Thời kỳ xung đột  Triều vương thứ bảy (991-1044): vương triều Vijaya  Năm 989 Lưu Kỳ Tông, một người Kinh tự nhận là vua lãnh thổ Chiêm Thành phía Bắc từ năm 983, bị Bằng Vương La (Cu-thì-lợi Hà-thanh-bài Ma-la), một vương tôn Chăm phía Nam, nổi lên lật đổ và được dân chúng tôn lên làm vua, hiệu Harivarman II (Dương-to-pai hay Dương Đà Bài). Harivarman II xưng vương tại Phật Thành (Vijaya), nhưng tổ chức vương quyền vẫn đặt tại Indrapura (Đồng Dương), ý muốn đề cao nguồn gốc thần quyền của ông từ bộ tộc Dừa. Harivarman II được nhiều sử gia xác nhận là người sáng lập vương triều thứ bảy của Chiêm Thành. Năm 990, một người Việt tên Dương Tiến Lộc - làm quan quản giáp đi thu thuế tại châu Ái và châu Hoan (Thanh Hóa, Nghệ An) - hô hào người Kinh và Chăm nổi lên chống lại nhà Lê. Dương Tiến Lộc có yêu cầu Harivarman II giúp đỡ nhưng bị từ chối. Hay tin có phản loạn, Lê Đại Hành liền mang quân vào đánh dẹp, Dương Tiến Lộc cùng những người phản loạn bị giết chết, hơn 360 tù binh Chăm bị bắt mang về miền Bắc, một số được tuyển làm nài điều khiển voi trong binh lực nhà Lê. Năm 992, quan hệ giữa nhà Lê và vương triều Vijaya trở nên bình thường và, để tỏ lòng biết ơn Harivarman II từ chối không ủng hộ cuộc phản loạn của Dương Tiến Lộc, Lê Đại Hành trả tự do cho hơn 300 tù binh Chăm về nước. Cũng nên biết làn ranh phân chia Đại Cồ Việt và Chiêm Thành trong giai đoạn này được xác định tại đèo Ngang, tức địa phận Di Luân, gần cửa sông Gianh (Quảng Bình). Cùng thời gian này, quan hệ giữa Chiêm Thành và Trung Hoa trở nên bình thường, Harivarman II được nhà Tống công nhận, hai bên trao đổi nhiều phẩm vật quí giá. Nhân dịp này Harivarman II yêu cầu vua Tống giao trả những người Chăm tị nạn tại Quảng Châu trước đó (986-988) về lại Chiêm Thành. Mối giao hảo thân thiết giữa Chiêm Thành và Trung Hoa không làm vua Lê hài lòng. Năm 994, Lê Đại Hành cho người vào Viyaja yêu cầu Harivarman II triều cống nhưng bị từ chối, vua Lê liền cất quân sang đánh. Quân Chiêm tuy có đẩy lui được cuộc trừng chinh này nhưng hao tổn cũng khá nhiều, Harivarman II chấp nhận sẽ triều cống trở lại. Nhưng Lê Đại Hành yêu cầu phải triều cống tức khắc và buộc Harivarman II phải đích thân sang bái kiến mới vừa lòng. Vua Chiêm liền sai một thân tín tên Chế Đông sang thay mặt, Lê Đại Hành trách là vô lễ ; Harivarman II phải sai cháu là Chế Cai sang chầu và hứa sẽ không quấy phá vùng biên giới nữa mọi việc mới yên. Tuy vậy trong những năm 995 và 997, do thiếu đói vì mất mùa quân Chiêm có tràn sang cướp phá một số làng xã dọc vùng biên giới rồi rút về liền. Lê Đại Hành cũng chỉ củng cố lại một số địa điểm phòng thủ chứ không trả đũa ; một số gia đình nông dân nghèo gốc Kinh được đưa vào lập nghiệp trên một phần lãnh thổ Bắc Chiêm Thành, sau này có tên là Bố Chánh, Địa Lý và Ma Linh. Năm 999, Harivarman II mất, con là Po Alah (Po Ovlah hay Âu Loah) - một tín đồ Hồi giáo trung kiên đã từng sang La Mecque hành hương - lên thay, hiệu Yanpuku Vijaya (Dương-phổ-cu Bi-trà-xá-lợi). Trung tâm quyền lực đặt tại Vijaya, tức thành phố Chiến Thắng (còn có tên là Phật Thệ, Phật Thành hay Chà Bàn, Đồ Bàn, nay là thị trấn An Nhơn). Toàn bộ vương tộc tại Indrapura (Đồng Dương) được đưa về Sri Bini (Qui Nhơn) định cư, vì nơi này ít bị uy hiếp hơn khi có chiến tranh. Dưới thời Yanpuku Vijaya (999-1010), đạo Hồi cùng với đạo Bà La Môn phát triển mạnh mẽ. Tân vương tổ chức lại quân đội và cử nhiều phái đoàn sang Trung Hoa thông sứ với hy vọng được nhà Tống bảo vệ khi bị Đại Cồ Việt tấn công. Năm 1005, hay tin Lê Đại Hành mất, Yanpuku Vijaya mang quân tấn công Đại Cồ Việt, lúc đó do Lê Long Đĩnh (1005-1009), một hôn quân, cai trị. Hai bên giữ thế giằng co, bất phân thắng bại trong 40 năm (1005-1044). Yanpuku Vijaya mất năm 1010, Sri Harivarmadeva lên thay, hiệu Harivarman III. Tân vương cai trị đến năm 1018 thì mất, Chế-mai-pa Mộ-tài (Chemeipai Moti) lên thay, hiệu Paramesvaravarman II. Trong lãnh thổ người Kinhù, Lý Công Uẩn lật đổ nhà Lê, thành lập nhà Lý (năm 1010), hiệu Thái Tổ, đổi quốc hiệu là Đại Việt. E ngại uy dũng và mến mộ đức độ của Lý Thái Tổ, Chiêm Thành và Chân Lạp cử người sang triều cống. Giao hảo giữa Chiêm Thành và Đại Việt rất là tốt đẹp, nhưng chỉ kéo dài được mười năm. Năm 1020, do mất mùa và đói kém, quân Chiêm Thành tiến chiếm hai châu Bố Chánh và Ma Linh (Quảng Bình). Năm 1021, thái tử Phật Mã, trưởng nam của Lý Thái Tổ, chiếm lại hai châu bị mất. Năm 1026, quân của thái tử Phật Mã chiếm luôn châu Điền (Thừa Thiên). Lý Thái Tổ mất năm 1028, Phật Mã lên thay, xưng hiệu Thái Tôn. Vua Chiêm Thành không những không chịu thông sứ với Đại Việt mà còn xua quân đánh phá các làng ven biển tại châu Điền, châu Ái (Thanh Hóa) và châu Hoan (Nghệ An). Sau khi củng cố lại lực lượng tại châu Hoan, Lý Thái Tôn sát nhập ba châu Bố Chánh, Địa Lý và Ma Linh vào lãnh thổ Đại Việt và cử võ quan vào trấn thủ. Năm 1030, Paramesvaravarman