Khi lấy xong thiên hạ, Lê Lợi lên ngôi báu. Tháng một năm Mậu Thân (1428). Lê Thái Tổ thiết triều, hội các quan văn võ lại luận bàn ân thưởng, phong Trần Nguyên Hãn làm Tả tướng quốc, ban Nguyễn Trãi tước Quang Phục hầu và cho giữ chức Nhập nội hành khiển. Tuy được phong thưởng quan cao chức trọng nhưng cả hai anh em đều không thật yên lòng. Một lần, Trần Nguyên Hãn nói với Nguyễn Trãi: - Vua ta có tướng như Việt Vương Câu Tiễn, không thể cùng hưởng phú quý được. Nguyễn Trãi bảo: - Ta cũng sợ nhà vua đối đãi với bề tôi như Hán Cao Tổ với Hàn Tín ngày xưa. Anh em đều thở dài. Bấy giờ, vua Lê Thái Tổ hay bệnh tật ốm đau, con trưởng là Tư Tề thì ngu dốt ngông cuồng, con thứ là Nguyên Long thì còn nhỏ tuổi. Bởi thế, vua đem lòng lo sợ cho ngôi báu mà nghi các công thần danh tiếng. Quả nhiên, năm sau, Lê Thái Tổ sai bốn mươi hai lực sĩ về trại Sơn Ðông (Vĩnh Phú), nơi Trần Nguyên Hãn cáo quan lui về ở ẩn, bắt về kinh trị tội. Phạm Văn Xảo cũng là một khai quốc công thần nhưng Xảo gốc người ở kinh đô, lại có danh vọng đối với mọi người, vua Thái Tổ sợ sau sinh biến nên cũng ra lệnh giết nốt. Nguyễn Chích thì bị cách chức về làm dân thường. Còn Nguyễn Trãi bị bị tước hết quan tước tống ngục. Ít lâu sau, áng chừng thấy Nguyễn Trãi lòng dạ ngay thẳng khó đem xử tội, vua Thái Tổ mới tha ra, cho phục chức như cũ. Nguyễn Trãi nhận chức nhưng trong bụng không vui, nhân nói với người thân: - Ta theo hoàng thượng nếm mật nằm gai, hơn mười năm một lòng tôn phù. Giờ việc nước đã thành, vua thì ngờ vực bề tôi, giết hại công thần, kẻ thân yêu thì cho vinh hiển, người xu nịnh thì được tin dùng. Khanh tướng thì lập đảng riêng tây, triều đình thì thiếu người can gián, ai nấy chỉ lo sướng thân lợi nhà, không nghĩ đến khổ dân hại nước. Nhớ xưa ở Lam Sơn đọc sách binh; đang lúc đó, chí ta đã để nơi dân đầu xanh kia. Bởi thế, ta ra dự việc nước, gắng sức chèo chống, may ra dân lành bớt phần khổ nhục. Một hôm, vua Thái Tổ cho vời Nguyễn Trãi đến hỏi: - Nghĩa lớn mới thành, việc nước việc quân đều chưa quen thạo, làm cách nào để yên dân mở nước? Nguyễn Trãi tâu: - Hòa thuận trong nhà nhớ giữ một lòng thân ái, thương yêu dân chúng hãy làm những việc nhân đức, đừng vì ơn riêng mà thưởng bậy, chớ vì giận mình mà phạt bừa; đừng thích tiền của mà xa xỉ bừa bãi, đừng gần thanh sắc mà suồng sẽ hoang dâm, cho đến việc dùng nhân tài nghe can gián, ra một chính sách một mệnh lệnh, phát một lời nói, một việc làm đều phải đúng mực, hợp với lẽ thường, có thế, trên mới đáp ứng được ý trời, dưới mới thỏa mãn được lòng dân, quốc gia mới yên ổn bền vững lâu dài. Ðoạn, Nguyễn Trãi lại tâu: - Mến người có nhân là dân, mà như con sông chở thuyền và