Năm 1996, Sovchak thất bại trong bầu cử, Putin cũng rời Saint Petersburg về Mátxcơva, đúng lúc cuộc tổng tuyển cử ở Nga đang vào giai đoạn rầm rộ. Tháng 6/1996, Tshubai tiến cử Putin với Borokin lúc ấy đang phụ trách kinh doanh tài sản của Chính phủ và điện Kremlin, Putin được bổ nhiệm làm Phó Cục trưởng Cục Sự vụ Tổng thống, quản lý công việc mậu dịch đối ngoại và pháp luật.Borokin tuy là Cục trưởng Cục Sự vụ Tổng thống nhưng lại có ảnh hưởng rất lớn ở Nga. Borokin phụ trách quản lý tài sản của Chính phủ Yeltsin, bao gồm điện Kremlin, nhiều nhà cửa, văn phòng, bệnh viện, nhà an dưỡng. Cục Sự vụ Tổng thống mà ông ta lãnh đạo, thực tế là một vương quốc độc lập to lớn, với tổng số nhân viên hơn 15 vạn người, dự toán chi phí hàng năm tới 2,5 tỷ USD. Ngoài ra ông ta còn có quan hệ mật thiết với nhà Tổng thống Yeltsin, là một trong số ít những người thân tín của Tổng thống.Borokin đã nhìn đúng tài năng của Putin, bổ nhiệm Putin làm cấp phó của mình, điều này cho thấy Putin bắt đầu bước vào gia tộc Yeltsin.Chưa đầy một năm, tháng 3/1997, Putin được mời tham gia êkip hành chính của Yeltsin, trở thành Phó Chủ nhiệm Văn phòng Tổng thống, kiêm Tổng Cục trưởng Tổng cục Giám sát (phụ trách giám sát việc chấp hành mệnh lệnh hành chính của Tổng thống) rất có thế lực. Đồng thời Tshubai cũng từ chức Chủ nhiệm Văn phòng Tổng thống được điều giữ chức Phó Thủ tướng thứ nhất của Chính phủ kiêm Bộ trưởng Tài chính.Trong thời gian này, Putin còn phụ trách quan hệ giữa điện Kremlin với 89 vùng của nước Nga và được tiếng là "phần tử đế quốc" cứng rắn, vì Putin kiên trì không giao nhiều quyền lực cho người lãnh đạo khu vực của chủ thể Liên bang có tư tưởng độc lập.Chủ nhiệm Trung tâm Nghiên cứu Chính trị, kho tư tưởng của Nga là Igo Buhin nói: "Putin là một quan chức có tư tưởng cấp tiến, khi công tác ở Tổng cục Giám sát, đã áp dụng chính sách rất cứng rắn đối với các thủ lĩnh ở một số vùng".Putin được coi trọng không phải chỉ vì có sự tiến cử của Tshubai, mà chủ yếu là do năng lực và tính cách của Putin. Putin thường không xuất đầu lộ diện, luôn kín đáo, nhưng luôn có quan hệ tốt với các ngành có sức mạnh của Nga.Ngày12/11/1997, Minkin, phóng viên Nga vốn nổi tiếng về việc đưa những tin tức có tính chất tố giác, đã tung ra một tin như quả bom nổ, trong tiết mục phát trực tiếp trên một đài phát thanh: Một "êkip tác giả" đứng đầu là Tshubai đã mượn cớ biên soạn tập "Lịch sử tư hữu hóa nước Nga" để lấy tiền nhuận bút cao phi lý. Minkin kịch liệt lên án hành vi của Tshubai và một số quan chức Chính phủ và phê phán lối làm đó là một hành vi "nhận hối lộ biến tướng" và "lợi dụng chức quyền để phạm tội".Việc các quan chức Chính phủ sử dụng thời gian ngoài giờ làm việc để viết sách là không có gì phải bàn cãi, nhận một số tiền nhuận bút cũng là lẽ đương nhiên, nhưng Tshubai và một số người lại thu nhận một số tiền nhuận bút cao tới mức quá đáng trong lúc cuốn "Lịch sử tư hữu hoá nước Nga" vẫn chưa ra đời. Theo lời Minkin tố giác, tham gia biên soạn cuốn sách này còn Phó Thủ tướng Chính phủ kiêm Chủ tịch Uỷ ban quản lý tài sản Boiko, Chủ tịch Uỷ ban phá sản Liên bang Moxtavoi, Phó Chủ nhiệm thứ nhất Văn phòng Tổng thống Khachakov và nguyên Phó Thủ tướng Chính phủ kiêm Chủ tịch Uỷ ban quản lý tài sản Kokh. Theo hợp đồng xuất bản, mỗi người trong bọn họ được nhận 9 vạn USD trong việc xuất bản cuốn sách này, có nghĩa là mỗi hàng chữ trong cuốn trị giá 72 USD.Nhưng còn có nhiều vấn đề không chỉ riêng trong chuyện nhuận bút, mà còn là những áp phe ngầm đằng sau "hợp đồng xuất bản". Minkin tố giác, tháng 5/1997, bọn Tshubai đã ký kết hợp đồng với tập đoàn xuất bản ngành báo chí "Ngày nay", nhưng tháng 6 vẫn chưa cầm bút viết sách, Tshubai và một số người đã được dự chi 60% tiền nhuận bút. Và sau đó không lâu trong cuộc bán đấu giá Công ty Đầu tư điện tín Nhà nước Nga và một phần tài sản của Công ty Niken Noritsk, Chủ tịch Tập đoàn Xuất bản ngành báo "Ngày nay" là Botanin đã mua được với giá rất hời. Dựa vào những vụ việc trên, Minkin đã lên án các tác giả cuốn "Lịch sử tư hữu hoá nước Nga" là nhận hối lộ biến tướng. Tin của Minkin đưa ra như tảng đá ném xuống nước sông bắn tung toé, lập tức gây chấn động mạnh trên chính trường Nga, làm Tshubai xưa nay vẫn xuôi chèo mát mái không còn sức đối phó.Sau khi nhuận bút tai tiếng bị tố giác, phe đối lập thuộc cánh tả đứng đầu là Cộng sản Nga đã nhân cơ hội Duma thảo luận dự toán năm 1998 và Dự thảo một luật thuế để làm khó dễ cho Yeltsin, yêu cầu nhanh chóng bãi chức Phó Thủ tướng thứ nhất của Tshubai. Bản thân Tshubai cũng đệ đơn từ chức lên Yeltsin, nhưng bị từ chối, vì về mặt cải cách kinh tế, Yeltsin phải tìm ngay được người hợp ý để thay thế Tshubai, mà lúc đó Nghị viện lại đang thảo luận dự toán năm 1998 và Dự thảo Luật Thuế, việc Tshubai, Phó Thủ tướng thứ nhất kiêm Bộ trưởng Tài chính từ chức, vô hình chung sẽ phá vỡ sự ổn định của cơ quan chấp hành quyền lực, làm tổn thất kinh tế quốc gia. Cuối cùng Yeltsin phải ra lệnh bãi các chức vụ của Boik, Motxtavoi, Khachakov, Cokh… là những kẻ thân tín của Tshubai. Do sức ép mạnh mẽ của phe đối lập, Yeltsin đành phải bãi các chức kiêm nhiệm Bộ trưởng Tài chính và Bộ trưởng Bộ Năng lượng của Tshubai và Nemsov. Bọn họ không còn khống chế được 3 ngành rất quan trọng là Bộ Tài chính, Bộ Năng lượng và Uỷ ban quản lý tài sản Nhà nước. Quyền lực về mặt kinh tế của Tshubai bị suy yếu, bị giảm ảnh hưởng rất lớn đối với Yeltsin, vai trò chính trị của Tshubai cũng giảm mạnh. Tshubai tuỳ còn giữ được chức Phó Thủ tướng, nhưng đau đớn bị mất hết "tay chân", địa vị trong Chính phủ cũng bị giáng một đòn nặng nề, tiền đồ chính trị của ông ta cũng bị phủ một lớp mây u ám.Sau khi Tshubai bị hạ bệ, Yeltsin mất một trợ thủ đắc lực, đã nhắm vào Putin, kẻ đến từ cùng một thành phố với Tshubai. Có thể Putin sẽ lấp vào chỗ của Tshubai, vì mất chức mà dẫn đến cục diện làm suy yếu quyền lực của Tổng thống. Tháng 5/1998, Yeltsin cất nhắc Putin lên làm Phó Chủ nhiệm thứ nhất Văn phòng Tổng thống, chính từ vị trí này, Putin bắt đầu được Yeltsin trọng dụng.Cục trưởng Cục An ninh Liên bang trẻ tuổiTháng 7/1998, Yeltsin bổ nhiệm Putin làm Cục trưởng Cục An ninh Liên bang, lãnh đạo bộ máy tình báo nổi tiếng từ KGB. Nguồn gốc của Cục An ninh Liên bang Nga là Tổng cục 2 KGB (phản gián) và Cục Quản lý 3 (tình báo quân đội). Dưới Cục An ninh Liên bang có các Cục Hành động, Cục Phản gián Quân sự (kiểm soát quân đội), Cục Bảo vệ Chiến lược, Cục Kinh tế, Cục Phân tích Tình báo, Cục Trinh sát Kỹ thuật... Tổng cộng tới 21 đơn vị cấp cục. Trải qua nhiều lần thay đổi, từ 4 vạn thành viên phát triển lên tới hơn 10 vạn. Cục An ninh Liên bang bắt đầu từ Tổng cục 2 KGB, trải qua mấy lần thay đi đổi lại bộ máy, thay nhiều đời lãnh đạo, tới mấy năm trời mới hình thành và sơ bộ ổn định. Có người đã tổng kết: “6 đời lãnh đạo, 6 lần cải cách tổ chức.”Ngày 3/12/1991, Balakhin làm theo nguyên tắc phân quyền phân lập của bộ máy Tình báo an ninh Mỹ, chia cắt khối thống nhất KGB, đổi Tổng cục 2 thành Cục An ninh các nước SNG và tự làm Cục trưởng. Trước đó ngày 6/5/1991, Nga cũng đã thành lập Cục An ninh Liên bang riêng của Nga, Cục trưởng là Ivanenko. Đến 19/12/1991, Elsin đã tiếp quản mọi quyền lực của Liên Xô ở Nga, ký sắc lệnh của Tổng thống, quyết định hủy bỏ bộ máy an ninh và nội vụ cũ của Liên Xô và Nga, cải tổ thành “Bộ An ninh và Nội vụ Liên bang Nga” thống nhất và bổ nhiệm Barannikov, người đã từng làm Bộ trưởng Nội vụ Liên bang Nga và Liên Xô giữ chức Bộ trưởng của "siêu bộ” đó, đồng thời bãi chức cả Bakhakin và Ivanenko.Nhưng sắc lệnh thành lập “siêu bộ” công tác đặc vụ đó của Yeltsin gây nên phản ứng mạnh mẽ trong các giới nhân sĩ Nga vừa mới thoát khỏi bóng đen của KGB. Mọi người phê phán đó là tín hiệu của việc tăng cường “thanh lọc” và kiểm soát. Ngày 24/12/1991, bốn ủy ban của Xô Viết tối cao Liên bang Nga đã nghe giải trình về vấn đề này, tuyệt đại đa số các đại biểu dự họp đều cho rằng thành lập một bộ máy mà quyền lực quá tập trung như vậy là không thích hợp và đề xuất sự việc này phải được Xô Viết tối cao thẩm nghị. Ngày 14/1/1992, Tòa án Hiến pháp Liên bang Nga còn mở phiên toà ra quyết định, tuyên bố sắc lệnh của