Bô-na-pác ra sức khẩn trương tổ chức việc hành chính. Ông ta vẫn giữ cách chia nước Pháp thành từng quận, nhưng thủ tiêu mọi vết tích của chế độ địa phương từ trị. Tất cả những nhà chức trách do nhân dân địa phương bầu cử ra và ngay cả những hội đồng đã được bầu ra đều bị bãi bỏ ở các thành phố và các làng. Từ nay, bộ trưởng nội vụ phải bổ nhiệm quận trưởng cho mỗi quận, quận trưởng là thủ lĩnh tối cao, là vua con. Quận trưởng chỉ định các Hội đồng dân chính, các thị trưởng ở thành phố và xã trưởng ở nông thôn. Những viên chức này chịu trách nhiệm trước quận trưởng và có thể bị quận trưởng cách chức. Giúp đỡ quận trưởng có "Hội đồng hàng quận", một cơ quan có tính chất tư vấn thuần tuý, hoàn toàn phụ thuộc vào quận trưởng và nhiệm vụ duy nhất là báo cáo cho quận trưởng biết nhu cầu của quận. Bộ trưởng nội vụ điều khiển mọi sinh hoạt hành chính của nước, và thẩm quyền của bộ trưởng nội vụ cũng lan rộng sang cả lĩnh vực thương nghiệp, công nghiệp, công chính và nhiều lĩnh vực khác nữa mà sau này Bô-na-pác dần dần phân phối cho các bộ khác. Các toà án cũng là đối tượng của sự cải tổ triệt để: trung tuần tháng 3, Bô-na-pác ban hành một đạo luật mới quy định việc tổ chức Bộ tư pháp. Sau khi đã biến cải xong các toà án, về sau này Bô-na-pác đã bãi bỏ viện bồi thẩm: do bản chất của chính quyền độc đoán của Bô-na-pác mà trong hàng ngũ những người thuộc ngành tư pháp, tiếng nói của tự do, đại diện cho xã hội, không được phép cất lên. Tuy vậy, Bô-na-pác không bãi bỏ ngay hết cái viên bồi thẩm. Khi cần phải tiêu diệt các kẻ thù chính trị thì Na-pô-lê-ông không bao giờ bối rối trước những vấn đề thuộc về tính độc lập của quyền tư pháp và sự tôn trọng thủ tục tố tụng. Nhưng trong tất cả những trường hợp khác, chẳng hạn có một người thưa kiện về việc họ hoặc một kẻ nào đó bị xét xử về tội hình, không dính dáng gì đến chính trị, thì Na-pô-lê-ông đòi toà án khi khởi tố phải đặt mọi lý do có tính chất chính trị ra ngoài. Và khi những viên quan toà đầu tiên, do vị Tổng tài thứ nhất chỉ định, đến trình diện, Na-pô-lê-ông đã căn dặn họ rằng không bao giờ nên bận tâm đến việc tìm hiểu đảng phái của người đã nhờ cậy toà xét xử. Một điều rất đặc biệt là đối với tất cả những vấn đề liên quan đến việc chống những kẻ thù bên trong để bảo vệ nền quân chủ chuyên chế do ông ta xây dựng Na-pô-lê-ông đã dành cho một bộ lớn, được thành lập để chuyên làm những công việc ấy; bộ này hoàn toàn độc lập với Bộ nội vụ, có sinh hoạt riêng như mọi công an, được Na-pô-lê-ông đưa lên một địa vị rất cao, chưa từng thấy dưới thời Viện Đốc chính về mặt quyền lực cũng như về mặt tài chính. Na-pô-lê-ông đặc biệt quan tâm đến việc tổ chức sở cảnh sát thủ đô. Mặc dù phụ thuộc vào Bộ công an, viên giám đốc sở cảnh sát Pa-ri được hưởng một chế độ riêng, khác hẳn với mọi viên chức khác. Y trực tiếp báo cáo với Tổng tài thứ nhất, và nói chung, rõ ràng là ngay từ đầu, vị Tổng tài thứ nhất đã muốn