lật đổ thuyền cũng là dân. Giúp người có đức là trời, nhưng khó tin và rất hay thay đổi cũng là trời. Dám mong bệ hạ siêng năng giữ gìn những việc kính trời chăm dân, chớ nên xem thường. Lê Thái Tổ gật đầu khen phải rồi hỏi: - Nay đám đại thần tổng quản và quan lại ở các Viện, Sảnh, Cục tham ô lười biếng nên răn dạy thế nào? Nguyễn Trãi tâu: - Phàm người có chức vụ coi quân trị dân đều phải dùng phép công bằng, làm việc cần mẫn, hết lòng thờ vua, hết sức chăm dân, bỏ thói tham ô, trừ tệ lười biếng, bè đảng riêng tây phải bỏ, thái độ cố phạm phải chừa, coi công việc nước như công việc của chính mình lấy điều lo của dân làm điều lo cho bản thân. Xin bệ hạ xuống chiếu răn bảo nghiêm cấm; nếu ai không nghe không sửa ấy là kẻ đó tự huỷ diệt mình. Lê Thái Tổ rất vừa ý, thầm khen Trãi thẳng thắn cương trực. Nhưng bấy giờ vua hay ốm đau mệt mỏi, bọn Lê Sát, Lê Vấn dèm pha xu nịnh, lấn lướt người ngay, thâu tóm quyền hành lập vây cánh, Nguyễn Traĩ thấy thế đành thở dài. Có lần, nhân dạo chơi ngoài thành chợt nghe dân nhỏ to bàn tán, một người nói: - Trên thì tể tướng, dưới thì trăm quan hùa nhau kiếm lợi, hối lộ công hành. Một người tên là Cao Sư Ðãng cũng nói: - Thiên tử thì thất đức, đại thần thì hối lộ, dùng toàn là kẻ vô công, có làm điều thiện nào đâu! Nghe vậy, Nguyễn Trãi bèn quay gót, biết thế không thể đừng được, mới dâng biểu xin cáo quan lui về Côn Sơn (Hải Hưng) sống cuộc đời thanh đạm giản dị. Ngày đêm đọc sách ngâm thơ, thưởng trăng ngắm hoa nhưng lòng Nguyễn Trãi vẫn không vui; hễ nghĩ đến non sông mờ mịt, muôn dân sầu khổ thì không cầm nước mắt, nên có thơ rằng: “ Say mùi đao, trà ba chén Tả lòng phiền, thơ bốn câu”. Ðỗ Mộng Tuân, người bạn đỗ cùng khoa với Nguyễn Trãi có lần đến Côn Sơn thăm đã nói: - Nhà quan tri tam quán sự sao mà lạnh lẽo như một dòng nước. Bốn vách tường trống trải xơ xác, chỉ được cái giàu sách vở. Nguyễn Trãi tuy đem thân gửi chốn suối rừng nhưng cũng là miễn cưỡng. Bởi thế, chí ông vẫn để ở nơi dân nước. Tấm lòng ưu ái ấy chẳng lúc nào khuây. Ông thường mượn thơ để gửi niềm trung phẫn: “Ao quan thả một bè rau muống Ðất bụt ương nhờ một luống mùng Còn có một lòng âu việc nước Ðêm đêm thức nhẵn nẻo sơ chung” Lê Thái Tổ mất. Trước khi băng hà, chừng hối tiếc về lỗi lầm đối với Nguyễn Trãi nên vua di mệnh lại cho thái tử Nguyên Long nên dùng Nguyễn Trãi. Nguyên Long nối ngôi, tức Lê Thái Tông bèn xuống chiếu vời Trãi về kinh. Ông lập tức tiến triều, vào chầu trước bệ tâu rằng: - Thần tài sơ đức mỏng, tóc bạc lòng son, tưởng gửi nắm xương tàn nơi quê cũ, may được dịp mây trời ban xuống truyền gọi trở ra. Bệ hạ thương thần như con ngựa già còn kham được roi quất, dấn bước phi