Tuy vậy, nghĩa quân có binh lực kha khá, có súng đạn ít nhiều, là nói với mình, chớ so sánh với binh lực khí giới của quân Pháp, thì bên mười bên một, như chuyện châu chấu đá voi. Nghĩa quân muốn bước khỏi căn bản rừng núi của mình mà ra ngoài để tung hoành lớn lao hoạt động gì cũng khó. Nhưng cũng phải nói rằng Bảo hộ đánh dẹp Phan Đình Phùng cũng hao tổn mất nhiều ngày giờ, công phu và tiền bạc, chính mấy ông quan binh đem lính tập đi tuần tiễu hồi đó như ông Đại tá Gosselin đã nói rõ ràng. Quân Pháp đặt ra ba chỗ đóng đại binh để vây bọc và tiểu trừ nghĩa quân Phan Đình Phùng. Thứ nhất là đồn Minh Cầm và đồn Thuận Bài ở mạnh sông Gianh (Linh Giang) thuộc tỉnh Quảng Bình. Đồn Minh Cầm là một đồn lớn, lập ra từ năm 1887, giữa năm vua Hàm Nghi còn ở Quảng Bình mà bọn cựu thần như các ông Lê Trực, Nguyễn Phạm Tuân, và con của Tôn Thất Thuyết là Tôn Thất Đạm, đang khởi binh cần vương, có thế lực mạnh. Còn ở Hà Tĩnh thì đảng Phan Đình Phùng. Đại uý Monteaux lập đồn Minh Cầm cốt để chống giữ cả mấy phía. Sau vua Hàm Nghi bị bắt, thì ông Lê Trực ra hàng, ông Nguyễn Phạm Tuân và ông Tôn Thất Đạm đều tự tử, chỉ duy nghĩa binh họ Phan ở Hà Tĩnh vẫn còn, cho nên quân Pháp đóng tại Minh Cầm còn thêm ý nghĩa là cốt ngăn đường sông Gianh không để cho phong trào kháng chiến tràn vào đến Huế. Thứ hai là ở tỉnh thành Hà Tĩnh và tỉnh thành Nghệ An. Hai nơi này, quân Pháp cũng đóng trọng binh, tức là để bịt đường không cho họ Phan có cách tiếp tế giao thông với Bắc kỳ. Lại gần ngay bên làng Đông Thái, quân Pháp cũng lập một đồn đóng binh, là đồn Linh Cảm. Đồn này cũng trọng yếu, vì chặn ngay đầu con đường một mặt lên Ngàn Trươi, một mặt lên Đại Hàm là nơi căn bản của họ Phan. Ấy là mới kể mấy đồn to, còn những nơi xung yếu khác, quân Pháp cũng có lập đồn đóng binh rải rác, kể ra không hết. Lúc này toàn cõi Việt Nam đã vào trong tay Bảo hộ rồi, còn dư một hai nơi nào chưa chịu phục, như miệt Nghệ Tĩnh, việc đánh dẹp chỉ dùng lính tập. Một là vì đánh phá những chỗ này không phải như hạ một tỉnh thành nào; đánh dẹp văn thân, tất phải lặn suối trèo đèo, ăn uống cực khổ, lính Pháp không thể chịu được. Vả lại hồi đó, ở Trung kỳ có dịch tả phát lên; lính Pháp không phục thuỷ thổ nóng bức mà chết đến ba bốn ngàn người, cho nên Bảo hộ không muốn dùng tới đại binh là người Âu tây đi dẹp văn thân. Còn một lẽ khác, là hồi nói đây cuộc Bảo hộ đã lập xong cả rồi, các quan võ không được quyền sắp đặt việc chính trị trong xứ, chính phủ bên Pháp phái qua một vị quan văn đại tài là Paul Bert (1886) để bố trí công việc cai trị, ông không muốn dùng đến sức đại binh, e làm náo động lòng người ở bên Pháp thành ra chỉ phái mấy vị quan binh Pháp làm đầu, đem lính tập ta đi đánh dẹp văn thân thôi. Sự thật, nhờ sự huấn luyện của quan binh Pháp, lính tập Việt Nam đi trận mạc giỏi lắm. Họ thích có mấy mẫu lương điền, mong được gắn mề đai Quận công, và lãnh thưởng phẩm hàm bổng lộc kia nọ, lắm phen lính tập Việt Nam vì Bảo hộ mà xung phong đột trận, lập nên được nhiều kỳ công tỏ ra lắm can đảm. Các vị quan binh Pháp cai quản lính tập, đều phải ngợi khen họ và lấy làm vừa