Sau khi tiếp nhận 5 nguyện vọng do nhóm Thượng Tọa Thích Trí Quang, với danh nghĩa Phật Giáo đạo đạt, Tổng Thống Diệm đã chỉ thị Chính Phủ thành lập một Ủy Ban Liên Bộ đại diện cho chính quyền. Đồng thời yêu cầu Tổng Hội Phật Giáo Việt Nam thành lập một Ủy Ban Liên Phái đại diện cho Phật Giáo toàn quốc. Hai bên cùng thương thảo giải quyết toàn bộ vấn đề.Được biết quyết định của Chính Phủ, Thượng Tọa Trí Quang sợ một Ủy Ban Liên Phái mà thành phần sẽ do Tổng Hội Phật Giáo Việt Nam chỉ định, sẽ không đi đúng đường lối của mình. Nại cớ vụ rắc rối đã xảy ra giữa chính quyền và Phật Giáo tại Huế, Thượng Tọa xin ông Ngô Đình Cẩn giúp đề nghị với Tổng Thống Diệm cho Ủy Ban Liên Bộ thương thảo với Phật Giáo miền Trung chỉ đại diện cho một Miền, nên đề nghị của Thượng Tọa Trí Quang không được Tổng Thống Diệm chấp thuận, Phật Giáo miền Trung được yêu cầu cử đại biểu tham gia phái đoàn Liên Phái Phật Giáo, để cùng giải quyết những nguyện vọng của Phật Giáo toàn quốc.Khi buộc phải tham gia vào Ủy Ban Liên Phái, nhóm Thượng Tọa Trí Quang đã khôn khéo dùng danh nghĩa Hòa Thượng Hội Chủ Thích Tịnh Khiết, chỉ định Thượng Tọa Thích Thiện Minh của Chùa Từ Đàm thay mặt, làm Chủ Tịch Ủy Ban. Còn hai vị Phó Hội Chủ,  Thượng Tọa Thích Tâm Châu và ông Mai Thọ Truyền chỉ là thành viên.Trong khi Ủy Ban Liên Bộ và Ủy Ban Liên Phái Phật Giáo đang chuẩn bị cho cuộc họp đầu tiên, thì ngày 11. 6. 1963 xảy ra sự kiện Thượng Tọa Thích Quảng Đức được một xe hơi chở đến ngã tư Phan Đình Phùng-Lê Văn Duyệt, được dìu ra ngồi giữa ngã tư và tự thiêu.Cuộc tự thiêu này được Giáo Sư Bùi Hữu Sủng, người tình cờ được chứng kiến từ những giây phút đầu, thuận lại với ông Nguyễn Trân tác giả hồi ký lịch sử "Công và Tội" như sau:"Lúc bấy giờ, lời Cụ Sủng, tôi làm Hiệu Trưởng Trường Nguyễn Khuyến, số 68 Đường Lê Văn Duyệt và 181 Đường Phan Đình Phùng Sài Gòn, đối diện với Sứ Quán Cam Bốt. Sáng hôm 11. 6. 1963, tôi thấy Thầy Thích Tâm Châu và Thích Tâm Giác từ phía Trường Học Pháp Colette đi xe hơi tới rồi vòng quanh trước Trường Nguyễn Khuyến và Sứ Quán để dò đường.  Một lát sau, độ mười chú Tiểu tới đứng thành vòng tròn giữa ngã tư. Kế tiếp một xe hơi đen hiệu Austin chạy tới rồi dừng lại. Người lái xe là ông Trần Quang Thuận mở cửa xe, dìu một vị Sư già bước xuống rồi đưa tới để ngồi giữa vòng tròn của chú Tiểu, đoạn xe chạy đi. Vị Sư ấy mà tôi biết là Thích Quảng Đức bật quẹt lửa, nhưng không cháy. Thầy Tâm Giác liền tới quẹt diêm và châm lửa. Lửa phừng lên cao phủ cả người Thầy Quảng Đức. Trông thật là kinh khủng và thê thảm. Tôi run cả người lên và thấy một Cảnh Sát Viên đứng gác gần đó chụp mũ vào ngực khóc sướt mướt".Hỏi sao Cụ biết vị Sư đó là Thích Quảng Đức, Cụ Sủng trả lời:"Vợ tôi thường đi Chùa Phước Hòa trên Đường Phan Đình Phùng nên nhiều lần thấy Thầy Quảng Đức ở đó. Mỗi ngày hai bữa Thầy Tâm Giác đem thức ăn tới cho Thầy".Tôi (Nguyễn Trân) hỏi Cụ Sủng có phải là Thầy Quảng Đức say thuốc như người ta nói không? Cụ Sủng trả lời:"Không biết, chỉ thấy Thầy đi lảo đảo và lúc ở Chùa thì được biết là Thầy có bệnh".  (Công Và Tội. Trang 420)Những người trong chính quyền Kennedy thuộc nhóm chủ trương phải thay Tổng Thống Diệm,  đã nhanh chóng chụp lấy cơ hội này thực hiện một kế hoạch thâm độc. Bề ngoài họ công khai yêu cầu Chính Phủ Việt Nam phải nhượng bộ những đòi hỏi của các nhà lãnh đạo Phật Giáo. Nhưng bên trong họ lại nói với nhau:"Chúng ta hiểu rõ rằng thỏa mãn những yêu sách của Phật Giáo... là khuyến khích họ yêu sách hơn nữa... nhưng chúng ta vẫn đòi hỏi Chính Phủ Việt Nam phải thỏa mãn những yêu sách ấy". (The Year Of The Hare. Trang 34)Và ngay sau khi Tổng Thống Kennedy cử ông Henri Cabot Lodge giữ chức Đại Sứ tại Việt Nam thay Đại Sứ Frederick Nolthing, thì một nguồn tin được loan truyền rất nhanh trong dân chúng Sài Gòn và các Thành Phố lớn. Ông Lodge qua với sứ mạng tổ chức đảo chánh lật đổ Tổng Thống Ngô Đình Diệm.Đặc biệt, vị Tân Đại Sứ của Đồng Minh Hoa Kỳ, ông Henri Cabot Lodge, khi vừa đặt chân đến Sài Gòn đã gửi ngay cho nhóm chống đối một thông điệp ủng hộ bằng một hành động đầy tính chất "thực dân, ngạo mạn". Ông ta đến Sài Gòn, chưa trình Ủy Nhiệm Thư lên Chính Phủ Việt Nam, đã đến thăm Thượng Tọa Trí Quang đang ẩn nấp trong cơ quan USOM của Mỹ, chụp hình với Thượng Tọa, và ngày hôm sau tấm hình này đã được phổ biến đi khắp nơi.Dựa vào những sự tán trợ ngấm ngầm và công khai ấy, các hoạt động của phong trào tranh đấu và những thành phần chống đối chế độ Đệ I Cộng Hòa ngày càng trở nên ồn ào và hung hãn hơn. Một số Chùa đã công khai biến thành Trung Tâm phổ biến tin tức khích động,  chỉ huy các cuộc biểu tình và các hoạt động chống Chính Phủ. Tập hợp nhiều thành phần không rõ lý lịch, tạo nên tình trạng vô luật pháp, gây rối loạn an ninh xã hội tại Sài Gòn và một số Thành Phố khác.Việc biến số Chùa này thành những trung tâm công khai sách động quần chúng chống lại Chính Phủ, là một âm mưu thâm độc được nhóm tranh đấu của Thượng Tọa Trí Quang đưa ra để sập bẫy Chính Phủ. Họ cố tình dựng lên những trung tâm ấy để, vì nhiệm vụ bảo vệ an ninh chung, bắt buộc chính quyền phải dẹp bỏ, họ trông mong trong cuộc dẹp bỏ những nơi này."Họ (lực lượng An Ninh của Chính Phủ) sẽ giết một hai người của chúng tôi". (Our Vietnam Nightmare. Trang 181). Lời Thượng Tọa Trí Quang nói với ông Denis Warner, một nhà báo người Úc.Âm mưu thâm độc này của họ Chính Phủ cũng đã biết rất rõ, như ông Ngô Đình Nhu nói trong lễ bế giảng khóa XIII Ấp Chiến Lược ngày 23. 7. 