Từ đầu tháng 1/2001, trước khi Bush nhậm chức, Cheney đã chuyển một thông điệp tới Bộ trưởng Quốc phòng sắp mãn nhiệm William S. Cohen, một nhân vật Cộng hoà trung dung phục vụ chính quyền Dân chủ của Clinton. "Chúng tôi thực sự muốn tổng thống mới đắc cử được báo cáo về một số vấn đề", Cheney nhắc đến mong muốn có một cuộc thảo luận nghiêm túc về Iraq và các lựa chọn khác. "Không nên đưa cho tổng thống mới đắc cử bản báo cáo về khắp thế giới được thu vào đĩa như thủ tục, giống như các tổng thống sắp lên nắm quyền khác. Chủ đề A là Iraq". Cheney từng là bộ trưởng quốc phòng dưới thời George H. W. Bush cha, trải qua Chiến tranh vùng Vịnh và ông luôn nghĩ về một công việc chưa hoàn tất ở Iraq. Hơn nữa, Iraq là đất nước duy nhất mà Mỹ thường xuyên ném bom. Quân đội Mỹ đã tham gia vào cuộc chiến không tuyên bố ở quy mô thấp với Iraq kể từ sau Chiến tranh vùng Vịnh, khi Bush cha và liên minh được Liên Hợp Quốc hậu thuẫn đẩy lùi quân đội của Saddam khỏi Kuwait. Mỹ thiết lập 2 vùng cấm bay chiếm khoảng 60% lãnh thổ, nơi Iraq không được phép sử dụng máy bay hay trực thăng. Cheney muốn đảm bảo Bush hiểu quân sự và các vấn đề khác ở mồi lửa tiềm năng này.Hôm 10/1, tức sáng thứ 4, 10 ngày trước lễ tuyên thệ nhậm chức, Bush, Cheney, Rumsfeld, Cố vấn an ninh quốc gia Condoleeza Rice và Powell tới Lầu Năm Góc gặp Cohen. Sau đó, Bush và đội ngũ trợ lý xuống tầng dưới tới phòng họp của hội đồng tham mưu trưởng liên quân.2 viên tướng báo cáo về tình hình ở 2 khu cấm bay. Việc giám sát Iraq tôn trọng quy định rất nguy hiểm và tốn kém. Các máy bay phản lực trị giá nhiều triệu USD luôn ở trong tình trạng báo động cao, vì Saddam có nhiều kho súng phòng không 57 ly. Về vấn đề chính sách, chính quyền Bush sẽ tiếp tục thúc vào mạng sườn Saddam không? Hay có một chiến lược quốc gia đằng sau đó, hay đó chỉ là đòn ăn miếng trả miếng không thay đổi?Rất nhiều tên chương trình được đưa ra, hầu hết đều quen thuộc với Cheney, Rumsfeld và Powell - những người đã có 35 năm trong quân đội và làm việc trong Hội đồng tham mưu trưởng liên quân từ năm 1989-1993. Tổng thống đắc cử Bush hỏi một số câu thực tế về mọi việc hoạt động như thế nào, nhưng ông không nói ra hay ám chỉ mong muốn. Nhân viên Hội đồng Tham mưu trưởng đặt kẹo bạc hà ở mỗi chỗ làm việc. Bush bóc kẹo rồi cho vào miệng. Sau đó, ông nhìn chiếc kẹo của Cohen, ánh mắt hỏi Ông có muốn ăn không?. Cohen ra hiệu không, và Bush với tay lấy kẹo. Gần kết thúc buổi báo cáo kéo dài hơn 1 giờ 25 phút, Chủ tịch Hội đồng Tham mưu trưởng, tướng Henry H. Shelton, nhận thấy Bush đang để mắt đến chiếc kẹo của mình nên chuyển cho ông. Cheney lắng nghe, nhưng ông mệt mỏi và nhắm mắt, đôi khi rõ ràng gà gật. Rumsfeld, ngồi ở góc xa của chiếc bàn, rất chăm chú, mặc dù ông liên tục đề nghị người phát biểu nói to hoặc bật loa to lên. "Chúng ta sắp có bước khởi đầu vĩ đại", một trong các thành viên hội đồng tham mưu trưởng nói riêng với đồng nghiệp sau cuộc họp. "Phó tổng thống buồn ngủ, còn bộ trưởng quốc phòng thì không nghe rõ".Vì Cheney từng là cố vấn an ninh quốc gia trong chính quyền Ford, thời gian làm việc trong uỷ ban tình báo hạ viện và bộ trưởng quốc phòng, tân tổng thống muốn ưu tiên hàng đầu của cấp phó là tin tình báo. Trong những tháng đầu của chính quyền mới, Cheney kiểm tra công việc của các cơ quan tình báo - CIA; Cơ quan An ninh Quốc gia - chuyên nghe chặn các cuộc đàm thoại; và Cơ quan Tình báo Quốc phòng của Lầu Năm Góc. Ông quyết tâm sửa chữa những thiếu sót trong 8 năm kể từ khi ông rời chính quyền. Bush cũng yêu cầu Cheney xem xét tính dễ tổn thương của Mỹ trước chủ nghĩa khung bố, trước hết từ các nguy cơ sinh học và hoá học. Vào mùa hè năm 2001, Cheney thuê đô đốc đã nghỉ hưu Steve Abbott giám sát một chương trình, trong đó để nhiệm vụ bảo vệ tổ quốc ở vị trí cao hơn nữa. Vì tổng thống đã biết rõ thông tin, Cheney tự đặt mình vào vị trí người kiểm tra những kịch bản xấu nhất, đáng sợ nhất. Với kinh nghiệm và tính khí, việc trao trách nhiệm cho Phó tổng thống thật lý tưởng. Ông cảm thấy chính quyền phải sẵn sàng xem xét những chuyện không thể tưởng tượng nổi. Đó là một biện pháp để trở thành ban chỉ huy hiệu quả - tạo một số vấn đề, trở thành chuyên gia về lĩnh vực đó và rồi gây sức ép để giải pháp được thông qua.Cheney nghĩ chính quyền Clinton đã thất bại trong phản ứng với những hành động khủng bố, như hồi vụ đánh bom Trung tâm Thương mại Thế giới (WTC) năm 1993. Chỉ có một số phản ứng yếu ớt: không có phản ứng hiệu quả trong vụ đánh bom Tháp Khobar - căn cứ quân sự Mỹ ở Ảrập Xêút - năm 1996; không đủ phản ứng sau vụ đánh bom các đại sứ quán Mỹ ở Đông Phi năm 1998; không hề có phản ứng gì sau vụ đánh bom USS Cole ở Yemen năm 2000.Sau vụ 11/9, với Cheney, rõ ràng nguy cơ khủng bố đã thay đổi và phát triển rất nhiều. Vì vậy, 2 vấn đề phải thay đổi. Một là, tiêu chuẩn bằng chứng phải giảm bớt. Hai là, phòng thủ không không đủ. Mỹ cần tấn công. Nguy cơ nghiêm trọng nhất mà Mỹ phải đối mặt là vũ khí hạt nhân hoặc chất hoá học, sinh học trong tay khủng bố bên trong biên giới nước này. Và Cheney cho rằng phải làm mọi chuyện để ngăn chặn. "Phó tổng thống, sau ngày 11/9, rõ ràng coi Saddam Hussein là một mối đe doạ với hoà bình", ông Bush nói trong cuộc phỏng vấn hồi tháng 12 năm ngoái. "Cheney kiên định cho rằng Saddam là nguy cơ thực tế".