cho rằng hải quân đã bi quan quá đáng. Tojo còn đi xa đến mức đòi hỏi cho bộ binh Nhật “vinh dự đảm bảo công cuộc phòng thủ quần đảo Mariannes” mà ông ta tin là có thể biến tất cả các đảo thành “những thành trì không thể bị chiếm được”. Koga nhận sự cung hiến này với tất cả lịch sử nhưng cương quyết giữ vững lập trường. Đó là một con người có vóc dáng cao lớn, nét mặt khắc khổ, mà vẻ Á châu chỉ lưu lại vết tích bằng đường nhăn mờ trên hai hàng lông mày. Được nhào nặn trong các truyền thống hải quân kỳ cựu, ông cũng có cùng tâm trí công kích như vị tiền nhiệm của ông. Ông có cái nhìn rất sáng suốt về tình hình tổng quát và là một trong các lãnh tụ duy nhất của Nhật có thể đối phó với tình thế trầm trọng. Tính cách cương nghị trong thái độ của ông, tính cách sáng suốt trong sự trình bày của ông, và tính cách táo bạo trong các giải pháp đề nghị của ông, đã khiến cho những người chống đối phải nghe theo ông. Khi ông rời Đông Kinh để trở lại Truk, ông được Tổng hành dinh Thiên hoàng ban cấp cho toàn quyền.
Trong tháng giêng năm 1944, Koga làm việc liên miên với viên Tham mưu trưởng của ông, Đề đốc Fukudomé, để xây dựng chi tiết của cơ cấu tổ chức mới. Ngay từ cuối tháng giêng, tin tức đã được đưa đến cho biết rằng quần đảo Marshall phải chịu đựng các cuộc oanh tạc ngày đêm bởi các phi cơ của mẫu hạm địch mà theo các quan sát viên, số lượng không ít hơn 12 chiếc! Koga lập tức gửi những phi cơ sau cùng của ông đến tiếp cứu. Đã có lúc ông ngần ngại muốn gửi một nhóm tuần dương hạm đến cứu viện quân trú phòng trên quần đảo Marshall, nhưng rồi ông rút lui ngay ý định trước mối đe dọa có thể bị tàn sát hết. Ngày 3 tháng 2, ông cho nhổ neo các thiết giáp hạm Yamato và Nagato đến Palaos và chiếc Mushashi trở về Nhật để thực hiện các sửa chữa khẩn cấp. Vì năm tuần dương hạm bị hư hại quá nặng trong các cuộc oanh tạc tại Rabaul cũng đang còn ở Nhật, cho nên các chiến hạm của hạm đội liên hợp trong vài tháng tới sẽ bị phân tán nguy hiểm. Nhưng Koga không tưởng tượng được rằng hạm đội Mỹ, tham dự trong hiện trạng vào các cuộc tấn công lên quần đảo Marshall, lại có thể bắt đầu các cuộc tấn công mới trước thời hạn vài tháng này. Hơn nữa, ông còn có gì để chọn lựa. Ông phải chờ đợi cho các chiến hạm được sửa chữa và các phi cơ mới chế tạo được đưa đến.
Ưu tư chính yếu của Koga kể từ khi lên nắm quyền Tư lệnh là tái lập các không đoàn. Hơn 7.000 phi cơ và bằng chừng đó phi công đã bị tiêu diệt trong trận chiến tại quần đảo Salomon - hai lần lớn hơn tổng số phi cơ và phi công của Nhật lúc chiến tranh mới phát động. Kỹ nghệ hàng không, vốn chỉ có thể sản xuất trong thời gian ấy là 400 phi cơ mỗi tháng, nên không thể nào bù đắp được cho tình trạng bị xuất huyết ấy, bởi vì số lượng phi cơ bị lục quân trích ra từ đó để cung ứng cho chiến trường Trung Hoa và Miến Điện đã làm giảm phần cung cấp yếu kém hàng tháng cho hải quân xuống còn một nửa. Nói về mặt phi công thì tình hình không khá hơn. Phẩm chất của hoa tiêu giảm sút từng tháng một. Sự thiếu hụt tàu bè vận tải đã làm chậm trễ việc chuyển giao phi cơ, những phi công trẻ mới được đào tạo ở Nhật được giao cho nhiệm vụ lái phi cơ vừa mới ra lò đưa đến các căn cứ trên Thái Bình Dương, vì thiếu kinh nghiệm nên các tổn thất gây nên bởi những sai lầm trong kỹ thuật phi hành đã lên đến mức báo động. Một nỗ lực vĩ đại đang xúc tiến tại chính quốc để sửa chữa cho các lầm lỗi này nhưng các nỗ lực ấy không thể nào đạt được hiệu quả toàn diện trước năm hay sáu tháng nữa. Vậy thì bổn phận của Koga là giữ cho hải đoàn hàng không mẫu hạm còn nguyên vẹn cho đến ngày ấy. Căn cứ vào những tổn thất nặng nề, mà quân Mỹ phải chịu đựng vè chiến hạm đủ mọi loại và nhất là về hàng không mẫu hạm trong thời kỳ chiến trận tại Salomon, ông có lý do vững chắc để nghĩ rằng họ sẽ không thắng được trong cuộc chạy đua tốc độ.
