Ngay từ những năm đầu của chế độ, mỗi lần đến thăm các khu định cư của đồng bào theo đạo Công Giáo, Tổng Thống Ngô Đình Diệm đều thấy họ dùng cờ Vatican để trang trí dọc những con đường ông đi qua và nơi ông đến. Tổng Thống đã chỉ thị Bộ Nội Vụ ra Nghị Định và sau đó, chính ông ban hành Sắc Lệnh ấn định thể thức treo Quốc Kỳ và các cờ Hội Đoàn, nhằm biểu lộ sự tôn kính đối với Quốc Kỳ.Trong tác phẩm Ngô Đình Diệm và Nỗ Lực Hòa Bình Dang Dở viết bằng tiếng Pháp,  Nguyễn Vy Khanh chuyển ngữ, tác giả cựu Trung Tá Nguyễn Văn Châu, Giám Đốc Nha Chiến Tranh Tâm Lý Bộ Quốc Phòng từ 1956 đến 1962 viết:"Nghị định do Phủ Tổng Thống ban hành vào ngày 6 tháng 5. 1963 nhắc nhở lại những biện pháp đã được quy định vào năm 1957 và 1958 về việc treo cờ của Giáo Hội"Phần chú thích ghi:‘’Các Nghị Định của Bộ Nội Vụ số 78/NV/NA/85, tháng 9 năm 1957 và số 189/BNV/NA/PS ngày 12 tháng 5 năm 1958"(sđd. Trang 216)Khi tiếp kiến Phái Đoàn Tìm Hiểu Sự Việc của Liên Hiệp Quốc, Tổng Thống Ngô Đình Diệm đã xác minh:"... trong một Sắc Lệnh năm trước đã ấn định thể thức treo cờ của tất cả các tôn giáo trong những buổi lễ lược ngoài trời" (Phúc Trình Liên Hiệp Quốc. Trang 50)Sắc Lệnh ấn định thể thức treo Quốc Kỳ và Giáo Kỳ trong những ngày lễ lớn của các tôn giáo được Tổng Thống Diệm đề cập trên đây, nếu tôi nhớ không lầm, được ban hành vào đầu năm 1962, hơn một năm trước ngày Lễ Phật Đản năm 1963.Như vậy, rõ ràng là thể thức treo Giáo Kỳ và cờ các Hội Đoàn đối với Quốc Kỳ, trước tiên được quy định bởi Nghị Định của Bộ Nội Vụ, sau đó, bởi Sắc Lệnh do chính Tổng Thống ký ban hành.Nói cách khác, cờ các tôn giáo, cờ các hội đoàn, được treo trong các ngày lễ của những tổ chức này. Nhưng phải treo theo thể thức đã được quy định để biểu thị sự tôn trọng Quốc Kỳ là biểu tượng của Quốc Gia.Một vấn đề được nêu lên: Thể thức treo cờ các tôn giáo và hội đoàn đối với Quốc Kỳ đã được quy định từ năm 1957 và được nhắc lại năm 1958 bằng Nghị Định của Bộ Nội Vụ.  Vậy tại sao đến đầu năm 1962 Tổng Thống Diệm còn đích thân ban hành Sắc Lệnh về vấn đề này?Sau đây là nguyên nhân việc ban hành Sắc Lệnh nói trên:Tại vùng Cao Nguyên Ban Mê Thuột có một khu đồi rất đẹp được gọi là Đồi Mai, vì đây là khu mọc toàn mai rừng. Mỗi độ Tết đến, mai vàng nở rực cả một vùng trời. Khu đồi lại có độ cao có thể nhìn bao quát một vùng rộng lớn của Cao Nguyên Ban Mê Thuột đến tận hồ Lark, một thắng cảnh nổi danh của vùng Cao Nguyên Trung Phần. Dưới chân đồi là hai xứ đạo di cư. Xứ Giang Sơn do Linh Mục Phạm Hữu Nghị trông coi,  (Cha Nghị bị chính quyền cộng sản xử bắn năm 1978 trong vụ Nhà Thờ Vinh Sơn) và Xứ Kim Long do Linh Mục Võ Quốc Ngữ cai quản. Hai Giáo Xứ hiệp lực kiến thiết khu đồi này thành một địa điểm hành hương với tượng đài Đức Mẹ Ban Ơn cao gần 5 thước và 14 chặng đàng Thánh Giá.Tôi được cựu Thiếu Tá Phạm Tường, Giám Đốc Nha Công An Cảnh Sát Cao Nguyên Trung Phần kể lại: Tháng 5. 1961, công trình xây dựng địa điểm hành hương trên đây hoàn tất.  