Vụ GalileoKhi trở về Florence, bản thân Galileo đã truy tìm những lý luận để minh chứng sự hòa hợp giữa chân lý của Kinh Thánh với thuyết Copernic. Ông lo lắng duy trì tư tưởng chính thống của mình và đã nghĩ ra một lối giải thích khéo léo cho vẻ bề ngoài trái ngược giữa các lời Kinh Thánh và những sự kiện của Thiên Nhiên. Ông nói, chân lý chỉ có một, nhưng nó được thông truyền theo hai dạng - ngôn ngữ của Kinh Thánh và ngôn ngữ của Thiên Nhiên. Cả hai đều là ngôn ngữ của Thiên Chúa. Trong Kinh Thánh, Thiên Chúa khôn ngoan nói bằng ngôn ngữ bình dân, còn trong Thiên Nhiên, Ngài sử dụng một ngôn ngữ bác học hơn.Trong khi đó, các cha Dòng Tên ở Rôma không dễ hài lòng với lập luận này của Galileo. Đứng đầu là Hồng y Robert Bellarmine (1542-1621), một nhà thần học xuất sắc và là người hăng say bênh vực giáo hoàng, họ cảm thấy lập luận của Galileo có dấu vết lạc giáo. Hồng y Bellarmine là bậc thầy của khoa bút chiến thần học và tư tưởng chính thống Aristote, đặt nền tảng tư duy của mình trên nhận thức thông thường của giác quan. Ông nhắc lại lập luận của Tháng Augustin là phải cắt nghĩa lời Kinh Thánh theo nghĩa đen, trừ khi điều trái ngược có thể “chứng minh chắc chắn”. Vì kinh nghiệm hàng ngày “cho ta thấy rõ ràng trái đất đứng yên”, và, tự bản chất của vấn đề này, việc trái đất quay và quay xung quanh mặt trời là điều không thể “chứng minh chắc chắn”, nên phải tin theo nghĩa đen của lời Kinh Thánh.Galileo đã sai lầm khi đến Rôma để tự biện hộ cho mình. Chuyến đi này không mang lợi ích gì cho ông, mà chỉ tạo đủ thứ đề tài cho các sử gia của những thế kỷ sau này. Trong vụ xét xử nổi tiếng của Tòa án Dị Giáo mười bảy năm sau, những lời buộc tội ông đã dựa trên những gì đã hay không nói ra trong cuộc hội kiến của ông với Hồng y Bellarmine và giáo hoàng Paul V vào năm 1616. Ông có bị buộc phải từ chối giảng dạy lý thuyết Copernic hay không? Những gì đã thực sự được nói ra? Nếu ông đã không đến Rôma, có lẽ Giáo hội đã phải dành cho ông một loại xét xử khác. Trong chuyến viếng thăm này, Galileo đã không thành công trong việc thuyết phục giáo quyền Rôme để họ nhìn nhận lý thuyết của ông là trái đất quay. Quan niệm này đã bị kết án rõ ràng, nhưng bản thân Galileo không bị kết án và sách của ông cũng không bị cấm phổ biến.Năm 1624 Galileo lại đến Rôma một lần nữa để chúc mừng vị tân giáo hoàng Urban VIII vừa đăng quang. Ông xin phép giáo hoàng cho ông xuất bản cuốn sách rất vô tư so sánh các lý thuyết của Ptolêmê và Copernic nhưng không được giáo hoàng chuẩn y. Khi trở về Florence, ông bỏ ra 6 năm tiếp theo đó để viết cuốn Đối Thoại về Hai Hệ thống Chính về Vũ Trụ. Tuy không phải một loại bút chiến để bênh vực hệ thống Copernic, nhưng đây là một tác phẩm thực sự thuyết phục cho hệ thống vũ trụ mới. Theo truyền thống Plato, Galileo trình bày cả những lập luận thuận và chống đối với hệ thống của Copernic trong cuộc đối thoại giữa các người bạn: một nhà quí tộc Florence tn tưởng hệ thống Copernic, một nhà biện hộ tư tưởng Aristote bênh vực cho thuyết địa tâm và một nhà quí tộc Venice có đầu óc vô tư để cân nhắc những giá trị các lập luận.Lý thuyết Copernic đã bị xếp xó suốt một nửa thế kỷ sau Copernic. Nếu không có kính viễn vọng, lý thuyết hệ nhật tâm vẫn hấp dẫn nhưng mãi mãi chỉ là một giả thuyết kém thuyết phục. Bây giờ kính viễn vọng đã tạo hẳn sự khác biệt. Những gì Galileo nhìn thấy đã thuyết phục ông về sự thật của những gì ông đã đọc. Và không chỉ có một mình ông. Trước khi có kính viễn vọng, các nhà bảo vệ giáo ký Kitô giáo không cảm thấy cần phải khử trừ các tư tưởng của Copernic. Nhưng dụng cụ mới này có tiếng nói trực tiếp với giác quan và thiên văn học đã biến đổi từ một kho lý thuyết bí truyền của những nhà trí thức sang một kinh nghiệm phổ thông của quần chúng.Khi Galileo lần đầu tiên nhìn vào kính viễn