Yeltsin về việc thành lập “siêu bộ” gộp cả quyền lực của KGB và Bộ Nội vụ là trái với Hiến pháp Liên bang Nga, cần phải huỷ bỏ. Quyết định này không được kháng cáo và lập tức có hiệu quả. Đến 17/1/1992, Yeltsin huỷ bỏ sắc lệnh “về việc thành lập Bộ An ninh và Nội vụ Liên bang Nga”, và thành lập ra 2 bộ độc lập, chức Bộ trưởng Bộ An ninh Quốc gia Liên bang Nga do Baranikov và một số người đứng về phía Chủ tịch Nghị viện và Phó Tổng thống Nga chống Yeltsin. Cục Phản gián có quyền lực nhỏ hơn mới được thành lập do Grutsuko làm Cục trưởng, về sau Xtepasin thay thế. Ngày 3/4/1995, Yeltsin ký sắc lệnh cải tổ Cục Phản gián Liên bang Nga thành Cục An ninh Liên bang. Căn cứ vào quy định của pháp lệnh “Luật Cơ quan Cục An ninh Liên bang Nga”, quân hàm và địa vị của Cục trưởng Cục này tương đương Bộ trưởng Quốc phòng. Nhiệm vụ cụ thể của Cục này là: Thu thập tình báo có liên quan đến an ninh nước Nga; Đấu tranh với các hành vi khủng bố; Đấu tranh với các đoàn thể và lực lượng vũ trang bất hợp pháp; Ngăn chặn những hoạt động lật đổ của cơ quan tình báo nước ngoài; làm công tác phản gián trong quân đội; bảo vệ cơ mật quốc gia; tấn công bọn tội phạm có tổ chức; thành lập bộ đội đặc nhiệm. Hơn 2 tháng sau Cục trưởng Cục An ninh Liên bang là Stepasin bị cách chức, Bansukov xuất thân từ Đội trưởng Cảnh vệ điện Kremlin đã làm Tổng Cục trưởng Tổng cục Bảo vệ Liên bang lên làm Cục trưởng. Ngày 19/6/1996, vì Bansukov cùng với Đội trưởng Cảnh vệ của Yeltsin là Konchakov, tự ý tuyên truyền tạm hoãn cuộc bầu cử Tổng thống, lại bắt giữ nhân viên công tác trong êkip vận động tranh cử Tổng thống của Yeltsin, mà cho Yeltsin rất tức giận, cả hai đều bị cách chức. Phó Cục trưởng Kovalev lên làm Cục trưởng. Nhưng thay đổi về bộ máy và người lãnh đạo như đèn cù, chứng tỏ tính nhạy cảm và tính chất quan trọng của người lãnh đạo và bộ máy đó. Tháng 5/1997, do nhu cầu cân bằng quyền lực chính trị, Yeltsin tách một phần công tác của Cục này chuyến sang Bộ Nội vụ, đồng thời chuyển bộ đội đặc nhiệm “Alpha” dưới quyền Cục này sang dưới quyền chỉ huy của điện Kremlin. Yeltsin còn chỉ thị cho Cục An ninh Liên bang chuyển trọng điểm công tác sang đối phó với những vấn đề của xã hội Nga, như tiến công vào những hoạt động của bọn maphia, buôn lậu vũ khí và gián điệp công nghiệp. Năm 1997, Cục An ninh Liên bang Nga lần lượt phá án 28 vụ âm mưu gián điệp của nước ngoài nhằm vào Nga, bắt 29 tên can tội gián điệp, điều tra làm rõ 400 tên gián điệp nước ngoài. Ngoài ra còn phá tan âm mưu bán tin tức, tài liệu tình báo quan trọng cho người nước ngoài của 18 công dân Nga.Ngày 25/7/1998, Tổng thống Nga Yeltsin ký sắc lệnh, bổ nhiệm Vladimir Putin, Phó Chủ nhiệm thứ nhất Văn phòng Tổng thống, giữ chức Cục trưởng Cục An ninh Liên bang Nga, thay thế Kovalev. Kovalev trước đó không hề biết tí gì, khi xem tin tức truyền hình mới biết mình bị bãi chức Cục trưởng Cục An ninh. Tổng thống Yeltsin “mặt sắt vô tư” đã đưa ra quyết định như thế và cũng chẳng hề có ý cảm ơn những thành tích vừa qua của Kovalev và ông ta đành lặng lẽ chấp nhận quả đắng đó.Ngày 27/7/1998, trong buổi gặp mặt các cán bộ lãnh đạo của Cục An ninh Liên bang, Putin đã chỉ rõ, ông cũng giống như Kovalev đều đến với cơ quan an ninh từ lúc còn trẻ, đều bắt đầu công việc từ người trinh sát, 23 năm đã trôi qua, nay được “trở về ngôi nhà của mình”. Putin nhấn mạnh, Tổng thống bổ nhiệm mình làm Cục trưởng Cục An ninh Liên bang là một sự tín nhiệm to lớn, ông sẽ có biện pháp bảo đảm hoàn thành nhiệm vụ của Cục An ninh Liên Bang như trước đây. Lúc đó việc Putin giữ chức Cục trưởng Cục An ninh Liên bang, mọi người có cách nhìn không giống nhau. Có người cho rằng, Putin làm Cục trưởng sẽ có lợi cho Cục An ninh Liên bang, vì Putin xuất thân là nhân viên tình báo. Nhưng cũng có rất ít người tin Putin có thể cải thiện được công tác tình báo, trinh sát và điều tra của quan hệ mật thiết với phái Leningrad đứng đầu là Tshubai, sẽ ảnh hưởng đến uy tín lãnh đạo của Putin tại Cục An ninh Liên bang. Nhưng khi còn công tác ở Tổng cục Giám sát thuộc Văn phòng Tổng thống, đã tích lũy được kinh nghiệm đấu tranh chống tội phạm kinh tế, nên cũng là cơ sở vững chắc, để làm được Cục trưởng An ninh Liên bang.Do quân hàm của người lãnh đạo Cục này thường là cấp tướng, còn quân hàm của Putin lúc đó chỉ là Trung tá ngạch dự bị, nên nhân viên công tác của Cục An ninh rất bất mãn với việc bổ nhiệm này. Nhưng những người này đã nhanh chóng phát hiện Putin là một người lãnh đạo tinh thông nghiệp vụ, giỏi quản lý. Trong thời gian này, Putin đã tiến hành cải tổ lớn cơ quan Trung ương từ 6 nghìn người xuống còn 4 nghìn người, đồng thời tăng cường lực lượng của bộ máy an ninh ở các địa phương.Quật đổ Tổng kiểm sát trưởng.Từ tháng 5-8/1998, hai cuộc khủng hoảng tiền tệ đã giáng vào nước Nga, khiến cho nền kinh tế vốn suy yếu của Nga càng thêm khó khăn, đối mặt với sự tan vỡ, Chính quyền Yeltsin lung lay. Duma nhân cơ hội gây khó khăn, yêu cầu Thủ tướng Kirienko và Tổng thống Yeltsin nhận khuyết điểm từ chức. Yeltsin và Nghị viện rơi vào tình trạng đối kháng kịch liệt, tình hình hết sức nguy cấp, thậm chí phương tiện thông tin đại chúng Nga đã ví cục diện lúc đó như cuộc khủng hoảng Hiến pháp năm 1993. Ngày 11/9/1998, sau khi được Hạ viện tán thành ứng viên Thủ tướng, Yeltsin đã ký sắc lệnh bổ nhiệm Evgheni Primakov làm Thủ tướng Chính phủ. Nhưng sau khi Primakov làm Thủ tướng, rất nhiều việc đã xảy ra mâu thuẫn với Tổng thống, địa vị và quyền lợi của Yeltsin bị thử thách nghiêm trọng. Lúc này Putin vẫn không rời Yeltsin "đã mất lợi thế" biểu hiện lòng trung thành với Yeltsin. 4/1999, Yeltsin muốn bãi chức Tổng kiểm sát trưởng của Skhuratov cố tình muốn làm rõ một số vụ án kinh tế lớn của công ty Hàng không Nga và một công ty Thụy Điển. Công ty này đấu thầu tu sửa những công trình lớn của điện Kremlin và Bạch Cung, đã bị nghi tội phạm kinh tế, các quan chức cao cấp của Nga đã nhận “lại quả” khoản tiền lớn, đưa và nhận hối lộ. Công ty hàng không cũng bị tố giác có hành vi phạm pháp luật kinh tế rất lớn, một trong những người lãnh đạo công ty này là con rể của Yeltsin. Trên thực tế, nguyên nhân này cũng không phải chủ yếu. Việc Skhuratov bị bãi chức chính là kết quả của mâu thuẫn và đấu tranh giữ Beredovxki và Skhuratov và nguyên nhân sâu xa hơn nữa là sự tranh giành quyền lợi giữa Tổng thống và Thủ tướng. Primakov lên làm Thủ tướng không lâu thì mở cuộc tiến công vào “Đế quốc Beredovxki”. 12/1998, cảnh sát đã cưỡng chế lục soát “Đài Truyền hình công cộng” do Beredovxki kiểm soát và “Ngân hàng Ngoại thương”do Chính phủ kiểm soát đã cưỡng ép để góp vốn vào Đài Truyền hình này 100 triệu đôla, làm suy yếu sự kiểm soát của Beredovxki đối với Đài Truyền hình này.Tháng 2/1999, Primakov bắt đầu danh chính ngôn thuận công kích ”tập đoàn chính trị trùm sò”, điều tra những hoạt động thương mại của bọn trùm, trong 12 tên tài phiệt Nga bị liệt vào danh sách điều tra thì Beredovxki lần lượt bị mất quyền kiểm soát Công ty Hàng không quốc gia và Đài Truyền hình công cộng Nga, cắt đứt nguồn tài lộc béo bở mà Beredovxki khổ tâm kinh doanh bấy lâu.Tiếp đó, được sự ủng hộ của Primakov, Tổng kiểm sát trưởng Nga Skhuratov đã ra lệnh lục soát Công ty Bảo an Anton và bộ phận bảo an của Công ty Dầu mỏ Siberi do Beredovxki kiểm soát, kết quả phát hiện Beredovxki đã sử dụng những bộ phận bảo an này để tổ chức nghe trộm với quy mô lớn, nghe trộm điện thoại của những người lãnh đạo cấp cao, cả điện thoại của nhà Tổng thống, làm Beredovxki bị điên đảo một thời gian. Hành động của Primakov được sự ủng hộ của nhiều nghị sĩ trong Duma quốc gia, họ ra mặt ủng hộ hành động của Chính phủ. Duma quốc gia đã 2 lần đề nghị phải bãi chức Bí thư chấp hành sự vụ SNG của Beredovxki. Sau đó, Viện kiểm sát tối cao khởi tố Beredovxki, ngày 7/4/1999 ra lệnh bắt giữ Beredovxki.Nhưng Beredovxki cũng không ngồi chịu chết, sau khi lệnh bắt giam được phát ra, hắn vội vã từ nước Pháp quay về Nga tổ chức phản kích lại Primakov.Beredovxki lợi dụng những phương tiện thông tin đại chúng mà hắn và những tên trùm khác kiểm sát để triển khai chiến tranh tuyên truyền, lên án Primakov âm mưu lật đổ Tổng thống, phạm tội cực lớn