Được trở lại với môi trường của mình là đất liền, cùng với những binh lính trung thành, Bô-na-pác không còn sợ gì nữa. Ông lập tức tiến quân về A-lếch-xăng-đri (Bô-na-pác đã đổ bộ lên Ma-ra-bu, một làng dân chài, cách thành phố vài ki-lô-mét). Ai Cập được coi là một thuộc quốc của triều đình Thổ, nhưng quyền hành ở đó thực tế thuộc về bọn sĩ quan cao cấp Ma-mơ-lúc1, một đội kỵ binh được trang bị rất đầy đủ và cấp chỉ huy của họ chiếm cứ những đất đai màu mỡ ở Ai Cập. Giới quý tộc phong kiến quân phiệt ấy phải triều cống cho vua Thổ Nhĩ Kỳ ở Công-xtăng-ti-nốp và tuy công nhận quyền lực tối cao của vua Thổ, nhưng thực tế rất ít phục tùng vua Thổ. Người A Rập, thành phần dân tộc cơ bản của xứ này, hoặc buôn bán (trong số đó có những thương gia khá giả và cũng có người giàu có), hoặc làm nghề thủ công, hoặc vận chuyển bằng lạc đà, hoặc làm nghề nông. Dân tộc Cốp-tơ, tàn tích của những bộ lạc cũ trước khi có cuộc xâm chiếm của người A Rập, là những người bị áp bức và cực khổ nhất. Người ta thường gọi là "phen lát" (dân cày). Nhưng đối với những dân cày nguồn gốc A Rập, lâm vào những cảnh túng cùng cực khổ, người ta cũng gọi như vậy. Họ là những công nhân nông nghiệp, những người làm mướn, những người chăn dắt lạc đà và một số buôn bán vặt ở các chợ. Mặc dầu nước đó được coi là thuộc vua Thổ, nhưng khi tới xâm chiếm, Bô-na-pác đã không ngừng tuyên bố rằng không muốn chiến tranh với vua Thổ - người mà Bô-na-pác muốn chung sống trong hoà bình và hữu nghị bền vững nhất - Bô-na-pác đến đây chỉ để giải phóng cho người A Rập (ông ta không nói đến người Cốp-tơ) khỏi ách áp chế của bọn Ma-mơ-lúc là bọn đã bóc lột và hành hạ dân chúng quá tàn bạo. Và khi Bô-na-pác tiến về phía A-lếch-xăng-đri, hạ được thành sau một trận chiến đấu nhỏ trong vài giờ, và khi đã vào được cái thành phố rộng lớn và khá trù phú đó vào thời kỳ bấy giờ thì Bô-na-pác đã vừa bám lấy luận điệu tuyên truyền ấy, vừa nhắc đi nhắc lại rằng mình đến đây chỉ để tiêu diệt cái ách của bọn Ma-mơ-lúc, và đặt ngay nền thống trị của Pháp ở xứ ấy. Bằng đủ mọi giọng lưỡi, ông ta bảo đảm với người A Rập là tôn trọng đạo Hồi và kinh thánh của họ, nhưng khuyên nhủ họ phải quy phục hoàn toàn và đe dọa sẽ dùng đến những biện pháp nghiêm khắc. Sau vài ngày ở A-lếch-xăng-đri, Bô-na-pác tiến về phía nam và đi sâu vào sa mạc. Quân đội bị thiếu nước, dân cư các làng hoảng hốt rời bỏ nhà cửa và khi chạy trốn đã đầu độc và làm bẩn các giếng nước. Quân Ma-mơ-lúc vừa đánh vừa rút lui từ từ, thỉnh thoảng lại quấy quân Pháp, rồi lẩn trốn mất trên lưng những con ngựa quý của họ.Ngày 20 tháng 7 năm 1798, khi nhìn thấy Kim tự tháp, Bô-na-pác cuối cùng đã gặp chủ lực quân Ma-mơ-lúc. Trước khi khởi