Koga, cũng không hơn gì bất cứ đại lãnh tụ nào của Nhật, lúc đó không có được một ý niệm chính xác về khả năng vĩ đại của kỹ nghệ Mỹ. Nhiều biến cố sẽ mau lẹ làm ông mở mắt.
Ngày 29 tháng giêng năm 1944, lực lượng đặc nhiệm của mẫu hạm do Đề đốc Mitscher chỉ huy, vị cựu hạm trưởng mẫu hạm Hornet trong vụ oanh tạc Đông Kinh, vốn là một phi công sáng chói của không lực hải quân Mỹ, bắt đầu tham chiến tại khu vực miền Trung Thái Bình Dương. Lực lượng được cấu tạo do hai mẫu hạm kỳ cựu của chiến trận tại Salomon, chiếc Enterprise và chiếc Saratoga, bốn mẫu hạm cùng loại với mẫu hạm Essex và sáu mẫu hạm nhẹ cùng loại với chiếc Independence. Hai thiết giáp hạm tối tân và nhiều tuần dương hạm che chở cho lực lượng về mặt phòng không.
Vừa thực hiện các cuộc oanh tạc ngoạn mục trên các phi trường tại Marshall, các phi cơ tuần tiễu của Mitscher bay trên Truk gần như hàng ngày trong tuần lễ đầu tiên của tháng 2. Những nỗ lực anh hùng của vài khu trục cơ Nhật còn sử dụng được trong quần đảo Carolines, hoàn toàn trở nên bất lực trong việc ngăn chặn phi cơ tuần thám Mỹ. Lần này, Koga phải nhận chân một sự thực hiển nhiên: hải quân Nhật đã mất quyền làm chủ bầu trời trên các căn cứ chính yếu trong Thái Bình Dương. Lập tức ông quyết định rút Bộ Tư lệnh về Palaos và mang theo ông các tuần dương hạm cuối cùng ngoại trừ một chiếc ở lại với bốn khu trục hạm để đảm bảo các sứ mạng tuần thám.
Quần đảo Palaos tuyệt đẹp đối với Koga là cả một hải cảng mỹ miều sau khi rời bỏ địa ngục Truk. Nhưng khi vừa mới đến, Bộ tham mưu bị một làn sóng hung tin nhận chìm: một lực lượng chuyện vận thủy bộ hùng mạnh chở 41.000 người và các máy móc đổ bộ được cải thiện, ào ạt xuyên nhập vùng biển san hô Kwajalein, tràn ngập hệ thống bố phòng của Nhật và trong ba ngày, lấy được các phi trường chính. Bất kể sự chiến đấu hăng say của quân trú phòng mà mọi điểm đều xứng đáng giống như các binh sĩ tại Bétio, không có gì có thể cưỡng lại được cơn hồng thủy máy kéo lội nước bọc sắt kiểu mới, chiến xa xung kích, pháo binh và bộ binh đang tấn công lên các đảo này. Ngày 7 tháng 2, đảo Kwajalein, đảo quan trọng nhất do vị trí nằm ngay lối ra vào phía nam của vùng biển san hô mênh mông cùng mang tên như nó, hoàn toàn lọt vào tay quân Mỹ và 6.000 quân trú phòng Nhật Bản bị tiêu diệt. Hai dải cát Roi và Namur trấn giữ các lối ra vào phía bắc vùng biển san hô Kawajalein cũng bị thất thủ. Các phi cơ Mỹ từ Bétio đến, liền đặt căn cứ trên các phi trường, và nhờ ưu thế áp đảo về số lượng đã vô hiệu hóa tất cả hệ thống phòng không của Nhật tại quần đảo Marshall. Không quan tâm đến các đảo Laluit, Mili và Wotje mà đạo quân trú phòng mạnh mẽ hơn cả, các Đô đốc Mỹ lập tức tổ chức bất thần một cuộc đổ bộ lên Einwetok, đảo san hô nằm ở vị trí xa nhất về phía bắc của quần đảo Marshall. Nắm giữ vọng canh tiền phương này, quân Mỹ không phải chỉ làm sây sát chu vi Đại Đông Á, mà thật ra trong chốc lát họ mở một kẽ hở rộng 2.500 cây số.
Cùng ngày đánh chiếm Eniwetok, hai lực lượng đặc nhiệm Mỹ tổng cộng 12 mẫu hạm lao vào căn cứ hải quân Truk với hy vọng bắt gặp bất chợp hạm đội liên hợp đang bỏ nào tại đấy. Nhưng lần này chiếc lồng trống trơn. Các biện pháp phân tán của Koga đã tránh cho hải quân Nhật một Aboukir thứ hai. Tuy nhiên cuộc oanh tạc xuống Truk không kém phần thảm khốc cho quân Nhật: nó kéo theo tổn thất 200.000 tấn thương thuyền và 275 phi cơ, không nói đến một tuần dương hạm và bốn khu trục hạm bị đuổi kịp ngoài khơi trong khi chúng ra sức chạy trốn. Hơn thế nữa tất cả mọi cơ sở thuộc hải cảng Truk đều bị tiêu diệt.