lên. Chí thần những muốn bắt chước người xưa lập chí, lòng thần yêu dân chúng nên thường hay lo trước việc thiên hạ chưa lo. Nguyện dốc lòng phơi tấm gan trung, xin bệ hạ cứ bền tín nhiệm. Tiếc thay, Thái Tông mới mười tuổi, việc nước đều do Lê Sát chấp chính chuyên quyền định đoạt khiến Nguyễn Trãi không sao thi thố tài năng để mưu việc ích nước lợi dân. Năm ấy (1434), Thái Tông sai Nguyễn Trãi viết biểu sang nhà Minh cầu phong. Viên nội mật viện Nguyễn Thúc Huệ và Học sĩ Lê Cảnh Xước ỷ thế là tay chân của Ðại tư đồ (tể tướng) Lê Sát, đòi đổi mấy chữ, Nguyễn Trãi quắc mắt mắng luôn: - Việc chăm dân sao không lo làm? Hiện nay trong nước đương hạn hán, mà có tai nạn ấy chính là tự lũ các ông. Các ông chỉ là đồ thích sưu cao thuế nặng, vơ vét của dân cho nhiều nên trời mới giáng tai tỏ ý trừng phạt! Thúc Huệ khi làm tham tri Bắc đạo đã bòn rút vơ vét của dân, làm cho dân một lộ xơ xác hết cả tiền của. Nay Huệ thấy Trãi nói vậy thì giật mình, căm lắm mới đem câu nói ấy mách với Lê Sát, Lê Vấn. Vấn tức tối, hạch Nguyễn Trãi: - Gây ra tai nạn không phải lỗi bọn ty thuộc, mà chính là bởi vua và tướng. Sao ông lại nặng lời như thế? Nguyễn Trãi đáp: - Thúc Huệ là kẻ tài thì tầm thường mà lại hay có thói bòn vét. Hắn ở địa vị then chốt, mỗi khi có việc tâu bày chỉ thấy bàn sự đục khoét của dân cho nặng để làm giàu của kho, cốt làm vui lòng vua. Bọn Lê Vấn biết Nguyễn Trãi chẳng phải tay vừa, đành bấm bụng làm ngơ. Mấy năm sau, Thái Tông sai Nguyễn Trãi và viên quan hoạn Lương Ðăng soạn lễ nhạc dùng trong các nghi lễ của triều đình. Ðón được ý vua, Ðăng bày vẽ nhiều thứ nhã nhạc, chế định lắm thứ nghi thức, yến tiệc, phiền hà tốn kém. Nguyễn Trãi bèn vào triều gặp vua can gián. - Thời loạn dùng võ, thời bình dùng văn. Nay chế định lễ nhạc thật là đúng thời vậy. Nhưng nếu cội gốc không vững thì lễ nhạc không dựa vào đâu mà đứng được. Nguyện xin bệ hạ yêu thương nuôi dưỡng lấy dân chúng, khiến cho trong xóm làng không có tiếng oán hận sầu than. Ðó chính là cái gốc của nhạc vậy. Vua nín lặng không nói sao, vẫn để Lương Ðăng chế định. Nguyễn Trãi và một số triều thần như Ðào Công Soạn, Nguyễn Truyển, Nguyễn Liễu thấy thế mới họp nhau cùng dâng sớ can vua. Vua không nghe, Ðăng càng được thế lấn lướt, Liễu giận quá chỉ mặt Ðăng mắng: - Từ xưa tới nay, chưa có bao giờ hoạn quan lại được tự chuyên làm nát thiên hạ như vậy! Chẳng ngờ, Ðăng là tay chân của bọn Lê Sát nên Sát bênh mới dèm pha xúc xiểm, khiến Thái Tông bắt tội Liễu thích chữ vào mặt đày đi nơi xa. Nguyễn Trãi thấy chính sự đổ nát, không sao cứu trăm họ cho khắp được, đành dâng biểu cáo quan, lại xin lui về Côn Sơn. Việc ấy là vào năm Thiệu Bình thứ sáu (1438).