chiến, Na-pô-lê-ông đã nói với quân đội mình: "Hỡi các binh sĩ! Từ trên đỉnh cao của Kim tự tháp này, 4.000 năm lịch sử đang quan chiêm các người chiến thắng!". Cuộc chiến đấu đã diễn ra ở quãng giữa làng Em-ba-bết và Kim tự tháp. Quân Ma-mơ-lúc, hoàn toàn bị đánh bại, đã chạy trốn về phía nam, bỏ lại một phần pháo binh (40 khẩu pháo). Mấy nghìn xác chết phủ kín chiến trường. Ngay sau thắng lợi này, Na-pô-lê-ông tiến vào Cai-rô, thành phố thứ hai trong số các thành phố lớn của Ai Cập. Dân chúng sợ hãi lặng lẽ đón tiếp kẻ chiến thắng: những người dân ấy không bao giờ nghe nói đến Bô-na-pác và ngay cả lúc đó cũng chẳng hề biết Bô-na-pác là ai, tại sao lại đến đây và đánh nhau với ai. ở Cai-rô trù phú hơn cả A-lếch-xăng-đri, Bô-na-pác đã lấy được rất nhiều lương thực. Quân đội đã được nghỉ ngơi sau những chặng đường vất vả. Quả thật là Bô-na-pác đã bực mình khi thấy nhân dân quá sợ hãi, và trong một bản công bố đặc biệt, được dịch ra tiếng địa phương, tướng Bô-na-pác hô hào mọi người hãy yên tâm. Nhưng, cùng lúc ấy, Bô-na-pác lại hạ lệnh đi cướp phá và đốt làng An-cam, cách Cai-rô không xa, để trừng phạt vì bị nghi là đã ám sát vài tên lính Pháp, do đó dân A Rập chỉ càng sợ hãi thêm. Trong những trường hợp như vậy, không bao giờ Na-pô-lê-ông do dự khi hạ lệnh, dù là ở ý, ở Ai Cập hay ở bất kỳ nơi nào mà sau này Na-pô-lê-ông tiến hành chiến tranh, và cái đường lối chính trị đó đã được ông ta tính toán rất kỹ: phải làm cho quân lính thấy được rằng người chỉ huy của họ đã thi hành những hình phạt kinh khủng thế nào với bất kỳ kẻ nào dám đụng đến một người Pháp. Khi đã đặt chân đến đất Cai-rô, Na-pô-lê-ông liền tổ chức việc cai trị ở đấy. Tôi sẽ không kể những chi tiết không cần thiết, chỉ xin nói đến những nét đặc biệt nhất của chế độ Na-pô-lê-ông: - Trước hết, quyền hành trong mỗi thành phố, trong mỗi làng đều phải tập trung vào tay viên chỉ huy của quân đội Pháp đồn trú ở đó. - Thứ hai là phải thành lập ở bên cạnh Na-pô-lê-ông một "nội các" tư vấn gồm những người dân có tiếng tăm nhất ở địa phương và cũng do Na-pô-lê-ông lựa chọn. - Thứ ba là đạo Hồi phải được hết sức tôn trọng, các giáo đường và tăng lữ đều được giữ nguyên quyền bất khả xâm phạm cổ truyền. - Bốn là, ở Cai-rô, cũng phải tổ chức một cơ quan tư vấn lớn, không những gồm các đại biểu của thành phố đó mà còn có đại biểu của các tỉnh, cũng đặt ở bên cạnh vị tướng tổng chỉ huy. Việc thu thuế thân và các thứ thuế phải được tiến hành đều đặn, việc đóng góp bằng hiện vật cũng phải được tổ chức nhằm sao cho xứ này bảo đảm được việc đài thọ kinh phí cho quân đội Pháp. Những người đứng đầu địa phương, có các cơ quan tư vấn giúp sức, phải bảo đảm sự an ninh tuyệt đối, phải bảo vệ thương nghiệp và quyền tư hữu tài sản. Mọi thứ thuế ruộng đất do bọn Ma-mơ-lúc đặt ra đều bị bãi bỏ. Đất đai của bọn quan lại cao cấp Thổ Nhĩ Kỳ không chịu quy phục và chạy trốn về nam tiếp tục chống lại đều bị tịch thu và sung vào công quỹ của nước Pháp. Cũng như ở bên ý, Bô-na-pác muốn thủ tiêu chế độ phong kiến (điều đó rất hợp thời, vì chỉ có bọn Ma-mơ-lúc là theo đuổi cuộc chống cự bằng vũ trang) và dựa vào giai cấp tư sản cũng như dựa vào bọn địa chủ A Rập; còn những người phen-lát bị giai cấp tư sản A Rập bóc lột thì Bô-na-pác không hề mảy may quan tâm bảo vệ họ. Tất cả những biện pháp đó đều nhằm củng cố nền chuyên chính quân phiệt tập trung trong tay Bô-na-pác và bảo đảm trật tự xã hội tư sản do Bô-na-pác xây dựng. Cuối cùng, sự nới rộng về tôn giáo và sự tôn trọng kinh điển đạo Hồi mà Bô-na-pác thường xuyên tuyên bố thì tiện đây cũng xin nói rằng đó là một điều mới lạ dị thường đến nỗi vào mùa xuân năm 1807, khi đưa ra cái luận đề táo bạo rằng Na-pô-lê-ông là cùng một giuộc với những kẻ "tiền thân" của quỷ vương phản Chúa thì Hội đồng giáo phái Nga đã lấy hành động của Bô-na-pác ở Ai Cập, lấy việc ông ta bảo vệ Hồi giáo, v.v. làm dẫn chứng cho lập luận của họ.Sau khi đã thiết lập chế độ chính trị mới ở Ai Cập, Bô-na-pác chuẩn bị một chiến dịch mới: từ Ai Cập đi xâm chiếm Xi-ri. Bô-na-pác đã quyết định để lại ở Ai Cập những nhà bác học do ông ta đem từ Pháp sang. Bô-na-pác không bao giờ tỏ ra có lòng kính trọng thật sâu sắc đối với những phát minh thiên tài của những nhà bác học đương thời, nhưng ông ta biết rõ rằng một nhà khoa học nếu được sử dụng vào những công việc cụ thể do các nhiệm vụ quân sự, chính trị hoặc kinh tế đòi hỏi thì có thể mang lại những lợi ích to lớn. Vì thế Bô-na-pác đã đối xử bằng mối cảm tình nồng hậu nhất và trọng vọng nhất với những nhà bác học mà ông ta đã đem đi theo trong cuộc viễn chinh. Người ta thường nhắc đến cái mệnh lệnh nổi tiếng sau đây của Bô-na-pác trong một cuộc tiến quân đánh bọn Ma-mo-lúc: "Lừa ngựa và những nhà bác học đi vào giữa!". Mệnh lệnh đó đã nói lên cái ý muốn: trước hết là phải bảo vệ an toàn cho những nhà đại biểu của khoa học ngang như những súc vật đài tải vô cùng quý báu đối với chiến dịch. Việc đặt hai danh từ ấy cạnh nhau không phải là bất ý nhưng đó chỉ duy nhất là do cách nói vắn gọn của quân sự và cách nói giản lược cần thiết của những khẩu lệnh chỉ huy. Cũng phải nói thêm rằng, trong lịch sử của khoa Ai Cập học, chiến dịch của Bô-na-pác đã đóng một vai trò to lớn. Có thể nói được rằng những nhà bác học đi theo Bô-na-pác đã là những người đầu tiên mở cửa cho khoa học tiến vào miền cổ kính ấy, một trong những mảnh đất quê hương của nền văn minh của nhân loại.