Âm vang của phong trào Cần Vương còn đó, Nghĩa hội còn đó nên chủ trương của Phan Bội Châu đối với các sĩ phu xứ Quảng chẳng khác nào nắng hạn gặp mưa rào. Thai Xuyên cũng rất thích thú với đường lối của Phan Bội Châu, nhưng vì chỗ bè bạn thân tình và cũng không thể đánh đổ lập trường của ông được nên tích cực hưởng ứng phong trào. Thai Xuyên cho ông biết thêm, Kỳ ngoại hầu Cường Để cũng có vào Quảng Nam và sau đó đi Nhật Bản. Phan Bội Châu cũng hiện đang ở Nhật Bản.Phan Châu Trinh nghĩ rằng, yêu dân yêu nước chẳng dành riêng cho ai. Ông chỉ muốn mọi người đều thống nhất một chương trình hành động mới mong làm được cái gì đó cho quốc dân, chứ mỗi người mỗi phách thì mọi chuyện chẳng đâu vào đâu. Và ông cũng đang rất muốn gặp mặt Phan Bội Châu. Đông tay vỗ nên kêu. Trong lúc văn chương bát cổ đang thịnh hành như thế này, thì hương nguyên Phan Bội Châu rất sáng giá. Nếu công việc của ông, cụ thể là của phong trào mà có thêm người như Phan Bội Châu thì sự việc có nhiều thuận lợi hơn. Nhưng trong lòng, Phan Châu Trinh không tin mình sẽ thuyết phục được Phan Bội Châu.Phan Châu Trinh không giấu lòng. Anh em Bắc Hà hiểu được nỗi lòng của Phan Châu Trinh, nên kẻ bàn thế này, người bàn thế khác. Nhưng theo họ, cái trước mắt, Phan Châu Trinh cần tìm hiểu cho kỹ lòng dân, nhất là những nghĩa dân, nghĩa sĩ một lòng đánh giặc cứu nước. Phan Châu Trinh thấy rõ lòng yêu nước của quần chúng và chỉ tiếc rằng họ chưa tìm được con đường đi đúng.Thấy sự lo nghĩ của ông, Võ Hoành khuyên ông nên gặp Hoàng Hoa Thám. Phan Châu Trinh đồng ý ngay và anh em sắp xếp đưa ông lên Yên Thế. Nhìn núi rừng Yên Thế, Phan Châu Trinh nhớ lại những ngày cùng thân phụ và các nghĩa dân, nghĩa sĩ sống ở sơn phòng A Bá. Bước đầu, ông thấy uy tín của Hoàng Hoa Thám không thua gì uy tín của Nghĩa hội Quảng Nam ngày nào.Nói chuyện với Hoàng Hoa Thám những ba ngày. Nghe ông kể về phong trào Nghĩa hội Quảng Nam, Hoàng Hoa Thám rất thích, nhất là nghe những thành công cũng như những thất bại và cách giải quyết hậu quả của những người lãnh đạo để không ảnh hưởng đến những người tích cực tham gia Nghĩa hội. Lâu nay, Hoàng Hoa Thám chỉ nghe qua những lời kể của người này người kia, chứ chưa được nghe tường tận như hôm nay, nên thích lắm.Hoàng Hoa Thám thật lòng muốn cầm ông lại chơi mấy ngày, nhưng ông thối thác vì công việc.Bước ra khỏi lãnh địa của Hoàng Hoa Thám, Phan Châu Trinh nghĩ chắc chắn ông ta sẽ đi vào vết xe của Phan Đình Phùng, Trương Định, Thiên Hộ Dương, Nghĩa hội Quảng Nam… Tài và lực của Hoàng Hoa Thám chưa bằng Nghĩa hội ngày nào. Núi rừng Yên Thế cũng chưa bí hiểm bằng dãy Trường Sơn trùng trùng điệp điệp chạy qua xứ Quảng của ông. Các đồn của Hoàng Hoa Thám cũng chưa thể sánh với những sơn phòng của Nghĩa hội… Những yếu tố ấy chỉ cho Phan Châu Trinh thấy trước sự thất bại không thể tránh khỏi của Hoàng Hoa Thám. Với Phan Châu Trinh, Hoàng Hoa Thám là tướng võ có tài. Việc làm của vị tướng võ này quả thật đáng trọng, đáng qúi, quốc dân mãi