lòng. Nhất là nhiều khi có việc loạn lạc giặc cướp gì, thường nhờ có công trận của lính tập mà dẹp yên được rất mau. Cái kết quả ấy, thật bởi người Pháp khéo tập rèn đã đành, mà cũng vì lính tập thuộc đường đất, chịu thuỷ thổ, và lại cũng có can đảm nữa. Một vị lão tướng Pháp đã nói công bằng như vầy: "Sang chiếm được nước Nam, là công lao của lính Pháp, mà dẹp yên được văn thân trong xứ, là công lao của lính tập". Thế là hồi đó nghĩa quân họ Phan, tiếng nổi lên cầm cự với binh Pháp, nhưng kỳ thật là đánh nhau với lính tập là anh em đồng loại. Bởi thế cụ thường truyền lệnh cho ba quân rằng: “Hễ khi giao chiến, có gặp cảnh vạn bất đắc dĩ hãy bắn giết lính tập, bởi họ là anh em đồng bào với mình". Có một hôm, các tướng đem binh ra ngoài có việc hết cả. Trong đại đồn, chỉ duy còn có 20 tên lính thân binh tử sĩ, mà trong số 20 tên lính ấy chỉ có 14 khẩu súng mà thôi. Chợt có hơn 100 quân Bảo hộ, gồm có mấy viên cai đội Pháp, còn thì toàn là lính tập, do hai viên quan võ quản xuất, đi tuần tiễu sắp tới nơi. Đồn ngoài báo vào đồn trong cho cụ biết, lại nói quân Pháp kéo đến đông lắm. Cụ nghe báo đã lấy làm lo, chắc hẳn địch quân do thám thế nào, biết được tướng sĩ của cụ hôm nay ra ngoài cả, nên quân Bảo hộ mới dám đưa mình đến chỗ chết như thế. Bây giờ tướng sĩ không có, khí giới không có, thì lấy gì chống cự cho lại, nên cụ đã định tháo đi ngõ sau núi Vụ Quang mà trốn tránh. Nhưng có ông lãnh binh Nguyễn Mục, là đầu bọn thân binh tử sĩ hầu hạ ở dưới trướng, bẩm với cụ rằng: - Không nên trốn tránh đi đâu hết. Nay tuy là quân địch nhiều mà quân ta ít thật, song le, quân ta ít mà chiếm được địa thế, quân địch nhiều mà chơ vơ, vì quân ta ở trên cao, quân địch ở dưới, ta ở trên đánh xuống tất là mạnh lắm. Vậy xin quyết chống, chớ nay lui ra phía sau, thì là hãm vào đất bí, mà đại đồn không còn; đại đồn không còn thì là toàn quân hỏng mất. Cụ nghe theo, bèn truyền lịnh cho 20 tên quân ấy, gà gáy một lần thì dậy nấu cơm ăn, ai nấy cũng phải nắm thêm một nắm cơm để phòng buổi trưa ăn. Mỗi tên đem theo 300 viên đạn, chia nhau ra, hoặc 3 người một tốp, hoặc 5 người một tốp, phục ở các chỗ hiểm yếu, để chờ quân Pháp; hễ lúc nào nghe tiếng pháo nổ làm hiệu, thì cứ việc bắn ra một lượt. Còn ở trên đỉnh núi, thì cụ sai cắm cờ cho nhiều và đốt lửa để khói lên nghi ngút, lại sai mấy tên già yếu chực sẵn ở đó, tảng sáng là nổi chiêng trống vang động núi non để làm nghi binh. Một mặt sai người tức tốc đi ra Khê Thứ lấy quân tiếp ứng. Quả nhiên, toán quân Bảo hộ gồm có 150 tên lính tập đi tuần tiễu đến núi Vụ Quang, nhưng vì tới nơi trời tối, nên chi hạ trại đóng binh lại dưới xa, chớ không dám động. Gần sáng họ mới kéo nhau lên, thấy trên đỉnh núi có lửa lập loè và nghe có tiếng người rầm rì văng vẳng. Một là khinh chiến, hai là tưởng nghĩa quân không hay biết gì mà đề phòng, thành ra mấy viên quan binh cứ đốc thúc lính tập chen cây rẽ lá mà leo lên mãi, định xuất kỳ bất ý đánh phá đại đồn nghĩa quân và bắt sống họ Phan nữa là khác. Chẳng dè họ vừa leo tới giữa núi, bỗng nghe một tiếng pháo nổ rồi thì trống trận, người reo, mấy phía có tiếng súng