nhăm nhe ngôi vị Tổng thống. Những phương tiện thông tin đại chúng này còn tuyên bố Primakov mưu đồ cản trở cuộc cải cách, phục hồi thể chế cộng sản. Beredovxki còn lợi dụng mọi thủ đoạn để kích động mối quan hệ giữa Yeltsin và Primakov, kết quả là tin đồn Primakov có thể bị bãi chức, ầm ĩ một thời gian, khiến cho Tổng thống Yeltsin phải đưa ra lời cải chính. Để trả thù Tổng kiểm sát trưởng Skhuratov, đêm 16/3, Đài Truyền hình Nga do trùm tài phiệt kiểm sát đã phát một đoạn băng cảnh Tổng kiểm sát trưởng mình trần như nhộng làm tình với 2 cô gái trẻ, các khán giả Nga đều xem được cảnh này. Kết quả là Yeltsin hạ lệnh đình chỉ công tác Skhuratov để điều tra. Nhưng Skhuratov kiên quyết phủ nhận sự việc này. Các giới xã hội Nga cũng cho rằng đưa những cảnh sex, chiếu hình quan chức Nhà nước trần truồng trên truyền hình, nhằm đánh gục một con người là điều không thể chấp nhận được ở những quốc gia văn minh, huống hồ những cảnh đó có thể là giả mạo. Thượng viện Nga đã phủ quyết quyết định của Yeltsin bãi chức Skhuratov. Yeltsin buộc phải thành lập một Uỷ ban tạm thời, điều tra vấn đề băng hình có liên quan đến Skhuratov. Để quật đổ được Skhuratov có sự tham gia trực tiếp của Putin và cuối cùng đã thu thập được những chứng cứ cần thiết để hạ bệ Skhuratov Putin đã niêm phong Văn phòng Tổng kiểm sát trưởng, thực hiện trung thành quyết định của Tổng thống. Sáng ngày 7/4/1999, Duma quốc gia thảo luận vấn đề tạm thời bãi chức Tổng kiểm sát trưởng của Skhuratov. Skhuratov đã phát biểu tại Duma quốc gia rằng ngày 2/4, Yeltsin bãi chức của ông ta là việc làm bất hợp pháp, vì quyền bãi chức Tổng kiểm sát trưởng là thuộc Hội đồng Liên bang (Thượng viện). Ông nói, bản thân mình thanh minh không phải để tiếp tục giữ chức Tổng kiểm sát trưởng, nhưng “tôi cũng không chuẩn bị đầu hàng”. Ông nói do Beredovxki, để cho Beredovxki chạy được ra nước ngoài. Skhuratov không chịu nói ai đã gây sức ép đối với ông, cũng không chịu nói tên những quan chức cao cấp khác dính dáng đến những vụ tham ô, ăn hối lộ, cho rằng có những vụ việc “Có thể gây ra nổ tung cả xã hội. Duma quốc gia cũng không thông qua bất cứ nghị quyết nào về vấn đề Skhuratov.Ngày 27/4, Đài Phát thanh “Tiếng vọng” đưa tin Skhuratov, vị Tổng kiểm sát trưởng đã bị đình chỉ công tác sáng nay phát biểu với phóng viên báo Komsomol Mátxcơva” là Beredovxki nguyên Bí thư chấp hành khối SNG tích cực hoạt động, sai người phát hình sex trên Đài Truyền hình để hãm hại ông ta, kích động việc bãi chức Tổng kiểm sát trưởng của ông ta, ngoài ra còn có một số người vẫn làm việc bên cạnh Tổng thống cũng vào hùa với Beredovxki để công kích ông. Skhuratov nói, ông muốn gặp Tổng thống Yelsin, để trình bày sự thật. Xkhuratốp còn nói ngày 17/1, ông ta tuyên bố điều ta vụ án ngoại hối ở Công ty Hàng không Nga, ngày 27/1, bộ máy tư pháp Thụy Điển kiểm tra Công ty “Mabekchek” đấu thầu công việc tu sửa điện Kremlin và Bạch Cung. Ngày 1/2, Tổng thống mời ông ta đến để yêu cầu đình chỉ điều tra vụ án trên. Tiếp đó là Đài Truyền hình cho chiếu phim sex có liên quan đến ông ta. Skhuratov chỉ trích Sesuev Phó Chủ nhiệm thứ nhất Văn phòng Tổng thống yêu cầu ông đình chỉ điều tra hành vi phi pháp trong quá trình tư hữu hoá ở thành phố Xamara (Sesuev đã từng giữ chức Thị trưởng TP Xamara), nhưng ông và Viện Kiểm sát tối cao đã không làm yêu cầu của Sesuev, vẫn tiếp tục điều tra vụ việc của thành phố này nên Sesuev đã bất mãn với ông và Viện Kiểm sát tối cao. Skhuratovcho rằng, Thượng viện ủng hộ ông tiếp tục làm việc không phải là phản đối Tổng thống Yeltsin, mà là ủng hộ cuộc đấu tranh của ngành tư pháp quốc gia chống tham ô, hối lộ. Các Nghị sĩ Thượng viện ủng hộ ông tiếp tục làm việc cũng nhận thức được rằng, nếu kẻ đứng sau lưng vụ việc chiếu bằng hình sex mà hãm hại được Skhuratov thì trong tương lai, các Nghị sĩ thượng viện đều có thể bị hãm hại bởi các thức như thế, đó là điều mà các Nghị sĩ Thượng viện không thể chấp nhận được. Bí thư Hội đồng An ninh Liên bangTrong một loạt những thay đổi làm chóng mặt mọi người. Putin vẫn một mực giữ được tác phong trung