II qua đời, triều đình Viyaja rối loạn. Một vương tôn tên Chế Li (Cheli) tiếm ngôi, xưng hiệu Vikrantavarman IV. Nội chiến liền xảy ra, rất là khốc liệt. Con cháu Paramesvaravarman II nổi lên chống lại. Năm 1038, con Vikrantavarman IV là hoàng tử Địa Bà Thích cùng với một số thủ hạ trong binh đội địa phận Bố Chánh (hơn 100 người do các tướng Bố Cả, Lan Đồ Thích, Lạc Thuẩn, La Kế và A Thát Thích chỉ huy) nổi lên giành ngôi với vua cha nhưng không thành, phải chạy vào Đại Việt xin tị nạn. Tại đây Địa Bà Thích hai lần xin nhà Lý (1039 và 1040) đưa về làm vua, nhưng không được chấp nhận. Trước đe dọa của chính con mình, năm 1401 Vikrantavarman IV - sau khi liên minh được với vương quốc Angkor là vua Surayavarman I - yêu cầu nhà Lý giao hoàng tử Địa Bà Thích phản nghịch về xử tội, nhưng không thành. Quân Chăm liền tấn công Đại Việt, Vikrantavarman IV bị giết ngay trong trận đầu, con là thái tử Sạ Đẩu (Po Tik) lên thay, hiệu Jaya Sinhavarman II. Tân vương sai sứ sang Trung Hoa xin vua Tống tấn phong đồng thời cũng xin được bảo vệ, nhờ đó được yên bình vài năm. Năm 1043, quân Chiêm dùng thuyền đổ bộ vào một số làng xã ven biển đánh phá và chỉ rút lui khi quân Lý tiến tới. Năm 1044, viện cớ Chiêm Thành không chịu triều cống từ hơn 16 năm qua và còn quấy rối lãnh thổ, Lý Thái Tôn dẫn đầu một đại binh gồm 10.000 thủy quân xuống đánh. Jaya Sinhavarman II vừa tổ chức phản công vừa cho người sang Trung Hoa cầu cứu. Quân Chiêm chận quân Đại Việt tại phía nam sông Thu Bồn (Quảng Nam) nhưng bị thua to: gần 30.000 binh sĩ và hơn 60 voi trận phơi thây trên chiến trường, hơn 5.000 quân Chiêm và 30 voi trận bị bắt sống. Jaya Sinhavarman II cũng bị tử thương trong trận này, tướng Quách Gia Gi (Isvaras) liền cắt lấy đầu mang sang trại vua Lý làm lễ vật xin hàng. Lý Thái Tôn thấy quân Chiêm bị giết quá nhiều liền ra lệnh không cho binh sĩ giết người vô cớ. Quân Đại Việt tiếp tục tiến xuống phía Nam, chiếm đế đô Phật Thệ (Vijaya hay Đồ Bàn), bắt được vương phi Mỹ Ê cùng nhiều cung nữ và nghệ nhân mang về đất Bắc. Trên đường về nước, khi đến sông Lý Nhân (sông Hương), Lý Thái Tôn cho người mời Mỵ Ê sang chầu nhưng bà nhảy xuống sông tự tử để giữ tiết với chồng. Quý mến sự thủy chung này, vương phi Mỵ Ê được Lý Thái Tôn phong tước Hiệp chánh hộ thiên và cho lập đền thờ. Những tù binh Chiêm Thành sau đó được cấp ruộng đất và cho định cư tại Hưng Hóa (Nghệ An) trong hai xã Vĩnh Khương và Đăng Châu. Nông dân Đại Việt cũng di cư vào các vùng đất mới tại Bố Chánh, Địa Lý và Ma Linh lập nghiệp. Trong số tù binh Chăm có một thiền sư Phật giáo tên Thảo Đường. Tăng sư Thảo Đường lập ra phái Thiền tông thứ ba tại Đại Việt. Nhiều chùa Phật giáo Tiểu Thừa tại miền Bắc Việt Nam (chùa Vạn Phúc ở Bắc Ninh, chùa Thiên Phúc ở Sơn Tây) do nhân công gốc Chăm xây dựng. Thợ Chăm dạy cho thợ Đại Việt cách đúc tượng Phật và xây cất chùa kiểu Ấn Độ. Nghệ nhân Chiêm Thành dạy cho các cung nữ triều đình nhà Lý các điệu nhạc Chiêm Thành (các điệu nam ai, nam oán...).  Triều vương thứ tám (1044-1074): loạn sứ quân  Quách Gia Gi là một vương tôn thuộc đẳng cấp Ksatriya (chiến sĩ). Sau khi đầu hàng nhà Lý, ông được triều thần tôn lên làm vua năm 1044, hiệu Jaya Paramesvaravarman I. Trước một đất nước bị kiệt quệ vì chiến tranh, Quách Gia Gi một mặt phải giao hảo tốt với Trung Hoa và Đại Việt để được yên thân, mặt khác tập trung sức lực còn lại bình định loạn lạc ở phía nam. Trước kia, theo thỏa hiệp giữa Vikrantavarman IV và Surayavarman I (vương quốc Angkor), quân Khmer vào giúp Chiêm Thành dựng trại tại Panduranga, khi Vikrantavarman IV mất quân Khmer không những không chịu rút quân về mà còn muốn chiếm giữ luôn lãnh thổ Panduranga. Năm 1050, viện cớ một tiểu vương tại Panduranga không tuân phục triều đình trung ương, Jaya Paramesvaravarman I cùng cháu là hoàng thân Yavaraja Mahasenapati mang quân chinh phạt và cũng nhân dịp đánh đuổi quân Khmer ra khỏi lãnh thổ. Tiểu vương Panduranga thua trận, một số binh sĩ và dân chúng đất Pănrăn (Phan Rang) phải trốn trong các hầm đất, hang động hoặc chạy lên núi trốn, một số khác chạy theo quân Khmer về bên kia biên giới lánh nạn. Toàn bộ tài sản, súc vật của dân chúng Pănrăn bị tịch thu mang về Vijaya làm chiến lợi phẩm ; những tù binh bị mang về làm nô lệ và hạ xuống làm đẳng cấp Sudra. Tiểu quốc Panduranga bị đặt dưới quyền cai trị trực tiếp của triều đình trung ương Vijaya. Trong giai đoạn này, người Chăm chạy loạn lên Tây Nguyên (đặc biệt là cao nguyên Đắc Lắc) lánh nạn một số đã ở lại định cư vĩnh viễn, hòa trộn với những nhóm dân cư có trước để thành người Rhadé. Dẹp xong loạn phía Nam, Jaya Paramesvaravarman I xây dựng lại đất nước. Nhà vua cho dựng lại các tượng đài bằng đá hoa cương trong tháp Po Nagar, cấp cho những vị tu sĩ giữ đền 50 nô lệ Chăm, Khmer, Hoa, Miến, Xiêm, 15 cân vàng, 15 cân bạc, và nhiều vật dụng quí giá khác. Nhà vua mất năm 1060, con trai