biến viên giám đốc cảnh sát Pa-ri thành một cái có thể gọi là cơ quan kiểm soát và tình báo để giúp Na-pô-lê-ông giám sát những hành động của viên bộ trưởng công an đầy quyền lực. Bô-na-pác cố ý phân tán đến một chừng mực bộ máy cảnh sát chính trị của ông ta, không phải ông ta chỉ muốn có một, mà muốn có hai, thậm chí có ba cơ quan cảnh sát để giám sát không những dân chúng mà còn để chúng giám sát lẫn nhau. Bô-na-pác đặt Phu-sê đứng đầu Bộ công an, một tên mật thám đầy mánh khoé, mưu mô quỷ quyết, nói tóm lại, một tên mật thám cỡ lớn. Đồng thời Bô-na-pác cũng biết rõ rằng, nếu gặp dịp, Phu-sê sẽ bán hết, không những Bô-na-pác, mà cả bố đẻ hắn, với một giá phải chăng. Để giữ gìn mặt ấy, vị Tổng tài thứ nhất đã giao cho bọn tay chân tin cẩn nhiệ m vụ bao vây, theo dõi Phu-sê. Và để đề phòng trường hợp Phu-sê biết, sẽ tìm cách mua chuộc bọn theo dõi y, Bô-na-pác tổ chức một đàn mật thám thứ ba có nhi ệm vụ theo dõi những tên mật thám theo dõi Phu-sê.Na-pô-lê-ông luôn luôn cho rằng Phu-sê là kẻ mặt sắt đen sì và không bao giờ biết ngượng. Nhiều năm đã trôi qua, Na-pô-lê-ông đã lên ngôi hoàng đế từ lâu và Phu-sê thì đã lộng lẫy trong bộ áo bộ trưởng công an thêu kim tuyến và đầy huân chương. Một hôm, trong một lúc nóng giận, muốn làm nhục Phu-sê bằng cách vạch ra cho y thấy rằng mình còn nhớ rất rõ tất cả những bước lên voi xuống chó của viên bộ trưởng của mình, Na-pô-lê-ông đột nhiên bảo Phu-sê: "Chính ông đã biểu quyết án tử hình vua Lu-i XVI!". Theo lệ thường, Phu-sê cúi rạp mình trước ông hoàng đế: "Hoàn toàn đúng vậy. Đó là công trạng đầu tiên mà hạ thần được dâng lên bệ hạ". Thật là một cuộc đối thoại có ý nghĩa nhất: Phu-sê nhắc lại cho hoàng đế hay rằng vận hội của cả hai đều bắt nguồn từ cách mạng, duy chỉ có khác là một người đã bóp chết cách mạng để chiếm lấy ngai vàng bỏ trống của Lu-i XVI, còn một người đã sốt sắng giúp cho việc đó. Năm 1799 là năm Phu-sê đặc biệt có ích đối với Bô-na-pác, chính vì Phu-sê biết rõ những bạn hữu cũ của y mà y đã phản bội và bán họ cho người chủ mới. Ngay từ mùa đông thứ nhất lên nắm chính quyền, Bô-na-pác đã tổ chức được một bộ máy nhà nước tập trung, các bộ phận được kết hợp một cách hoàn chỉnh, và do một nhóm viên chức cao cấp chỉ huy từ Pa-ri. Tập trung quyền lực vô hạn độ vào tay Tổng tài thứ nhất, đó là mục đích của "bản hiến pháp mới". Một lần Bô-na-pác nói rằng: một bản hiến pháp phải "ngắn và tối nghĩa". Bô-na-pác phát biểu nguyên tắc chung của mình như sau: khi đề cập vấn đề quy định những giới hạn hiến pháp cho quyền lực tối cao thì phải biên soạn vắn tắt và mập mờ đến mức tối đa. Nếu ở trên đời có một kẻ nào đó mà tính chất chuyên chế không thể thích ứng với bất kỳ một sự hạn chế nào về quyền lực - mặc dầu sự hạn chế đó rất tầm thường, nhưng nếu như nó thực sự đụng chạm đến quyền lực tối cao - thì kẻ đó chính là Na-pô-lê-ông. Ngay từ những ngày đầu sau cuộc đảo chính, sự hiểu lầm ngốc nghếch