thành, thực thà và làm việc cần cù, rất được Yeltsin tín nhiệm. Tháng 3/1999, Putin chính thức bước vào vòng xoáy của Yeltsin, giữ chức Bí thư Hội đồng an ninh liên bang và vẫn giữ nguyên chức vụ Cục trưởng Cục An ninh liên bang. Lúc này Putin đã trở thành “tấm lá chắn chủ yếu” của Tổng thống Yeltsin. Theo quy định trong luật An ninh quốc gia Liên bang Nga, ‘Hội đồng an ninh quốc gia là bộ máy có tính Hiến pháp giúp Tổng thống chuẩn bị những quyết định thành viên thường vụ, do Tổng thống bổ nhiệm và Xô Viết tối cao phê duyệt”. Bộ máy làm việc của Hội đồng an ninh quốc gia Nga có mấy cục, một phòng Bí thư và một số phòng khác, công việc hàng ngày của Hội đồng An ninh do Bí thư an ninh giải quyết, Bí thư chịu sự lãnh đạo trực tiếp của Tổng thống.Về địa vị và chức trách của Hội đồng An ninh Nga là Manilov đã có bài phát biểu ngày 23/1/1995 giải thích một cách hình tượng “Để xác định địa vị và tác dụng của Hội đồng An ninh Nga trong đời sống của nước Nga và trong quan hệ với các quốc gia khác, cần làm rõ bộ máy Hiến pháp tối quan trọng này phát huy tác dụng trong hệ thống toạ độ nào là quan trọng. Giả dụ, hệ thống này được hợp pháp bởi 3 toạ độ, trong đó thứ nhất là toạ độ cơ sở, nói là tạo độ cơ bản cũng có thể nói là toạ độ chủ yếu của toàn hệ thống, đó là lợi ích quốc gia của Nga, thứ hai là sự thách thức uy hiếp đối với những lợi ích đó và những rủi ro, nguy hiểm của lợi ích đó, thứ ba là lực lượng, biện pháp và tiền bạc bảo đảm thực hiện và bảo vệ lợi ích quốc gia. Giao điểm của 3 toạ độ là khởi điểm của hệ thống toạ độ, tức là địa vị của Nga trên thế giới hiện nay. Trên đại thể đó là không gian chính trị và lĩnh vực sinh tồn để Hội đồng An ninh Nga pháp huy tác dụng”. Bài viết còn giới thiệu, Hội đồng An ninh quốc gia do Tổng thống làm Chủ tịch, Thủ tướng và Bí thư Hội đồng An ninh là Uỷ viên thường vụ, Chủ tịch Thượng viện và Hạ viện, Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao, Bộ trưởng Quốc phòng, Bộ trưởng Nội vụ, Cục trưởng An ninh liên bang, Cục trưởng Tình báo đối ngoại, Cục trưởng Biên phòng là thành viên Hội đồng. Đầu năm 1998, nước Nga công bố “Học thuyết an ninh quốc gia Nga” đã tăng thêm chức năng của Hội đồng An ninh trong hoạt động bảo vệ an ninh quốc gia, ngoài những chức năng đã có như nghiên cứu tình hinh an ninh quốc gia, đặt ra các biện pháp bảo đảm an ninh, phối hợp hành động với các ngành, còn tăng thêm chức trách giám sát, tức là giám sát cơ quan chấp hành quyền lực liên bang và cơ quan chấp hành quyền lực các chủ thể liên bang thực hiện các chính sách bảo đảm an ninh quốc gia. Sau đó, Tổng thống Yeltsin còn nhiều lần điều chỉnh nhân sự và bộ máy của Hội đồng An ninhNgày 2/3/1998, Bí thư Hội đồng An ninh Ivan Rebulkin tham gia Chính phủ giữ chức Phó Thủ tướng. Hôm sau, Bí thư Hội đồng Quốc phòng, giám sát trưởng quân sự quốc gia Andrei Khokhosin được bổ nhiệm làm Bí thư Hội đồng An ninh quốc gia.Khokhosin sinh năm 1945 đã giữ chức Phó Viện trưởng Viện Nghiên cứu Mỹ và Canada của Liên Xô trước đây và Nga, tháng 4/1992 giữ chức Thứ trưởng thứ nhất Bộ Quốc phòng Nga, tháng 8/1997 giữ chức Bí thư Hội đồng quốc phòng, Viện trưởng Viện Kiểm sát quân sự. Hôm nhậm chức, Khokhosin đã phát biểu tại cuộc họp báo rằng sẽ không có những thay đổi có “tính cách mạng” đối với công tác của Chính phủ.Tháng 3/1998, Tổng thống Yeltsin ký sắc lệnh xoá bỏ Hội đồng Quốc phòng, sáp nhập bộ máy này với Viện Kiểm sát quân sự quốc gia và làm một bộ phận của Hội đồng An ninh quốc gia. Đồng thời giao quyền Bí thư Hội đồng An ninh quốc gia phối hợp hiệp đồng công tác an ninh quốc gia với quốc phòng. Việc làm này về cơ bản đã xoá bỏ được Hội đồng Quốc phòng là một bộ máy trùng lặp, mà còn đem việc đặt chiến lược phòng thủ quốc gia và an ninh quốc tế quy vào một hệ thống quản lý thống nhất, và tạo điều kiện tăng cường lãnh đạo xây dựng quân đội và cải cách quân đội.Ngày 1/6/1998 Yeltsin bổ nhiệm Moliakov làm Phó Bí thư Hội đồng An ninh, phụ trách công tác an ninh tình báo, an ninh xã hội và quốc hội Nga. Ngày 10/9/1998, mới được nửa năm, Khokhosin đã bị Tổng thống Yeltsin