Thực tại đã vượt quá xa những dự kiến đen tối nhất của Đô đốc Koga. Từ nay ông đã thua trong cuộc chạy đua tốc độ với người Mỹ. Không bao giờ các không đoàn lẫn hạm đội mẫu hạm của ông còn có thể sẵn sàng đúng lúc để đương đầu với lợi thế, trước các lực lượng hải quân kinh khủng của địch nữa. Trước tầm rộng lớn của thảm họa, ông phải lấy một quyết định đau đớn là rút lui thêm một lần nữa. Quần đảo nhỏ Palaos không cung ứng các lợi điểm giống như pháo đài vững chắc Truk. Vị Tổng tư lệnh hạm đội liên hợp không chịu bỏ rơi nó để tập trung chủ lực vào biển Phi Luật Tân và biển Célèbes kế cận khu vực dầu hỏa Bornéo. Tin loan báo về một thảm họa mới đã xác tín thêm quyết định của ông: thật vậy, đạo quân của Mac Arthur vốn không ngừng tiến ngược lên theo xương sống đảo Tân-Guinée, vừa đổ bộ lên quần đảo Amirauté từ đó đe dọa pháo đài Biak vốn là chốt cực nam của vòng đai chu vi phòng thủ Đại Đông Á.
Thấy rằng chính căn cứ Palaos cũng không còn là nơi ẩn nấp các cuộc oanh tạc của Mỹ, Koga quyết định rút lui bản doanh của ông về Davao trong đảo Mindanao thuộc Phi Luật Tân.
Ngày 31 tháng 3 năm 1944, hai thủy phi cơ bốn máy cất cánh khỏi vùng biển Korok thuộc quần đảo Palaos. Trên chiếc thứ nhất có Đô đốc Koga với hai sĩ quan tùy viên, Đề đốc Fukudomé, Tham mưu trưởng, bay trong chiếc thứ hai với người phụ tá và các thư ký. Hai phi cơ nhắm đến vùng biển Davao nơi vị Tổng tư lệnh hạm đội liên hợp sẽ thiết lập Tổng hành dinh mới, trong một giờ đầu tiên chúng được các khu trục cơ của căn cứ Korok hộ tống, rồi tiếp tục đường bay không có hộ tống hướng đến Phi Luật Tân với chỉ hai giờ bay. Gần như ngay sau đó, hai chiếc thủy phi cơ gặp một cơn giông và lúc bay vào mây, không trông thấy nhau nữa.
Tại Davao, Đô đốc chỉ huy trưởng căn cứ được bí mật thông báo vị Tổng tư lệnh sẽ đến nhưng không có thời biểu chính xác, vì thế ông không thực hiện các biện pháp báo động nào khác trước khi trời tối. Nhưng đêm tối trải qua mà vẫn không có tin tức gì, Đô đốc liền báo động cho các cứ điểm trinh sát tại Phi Luật Tân. Sáng ngày 1 tháng 4, ông được biết một phi cơ bốn máy bị hạ trên đảo Cébu ngay giữa đêm tối trong lúc nó cố gắng đáp dọc theo bờ biển. Một đoàn quân thám sát được gửi đến tận nơi. Xác chiếc thủy phi cơ được tìm thấy trong rừng sâu, riêng phần các hành khách, tất cả đều bị thương nặng thì bị người bản xứ mang vào trong rừng. Phải mất hai ngày săn đuổi mới giải thoát được. Mặc dầu bị thương, Đề đốc Fukudomé được đưa về Davao, tại đó ông đã kể lại cuộc phiêu lưu của mình (Bị dân bản xứ bắt, Fukudomé bị giao cho một toán hướng đạo Phi Luật Tân mà lãnh tụ - một người Mỹ - vừa rơi vào tay quân Nhật. Không biết đang giữ trong tay một nhân vật quan trọng như thế nào, các người hướng đạo đề nghị đánh đổi lấy vị chỉ huy của họ. Đó là một trong các cuộc thương lượng độc nhất kiểu này trong suốt cuộc chiến trên Thái Bình Dương). Phi cơ của ông bay vào trong một trận cuồng phong nhiệt đới kinh khủng, nhưng nhờ kinh nghiệm già dặn của một phi công, ông thoát ra khỏi được trong gang tấc bằng cách bẻ lái về phía nam bay sát mặt biển. Hành động này đưa ông lạc quá xa trục bay khiến cho xăng cạn dần và phải đáp tai hại xuống đảo Cébu. Rất có thể là Đô đốc Koga không có may mắn tương tự và có thể phi cơ ông bị rơi ngoài khơi, vì không bao giờ còn nghe ai nói đến ông nữa.