Muốn cho cuộc lễ khánh thành được thêm phần long trọng, Cha Nghị đã nhờ Đại Tá Tư Lệnh Sư Đoàn 23 Bộ Binh và ông (Tường), về Sài Gòn mời Tổng Thống lên chủ tọa.Vì bận công vụ, Tổng Thống cử ông Bộ Trưởng Canh Nông đại diện, và dặn đem theo chuyên viên quay phim cuộc lễ đem về cho Tổng Thống coi.Một buổi tối coi phim cuộc lễ khánh thành cùng với số viên chức thân cận, Bí Thư,  Chánh Văn Phòng, Tùy viên... thấy cờ Vatican được treo quá nhiều trong khi Quốc Kỳ thì hầu như không có, Tổng Thống liền chỉ thị: Viết ngay một văn thư ấn định rõ ràng thể thức treo Giáo Kỳ... Nhưng có lẽ sau một ngày mệt nhọc, dịp này viên chức trách nhiệm đã quên thi hành khẩu lệnh của Tổng Thống Sĩ Quan Tùy Viên của Tổng Thống có mặt trong buổi coi phim này là Đại Úy Lê Châu Lộc hiện định cư tại Hoa Kỳ. (Thời Đệ II Cộng Hòa Đại Úy Lộc là Thượng Nghị Sĩ)Tháng 8 năm 1961 ra dự lễ cung hiến Vương Cung Thánh Đường La Vang, Tổng Thống Diệm thấy cảnh cờ Vatican vẫn treo quá nhiều trong khi chỉ có một lá Quốc Kỳ treo trước cửa Nhà Thờ. Trở về Sài Gòn,  ông đã chỉ thị soạn tháo ngay một Sắc Lệnh quy định đầy đủ, chi tiết hơn, về cách thức treo Quốc Kỳ và cờ tôn giáo, hội đoàn trong các ngày lễ, hội của tôn giáo, hội đoàn, khích thước phải dùng cho Quốc Kỳ, Giáo Kỳ, cờ các hội đoàn v. v... Sắc Lệnh được ban hành vào đầu năm 1962.Mặc dầu việc phải tôn trọng Quốc Kỳ trong các cuộc lễ tôn giáo đã được nhắc nhở ngay từ những năm đầu của chế độ Đệ I Cộng Hòa (1957, 1958) bằng Nghị Định của Bộ Nội Vụ, và đến năm 1962 bằng chính Sắc Lệnh của Tổng Thống. Nhưng điều đáng buồn là, dân tộc Việt Nam sau cả ngàn năm bị ngoại bang thống trị, không những chỉ dân chúng, mà ngay cả đến trong hàng ngũ giới trí thức, giới lãnh đạo các tôn giáo, đoàn thể, không còn mấy ai ý thức được lòng tự trọng dân tộc, niềm kiêu hãnh của một đất nước thực sự Độc Lập và có chủ quyền qua biểu tượng lá Quốc Kỳ. Bởi thế, các viên chức cũng như cơ quan hữu trách đã không ý thức được tầm quan trọng của các Nghị Định và Sắc Lệnh nói trên. Việc phổ biến, học tập về những quy định này đã không được thực hiện đúng mức, nên ý thức tôn trọng Quốc Kỳ vẫn chưa có được trong đầu óc người dân.Ngược lại, quan niệm số lượng cờ được găng mắc trong các dịp lễ lược, kỷ niệm, là biểu tượng sức mạnh của tôn giáo, của đoàn thể mình vẫn còn in sâu trong tâm khảm họ. Vì vậy mà trong các dịp này họ vẫn hành động theo thói quen từ lâu đời, chỉ treo cờ tôn giáo hặc hội đoàn mình.Một trường hợp điển hình:Tháng 6 năm 1962, Dòng Chúa Cứu Thế ở Huế tổ chức cuộc rước kiệu Đức Mẹ Hằng Cứu Giúp rất trọng thể. Đoàn kiệu xuất phát từ Nhà Thờ Dòng Chúa Cứu Thế được rước đi ngang qua các Đường: Khải Định, Hàm Nghi, Trần Cao Vân, Duy Tân về tập trung tại sân vận động của Nhà Dòng trên Đường Khải Định. Theo thói quen như từ trước, khắp nơi quanh Nhà Thờ, trong khuôn viên, tại lễ đài, nhà giáo dân, suốt dọc lộ trình đoàn rước đi qua, chỗ nào cũng treo cờ Vatican, mặc dù Sắc Lệnh quy định thể thức treo Quốc và Giáo Kỳ mới được ban hành cách đó mấy tháng.Được biết tình trạng này, Đức Giám Mục Ngô Đình Thục đã yêu cầu chính quyền và Nhà Dòng phải cho hạ ngay mọi lá cờ Vatican treo không đúng quy định. Ty Cảnh Sát Huế đã phái nhân viên phối hợp với Ban Tổ Chức cuộc kiện đi hạ cờ theo yêu cầu của Đức Cha Thục.Một số người đã tham gia việc hạ cờ Vatican treo sai quy định trên đây hiện định cư tại Hoa Kỳ, ông Hoàng Ngọc Trợ ở San José, California, ông Hồ Đắc Trọng ở Thành Phố Gradena, California.