mãi sẽ nhớ ơn ông ta dù ngày nào đó đầu rơi khỏi cổ như tiến sĩ TrầnVăn Dư, phó bảng Nguyễn Duy Hiệu - những lãnh tụ Nghĩa hội Quảng Nam ngày nào.Các nhân sĩ Bắc Hà tiếp đón ông và cũng đồng ý với những nhận định của ông về Hoàng Hoa Thám. Nhưng với họ, Hoàng Hoa Thám là con người quả cảm, dám làm những việc mà họ không dám làm. Họ lén lút đưa cho ông đọc những tài liệu của Phan Bội Châu gửi về. Ông thấy bao năm qua ý nguyện của Phan Bội Châu không thay đổi. Cái lý chấp của Phan Bội Châu là triệt để phục thù chứ không luận thời thế, không cần biết việc làm của mình có lợi cho quốc dân như thế nào, hại cho quốc dân ra sao. Phan Bội Châu khai thác triệt để tinh thần bài ngoại của dân tộc. Ngay những ngày đầu gặp gỡ, ông đã biết Phan Bội Châu là người rất có chí khí, nhiều nghị lực, chịu nhẫn nhục, dám làm việc lớn, đã tin chắc vào một điều gì thì không bao giờ từ bỏ, dù búa rìu sấm sét cũng không thay đổi…, nhưng ông vẫn cho những suy nghĩ về thế nước của Phan Bội Châu quá thiển cận. Và tư tưởng ấy được Phan Bội Châu thể hiện hết vào những tài liệu này. Phan Châu Trinh thở dài ngao ngán và rất muốn gặp Phan Bội Châu ngay. Ông không muốn nhân dân Việt Nam tiếp tục chết một cách vô ích, bởi những lời hô hào, cổ súy dân chúng chống đối, bạo động làm mục tiêu từ nước ngoài gửi về. Dưới mắt nhìn của Phan Châu Trinh lúc này, Phan Châu Trinh càng khẳng định Phan Bội Châu là người học thức chưa sâu rộng, không rõ thời thế, có lòng thương nước nhưng không biết đường lối thực hiện lòng thương nước, chỉ ưa dùng quyền thuật, lời nói không sát thực tế, lại ưa làm việc quá lớn. Phan Bội Châu đã có lần nói với ông:- Tôi bình sinh sở đắc được đạo Nhân trong bộ Luận ngữ rất nhiều.Phan Châu Trinh cười, đùa lại:- Cái sở đắc của anh hình như ở bộ Chiến quốc sách, chứ như ở bộ Luận ngữ thì anh đem nửa bộ để giết người trong nước rồi, còn nửa bộ anh tự giết lấy anh!Ngày đó Phan Bội Châu giận ông lắm, nhưng việc đáng nói cần phải nói. Với Phan Châu Trinh, chẳng thà mất lòng trước được lòng sau, chứ không để anh em, bạn bè lún sâu vào bùn rồi nói khuyên chớ dại lội xuống bùn mà không biết bùn ở đó nông hay sâu.Nhớ lại tháng ngày qua mà buồn, mà thương, mà giận…Phan Châu Trinh đem những suy nghĩ của mình trình bày cho bạn bè đất Bắc nghe, và họ lại sắp xếp cho ông một chuyến Đông du.Nhờ có đường dây móc nối sẵn nên Phan Châu Trinh đến Nhật Bản gặp Phan Bội Châu chẳng khó khăn gì. Tha hương ngộ cố tri. Hai người gặp nhau nơi đất khách, tay bắt mặt mừng. Qua Phan Bội Châu, Phan Châu Trinh có gặp một số chính khách Nhật Bản, kể cả gặp được Lương Khải Siêu. Phan Bội Châu khoe với Phan Châu Trinh những tác phẩm của mình và cho biết tất cả đều được đưa về nước và đã được đồng bào ủng hộ rất mạnh.Phan Châu Trinh cho biết đã đọc được tất cả, không thiếu tác phẩm nào và thẳng thắn nhận xét:- Các sách của anh viết ra đều là chửi bới mắng nhiếc, phô bày đầy giấy mà không có căn cứ, lý luận không nhằm vào đâu, không có câu nào đứng trên thực tế của