1963:"Đó là lối đấu tranh cố tạo ra tình trạng bất ổn bắt buộc lực lượng bảo vệ an ninh phải đối phó, càng bất ổn càng phải đối phó mạnh, càng đối phó mạnh càng làm cho quần chúng bất mãn và đi đến một cuộc đảo chánh".Nhưng vì bổn phận bảo vệ an ninh chung, lực lượng giữ gìn an ninh của Chính Phủ không thể không hành động.Về quyết định kiểm soát một số Chùa, tôi được ông Cao Xuân Vỹ và Trung Tá Phạm Thứ Đường, những người đã được đọc bản thỉnh nguyện của một số Tướng lãnh trình lên Tổng Thống Diệm, kể lại: Một số Tướng lãnh do Tướng Trần Văn Đôn dẫn đầu, đã đến gặp ông Ngô Đình Nhu nhờ ông chuyển trình Tổng Thống một thỉnh nguyện thư. Trong thỉnh nguyện thư các Tướng lãnh yêu cầu Tổng Thống phải hành động trước khi tình hình trở nên quá tồi tệ, làm phương hại đến tinh thần chiến đấu của binh sĩ. Họ yêu cầu Tổng Thống tuyên bố tình trạng thiết quân luật, giao cho Quân Đội hành động để trả Chùa chiền lại cho việc thờ phụng.Việc số Tướng lãnh này gặp ông Ngô Đình Nhu cũng được Tướng Trần Thiện Khiêm,  khi ấy là Tham Mưu Trưởng Liên Quân, thuật lại với bà Marguerite Higgins như sau:"Ngày 20 tháng 8, số Tướng lãnh chủ chốt được mời vào Dinh Tổng Thống thảo luận về tình hình do các cuộc biểu tình gây nên tại các Thành Phố. Ông Ngô Đình Nhu hỏi các Tướng lãnh bây giờ phải làm gì để giải quyết tình trạng này? Người đầu tiên phát biểu ý kiến là Tướng Trần Văn Đôn. Ông Đôn nói rằng, không thể để cho những xáo trộn cứ liên tục tiếp diễn. Tình trạng hỗn loạn này làm sói mòn nghiêm trọng lòng tin của dân chúng vào uy quyền của Chính Phủ trong tin của dân chúng vào uy quyền của Chính Phủ trong khả năng kiểm soát tình hình. Phải tập trung những người điều khiển các cuộc xáo trộn này lại... Chùa chiền không thể dành đặc quyền của nơi tôn nghiêm cho hành động khuynh đảo. Việt Cộng đang lợi dụng tình hình. Không thể để một nhóm được đặc quyền đòi hỏi phải có một mức độ kỷ luật nào đó ở hậu phương... " Sau khi Tướng Đôn phát biểu, các Tướng lãnh đã thảo luận kỹ lưỡng về kế hoạch bắt giữ những Phật Tử khuynh đảo quá khích, trả Chùa lại cho các sinh hoạt tôn giáo,  hơn là để nó trở thành các trung tâm hoạt động chính trị.Sau cuộc thảo luận, các Tướng lãnh đã quyết định đồng loạt ký tên vào bản thỉnh nguyện trình Tổng Thống Diệm cho phép họ tiến hành thực hiện kế hoạch. Bản thỉnh nguyện được trình Tổng Thống Diệm tối hôm đó, qua ông Ngô Đình Nhu... (Our Vietnam Nightmare Trang 191)Và chính Tướng Đôn, ba hôm sau, ngày 23. 8, đã mời ông Conein đến Bộ Tổng Tham Mưu cho ông này biết rằng:"Lệnh thiết quân luật ông Diệm tuyên bố trước đây, trong tháng tám là do yêu cầu của mười Tướng lãnh. Quân Đội tìm cách buộc các tăng sĩ từ các Chùa ngoài Thủ Đô vào Sài Gòn phải trở về Tỉnh hoặc Làng của họ. Khi chấp nhận yêu cầu của Quân Đội, ông Diệm đòi phải bảo đảm an toàn cho các tăng sĩ. Ông (Tổng Thống Diệm) cũng chống lại việc đóng cửa các Trường Học, vì giới trẻ cần có cơ hội tự bày tỏ ý kiến của họ. Ông Đôn cũng