bãi chức Bí thư Hội đồng An ninh. Bốn ngày sau, Nicola Bochiutcha được bổ nhiệm làm Bí thư Hội đồng An ninh. Bochiutcha sinh tháng 10/1949 tại Orel, từ 1971-1972 làm việc trong ngành an ninh quốc gia và quân đội, 1991-1992 giữ chức Phó Cục trưởng thứ nhất Cục Nhân sự cơ quan thông tin tình báo Chính phủ liên bang, 1992-1995 giữ chức Phó tư lệnh Bộ đội biên phòng Liên bang Nga, 1995-1998 giữ chức Phó Cục trưởng Cục Biên phòng liên bang, từ tháng 1-9/1998 giữ chức Cục trưởng Cục Biên phòng liên bang.Ngày 20/11/1998, Yeltsin lại điều chỉnh nhân sự Hội đồng An ninh Bí thư Hội đồng An ninh Bochiutcha, Bộ trưởng Ngoại giao Ivanốp, Cục trưởng Cục An ninh liên bang Putin và Bộ trưởng Quốc phòng Xécgâyep làm uỷ viên thường vụ Hội đồng An ninh; và còn bổ nhiệm 2 Phó Thủ tướng thứ nhất, Chủ nhiệm Văn phòng Tổng thống, Bộ trưởng Nội vụ, Cục trưởng Tình báo đối ngoại, Cục trưởng Biên phòng....gồm 13 người là thành viên Hội đồng Ngày 7/12/1998, Yeltsin lại bổ nhiệm Bochiutcha con người trung lập về chính trị kiêm chức Chủ nhiệm Văn phòng Tổng thống. Ngày 23 tháng 12, các thông tấn xã của Nga công bố một tin làm kinh động mọi người, Cục trưởng Cục An ninh liên bang trước đây Mikhain Bansukov được bổ nhiệm làm Cục trưởng Cục Giám sát quân sự Hội đồng An ninh, dưới quyền còn có 21 người, trong 12 vị giám sát viên có 11 vị quân hàm cấp tướng. Hầu như tất cả các ngành lực lượng mạnh của quốc gia đều đặt dưới sự giám sát của Bansukov. Điều đó chứng tỏ Yeltsin rất coi trọng Hội đồng An ninh liên bang.Dư luận cho rằng, Yeltsin bổ nhiệm Bansukov giữ chức Bí thư Hội đồng An ninh vì năng lực công tác và vì ông ta không có dã tâm chính trị. Hiển nhiên ở vào vị trí này phải có tố chất đó. Putin được Yeltsin coi trọng cũng chính vì điểm này: Có khả năng lại trung thành tuyệt đối.Khi Putin lên giữ chức Bí thư Hội đồng An ninh Liên bang Nga, đúng lúc NATO tập kích đường không vào nước Cộng hòa Liên bang Nam Tư, đồng minh truyền thống của Nga. Nền an ninh của Nga đứng trước thử thách quan trọng. Putin đã thay đổi tập quán không thích xuất đầu lộ diện, đã liên tiếp ra mắt trước phương tiện thống tin đại chúng, bảo vệ quyền lợi quốc gia Nga, lên án hành động ngang ngược của NATO.Ngày 28/4/1999, sau khi NATO bắt đầu mở cuộc tiến công vào Nam Tư, Nga đã có cuộc họp đặc biệt của Hội đồng An ninh quốc gia để bàn việc phát triển lực lượng hạt nhân của Nga, cuộc họp đã nhấn mạnh vai trò cốt lõi của lực lượng hạt nhân trong nguyên tắc phòng thủ của Nga. Sau hội nghị, Putin đã ký 2 mệnh lệnh hành chính để đẩy mạnh kế hoạch phát triển vũ khí hạt nhân chiến lược và chiến thuật. Hội đồng An ninh quốc gia còn đồng ý, trong năm 1999 Nga sẽ tiến hành phối hợp một loạt những thí nghiệm hạt nhân giới hạn tại đảo "Đất mới" (từ ngày 14/9/1998 - 13/12/1998 Nga đã tiến hành 5 cuộc thử loại này). Mục đích của thử nghiệm hạt nhân lần này là để kiểm nghiệm năng lực chiến đấu thực tế và tính năng an toàn của đầu đạn hạt nhân. Putin nói, những kinh nghiệm này không vi phạm hiệp ước cấm thử vũ khí hạt nhân toàn diện. Ông đặc biệt nhấn mạnh phải thông qua việc kéo dài niên hạn sử dụng hệ thống hiện có và thông qua việc đẩy mạnh bố trí tên lửa và đầu đạn thế hệ mới, như tên lửa SS-27 (tên lửa Bạch Dương-M) để tăng cường lực lượng hạt nhân của Nga, để thực hiện lập trường cứng rắn của ông đối với các quốc gia phương Tây. Putin nhấn mạnh cuộc họp lần này là đã có kế hoạch từ lâu, không có liên quan trực tiếp đến tình hình ở Balcan. Nhưng theo một số người trong Hội đồng An ninh, trong quá trình phê chuẩn văn kiện, Hội đồng có bàn đến những thay đổi quan trọng trong chiến lược và chiến thuật của NATO ở khu vực Trung Âu.Putin nhấn mạnh cuộc họp lần này là đã có kế hoạch từ lâu, không có liên quan trực tiếp đến tình hình ở Balcan. Nhưng theo một số người trong Hội đồng An ninh, trong quán trình phê duyệt văn kiện, Hội đồng có bàn đến những thay đổi quan trong trong chiến lược và chiến thuật của NATO gần đây và hành động quân sự của NATO ở khu vực Trung ÂuĐối với tất cả các văn kiện có liên quan đến phát triển lực lượng ngăn chặn