thời thế mà lập luận để làm người hướng đạo cho dân, chẳng qua vì chủ nghĩa phục thù cực đoan mà cổ súy dân trong nước đó thôi.Phan Bội Châu ngồi trầm ngâm lắng nghe. Phan Châu Trinh nói tiếp:- Tính tôi ưa nói thẳng, dù luôn biết nói thẳng thì mắc lòng. Tôi không ngại đường xa, kể cả cái chết để qua gặp anh là muốn góp với anh những lời lẽ chân tình những mong hai ta hiểu nhau mà cùng hợp tác với nhau cứu dân cứu nước.Phan Bội Châu nói khẽ:- Xin anh nói tiếp.Phan Châu Trinh rót thêm trà vào ly hai người, rồi nhấc ly lên uống một hớp, thong thả nói:- Tất cả những tác phẩm của anh, tôi cho rằng chẳng có chút giá trị nào. Tất cả chỉ vì tính cách và trình độ của anh cùng với tính cách và trình độ của quốc dân trong nước tương ứng nhau nên họ lạc vào bến mê mà không biết, vui theo mà quên chết. Nói thiệt, lịch sử hàng ngàn năm của dân tộc, nào ưu điểm, nhược điểm đã hun đúc thành anh…Phan Bội Châu nhìn ông hồi lâu như muốn khóc, rồi nói:- Đúng, anh là người hiểu tôi. Nhưng anh phải nghĩ, người Pháp chuyên chế, nhục tệ dân ta quá đỗi, lợi dụng cái ngu muội của dân ta mà sai khiến. Tôi nay chỉ có cái chết để chống đối người Pháp mà làm cách mạng. Người Pháp không dung một khi sức mình không địch nổi, tất là phải chết. Tôi xướng thuyết "dựa người Pháp để tự lập" thì chắc người Pháp cũng chẳng vui vẻ mà nghe và họ cũng cố yểm bức, tôi không thể khuất phục mà phải chết. Hai cái đều chết cả. Thà tôi bạo động để làm theo chí mình cho hả cơn giận. Nếu thành công thì tốt, còn nếu không thành công thì chết cũng chưa muộn!Phan Châu Trinh thở dài, lắc đầu.Những ngày còn ở nước Nhật, hai người vẫn tiếp tục trao đổi chuyện quốc sự. Phan Bội Châu thật lòng cho rằng thuyết "tự trị" của Phan Châu Trinh là đúng, song ông ta không thể thực hành được. Phan Châu Trinh rất thất vọng. Theo Phan Châu Trinh lúc này, Phan Bội Châu là người quá thủ cựu, sách vở mới không thèm xem đến, nên khó mà lay chuyển.Về đến Hà Nội, ông kể lại tất cả những gì đã trao đổi với Phan Bội Châu cho anh em nghe. Phần lớn anh em lúc này như kẻ đứng trước ngả ba đường. Chủ trương của Phan Bội Châu, họ cũng thấy đúng; còn chủ trương của Phan Châu Trinh, họ lại chẳng thấy gì sai. Nhưng trong thâm tâm, họ thấy cách làm của Phan Châu Trinh có lợi nhiều đường hơn.Giã gạo thì khỏi bồng em. Ông cha đã dạy như thế và không nên nghĩ mình không làm được gì cho quốc dân cho đất nước. Với suy nghĩ đó, Đông Kinh nghĩa thục ra đời với những tên tuổi đáng kính, như: Lương Ngọc Can, Đào Nguyên Phổ, Lê Đại, Dương Bá Trạc, Nguyễn Quyền, Nguyễn Bá Học… Cũng giống như những hội học ở Quảng Nam, Bình Thuận, nghĩa thục luôn bài xích cái học cũ, đề cao tân học, rước thầy về dạy Pháp văn, quốc ngữ. Ai xin vào học đều được hoan nghênh, thậm chí còn phát không tập, bút.Phan Châu Trinh cùng các nhân sĩ trí thức xứ Hà thành thay phiên nhau diễn thuyết đề cao tân học. Các sĩ phu Bắc Hà, nhất là lớp trẻ rất thích câu nói của ông: "Bất phế Hán tự, bất túc dĩ cứu Nam quốc” (Không bỏ chữ Nho, không cứu được nước Nam). Không ít người viết lại câu này dán ở nhà. Ông cũng rất thú với câu nói của Dương Bá Trạc:- Anh còn muốn cái chữ nhân ư? Nay tôi bán cho anh một xu thôi.Phan Châu Trinh và các sĩ phu Bắc Hà đều thống nhất phải giáo dục cho mọi người, nhất là giới trẻ thoát ly hẳn cái học cũ đang thịnh hành; đào tạo một lớp người có óc sáng kiến, biết chuộng thực tế, lo cho dân giàu nước mạnh.Theo đuổi tân học, đề xướng dân quyền không phải bạo động, song chắc chắn bọn quan lại Nam triều không thích, thậm chí cả bọn Tây dương cai trị cũng chưa chắc đã thích, nên cũng dễ vào đường tù tội, thậm chí nhận lãnh cả cái chết. Nghe những lời tâm huyết của Phan Châu Trinh, hầu hết anh em đồng tâm ở Bắc hà đều cho rằng, chết vì bạo động chống lại ngoại bang cũng tốt, mà chết vì "lợi dân ích nước" càng có ý nghĩa hơn.Hội học thì phải nói là thành công, nhưng muốn lập hội buôn, hội nông, hội trồng cây… anh em thú thật đều không rành. Để Đông Kinh nghĩa thục tồn tại dài lâu thì phải có tiền mới hoạt động được, song thật lòng từ nhỏ đến lớn chưa một ai biết cách làm ra tiền. Sau khi bàn bạc với anh em, Phan Châu Trinh viết thư về Quảng Nam trao đổi với Trần Qúy Cáp và Huỳnh Thúc Kháng. Trần Qúy Cáp có học trò nhiều hơn nên cũng dễ dàng chọn lựa. Trần Qúy Cáp "chọn mặt gửi vàng", rồi tập hợp hơn chục học trò toàn là những cử nhân, tú tài trẻ tuổi, như: Mai Dị, Nguyễn Bá Trác, Lê Dư, Phan Khôi… tại hiệu buôn Diên Phong, nói rõ:- Cụ Tây Hồ đang có nhiều thuận lợi, song anh em ngoài ấy chưa quen cách lập hội để tạo kinh phí hoạt động và hướng dẫn nhân dân cách hợp tác làm ăn. Mấy anh đi lần này vừa giúp cụ Tây Hồ mở rộng phong trào, vừa tập trung học thêm tiếng Pháp. Tôi tin sau một thời gian, các anh sẽ nói được tiếng Pháp như người Pháp. Muốn chống họ, ta phải hiểu rõ họ. Binh pháp Tôn Tử đã dạy: “Biết người biết ta, trăm trận trăm thắng”. Do vậy, thành bại của phong trào, chúng tôi đặt hết vào đôi vai các anh.Và để tránh tai mắt của nhà cầm quyền đương thời, những chàng trai trẻ đất Quảng chia nhỏ từng tốp vài ba người lên đường ra Hà Nội.Trong thời gian ở Hà Nội, Phan Châu Trinh cũng được anh em giới thiệu viết bài cộng tác một số tờ báo, trong đó có tờ Đăng cổ tùng báo. Và từ đây, Phan Châu Trinh quen biết với Babut, chủ bút tờ Đăng cổ tùng báo. Babut là người Pháp có chân trong Hội Bảo trợ nhân quyền. Babut tin rằng ý tưởng của Phan Châu Trinh không chỉ những người Pháp chân chính mà ngay cả những người Pháp đang ăn lương cai trị xứ Đông Dương này cũng ủng hộ. Bức thư gửi toàn quyền Beau được Phan Châu Trinh viết bằng chữ Hán và Babut giúp ông dịch sang tiếng Pháp. Nội dung bức thư, Phan Châu Trinh không chút ngần ngại nêu lên những tệ trạng của quan lại Nam triều do Pháp dung dưỡng, bên cạnh đó, ông cũng đề nghị chính phủ Pháp sửa đổi chính sách bảo hộ ở Đông Dương.Thư này, Babut dịch ra gửi cho toàn quyền Beau và gửi đăng trên các tờ báo tiếng Pháp. Trường Đông Kinh nghĩa thục cũng tức tốc cho làm bản gỗ in ra