nhấn mạnh rằng không thể tách ông Nhu ra khỏi ông Diệm được và rằng ông Diệm không thể được thay thế bằng một Tướng lãnh hoặc một người dân sự trong vai trò Quốc Trưởng". (The Year Of The Hare. Trang 55)Tiếp nhận thỉnh nguyện của Tướng lãnh, sợ Quân Đội hành động quá mạnh, Tổng Thống Diệm đã đưa ra hai điều kiện trước khi chấp thuận lời yêu cầu của họ:1. - Chính Phủ không thay đổi đường lối hòa giải với Phật Giáo.2. - Quân Đội phải dàn xếp thế nào để tránh khỏi đổ máu.Được Tổng Thống chấp thuận, tối ngày 20 tháng 8 các Tướng Trần Văn Đôn, Tôn Thất Đính, Trần Thiện Khiêm, hai Đại Tá Nguyễn Văn Y Tổng Giám Đốc Công An Cảnh Sát, Lê Quang Tung Tư Lệnh Lực Lượng Đặc Biệt đã họp với ông Cố Vấn Ngô Đình Nhu quyết định việc kiểm soát một số Chùa. Khi ông Nhu nhắc lại việc phải tuân thủ hai điều kiện Tổng Thống đưa ra trong khi thực hiện việc kiểm soát Chùa, các Tướng lãnh đã tỏ ra bất bằng nói: "Tổng Thống đưa ra một vấn đề nan giải". (Phúc Trình Liên Hiệp Quốc. Trang 56)Cuộc kiểm soát một số Chùa đã được thực hiện đồng loạt vào những giờ đầu ngày 21. 8. 1963 do Cảnh Sát Dã Chiến, phối hợp với Lực Lượng Đặc Biệt tại Sài Gòn, Cảnh Sát Dã Chiến với Quân Đội tại các nơi khác. Trong toàn miền Nam có tất cả 14 ngôi Chùa bị kiểm soát.Khi tiến vào các Chùa, Lực Lượng An Ninh đã gặp phải sự kháng cự mãnh liệt. Tại Chùa Từ Đàm họ đã không thể tiến vào khuôn viên Chùa được. Vì không có nón sắt, họ không làm sao vượt qua được những trận mưa gạch, đá từ trong Chùa ném ra. Trước tình hình ấy,  Tướng Đỗ Cao Trí đã điều động Quân Đội tới, và ông mặc thường phục, đích thân đến gần Chùa Từ Đàm chỉ huy cuộc hành quân.Mục đích của cuộc kiểm soát một số Chùa là vãn hồi trật tự công cộng, và thanh lọc số người đang cư trú bất hợp phát tại các nơi ấy.Mấy vị chân tu như Tăng Thống Thích Tịnh Khiết, Hòa Thượng Tường Vân... được đưa đến Bệnh Viện Cộng Hòa, chăm sóc. Tổng Thống Diệm đã cử ông Tôn Thất Thiết, Chánh Sở Nội Dịch Phủ Tổng Thống đại diện lui tới thăm hỏi và chỉ thị Tổng Y Viện Cộng Hòa phải đặc biệt săn sóc các vị ấy.Các tăng sĩ khác thuộc Chùa nào đều được trả về Chùa ấy. Nhưng đặc biệt, cho đến ngày cuộc đảo chánh bùng nổ, 1. 11. 1963, nghĩa là hơn hai tháng sau ngày kiểm soát một số Chùa, vẫn còn đến gần 300 người cạo đầu, mặc áo nhà tu, nhưng không được Chùa nào cũng như Ủy Ban Liên Phật Giáo nhận lãnh, vì không nơi nào có lý lịch của họ. Số người này, sau ngày 1. 11. 