trưởng lên kế vị hiệu Bhadravarman III, trị vì được một năm (1060-1061) thì mất. Năm 1061, em trai của Bhadravarman III là Chế Củ lên thay, hiệu Rudravarman III. Rudravarman III là một người tinh khôn, một mặt giao hảo bình thường nhà Lý để tránh bị nghi ngờ, mặt khác chuẩn bị quân sĩ tiến đánh Đại Việt. Năm 1068, Rudravarman III mang quân đánh vào các làng của người Việt tại Ma Linh và Địa Lý, quân Lý thua phải rút lên phía Bắc. Năm 1069, Lý Thánh Tôn (lên ngôi năm 1054) cùng Lý Thường Kiệt mang 30.000 quân và 200 chiến thuyền tiến chiếm Sri Bini (Qui Nhơn), rồi đế đô Vijaya (Bình Định), giết tướng giữ thành là Bố Bì Đà La trên sông Tu Mao (nay là Hà Giao). Rudravarman III băng rừng chạy sang Chân Lạp tị nạn. Tại đây hoàng gia Chăm bị người Khmer bạc đãi, Rudravarman III về lại Vijaya chịu cho quân Đại Việt bắt sống, cùng với 3.000 quân và gia quyến, hơn là qui thuận Angkor. Tuy vậy thành Vijaya vẫn bị quân Đại Việt tràn vào đốt phá trước khi rút về nước. Dân số Vijaya lúc đó được ghi nhận là hơn 2.560 gia đình. Để chuộc lại tự do, Rudravarman III xin dâng ba tỉnh phía bắc Chiêm Thành gồm Bố Chánh (hay Bố Chính), Địa Lý và Ma Linh (Quảng Bình và bắc Quảng Trị ngày nay). Lãnh địa Indrapura bị xóa tên và trở thành ba tỉnh của Đại Việt. Nhà Lý đổi tên Ma Linh thành châu Minh Linh, Địa Lý thành châu Lâm Bình, châu Bố Chánh được giữ nguyên tên. Thật ra ba châu Bố Chánh, Địa Lý và Ma Linh đã thuộc về Đại Việt từ lâu, từ đời nhà Tiền Lê (năm 982), cách đó gần 80 năm. Do sức ép về dân số, nhiều gia đình nông dân nghèo khó không có đất canh tác trên đồng bằng sông Hồng và sông Cả đã tự động di cư đến đây rồi khai phá đất hoang và canh tác hoa mầu. Trong cuộc sống cộng cư, với thời gian, có thể những nhóm di dân cư này đã hòa trộn với các nhóm dân cư gốc Kinh có mặt từ trước, khi vương quốc Lâm Ấp được thành hình, hoặc với người Chăm địa phương từ nhiều đời để tạo thành các nhóm "dân miền Trung". Yếu tố Chăm do đó không còn mạnh mẽ, nếu không muốn nói là mất hẳn ảnh hưởng trên vùng đất này, nhường chỗ cho yếu tố Kinh, đầy sức sống và đông đảo hơn. Nói một cách khác, sự dâng đất này là một hình thức công nhận quyền sở hữu chính thức của nhà Lý trên một vùng đất đã thoát khỏi sự kiểm soát của chính quyền trung ương Chiêm Thành từ lâu. Sự dâng đất này còn ngụ ý là Chiêm Thành sẽ không mang quân sang quấy phá nữa, vì thần linh bảo vệ hoàng tộc và đất đai không còn nữa. Đất ở ba châu này thật ra có phì nhiêu hơn ở vùng Thanh Hóa (tức châu Điền), nhưng không phì nhiêu bằng đất ở Amavarati (Quảng Nam). Sự tranh chấp giữa Đại Việt và Chiêm Thành về sau trên phần lãnh thổ này vì tự ái dân tộc nhiều hơn vì sự mầu mỡ của đất đai. Sau khi nhượng hẳn cho Đại Việt ba châu phía Bắc, Rudravarman III mất uy tín trước các tiểu vương. Chiêm Thành bị loạn sứ quân, không ai còn nghe ai nữa. Hơn mười tiểu vương tự tuyên bố độc lập, kẻ mạnh mang quân đi đánh tiểu vương quốc yếu để mở rộng lãnh thổ hoặc gây thanh thế. Các tiểu vương ở phía Nam, liên minh với đế quốc Angkor, biến Panduranga thành trung tâm chống lại vương triều và các tiểu vương phía Bắc. Năm 1074, buồn phiền trước cảnh đất nước loạn lạc và bị các tiểu vương phía Nam xua đuổi, Rudravarman III (Chế Củ) dẫn gia đình sang Đại Việt xin tị nạn và tan biến luôn trong xã hội người Kinh. Triều vương thứ chín (1074-1139): tranh chấp với Đại Việt  Tại Panduranga, một hoàng thân xuất thân từ Panduranga tên Thăn (còn gọi là Yan Visnumurti, Madhavamurti hay Devatamurti, tiếng Việt là Thân), cùng em là hoàng tử Pãn (tên Việt là Phan), đã lần lượt chinh phục các tiểu vương sứ quân, thống nhất lại đất nước. Năm 1074, Thăn được quần thần tôn lên làm vua, hiệu Harivarman IV, mở đầu triều vương thứ chín. Thăn là tên một hoàng tộc thuộc bộ tộc Cau mà dân chúng Panduranga cho là dòng vương tôn chân truyền của vương quốc Champa. Chính vì thế Harivarman IV rất tự hào về nguồn gốc xuất thân của mình, vì luôn tự nhận là sự kết hợp của hai bộ tộc lớn nhất của Chiêm Thành: cha là Pralaysvara Dharmaraja, dòng Narikelavansa thuộc đẳng cấp Ksatriya, bộ tộc Dừa ở Amaravati ; mẹ thuộc dòng Kramukavansa, đẳng cấp Brahman, bộ tộc Cau ở Panduranga. Sở dĩ có sự giải thích dài dòng về nguồn gốc xuất thân này - nhất là nguồn gốc xuất thân của mẹ, dòng Brahman chính thống - vì Harivarman IV biết chắc rằng trong các sứ quân không ai hội đủ điều kiện về nguồn gốc xuất thân để có thể được tôn lên làm vua trên toàn cõi Chiêm Thành. Việc làm đầu tiên của Harivarman IV là phục hồi lại các đền đài đã bị tàn phá bởi quân Đại Việt và cuộc nội chiến. Không đầy một năm sau, Chiêm Thành trở nên hùng mạnh trở lại. Harivarman IV mang quân sang đánh Đại Việt, giành lại phần lãnh thổ mà Rudravarman III đã nhượng trước đó. Năm 1075, viện cớ phục hồi ngôi vua cho con cháu Rudravarman III (Chế Củ), nhà Lý sai Lý Thường Kiệt mang quân chiếm lại ba châu vừa bị mất. Trước sự chống trả