hàng ngàn quyển phát đi khắp nơi.Các chàng trai trẻ xứ Quảng cũng lần lượt đặt chân đến Hà Nội và được Phan Châu Trinh dẫn đến giới thiệu với các nhân sĩ trí thức của trường Đông Kinh nghĩa thục. Các anh em vừa tham gia dạy chữ Hán, vừa học Pháp văn, vừa tính đường lập hội nông, hiệu buôn… tạo kinh phí cho phong trào hoạt động. Công việc đang tiến triển tốt, thì phong trào "cúp tóc, xin xâu" ở Quảng Nam bùng khởi. Tin tức truyền đến Phan Châu Trinh và anh em mỗi ngày mỗi khác. Kết nối tất cả tin tức, Phan Châu Trinh và anh em nghiệm ra rằng, từ khi phong trào Cần Vương, cụ thể khi Nghĩa hội ở Quảng Nam tan rã. Phan Bá Phiến uống thuốc độc tự tử, Nguyễn Duy Hiệu nộp mình, giải tán tất cả nghĩa dân, nghĩa sĩ trở về quê quán làm ăn, không chịu khai ra người nào. Và từ ngày ấy, phong trào cách mạng theo hướng bạo động ở Quảng Nam vẫn phát triển ngấm ngầm. Bên cạnh đó, sau khi đè bẹp được những lực lượng chống đối, Pháp bắt đầu thẳng tay bóc lột nhân dân Việt Nam bằng sưu cao, thuế nặng. Bọn quan Annam thừa nước đục thả câu và muốn mau thăng quan tiến chức, làm vui lòng quan thầy nên không trừ một thủ đoạn nào làm cho đời sống người dân đã khổ lại càng khổ hơn.Và việc gì đến phải đến.Đầu tiên là dân huyện Đại Lộc rủ nhau kéo xuống huyện xin xâu. Quan huyện thấy dân kéo đến đông quá, không dám ra tiếp, dân bèn kéo xuống tỉnh. Trên đường đi, nhiều người bỏ làm ăn xin nhập vào đoàn. Hễ ai tình nguyện vào đoàn kéo xuống tòa tỉnh xin xâu, thì cũng tình nguyện để cho anh em cắt búi tó. Do vậy, trên đường đi cứ vẳng vẳng nghe lời vè: "Cúp hề! Cúp hề!" rất vui tai. Đoàn người mỗi lúc một đông, khi đến toà sứ ở Hội An thì đã lên đến hàng ngàn người.Một đồn mười, mười đồn trăm. Các phủ huyện trong tỉnh, đâu đâu cũng có dân kéo vào phủ, huyện xin xâu, trừng trị bọn quan tham. Nhân dân các tỉnh Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Khánh Hòa, Bình Thuận, Thừa Thiên, Quảng Trị, Quảng Bình, Nghệ An, Hà Tĩnh, Thanh Hóa đều hưởng ứng.Những ngày này, tất cả những đồng nhân của Phan Châu Trinh ở Hà Nội đều lo lắng và dường như họ không rời nhau, ngoài những lúc đi nghe ngóng tin tức. Và Phan Châu Trinh đã ngất khi nghe tin Trần Qúy Cáp đang làm giáo thọ ở Khánh Hòa bị xử chém sau khi bị quan tỉnh bắt giam không đầy một ngày một đêm.Khi tỉnh lại, anh em cho biết, lúc đầu Trần Qúy Cáp bị tuyên xử án "lăng trì" (đốt), rồi sau đổi ra “trảm quyết” (chém ngay).Phan Châu Trinh và những học trò của Trần Qúy Cáp khóc thành tiếng. Phan Châu Trinh cứ đưa tay đấm vào ngực gào lên: "Oan Lắm! Oan lắm!". Mọi người khuyên giải hồi lâu, tiếng nấc tủi hờn mới tạm lắng xuống.Phan Châu Trinh đứng thẳng người dậy, bước tới bước lui một lúc rồi nói:- Cụ Thai Xuyên của chúng ta chết như vậy là oan lắm. Pháp luật nước Nam không cho phép như vậy, cho nên tôi nghĩ trong này còn có điều chi khuất tất. Các anh là học trò của Thai Xuyên, các anh phải nhớ nỗi oan này. Nay mai, chắc chắn trường Đông Kinh nghĩa thục cũng bị đóng cửa. Đây là tin chính