1963, đã được Hội Đồng Tướng Lãnh trả tự do và được coi như bằng chứng Chính Phủ Ngô Đình Diệm bắt bớ giam giữ các tăng sĩ Phật Giáo.Phần Thượng Tọa Trí Quang,  ông đã thoát không bị bắt giữ trong cuộc lục soát Chùa Xá Lợi, nhờ một nhân vật trong văn phòng Tổng Thống báo cho biết trước. Và tôi được Đại Tá Lê Quang Tung cho biết, Thượng Tọa Trí Quang đã trốn được qua cơ quan USOM nhờ chui qua một lỗ hổng đục sẵn từ trước trên bức tường ngăn Chùa Xá Lợi với cơ quan USOM. Lỗ hổng này được che khuất bằng một cái kệ. Thoát được qua trụ sở cơ quan USOM, Thượng Tọa được Tòa Đại Sứ Mỹ bảo vệ. Họ đã từ chối lời Chính Phủ Việt Nam yêu cầu trao Thượng Tọa lại cho cơ quan hữu trách của Chính Phủ.Những tin tức liên quan đến các hoạt động chống Chính Phủ cũng như sự kiện Thượng Tọa Quảng Đức tự thiêu và việc kiểm soát một số Chùa, đã được các phóng viên ngoại quốc có mặt tại Sài Gòn, đặc biệt là số phóng viên Mỹ, nhanh chóng truyền đi những hình ảnh, tin tức, với những diễn giải hoàn toàn bất lợi cho Chính Phủ. Điều này đã làm cho dư luận tại một số nước trên thế giới, vốn không hiểu biết gì về tình hình an ninh tại Việt Nam, một nước mà tại đó, cuộc chiến tranh ý thức hệ đang diễn ra gay gắt giữa những người dân cùng một tiếng nói, một mầu da. Họ không có chút hiểu biết nào về chiến thuật, chiến lược của loại chiến tranh khuynh đảo và nổi dậy do cộng sản chủ trương và điều khiển. Vì thế, họ đã dễ dàng tin rằng tại đấy đang thực sự có một cuộc đàn áp những người theo một tôn giáo khác với tôn giáo của các Nhà Lãnh Đạo Chính Phủ.Thêm vào đó, sau vụ kiểm soát một số Chùa, ngay trong thành phần Chính Phủ cũng có những phản ứng vô cùng bất lợi cho Tổng Thống Diệm, như việc ông Vũ Văn Mẫu từ chức Bộ Ngoại Giao, ông Trần Văn Chương từ chức Đại Sứ tại Hoa Kỳ... để phản đối quyết định của Chính Phủ.Đến nay, qua những tài liệu mật của Chính Phủ Hoa Kỳ liên quan đến việc tổ chức cuộc lật đổ Tổng Thống Ngô Đình Diệm được bạch hóa, người ta được biết các ông trên đây đã được hứa hẹn những chức vụ quan trọng trong chính quyền mới sau khi Tổng Thống Diệm bị loại.Một điều đáng suy nghĩ đó là, mặc dù chính Tướng Trần Văn Đôn, Quyền Tham Mưu Trưởng và Trần Thiện Khiêm, Tham Mưu Trưởng Liên Quân, hai nhân vật chủ chốt trong cuộc đảo chánh ngày 1. 11. 1963 đã cho Lucien O’Conein, sĩ quan CIA đại diện Đại Sứ Lodge bên cạnh các Tướng lãnh biết, việc kiểm soát một số Chùa là do thỉnh nguyện của các Tướng lãnh.  Nhưng tin tức về vụ này, được phóng viên các hãng thông tấn của Hoa Kỳ gởi ra ngoài, thì lại chỉ nói đến cuộc kiểm soát Chùa tại Sài Gòn, và được nhấn mạnh điểm: Do Lực Lượng Đặc Biệt, một Lực Lượng trung thành với Tổng Thống Diệm thực hiện theo lệnh của ông Ngô Đình Nhu, còn Quân Đội không can dự vào vụ này. Trong khi, ngoại trừ mấy Chùa tại Sài Gòn,  ở tất cả các nơi khác, cuộc kiểm soát này đều do Quân Đội thực hiện. Ngoài ra, họ cũng đã không hề nói đến những yếu tố:- Chỉ có 14 trong 4766 ngôi Chùa lớn nhỏ trong toàn miền Nam bị kiểm soát.- Tình hình sinh hoạt khi ấy tại 14 ngôi Chùa này thực sự là những hoạt động công khai khích động, kêu gọi dân chúng nổi lên chống lại Chính Phủ, không còn là những Chùa để dùng cho việc thờ phụng đích thực nữa.