mãnh liệt của quân Chiêm, Lý Thường Kiệt phải lui binh nhưng cho người vẽ lại địa thế rồi đưa một số nông dân gan dạ (thật ra là những binh lính trá hình) vào định cư. Hay tin quân Lý bị Chiêm Thành đánh bại, vua Tống sai Vương An Thạch mang 10.000 quân tiến qua biên giới tấn công Đại Việt. Lý Thường Kiệt lui về bảo vệ lãnh thổ phía bắc. Ba châu vừa chiếm lại lọt vào tay Chiêm Thành. Năm 1076, vua Tống sai Quách Quì kết hợp với Chiêm Thành và Angkor, mang 7.000 quân tiến công Đại Việt nhưng bị Lý Thường Kiệt và Tôn Đản đánh bại. Thừa thắng, Lý Thường Kiệt tiến xuống chiếm đóng đế đô Phật Thành, Harivarman IV phải cùng con cái và một số thân tín chạy lên núi trốn ; tại đây phái đoàn được các sắc dân Thượng che chỡ. Quân Lý chỉ chịu rút khỏi Phật Thành khi Harivarman IV tuyên bố chấp nhận triều cống nhà Lý trở lại. Hay tin này, hoàng thân Sri Nandanavarmadeva (người Khmer) - mang quân vào miên Nam Chiêm Thành theo lời mời của Quách Quì để chống lại nhà Lý - chiếm luôn Panduranga. Vua Harivarman IV phải yêu cầu nhà Lý giúp đỡ. Lúc này mặc dù đã tuổi già sức yếu, Lý Thường Kiệt vẫn phải thân chinh đi đánh dẹp. Quân Khmer thua to bỏ chạy về nước, Harivarman IV truy đuổi và tiêu diệt hết tại Somesvara (Biên Hòa ngày nay). Nhà vua sai em là hoàng tử Pãên (tiếng Việt là Phan) chiếm thành Sambhupura (Sambor) trên sông Mékong, bắt được nhiều tù binh cùng vàng bạc và của cải mang về nước. Dẹp xong loạn phương Nam, Harivarman IV tập trung phục hồi đất nước. Mặc dù vẫn duy trì triều đình tại Vijaya, nhà vua sửa sang lại các nơi thờ phượng khác trên toàn quốc và cho xây dựng lại các thánh địa tôn giáo tại Indrapura (Đồng Dương) và Sinhapura (Mỹ Sơn). Hoàng tử Pãn đích thân đôn đốc việc trùng tu các đền thờ tại Sinhapura (Mỹ Sơn). Dưới triều vua Harivarman IV, Chiêm Thành trù phú trở lại, đền đài cung điện tìm lại những nét huy hòang tráng lệ ngày xưa. Năm 1080, Harivarman IV nhường ngôi cho con là thái tử Văk Pulyan Rajadvara, 9 tuổi. Tân vương lên ngôi năm 1081, hiệu Jaya Indravarman II (Chế Ma Na). Chú là hoàng tử Pãn thế quyền giám quốc. Nhưng không biết vì nguyên do nào mà cả triều thần và thái tử Văk đồng tôn Pãn lên làm vua, hiệu Sri Paramabodhisatva (Si-bà Ra-ma Bồ-đề Sát-bà). Paramabodhisatva giao hảo tốt với Đại Việt, mục đích chính của nhà vua là duy trì sự thống nhất của Chiêm Thành, vì lúc đó một tiểu vương Panduranga tên Rudravarman ly khai,  không công nhận vương quyền phương Bắc. Thật ra sự ly khai này đã xảy ra từ 16 năm trước, nhưng triều đình Vijaya vì bận lo giải quyết những vấn đề khác cấp bách hơn nên chưa ra tay. Tiểu vương Rudravarman bị đánh bại, Panduranga bị dưới quyền cai trị trực tiếp của Phật Thành (Vijaya). Năm 1086, nội bộ Chiêm Thành xảy ra nội chiến. Thái tử Văk (Jaya Indravarman II) được triều đình thúc đẩy muốn cầm quyền trở lại. Ước muốn này gặp sự phản đối của vua Paramabodhisatva (hoàng tử Pãn) - người muốn đưa trưởng nam của mình là hoàng tử Pulyan Sri Yavaraja lên ngôi - đã tìm mọi cách loại trừ thế lực của thái tử Văk nhưng không được. Cuối cùng Paramabodhisatva mất tích, phe của ông bị phe của thái tử Văk giết hết. Jaya Indravarman II lên ngôi và tiếp tục triều cống Đại Việt. Năm 1092, Jaya Indravarman II nhờ nhà Tống giúp đòi lại vùng đất đã mất nhưng không kết quaœ. Năm 1103, một người Việt ở phủ Diên Châu (Nghệ An) tên Lý Giác nổi lên làm phản. Lý Thường Kiệt vào đánh, Lý Giác thua chạy sang Phật Thành (Vijaya) thuyết phục vua Jaya Indravarman II hưng binh chiếm lại vùng đất đã mất. Lý Thường Kiệt một lần nữa phải thân chinh đi dẹp lọan, Jaya Indravarman II bị thua phải trả lại ba châu đã chiếm và chịu triều cống trở lại năm 1104. Nhà Lý liền phân chia lại các châu vừa lấy lại như sau: châu Bố Chánh gồm huyện Nam Bố Chánh (Bố Trạch ngày nay) và huyện Bắc Bố Chánh (Quảng Trạch và Tuyên Hóa ngày nay), châu Lâm Bình (Địa Lý cũ) gồm huyện Phong Lộc (Quảng Ninh ngày nay) và huyện Phong Đăng (sau gọi là Phong Phú, tức huyện Lệ Thủy ngày nay). Hai huyện Phong Lộc và Phong Phú là vựa lúa lớn nhất của đất Indrapura. Châu Minh Linh (Ma Linh cũ) được chia thành hai huyện Vĩnh Linh và Gio Linh. Năm 1113, cháu Jaya Indravarman II là Harivarman V lên ngôi, tân vương giữ nguyên chính sách cai trị của chú, quan hệ giữa Chiêm Thành và Đại Việt rất là thân thiết. Harivarman V trị vì đến năm 1129 thì mất không người kế vị, Chiêm Thành lâm cảnh loạn lạc. Vương triều Panduranga không chịu sự cai trị của Vijaya, liên kết với Chân Lạp đánh lại. Hai miền Nam Bắc đánh phá lẫn nhau trong suốt 10 năm (1129-1139). Triều vương thứ mười (1139-1145): dưới sự khống chế của người Khmer  Năm 1129 Harivarman V mất, hoàng triều Champa tôn người con nuôi của nhà vua tên Po Sulika lên thay, hiệu Jaya Indravarman III. Vì không có quan hệ gia tộc trực tiếp với dòng vua cũ, Jaya Indravarman III phải tự nhận có quan hệ xa xôi với các triều vua trước để được dân chúng phục