Đến cuối năm, tháng 9 hay tháng 10, tôi không nhớ chính xác, Họ Đạo Dòng Chúa Cứu Thế làm lễ khánh thành ngôi Nhà Thờ mới. Qua kinh nghiệm trong cuộc rước kiệu kể trên, nhà giáo dân trong Họ Đạo không treo cờ Vatican, nhưng trong khuôn viên và chung quanh Nhà Thờ vẫn còn treo nhiều cờ sai quy định. Một lần nữa Đức Cha Thục lại can thiệp và Ngài cho biết chỉ đến làm phép Nhà Thờ khi việc hạ cờ treo sai quy định hoàn tất. Một Thày Dòng từ Sài Gòn ra dự lễ khánh thành Nhà Thờ đã tham gia việc hạ cờ Vatican treo sai quy định lần này là Thày Edmond, hiện ở Nhà Dòng Chúa Cứu Thế Long beach.Tiếc rằng khi "Biến cố cờ Phật Giáo" bùng nổ, Đức Cha Thục đã có phản ứng quá nóng nảy trong lời nói khi phát biểu về một vài vị lãnh đạo phong trào tranh đấu, cũng như đã có một số hành động đối kháng phong trào này. Mặc dầu một số Linh Mục uy tín trong Giáo Phận Huế thời bấy giờ, trong đó có cố Đức Hồng Y Nguyễn Văn Thuận và ông Ngô Đình Cẩn cố gắng can ngăn.Hành động quá nóng nảy của Đức Cha Thục đã làm lu mờ tinh thần thượng tôn pháp luật của Đức Cha trong quyết định bắt hạ cờ Vatican tại Họ Đạo Dòng Chúa Cứu thế Huế.  Hành động này làm cho người bàng quan dễ tin vào những người xuyên tạc, cố tình diễn giải sai lạc chỉ thị của Tổng Thống Diệm nhắc phải treo cờ tôn giáo theo quy định mà vì lý do bí ẩn nào đó, viên chức thừa hành đã để đến sát ngày Lễ Phật Đản mới phổ biến. Trong khi chỉ thị này đã được Tổng Thống ban ra trước đó hơn hai tháng. Tệ hại hơn, hành động của Đức Cha Thục còn đáp ứng đúng điều ước mong thầm kín, nếu không muốn nói là mưu độc của Thượng Tọa Trí Quang và nhóm tranh đấu quá khích. Họ đang cố tìm kiếm dữ kiện khả dĩ chứng minh tính cách chính đáng cho hành động của họ và khơi nguồn cho sự đố kỵ Công Giáo-Phật Giáo. Vì vậy họ đã nắm bắt ngay những sự việc do Đức Cha Thục tạo ra, diễn dịch theo cung cách của họ để làm bằng chứng cho một tinh thần kỳ thị, khích động lòng tự ái tôn giáo để lôi cuốn giới lãnh đạo và đồng bào Phật Giáo nhập cuộc. Đồng thời, với sự hỗ trợ của một số cơ quan truyền thông Hoa Kỳ, họ triệt để khai thác những dữ kiện ấy để che đậy kín đáo hơn các thế lực đứng sau lưng họ, và mục đích thật của cuộc đấu tranh được họ phát động dưới "danh nghĩa Phật Giáo". Mục đích này, sau khi đã huy động được một khối tín đồ đáng kể tham gia phong trào và tranh thủ được dư luận bên ngoài ủng hộ cuộc tranh đấu, Thượng Tọa Trí Quang đã không ngần ngại nói thẳng với nữ phóng viên Marguerite Higgins: "Chúng tôi không thể dàn xếp được với Bắc Việt cho đến khi trừ khử được Diệm và Nhu". (Our Vietnam Nightmare. Trang 28)Quyết định bắt hạ cờ Vatican trong cuộc kiệu của Họ Đạo Dòng Chúa Cứu Thế Huế và dịp lễ khánh thành ngôi Nhà Thờ mới cũng tại Họ Đạo này, có thể chứng minh rằng những phản ứng nóng nảy của Đức Cha Thục trong biến cố cờ Phật Giáo, cũng tại Huế, không phải do tinh thần kỳ thị tôn giáo. Vậy thì do đâu Đức Cha Thục lại có những phản ứng tai hại như thế?Theo tôi, những yếu tố: Tinh thần đoàn kết hỗ trợ nhau của anh em chị em Tổng Thống Diệm trong công cuộc tranh đấu cho nền độc lập và quyền lợi đất nước theo lời trăn trối của thân phụ, như tôi đã kể trong mục "Con Người" ông Ngô Đình Cẩn. Lòng tự ái gia tộc trong một con người từng được bạn bè Năm Châu nhìn nhận là thông minh xuất chúng và từ thời thơ ấu đã quen sống trong một khuôn khổ kỷ luật chặt chẽ. Tính nóng nảy, ngay thật đến ngây thơ, cư xử vụng về. Đó là những động lực đã thúc đẩy Đức Cha Thục hành động một cách thiếu suy nghĩ và vô chính trị như vậy.