vọng của mình lúc ông 45 tuổi, ông đã chính thức thách đố các nhà tư tưởng Aristote. Và ông đã thực hiện cuộc thí nghiệm nổi tiếng của mình trên Tháp Pisa chính là để loại bỏ uy tín của họ. Thế nhưng giờ đây ông đột nhiên bị ném vào một cơn bão tranh luận về vũ trụ học. Ông không rút lui. Với cá tính kiên quyết, ông đón nhận cơ hội miễn là ông vẫn còn giữ được giáo lý chính thống để thực hành một Phúc âm mới. Với dụng cụ mới hấp dẫn này, ông đã thực hiện một chiến dịch thuyết phục hai mặt: khêu gợi sự quan tâm của dân thường có học để họ theo cách nhìn mới này về vũ trụ và thuyết phục Giáo hội chấp nhận điều tất yếu.Tác phẩm Đối thoại của Galileo xuất bản ở Florence ngày 21 tháng 2, 1632 được đón nhận nhiệt tình đã khích lệ ông tin rằng chiến dịch quảng cáo nói trên của mình đang thành công. Ở châu Âu vào thời đó phần lớn các tác phẩm khoa học đều in bằng tiếng Latinh, nhưng để đến được với quần chúng, Galileo đã xuất bản tác phẩm của mình bằng tiếng ý. Khoảng giữa hè năm ấy, thư từ khen ngợi tới tấp được gởi tới Galileo. Một lá thư viết, “Có những lý thuyết và nhận định mới mà ông đã diễn tả một cách hết sức đơn sơ khiến cho tôi, dù không ở trong nghề, cũng có thể hiểu được ít là một phần nào”. Một lá thư khác viết, “Ông đã thành công với công chúng hơn hẳn mọi người trước đây”.Có những lý do không liên quan gì đến thiên văn học nhưng đã chen chân vào để làm mất niềm hi vọng thuyết phục Giáo hội Rôma. Galileo bị rơi vào làn lửa giữa những người Công giáo và những người Tin lành. Những sự tấn công ngày càng gia tăng của phái Tin lành đã buộc giáo hoàng Urban VIII phản ứng bằng việc tỏ rõ quyết tâm của Giáo hội Rôma duy trì sự tinh truyền của những tín điều Kitô giáo truyền thống. Giáo hoàng không muốn để cho phái Tin lành lợi dụng tình thế.Vụ xét xử Galileo một cách tàn bạo bởi Tòa án Dị Giáo là chuyện mọi người đều biết. Khi thư của Giáo hoàng gọi Galileo ra tòa, ông đang bị đau nặng ở Florence. Các bác sĩ xác nhận ông có thể có nguy cơ tử vong nếu bị đưa đến Rôma. Nhưng giáo hoàng vẫn ép buộc ông phải trình diện. Và Galileo đã lên đường tới Rôma trong tháng hai, 1633, giữa mùa đồng giá lạnh. Cuộc xét xử chỉ tập trung vào các chi tiết kỹ thuật, về những gì Galileo đã hay không được Hồng y Bellarmine thông báo hồi năm 1616, về việc ông đã hiểu rõ thế nào việc giáo hoàng không nhìn nhận thuyết Copernic. Để bắt buộc ông nói sự thật, ông còn bị đe dọa tra tấn, tuy trong thực tế ông không bị tra tấn. Phán quyết của giáo hoàng đã dành cho ông bản án nghiêm khắc và nhục nhã nhất. Lẽ ra giáo hoàng chỉ cần đơn giản cấm lưu hành cuốn Đối thoại cho tới khi nó được “sửa lại”, hay là quản thúc ông tại gia để làm việc đền tội. Nhưng không, cuốn Đối thoại bị cấm hoàn toàn, Galileo phải đọc lời tuyên thệ công khai từ bỏ lý thuyết của mình và còn bị giam cầm vô thời hạn.Bị biệt giam tại một căn nhà ở Arcetri ngoài thành phố Florence, ông không phép có ai thăm viếng nếu không có phép của vị đại diện của giáo hoàng. Không lâu sau khi ông trở về Florence, cái chết của con gái, nguồn an ủi duy nhất của ông, đã đẩy ông vào cảnh sầu não tột độ. Hầu như ông không còn thiết tha tới chuyện gì nữa. Nhưng tính ham tìm tòi của ông vẫn không bị dập tắt. Sau 4 năm, ông đã viết xong một cuốn sách với tựa đề “Về hai khoa học mới” - một liên quan tới cơ học và một liên quan tới sức mạnh của chất thể. Cuốn sách này cũng viết bằng tiếng ý và được trình bày dưới dạng một cuộc đối thoại giữa ba người bạn Salvati, Sagredo và Simplicio. Vì Tòa án Dị Giáo đã cấm lưu hành các sách của ông, nên cuốn sách này phải đưa lậu ra khỏi nước và được xuất bản bởi Elzevirs ở Leyden. Đây là cuốn sách cuối cùng của Galileo, đặt ra những nền tảng để từ đó Huygens và Newton có thể khai triển khoa động lực học và sau cùng là một lý thuyết về sự vạn vật hấp dẫn.