tùng. Theo các bia ký đọc được tại Đồng Dương và Po Nagar, Jaya Indravarman III sinh năm 1106, được nhận vào hoàng tộc năm 1129 tước Devaraja, được phong vương (Yuvaraja) năm 1133. Jaya Indravarman III xây thêm nhiều tượng thần Siva, Visnu và Linga trong những năm 1139, 1142 và 1143 tại Indrapura và Kauthara để xác nhận ông là truyền nhân của đẳng cấp Brahman. Cùng thời gian này, năm 1112, tại Chân Lạp vua Suryavarman II lên ngôi. Năm sau tân vương xua quân đánh chiếm Chiêm Thành. Tham vọng của nhà vua được thời cuộc hỗ trợ vì bên Trung Hoa nhà Tống đang bận chống quân Kim (Mãn Châu) ; vua Lý Thần Tông chết sớm, Lý Anh Tôn còn quá nhỏ, các tướng lãnh tranh quyền, Đại Việt bị suy kém. Năm 1128, được Nam Chiêm Thành hỗ trợ, Suryavarman II dẫn 20.000 quân, đi trên 700 chiến thuyền, đổ bộ vào Thanh Hóa đánh phá và cũng là một cách răn đe Đại Việt không nên hỗ trợ Bắc Chiêm Thành, bị Angkor liên tục đánh phá từ 1030. Không chịu đựng nổi sự hà hiếp của người Khmer, đời sống dân chúng Chăm rất là khổ sở. Dưới sự cai trị hà khắc của người Khmer, một số vương tôn Chăm chạy vào Đại Việt xin tị nạn (Cụ Ông và 30 gia nhân, Kim Đình A Phú và 4 gia nhân, Tư Bồ Đà La cùng 30 gia nhân, Êng Ma và Êng Câu…). Trong những năm 1131 và 1136, quân Nam Chiêm Thành và Chân Lạp hợp nhau đánh phá Nghệ An và bờ biển Thanh Hóa. Năm 1132, viện cớ Jaya Indravarman III không chịu hợp tác tấn công Đại Việt, Suryavarman II tiến quân lần nữa sang đất Chiêm Thành: đế đô Vijaya bị chiếm năm 1145. Jaya Indravarman III mất tích trên chiến trường (được dân chúng thờ dưới tên Rudraloka), những người chống lại quân Khmer đều bị xử trảm. Suryavarman II tự xưng là hoàng đế của cả Chân Lạp lẫn Chiêm Thành. Kể từ 1145 đến 1149, lãnh thổ đế quốc Khmer được nới rộng lên phía Bắc, từ Champassak (Nam Lào) đến đèo Hải Vân (Bắc Chiêm Thành), người Khmer trực tiếp điều khiển binh lực Chiêm Thành. Triều vương thứ mười một (1145-1318): xung đột với Angkor  Năm 1145 hoàng thân Parabrahman được triều thần đưa lên kế vị Jaya Indravarman III, hiệu Rudravarman IV. Vừa lên ngôi, Rudravarman IV cùng con trai là Ratnabhumivijaya (hoàng tử Sivanandana) bị quân Khmer truy lùng ráo riết phải bỏ Vijaya chạy vào Đại Việt lánh nạn. Thời gian sau, Rudravarman IV băng rừng về lại Panduranga lập chiến khu trên cao nguyên, nhiều bộ lạc Thượng gia nhập quân kháng chiến rất đông. Trên đường chạy loạn, Rudravarman IV lâm bệnh mất năm 1147 (dân chúng thờ dưới tên Brahmaloka hay Parabrahmaloka), con là thái tử Ratnabhumivijaya lên thay, hiệu Jaya Harivarman I (Chế Bì Ri Bút). Trên cao nguyên, Jaya Harivarman I được đông đảo người Thượng và người Khmer (có thể là người Thượng thuộc hệ ngôn ngữ Môn Khmer) ủng hộ. Nhà vua tổ chức kháng chiến chiếm lại Panduranga, nhưng lãnh thổ Bắc Chiêm Thành (Vijaya) vẫn còn nằm trong tay người Khmer, do em rể vua Jaya Indravarman III là hoàng tử Hariveda (đẳng cấp Ksatriya) cai trị. Vương quốc Chiêm Thành bị chia đôi. Năm 1148, vua Khmer (Jaya Indravarman III) cử tể tướng Sankara cùng tướng Sipakhya tấn công Panduranga, nhưng bị quân Chăm đánh bại tại đồng bằng Kayev, tỉnh Virapura (tiếng Khmer là Rajapura, tiếng Việt là Phan Rang). Thừa thắng xông lên, năm 1149, Jaya Harivarman I dẫn đầu đoàn quân Chăm, Thượng chiếm thành Vijaya, giết Hariveda trên sông Yami (sông Hà Giao, Bình Định), thống nhất lại đất nước. Kinh đô đặt tại Vijaya. Do phân chia quyền lợi không đồng đều, người Rhadé, Bahnar và nhiều bộ lạc Thượng khác tôn Vansaraja (Ưng Minh Diệp), anh rể Jaya Harivarman I, lãnh đạo phong trào kháng chiến chống lại Jaya Harivarman I. Năm 1150, sau khi xưng vương tại Madhyamagrama (ngày nay là An Khê, cạnh núi Yang Mung), Vansaraja dẫn đại quân xuống đồng bằng tấn công người Chăm, nhưng bị đánh bại tại làng Slay. Jaya Harivarman I tiến lên cao nguyên càn quét quân nổi loạn, Vansaraja phải chạy vào Đại Việt xin nhà Lý giúp đỡ đưa về làm vua. Lý Anh Tôn sai thương chế Nguyễn Mông mang 5.000 binh sĩ từ Thanh Hóa và Nghệ An vào đánh Chiêm Thành. Chiến trận đã diễn ra rất là khốc liệt tại Dalva (Đông Hà) và Lavan (La Vang), cả Nguyễn Mông lẫn Vansaraja đều bị tử trận. Trong những năm sau (1151-1155), quân Chiêm Thành thường xuyên vào lãnh thổ Đại Việt (Nghệ An) cướp phá, vua Lý Anh Tôn định cất quân đi chinh phạt nhưng Jaya Harivarman I chịu dâng nhiều phẩm vật quí giá nên thôi, thực sự nhà Lý cũng e ngại sức mạnh quân sự của Chiêm Thành. Vì dồn hết mọi năng lực vào chiến tranh đánh dẹp nội loạn và ngoại xâm, đời sống dân chúng Chiêm Thành trở nên cơ cực, nhiều lãnh chúa địa phương nổi lên chống lại triều đình trung ương. Năm 1151, Jaya Harivarman I phải hao tổn nhiều công sức lắm mới khuất phục được những cuộc nổi loạn tại Amavarati. Vừa dẹp loạn phương Bắc, Jaya Harivarman I lại phải đương đầu với những cuộc nổi loạn tại Panduranga, do người Khmer đỡ đầu. Phải mất năm năm (1151-1155), nhà vua mới dẹp xong được loạn và sau 1160 Chiêm Thành tìm được lại sự hùng mạnh của quá khứ và giao hảo tốt với các lân bang. Năm 1162, Jaya Harivarman I băng hà truyền ngôi cho con là hoàng tử Sakan Vijaya, hiệu Jaya Harivarman II. Năm 1167 Sakan Vijaya bị hoàng thân Vatuv Gramapuravijaya soán ngôi, hiệu Jaya Indravarman IV. Trong những năm 1164-1166, quân Chiêm Thành thường xuyên tổ chức đánh cướp các tàu buôn Ả Rập qua lại trên Biển Đông và tiến lên đánh phá các làng xã của Đại Việt tại châu Lâm Bình và Minh Linh. Năm 1167, Lý Anh Tôn sai Tô Hiến Thành mang quân đánh Chiêm Thành. Jaya Indravarman IV vội cử người sang cống nạp, Tô Hiến Thành lui quân về nước. Quà cáp thường là chiến lợi phẩm cướp từ các tàu buôn Ả Rập. Chính vì những hành vi cướp bóc tàu thuyền này mà nhà Tống từ chối không phong vương cho Jaya Indravarman IV, mặc dầu đã cử nhiều phái đoàn sang Trung Hoa triều cống. Jaya Indravarman IV (1151-1205), còn gọi là Po Klong Girai, Po Klong Garai hay Po Klău Girai, là người có công xây đập Chaklin (Nha Trinh) và hai mương dẫn nước (mương Cái và mương Đực) tại Phan Rang để canh tác nông nghiệp. Theo truyền thuyết, Po Klong Garai - còn gọi là Vua Lác, con của nữ thần Po Sah Ino - lúc mới sinh ra đã mắc bệnh cùi, may nhờ có rắn naga liếm nên lành bệnh. Tuy mang bệnh cùi từ lúc còn trẻ nhưng nhà vua đã tỏ ra đắc lực trong việc chiến chinh. Khi băng hà, nhà vua dân được chúng thờ trong tháp Po Klong Garai (tháp Chàm Phan Rang, phường Lưu Vinh, thị xã Tháp Chàm). Jaya Indravarman IV quyết chí phục thù đế quốc Angkor về việc xâm chiếm và đô hộ Chiêm Thành. Quân lực Chiêm Thành dưới thời Jaya Indravarman IV rất giỏi về tượng binh và thủy chiến. Năm 1170, sau khi điều đình với Đại Việt giữ thế trung lập (bằng phẩm vật triều cống), Jaya Indravarman IV mang đoàn tượng binh tấn công Chân Lạp, lúc đó do vua Dharanindravarman II cai trị. Cuộc chiến kéo dài một năm, bất phân thắng bại (quân Khmer cũng dùng tượng binh đối chọi), sau cùng quân Chiêm phải rút về nước vì hết lương thực. Năm 1171, một quan nhân gốc Hoa (không rõ tên) - quê ở Ki Yang Kiun, Quí Châu, thuộc đảo Hải Nàm, bị chìm tàu trôi giạt vào bờ biển Chiêm Thành - được dân chúng dẫn đến trình diện Jaya Indravarman IV. Người này chỉ cho vua Chiêm cách cưỡi ngựa xung trận thay vì dùng voi như trước, điều này làm nhà vua rất thích thú vì hiệu quả thần tốc và gọn nhẹ của nó. Sau khi nắm vững được thuật cỡi ngựa, Jaya Indravarman IV cử một đoàn người sang Cửu Châu, đảo Hải Nàm, mua hết ngựa chiến nhưng bị vua Tống không cho bán (vì những hành vi hải tặc trước đó). Đoàn thương buôn Chăm nổi giận bắt người, đốt những trại nuôi ngựa không chịu bán. Dân Hải Nàm quá lo sợ phải bán cho họ một số ngựa mới được yên, nhưng không đủ để thành lập một đội kỵ binh. Năm 1172, Jaya Indravarman IV cử một đoàn người khác sang Trung Hoa triều cống, trả về những thường dân bị bắt và yêu cầu xin được mua ngựa, vua Tống vẫn từ chối. Không mua được ngựa, Jaya Indravarman IV tấn công Chân Lạp bằng đường thủy (năm 1176). Nhà vua cho đóng thêm nhiều tàu chiến, tập dượt thủy binh. Năm 1177, Jaya Indravarman IV đi thuyền từ cửa sông Cửu Long vào chiếm Vrah Nagar (Prah Nokor, ngày nay là Sài Gòn). Quân Chiêm tịch thu nhiều chiến lợi phẩm và bắt theo nhiều tù binh Khmer về nước. Những tù binh này lúc đầu có bị bạc đãi, nhưng về sau được đối xử tử tế để trở thành dân Chăm và hội nhập hoàn toàn vào xã hội dân Chiêm Thành. Trong số tù binh này có một vương tôn Khmer, sau này là Jayavarman VII. Lúc còn ở Chiêm Thành, Jayavarman VII học được cách tổ chức xã hội, cách huấn luyện binh sĩ thủy bộ và còn kết thân được với nhiều hoàng thân của xứ này. Ông được thả về nước năm 1186 để kế nghiệp anh là vua Yasovarman II, bị soán ngôi. Về lại Chân Lạp, Jayavarman VII kết nghĩa với một vương tôn Chăm tên Sri Vidyanandana, quê ở Tumpraukvijaya (một làng ở Bình Định), đến Chân Lạp lập nghiệp từ 1182. Sau khi dẹp được loạn ở Malyan (hay Mou Leang, một làng ở vùng phía Đông Chân Lạp), hoàng thân Sri Vidyanandana được Jayavarman VII phong một tước hoàng tộc Khmer là Yuvaraja. Năm 1190, Jayavarman VII sai Vidyanandana đi đánh Chiêm Thành, ông chiếm được Vijaya, bắt sống Jaya Indravarman IV mang về Chân Lạp. Hoàng tử In (anh em cột chèo với Jayavarman VII) được phong làm tiểu vương xứ Nagara Vijaya (Bắc Chiêm Thành), hiệu Surya Jayavarman (hay Surya Jayavarmadeva), hoàng thân Vidyanandana được phong làm tiểu vương xứ Rajapura (Nam Chiêm Thành), hiệu Suryavarman (còn gọi là Suryavarmadeva hay Bố Trì), cả hai đều đạt dưới sự lãnh đạo của Jayavarman VII. Vương quốc Chiêm Thành trở thành một thuộc địa của Chân Lạp. Panduranga và Vijaya là hai tỉnh của đế quốc Angkor. Người Thượng trên Tây Nguyên không công nhận vương quyền mới này đã cùng một số vương tôn Chăm khác tổ chức đánh phá Amavarati, Vijaya và Panduranga. Năm 1191 tại Vijaya, Surya Jayavarman (hoàng tử In) bị Rasupati, một