của những kể ủng hộ Na-pô-lê-ông đã tan như mây khói, đặc biệt là Xi-ay-ét, nạn nhân của sự hiểu lầm ấy trong suốt thời gian trước Tháng Sương mù. Khi Xi-ay-ét trình lên Bô-na-pác một bản dự án, theo đó, Bô-na-pác phải tự khuôn mình trong những chức vụ của một viên quan tư pháp tối cao trong nước (giống như tổng thống nước cộng hoà sau này), có danh vọng cao nhất và hưởng lương cao bổng hậu, nhưng giao quyền cai trị cho một số người khác, do Bô-na-pác chỉ định, không phụ thuộc vào Bô-na-pác, thì ông ta đã tuyên bố: "Tôi không đóng vai trò lố bịch như vậy đâu" và kiên quyết bác bỏ dự án của Xi-ay-ét. Tìm cách cố giữ ý kiến và bàn cãi, Xi-ay-ét liền được viên bộ trưởng công an Phu-sê đến thăm, và Phu-sê đã thân mật tâm sự với Xi-ay-ét, khuyên nên chú ý đến cái thực tế là Bô-na-pác đã tập trung tất cả lực lượng vũ trang của nước Pháp vào trong tay, vì thế nên nếu cứ cố tình tranh cãi mãi với một đối phương như vậy thì sẽ không có lợi chút nào, trái lại sẽ chỉ có hại. Lập luận này hình như đã hoàn toàn thuyết phục được Xi-ay-ét, và từ đó Xi-ay-ét câm lặng. "Bản hiến pháp của năm Cộng hoà thứ 8" (người ta gọi bản hiến pháp được khởi thảo dưới sự bảo hộ của Na-pô-lê-ông như vậy) đã đáp ứng được một cách tuyệt diệu cái nguyên tắc do Na-pô-lê-ông đặt ra. Quyền hành đều tập trung hết vào tay Tổng tài thứ nhất còn hai vị Tổng tài khác chỉ có quyền tư vấn. Bô-na-pác được chỉ định là Tổng tài thứ nhất trong 10 năm. Tổng tài thứ nhất chỉ định một thượng nghị viện gồm 80 nghị sĩ. Bằng quyền hành duy nhất của mình, Tổng tài thứ nhất còn bổ nhiệm các chức vụ hành chính và quân sự, bắt đầu từ chức bộ trưởng, và tất cả những người thụ nhiệm chỉ chịu trách nhiệm trước Tổng tài thứ nhất. Cũng còn thành lập hai viện để tiêu biểu cho quyền lập pháp: - Viện Pháp chế. - Viện Lập pháp.Các ủy viên của cả hai viện này đều do Thượng nghị viện chỉ định (nói một cách khác, vẫn do Tổng tài thứ nhất chỉ định) theo một danh sách vài nghìn ứng cử viên do các công dân "bầu ra" bằng một phương pháp bỏ phiếu hết sức phức tạp. Giả dụ ngay như trong số vài nghìn ứng cử viên do nhân dân bầu ra thì chỉ được chọn 400 vị về phe với chính phủ, và cũng rất rõ ràng là người ta sẽ chọn trong 400 vị ấy lấy một số để bổ sung vào những chỗ khuyết trong Viện Pháp chế và Viện Lập pháp. Không thể đặt ra vấn đề tính độc lập cho các vị đã được tuyển lựa theo kiểu đó được. Nhưng cũng chưa hết, ngoài những tổ chức đó ra, còn thành lập Hội đồng Chính phủ do chính phủ của Tổng tài thứ nhất toàn quyền chỉ định. Bộ máy lập pháp hoạt động theo phương thức sau đây: Chính phủ đệ trình một bản dự án pháp luật lên Hội đồng Chính phủ, Hội đồng Chính phủ bổ sung xây dựng và trình lên Viện Pháp chế. Viện Pháp chế có quyền phát biểu ý kiến của mình bằng lời về bản dự thảo đó, nhưng không có quyền quyết định. Sau khi đã làm xong nhiệm vụ của mình bằng cách ấy, Viện Pháp chế gửi bản dự thảo sang Viện Lập pháp. Viện