bắn nghe đạn bay rào rào đều nhằm vào họ. Một viên Trung uý trúng đạn bị thương nặng, thành ra quân Bảo hộ rối loạn, không biết giặc ở phía nào mà bắn trả. Phục binh càng bắn dữ. Viên Thiếu uý phải hô quân lui, vì chỉ nghe hình như ba bề bốn phía đều reo, tứ tung vang động, chớ không biết nghĩa binh nhiều hay ít, chỉ biết là nghĩa binh có phòng bị rồi, nếu tấn lên nữa thì nguy, thành ra lệnh thoái binh vừa truyền, mạnh ai nấy chạy thoát thân xuống núi. Nghĩa binh ở trên cao đánh xuống thấp, cho nên ít người mà thắng thế. Lính Bảo hộ chạy xuống vừa tới chân núi, thì gặp toán nghĩa binh tiếp ứng ở Khê Thứ tới nơi. Cao Thắng dẫn 200 quân ở ngoài về, cũng vừa tới đó; cả hai đội liền hiệp nhau lại mà đánh hăng hái lạ thường. Lính Bảo hộ bị đánh dồn một lúc cả trước mặt sau lưng, ngã nằm ngổn ngang; kỳ dư phải tìm đường đào tẩu, bỏ lại súng đạn và lương thực rất nhiều. Cụ Phan ở trên đỉnh núi, gõ chiêng phất cờ làm hiệu lệnh để rút binh về, mặc cho lính tập kia chạy, không muốn rượt theo. Nghị sự đường sáng hôm ấy có tiệc khao thưởng tướng sĩ. Cụ Phan cho sự thắng này là do cơ mưu của Nguyễn Mục, nên chi Nguyễn Mục được kể làm đầu công. Cao Thắng nói chuyện này: tối hôm trước ông đóng quân ở Diệm Thứ (tức là núi Đại Hàm, do người em ruột là Cao Nữu làm chủ), cuối canh một đi ngủ, vừa mới chợp mắt thì mộng thấy đại đồn Vu Quang phát hoả lớn lắm. Ông giật mình tỉnh dậy, thấy sao ruột gan nóng bức như thiêu, trong trí rất lấy làm lo ngại, liền đánh thức Cao Nữu dậy, anh em bàn nhau, đoán rằng đại đồn tất có việc nguy cấp, rồi tức thời ông điểm binh đi nửa đêm. Đến núi Vụ Quang chưa sáng thì vừa gặp toán Bảo hộ ở trên núi chạy xuống, ông chận đường mà đánh. Chiều lại, liệu chừng quân Bảo hộ không trở lại nữa, cụ Phan xuống chân núi xem xét chỗ chiến trường ban mai, và sai nghĩa binh lượm xác của những lính tập và hai viên cai Pháp mà chôn vùi tử tế. Trong cơn đắc ý và động mối cảm hoài, cụ làm mấy bài thi sau đây, để kỷ niệm một trận mình thắng là may: Tài phái binh hành hốt phĩ lai, Dư tâm vị định chính bồi hồi. Trướng tiền thỉnh chiến hà nhân giả, Quả bế thời gian báo tiệp hồi. Dịch nghĩa: Vừa phái quân đi giặc đến nơi, Lòng ta lui tới luống bồi hồi Người xin quyết đánh là ai đó? Chớp mắt mà ra đã thắng rồi! Sơn cái cao hề, thuỷ cái thanh! Mối ư mặc tướng hiển anh linh. Bất nhiên chúng quả tương huyền thậm, Hồ đáo khê tiền dĩ thất kinh. Dịch nghĩa: Chót vót non cao, nước một màu, Quỷ thần âu cũng giúp ngầm nhau. Không dưng bên ít bên nhiều thế, Mà đến đầu khe đã chạy mau? Qua hôm sau, cụ lại xuống núi chơi, lúc đi tới một suối nước thấy còn sót tử thi một người lính tập nằm ở bờ suối, đầu gục dưới nước, cẳng vắt trên bờ, bất giác cụ mủi lòng nhỏ luỵ, trách vấn những người hôm qua sao đi lượm xác chôn cất mà còn bỏ lại cái thây này. Luôn dịp, cụ khẩu chiếm một bài thi cảm khái: Nhĩ tâm nguyên vị lợi danh mi, Khước hướng khê biên tác tử thi. Giám triệt thuỳ nhân ông tảo ngộ, Đáo thân tử hậu hối hoàn trì. Dịch nghĩa: Chẳng qua danh lợi buộc thân mầy! Đến nỗi bên khe chết bỏ thây. Trông đó ai ơi! nên sớm liệu, Chết rồi có hối cũng ra chầy.