hoàng thân Champa, đánh bại phải chạy về lại Chân Lạp. Rasupati tự xưng là vua xứ Vijaya, hiệu Jaya Indravarman V. Không nhìn nhận vương quyền mới này, Jayavarman VII cho  Jaya Indravarman IV (cựu vương Chiêm Thành và cũng là thân phụ của hoàng tử In) về Bắc Chiêm Thành chiếm lại ngôi báu. Jaya Indravarman IV được Suryavarman (hoàng thân Sri Vidyananda) tiếp sức mới chiếm được Vijaya, Rasupati (Jaya Indravarman V) bị xử trảm. Thay vì giao thành lại cho vua Chăm cũ, Suryavarman chiếm luôn Vijaya ; Jaya Indravarman IV liền kêu gọi dân chúng tại Amavarati và các làng Ulik, Vyar, Jriy, Traik chống lại. Năm 1192, Jaya Indravarman IV bị tử trận tại Traik. Suryavarman thống nhất lại đất nước, lên ngôi vua và tìm cách tách khỏi ảnh hưởng của đế quốc Angkor. Hay tin hoàng thân Suryavarman làm phản, Jayavarman VII cử đại quân, trong số này có cả người Thượng (do tướng Jai Ramya cầm đầu), sang đánh Chiêm Thành. Cuộc chiến kéo dài từ 1193 đến 1194, đại quân Khmer bị đánh bại. Thay vì theo quân Khmer về nước, một người Djarai tên Sri Agara chiếm một vùng đất lớn từ Amavarati đến Pidhyan (Phú Giang, bắc Phú Yên) rồi tự xưng vương năm 1193, hiệu Patau Ajna Po Ku. Tuy đẩy lui được quân Khmer, Suryavarman vẫn lo sợ. Năm 1194, ông dời cư lên Amaravati (Quảng Nam) tránh nạn và giao hảo tốt với Đại Việt năm 1198, bằng cách triều cống hằng năm, và được vua Lý Cao Tông (Long Cán) phong vương năm 1199. Đất nước được thái bình trong vài năm thì Suryavarman bị chú là Yuvaraja on Dhanapati Grama (Bố Do) soán ngôi năm 1203. Dhanapati Grama đưa quân Khmer vào chiếm Amaravati, Suryavarman dẫn một hải đội hơn 200 chiến thuyền chạy vào cửa Cửu La (Nghệ An) xin tị nạn. Tại đây, vị hoàng thân Chăm (người Việt gọi là Bố Trì) bị Dĩ Mông và Phạm Giêng, hai quan trấn thủ Nghệ An, nghi ngờ. Suryavarman rất buồn lòng, dùng mưu đốt thuyền của Phạm Giêng và giăng buồm ra khơi mất tích. Dhanapati được lệnh vua Khmer đánh dẹp các cuộc nổi loạn tại Chiêm Thành, đặc biệt là trên cao nguyên. Patau Ajna Po Ku bị bắt sống đem về Chân Lạp trị tội. Dhanapati được phong toàn quyền cai trị xứ Chiêm Thành. Chiêm Thành trở thành một tỉnh của đế quốc Angkor lần thứ hai. Dhanapati được con trưởng của Jaya Harivarman II (1162-1167), sinh sống tại Chân Lạp, tên Ansaraja Turaivijaya phụ lực cai trị Chiêm Thành. Turaivijaya cai quản đất Amavarati, tổ chức nhiều cuộc tấn công vào lãnh thổ Đại Việt (Nghệ An) trong những năm 1207, 1216 và 1218 ; tất cả đều bị quan trấn thủ Nghệ An Lý Bất Nhiêm đẩy lui. Chiêm Thành bị đế quốc Angkor tái đô hộ trong suốt 17 năm (1203-1220). Năm 1220 bị quân Xiêm La làm áp lực tại chính quốc, quân Khmer rút khỏi Chiêm Thành. Trong gần 100 năm chống chọi và bị Angkor đô hộ, Chiêm Thành bị kiệt quệ. Quân Chân Lạp vừa rút khỏi Chiêm Thành, hoàng tử Ansaraja Turaivijaya (tên Khmer là Sri Ajirang) được hoàng tộc Chăm tôn lên làm vua, hiệu Jaya Paramesvaravarman II, đóng đô tại Viyaja. Vừa lên ngôi, tân vương cho xây lại những tượng đài bị đập phá tại tháp Sri Sanabhadresvara (Mỹ Sơn) và Po Nagar (Nha Trang), xây thêm các đập nước, mở rộng diện tích dinh điền, đất nước phồn thịnh trở lại ; nhiều bộ lạc Thượng trên Tây Nguyên về thần phục. Năm 1230, hoàng tử Abhimanyuvarman, một vương tôn tỉnh Pankaja người Cathei, được Jaya Paramesvaravarman II cử làm thống lãnh đất Panduranga. Những tiểu vương kế nghiệp ông được biết đến sau này tại Panduranga là Po Unvavah, Po Binasur, Po Putrik v.v...  (Tên những vương tôn Chăm tại miền Nam Chiêm Thành, hay tại Panduranga sau này, đều kèm theo chữ Po (Pô, Pu, Pou hay Poh), có nghĩa là Ông, Ngài hay Vua). Năm 1244, vua Chiêm tổ chức nhiều đợt tấn công vào duyên hải Nghệ An và Thanh Hóa, chiếm đóng Bố Chính, Địa Lý và Ma Linh. Tại Đại Việt, sau khi ổn định triều chính, năm 1252 Trần Thái Tôn dẫn đại quân đi đánh Chiêm Thành. Cuộc tiến công kéo dài gần một năm, thành Vijaya thắt thủ, vương phi Bố Gia La cùng nhiều cung phi, tù binh và quan chức triều đình Chăm bĩ bắt mang về Đại Việt. Jaya Paramesvaravarman II bị tử trận năm 1254, em là hoàng tử Sakan Vijaya lên thay, hiệu Jaya Indravarman VI. Jaya Indravarman VI duy trì giao hảo với Đại Việt, triều cống đều đặn. Năm 1257, nhà Trần rút quân về nước, lúc đó đang bị quân Nguyên (Mông Cổ) đe dọa.  