thức mà ông Babut đã báo cho tôi hay. Do vậy, để khỏi bị oan như cụ Thai Xuyên, các cụ đã tham gia với nhà trường nên ai về nhà nấy. Đặc biệt, xin các cụ cho tôi gửi mỗi người vài anh học trò của cụ Thai Xuyên. Khi nào tình hình im ắng hãy tính tiếp. - Phan Châu Trinh quy nhìn đám học trò, nói tiếp: - Các anh theo các cụ đây gắng học kiếm ít chữ dằn bụng, đừng bỏ phí thời giờ. Cái gì người ta cho mình thì lúc nào đó người ta ưng lấy lại, mình không giữ được; còn cái gì của mình thì mới là của mình. Theo như phân tích của ông Babut, thì tôi cũng sẽ bị bắt và các anh cũng khó tránh khỏi. Do vậy, có gì các anh cứ khai là nghe Hà Nội có trường dạy giỏi, các anh rủ nhau ra học tiếng Pháp để có cơ sở ra làm quan. Còn việc ra đây gặp tôi vì tôi hay tới trường diễn thuyết. Việc tôi với anh em ở quê nhà Quảng Nam có liên lạc thư từ gì không thì các anh không biết. Có nhiều lúc tôi trao đổi với anh em, ngoài nhắc lại việc quê nhà, động viên học tập thì bàn bạc tân thư với những tư tưởng của các ngài Montesquieu, J.J.Rousseau, Voltaire… Đây không chỉ là ý của tôi mà còn là ý của ông Babut, các anh cứ nghe theo, tôi hi vọng chẳng đến nổi nào.Phan Châu Trinh nhìn họ với cặp mắt trìu mến, biết ơn.Có ý kiến đề nghị ông trốn sang Tàu hoặc sang Nhật Bản. Phan Châu Trinh nói:- Tôi cũng có nghĩ tới và tin anh em giúp tôi hết lòng như dạo nào, nhưng nếu tôi bỏ đi thì coi như tôi có tội mới bỏ trốn, trong lúc tôi chẳng có tội gì. Trong thư tôi gửi cho toàn quyền Beau và những việc tôi đã làm chứng tỏ tôi không hề chủ trương bạo động và không thích bạo động.Thêm một lần nữa, những chàng trai trẻ xứ Quảng phải chia nhau từng tốp theo chân những nhân sĩ trí thức Bắc hà. Nhưng lần này họ biết khó khăn đến với họ gấp vạn lần chứ không như lần ra Hà Nội.Và như dự đoán, trường Đông Kinh nghĩa thục bị đóng cửa, Đăng cổ tùng báo của Babut bị thu hồi giấy phép, Phan Châu Trinh bị bắt về Huế giam ở nhà lao Hộ Thành, chờ ngày nghị tội.Ngày ông bị bắt, Babut chứng kiến từ đầu tới cuối. Việc này, Babut đã nói trước với ông, nhưng động viên ông hãy yên tâm, tin vào công lý. Babut cho ông biết đã báo rõ tình hình của ông với hội Nhân quyền bên Pháp và vận động hội tích cực can thiệp.Biết là biết vậy, chứ khi đưa về Huế và đứng trước bọn quan Nam triều, Phan Châu Trinh không tin mình còn sống. Người bạn thân của ông là Trần Quý Cáp đã chấp nhận cái chết oan uổng, thì lẽ nào ông lại sợ? Và có gì để sợ? Việc làm của ông, vua quan Nam triều không thích, thực dân không thích, chứ dân chúng đâu đâu cũng đồng tình ủng hộ. Các cơ sở của phong trào bị đập phá, những người tham gia phong trào bị bắt giam, nhưng ông vững tin tinh thần của phong trào sẽ sống mãi. Dù thời gian thực hành của phong trào không dài, song người dân quê ông và một số nơi khác đã bước đầu ý thức được mình là ai, và làm thế nào để tăng hiểu biết, tăng nguồn thu nhập…Khi nghe án trảm quyết (chém ngay), Phan Châu Trinh nhìn khắp những người có mặt ở phòng nghị án với nụ cười bình thản.