hạt nhân, trong cuộc họp, từ ý tưởng đến kế hoạch trang bị và kỹ thuật cụ thể đều có tu sửa lớn. Ví dụ: quân chủng tên lửa chiến lược của Nga đã lấy việc đánh trả và đánh phủ đầu làm tôn chỉ để triển khai hành động quân sự, huỷ bỏ phương châm chỉ đánh trả làm cơ sở trước đây. Tương quan giữa ba lực lượng hạt nhân sẽ là: đầu đạn hạt nhân chiến lược chiếm khoảng 65%, tên lửa đạn đạo phóng từ tàu ngầm chiếm 25%, máy bay oanh tạc hạng nặng chiếm 10%. Trong những văn kiện được thông qua có một chủ trương phát triển vũ khí hạt nhân phi chiến lược (chiến thuật). Điều đó có nghĩa là Nga sẽ phát triển vũ khí hạt nhân tới đơn vị bộ đội làm nhiệm vụ thông thường (lục quân). Đầu đạn hạt nhân tên lửa và đạn đạo pháo (có tầm bắn 40 km) sẽ được chuẩn bị cho cuộc chiến tranh mặt đất. Trong những biện pháp có thể được sử dụng còn bao gồm việc quân chủng tên lửa chiến lược được bố trí hệ thống tên lửa kiểu “Bạch Dương-M”. Thiết bị hàng không vũ trụ và bộ đội phòng thủ tên lửa chống tên lửa từ xa. Lúc này, chỉ có 6 trong số 9 trạm radar cảnh giới tầm xa còn hoạt động. Rõ ràng những biện pháp này đều yêu cầu phải dựa trên những cơ sở sản xuất trên đất Nga. Vì sau khi Liên Xô giải thể, có đến 60% cơ sở sản xuất tiềm lực hạt nhân chiến lược quốc gia đều nằm ngoài lãnh thổ Nga. Một loạt những văn kiện này đòi hỏi phải có kinh phí thực tế cực kỳ lớn. Putin không nói rõ kinh phí dự chi là bao nhiêu, nhưng nhấn mạnh “những sửa đổi này sẽ rất lớn”.Putin còn đề nghị Tổng thống giao cho Phòng thông tin quân chủng tên lửa chiến lược Nga thông báo, Nga hiện có 756 quả đạn tên lửa vượt đại châu đang làm nhiệm vụ trực ban chiến đấu. Trong lực lượng ngăn chặn hạt nhân chiến lược còn có 75 máy bay ném bom chiến tàu ngầm (có 1824 đầu đạn hạt nhân), lấy đó để nhắc nhở những nước coi thường Nga cho rằng: Nga vẫn là một cường quốc hạt nhân.Phương Tây đã đối phó lại, huỷ bỏ việc cho Nga vay tiền để đe doạ, lúc này Nga đang khó khăn trong đối nội, đối ngoại, Cheknomukdin, đặc sứ của Tổng thống giữ vai trò sứ giả hoà bình, như một con thoi giữa các nước NATO và Liên bang Nam Tư. Ngày 12/5/1999, Nga lại triệu tập cuộc họp Hội đồng An ninh liên bang thảo luận tình hình Nam Tư, phân tích các bước hoà giải chính trị của Nga về vấn đề Balcan. Yeltsin đã phát biểu tại hội nghị, nếu những đề nghị và nỗ lực hoà giải của Nga bị bỏ qua, Nga sẽ rút khỏi những hoạt động hiệp tác trong đàm phán. Yeltsin đề ra một loạt nhiệm vụ phải hoàn thành trong thời gian ngắn cho Bộ trưởng Quốc phòng, Bộ trưởng Ngoại giao, Bí thư Hội đồng An ninh và các thành viên khác của Chính phủ. Yeltsin cảnh cáo, nếu quan điểm của Nga không được các nước coi trọng, có thể Nga sẽ không tham gia vào những nỗ lực quốc tế để giải quyết hoà bình cuộc khủng hoảng ở Kosovo. Yeltsin nói: “Chúng tôi không phải là nước tham chiến, chúng tôi cũng không gây ra cuộc chiến tranh này... Những lời kêu gọi và mọi chủ trương của chúng tôi (có liên quan đến việc giải quyết hoà bình cuộc khủng hoảng Kosovo) rõ ràng không đạt được mục đích”Bí thư Hội đồng An ninh Liên bang Putin phát biểu với các phóng viên, Nga không thể đồng ý làm người truyền đạt kỹ thuật đàm phán, Nga có lập trường của mình có lợi ích của riêng mình ở vùng Balcan. Vấn đề cục diện ở Nam Tư không chỉ xảy ra xung đột quân sự ở Balcan, mấu chốt của vấn đề là ở chỗ, một bên tự ý phá hoại trật tự thế giới được hình thành từ sau đại chiến thứ hai. Trước tình hình đó, Nga cần có phản ứng tương xứng, và cần thể hiện trong sự thay đổi học thuyết an ninh quốc gia. Đồng thời Nga cũng tính đến việc đại bộ phận các quốc gia châu Âu ủng hộ hành động quân sự của NATO ở Balcan, cho nên Nga hành động trước hết là xuất phát từ lợi ích của nước mình. Nếu chúng ta nghiên cứu kỹ lời phát biểu của Putin, sẽ thấy từ ngữ của ông ta nghiêm khắc, sâu xa và điểm đúng huyệt. Putin đã suy xét đến học thuyết an ninh quốc gia mới của Nga.Trong con mắt của Putin đã thấy sự nhục nhã của một nước lớn như Nga, thấy rõ bộ mặt của phương Tây phải dè chừng.Tháng 7/1999, Yeltsin đột ngột loại bỏ Stepasin, đẩy Putin ra trước chính trường.