Năm 1257, Jaya Indravarman VI bị ám sát, hoàng tử Pulyan Sri Yuvaraja, con người chị (công chúa Suryadevi) lên thay, hiệu Jaya Sinhavarman VI. Năm 1266, hoàng tử Chay Nuk, con Jaya Paramesvaravarman II, lên kế vị, hiệu Indravarman V. Indravarman V tiếp tục giao hảo tốt với Đại Việt. Năm 1278, Indravarman V sai hai sứ giả (Bồ Tinh và Bồ Đột) sang Đại Việt xin bảo hộ và thành lập một liên minh chống lại quân Mông Cổ. Hay tin này, năm 1281, vua Nguyên (Hốt Tất Liệt) cử hữu thống chế Toa Đô (Sogatu) và tả thống chế Lưu Thâm cùng tham chính A Lý và Ô Mã Nhi mang 10 vạn thủy binh từ Quảng Châu sang Chiêm Thành buộc Indravarman V phải đích thân về Trung Nguyên triều cống. Không chống nổi quân Mông Cổ, Indravarman V chịu đặt Chiêm Thành dưới sự bảo hộ của nhà Nguyên năm 1282. Toa Đô được nhà Nguyên phong làm thống đốc toàn quyền cai trị xứ Chiêm Thành, tiểu vương Chăm nào chịu theo quân Nguyên đều được phong làm phó vương. Hoàng tử Harijit Po Devada Svor (hay Po Depitathor), con Indravarman V, cùng mẹ là hoàng hậu Gaurendraksmi, không chấp nhận sự đô hộ của Mông Cổ rút vào rừng, tổ chức kháng chiến. Harijit mộ được khoảng 20.000 người, gồm đủ mọi các sắc tộc Thượng sinh sống trên cao nguyên Ya Heou, phía tây bắc Chiêm Thành, tấn công quân Nguyên trên khắp lãnh thổ Bắc Chiêm Thành. Năm 1283, Toa Đô dẫn đầu một đoàn quân gồm 5.000 người, 100 tàu và 250 thuyền đi dọc theo bờ biển và các con sông lớn đổ bộ lên Tây Nguyên nhưng bị đánh bại. Quân Mông Cổ - một phần bị bệnh tật, không chịu đựng nổi khí hậu nóng nực của miền nhiệt đới, một phần vì đói kém, thiếu tiếp liệu từ lục địa - phải rút về trấn giữ đồng bằng. Tháng 4-1285, Toa Đô cùng Ô Mã Nhi mang hải đội từ Chiêm Thành, trong đó có đội thủy binh người Chăm, tiến lên ra Bắc hợp với Thoát Hoan vây thành Thăng Long, kinh đô của Đại Việt. Quân của Thoát Hoan bị quân Trần đánh bại phải rút về nội địa, quân của Toa Đô bị đánh tan tại Nghệ An. Toa Đô bị chết tại trận, quân Trần bắt được rất nhiều tù binh Mông Cổ và Chăm, trong đó có hai tướng Chăm tên Lậu Khê và Na Liên, bị trả về cho vua Chiêm Thành xử tội. Những binh lính Chăm khác theo Mông Cổ, không dám về lại quê cũ, theo quân Nguyên về Hoa lục và được cho định cư trên đảo Hải Nàm, bờ biển nam Quảng Châu, nơi đã có nhiều người Chăm khác đến lập nghiệp từ năm 992 dưới thời Lưu Kỳ Tông. Những binh lính Chăm này, đa số theo đạo Hồi, đã lập gia đình với người địa phương và ở lại lập nghiệp. Đây là đợt di dân thứ hai của người Champa ra hải ngoại. Năm 1288 Indravarman V mất, hoàng tử Harijit lên ngôi, hiệu Jaya Sinhavarman III (Chế Mân), đặt kinh đô tại Vijaya. Mặc dù không triều cống nhà Trần, bang giao giữa Đại Việt và Chiêm Thành rất là thắm thiết. Chỉ một thời gian ngắn sau Chiêm Thành hùng mạnh trở lại, các vương quốc lân bang, trong có Đại Việt cử người sang thông hiếu đều đặn. Nhiều đền đài được xây cất cả tại đồng bằng lẫn trên cao nguyên. Chế Mân cho xây một tháp trên đồi Chok Hala, gọi là đồi Trầu, để dân chúng đến tế lễ, sau này là tháp Po Klong Garai (Tháp Chàm Phan Rang). Năm 1292 và 1293, trên đường tiến đánh Java (Indonesia) và Madjapahit (Mã Lai) quân Mông Cổ xin vào bờ mua tiếp liệu nhưng bị Chế Mân từ chối, phải giương buồm đi tiếp. Cũng nên biết Chế Mân có rất nhiều quan hệ tình cảm với các tiểu vương Nam Đảo. Vợ cả của Chế Mân là vương phi Bhaskaradevi, con một đại vương Java ; thứ phi là hoàng hậu Tapasi, con gái một tiểu vương Yavadvipa (Mã Lai). Lãnh thổ Chiêm Thành trong thời kỳ này được nới rộng lên cao nguyên Darlac và Langbian, Chế Mân cho xây một đền thờ tại Yang Prong (An Khê) để đón nhận phẩm vật triều cống của những bộ lạc Thượng trên Tây Nguyên. Năm 1301, cựu hoàng Đại Việt là Trần Nhân Tôn, sau khi nhường ngôi cho con là Trần Anh Tôn, đi thăm các nước láng giềng. Khi thăm Chiêm Thành, Trần Nhân Tôn được Chế Mân tiếp đãi nồng hậu và đã ở lại đây 9 tháng. Để tạ ơn, khi ra về cựu vương hứa gả công chúa Huyền Trân (em gái Trần Anh Tôn) cho Chế Mân. Cuối năm 1301, Chế Mân sai Chế Bồ Đày mang lễ vật sang cưới Huyền Trân. Triều đình nhà Trần có nhiều người không thuận, cuộc thương thảo kéo dài từ 1302 đến 1305 ; sau cùng, mùa hè năm 1306, Chế Mân thuận tặng cho nhà Trần hai châu Ô và châu Rí (châu Lý), phía bắc đèo Hải Vân, để làm quà cưới, nhà Trần mới chịu và sai Đoàn Nhữ Hài đưa Huyền Trân về Chiêm Thành. Tại đây, Huyền Trân được Chế Mân đặt tên là hoàng hậu Paramesvari. Châu Ô và châu Rí là đề tài tranh chấp giữa Đại Việt và Chiêm Thành trong thời gian sau đó. Năm 1307, Trần Anh Tôn đặt tên lại hai châu mới này thành Thuận châu (Quảng Trị) và Hóa châu (Thừa Thiên và một phần Quảng Nam ngày nay), rồi giao cho Đoàn Nhữ Hài cai quản.  Châu Thuận gồm các huyện Đăng Xương (nay là Triệu Phong), Hải Lăng, Phong Điền, Quảng Điền và Hương Trà. Châu Hóa gồm các huyện Phú Vang, Phú Lộc, Diên Phước và Hòa Vang. Người Chăm sống trong các làng La thỉ, Tác Hồng và Đà Bồng nổi lên chống sự cai trị của người Việt. Để trấn an dân Chăm, Đoàn Nhữ Hài chấp nhận để người Chăm chịu sự quản trị trưc tiếp của các nhân sĩ Chăm địa phương và cho miễn thuế ba năm. Về chủ quyền, nông dân Việt đã đến lập nghiệp và khai phá hai châu này từ lâu, nhất là trong thời gian có chiến tranh với Mông Cổ. Thật ra sự sát nhập này, trên bình diện nào đó, chỉ là sự hợp thức hóa một sự kiện đã rồi, vì quan hệ cộng sinh giữa hai chủng tộc đã diễn ra từ lâu đời. Những cuộc hôn nhân dị chủng chắc chắn không phải là những trường hợp ngoại lệ, với thời gian dân cư Việt có lẽ đã đông hơn dân cư Chăm tại đây.