này không có quyền thảo luận về bản dự thảo, nhưng để bù lại, người ta giao cho nhiệm vụ đặt thành quy chế, sau đó bản dự thảo được Tổng tài thứ nhất phê chuẩn và trở thành luật. Đương nhiên, trong suốt triều đại Na-pô-lê-ông, cái bộ máy "lập pháp" không hợp lý một cách cố tình ấy đã chỉ là kẻ câm điếc thừa hành ý muốn của Na-pô-lê-ông. Vả lại, sau này (năm 1807) Na-pô-lê-ông đã bãi bỏ Viện Pháp chế vì ông ta cho rằng nó hoàn toàn vô ích. Đương nhiên là những điều mà hai viện bàn bạc rồi quyết định phải được giữ hết sức bí mật (và đã được làm như vậy). Khi cần xúc tiến công việc khẩn trương hơn, Tổng tài thứ nhất có thể đưa thẳng ra những đề án của mình lên Thượng nghị viện đề nghị viện thông qua dưới hình thức một "Nghị quyết của Thượng nghị viện", thế là xong. Như vậy, tất cả quyền lực thực tế về lập pháp, cũng như toàn bộ quyền hành chính đều tập trung cả vào tay Bô-na-pác. Mùa xuân năm 1800, có thể nói rằng nhà chuyên chế mới đã giải quyết một số công việc khẩn cấp nhất, đã hợp pháp hóa nền trật tự mới của quốc gia, đã diệt trừ nếu không tất cả thì cũng được một số rất lớn các toán giặc cướp đang nhũng loạn đất nước, đã quyết định một cách vội vàng và có tính chất tạm thời một vài biện pháp nhằm làm dịu tình hình ở Văng-đê, đã tập trung việc cai trị trong nước vào một mối và đã thi hành những biện pháp cần thiết nhất để ngăn chặn những vụ ăn cắp của bọn đầu cơ. Dưới sự chỉ đạo của Phu-sê, một mang lưới mật thám rộng lớn, bố trí khôn khéo, đã nhanh chóng đăng tỏa trên khắp nước. Giô-dép Phu-sê là một tên mật thám bẩm sinh, nếu có thể nói được như vậy. ở thành La Mã thuở xưa, người ta nói: "làm thi sĩ là do bẩm sinh, làm diễn giả là do tu luyện".Phu-sê là kẻ sáng lập ra một hệ thống khiêu khích và do thám mà bọn học trò và bọn bắt chước người Na-plơ như Đen-ca-rét-tô, người Nga như Ben-ken-đoóc và Duy-pen, người áo như Dít-ních-ki đã uổng công học đòi. Trong công cuộc này, Na-pô-lê-ông để cho Phu-sê được tự do hoạt động, nhưng biết rõ tài năng nhiều mặt và bản chất lá mặt lá trái, xoay như chong chóng của Phu-sê. Để đề phòng bất trắc, Na-pô-lê-ông dùng một số mật thám bám sát để giám sát Phu-sê, và chính ông bộ trưởng công an cũng không biết bọn này. Na-pô-lê-ông biết rất rõ rằng trước khi lên đường mở một chiến dịch xa xôi, vào mùa xuân, phải bảo đảm hậu phương chính trị của mình và trên quan điểm đó thì tất cả "bản hiến pháp mới của năm thứ VIII" tuyệt nhiên chẳng có giá trị gì, trong khi đó thì Bộ công an có một tầm quan trọng ghê gớm. Vì lẽ ấy, Bô-na-pác không phải chỉ chi rất nhiều tiền cho bộ máy cảnh sát, không phải chỉ ra sức đưa nhiều người có khả năng và kiên quyết vào bộ máy cai trị do Bô-na-pác đã xây dựng nên ở Pa-ri, ở các tỉnh, mà còn dùng bàn tay sắt để bịt miệng nốt 13 cơ quan báo chí còn sống sót sau việc đóng cửa một lúc 60 tờ báo trước đây. Khi lên đường đi chinh chiến, Na-pô-lê-ông giao lại cho các bộ trưởng của ông ta bộ máy chuyên chính do ông ta dựng lên và yêu cầu họ duy trì trật tự trong khi ông ta sẽ đọ sức với cả châu Âu liên minh trên chiến trường. Nhưng một tháng trước khi Na-pô-lê-ông lên đường, vào tháng 4 năm 1800, Phu-sê đã khám phá được và báo cáo lên vị Tổng tài thứ nhất một bằng chứng không thể chối cãi được rằng ở Pa-ri có một cơ quan gián điệp bảo hoàng Anh, liên lạc trực tiếp với các em của vua: Lu-i, bá tước xứ Prô-văng và Sác, bá tước xứ ác-toa, cả hai đều đã chạy ra nước ngoài. Với sự giúp đỡ của bọn người Anh và của các lực lượng can thiệp khác, bọn bảo hoàng nhằm công khai cướp lấy chính quyền. Ngay từ mùa xuân năm 1800, khi vua Anh Gioóc III trả lời đề nghị mở hội nghị đàm phán hoà bình của Bô-na-pác bằng quyết tâm trực tiếp và tích cực đặt lại dòng họ Buốc-bông lên ngai vàng nước Pháp thì Bô-na-pác đã biết rất rõ rằng người Anh tin cậy vào bọn bảo hoàng Pháp là bọn sẵn sàng nhượng bộ tất cả những gì có thể được về kinh tế và chính trị có lợi cho tư sản thương nghiệp và công nghiệp Anh chỉ để nhằm mục đích duy nhất là phục hưng dòng họ Buốc-bông. Vị Tổng tài thứ nhất đã dứt khoát khẳng định trong tư tưởng rằng một trong những nhiệm vụ cấp thiết nhất trong cuộc đấu tranh đối nội là việc trấn áp quyết liệt bọn phản bội bảo hoàng, còn nhiệm vụ khẩn yếu của cuộc đấu tranh đối ngoại là cuộc chiến tranh chống người Anh. Những mệnh lệnh cần thiết đã giao cho Phu-sê để đấu tranh chống bọn bảo hoàng hiện hành: Na-pô-lê-ông chỉ thị cho Phu-sê theo dõi mọi hoạt động của bọn chúng, bắt giữ và đưa bọn chúng ra toà. Na-pô-lê-ông luôn luôn nhắc lại câu nói sau đây, phản ánh rõ quan điểm đã được xác lập trong ông ta: "Có hai phương tiện để làm nhân tâm xao động: sự sợ hãi và mối lợi". Không nên hiểu "lợi" chỉ là lòng tham tiền, theo nghĩa đen, mà còn là sự thèm muốn, lòng tự ái, lòng tham danh vọng. Nên tác động đến bọn bảo hoàng bằng cách nào? Đáng chú ý là đối với loại kẻ thù này, Na-pô-lê-ông sử dụng lúc bằng phương pháp này, lúc bằng phương pháp khác, tuỳ lúc: khi thì khủng bố, khi lại lôi kéo bọn chúng bằng ơn huệ, tiền bạc và sử dụng vào công việc này nọ. Mùa xuân năm 1800, vì phải đến với quân đội ngay nên Na-pô-lê-ông đã không có thời gian dùng những biện pháp khác chống bọn phản bội, ngoài biện pháp khủng bố khốc liệt. Nhiệm vụ chủ yếu khác, tức là cuộc chiến tranh với nước Anh, phải được tiến hành như trước đây, không phải trên bờ biển nước Anh, đối diện với hạm đội hùng mạnh của Anh mà là ở trên lục địa châu Âu, chống với đồng minh của nước Anh và trước hết là chống đế quốc áo. Lên đường đi chinh chiến vào ngày 8 tháng 5 năm 1800 và rời Pa-ri lần đầu tiên kẻ từ khi đảo chính, Bô-na-pác hoàn toàn hiểu rằng số phận nền chuyên chính của ông ta ở Pháp hoàn toàn tuỳ thuộc vào kết quả của chiến dịch này. Hoặc là Na-pô-lê-ông lại chiếm được miền bắc nước ýtừ tay người áo hoặc là quân đội của các nước liên minh lại sẽ xuất hiện ở biên giới nước Pháp.