Đúng như  điều mà thái hậu Ngọc Vạn lo lắng, hoàng tử Chan nhân lúc tình hình lộn xộn đã ráo riết vận động tổ chức một cuộc nổi loạn.  Bên trong Chan lôi kéo những dân chúng bất mãn với triều đình làm hậu thuẫn, bên ngoài được nước Xiêm hà hơi tiếp sức, Chan lại khéo khai thác được lòng kỳ thị người Việt của các sắc tộc dị chủng như Chàm, Mã Lai, Lào..., thế lực ông lớn lên như diều gặp gió.  Thế là năm Nhâm Ngọ, Chan phất cờ nổi dậy. Với danh nghĩa là con lớn của vị vua chính thống Chey Chetta II, Chan đã dễ dàng chiếm được ưu thế trong lòng dân so với vua Ang Non I. Quan lại trong triều nhiều người thấy gió đã xoay chiều, cũng trở mặt hùa theo Chan. Trong số đó có cả hoàng thân Nặc Nậu và tướng Thạch Đậu Nậu.  Với khí thế "nhất hô bá ứng", Chan rầm rộ tiến quân về Oudong. Không bao lâu, quân nổi loạn vây chặt, uy hiếp toàn bộ kinh thành. Thấy tình thế nguy ngập, hai tướng Đại Việt chia nhau Phạm Cống thì dẫn quân bảo vệ cung thái hậu Ngọc Vạn, Phạm Quyền thì tăng cường bảo vệ Đại Việt doanh. Quân đội của triều đình dưới quyền chỉ huy của Thái thượng hoàng Outey quá hoảng sợ đã tan rã một cách nhanh chóng. Thái thượng hoàng Outey than thở: - Rất tiếc ta không nghe lời thái hậu Ngọc Vạn mới nên nỗi này! Có hối hận cũng không kịp nữa!  Thế rồi Outey tập trung số thuộc hạ trung thành còn sót lại liều chết mở một cuộc xung kích với hi vọng thoát khỏi trùng vây. Nhưng quân nổi loạn bấy giờ đông như kiến cỏ, đội quân xung kích của Outey không làm gì nổi, lần lượt ngã gục hết.  Cuối cùng, quân nổi loạn tiến vào hoàng cung, tàn sát cả Thái thượng hoàng Outey lẫn vua Ang Non I. Thừa thắng, quân nổi loạn lại còn định tiến vào cung thái hậu Ngọc Vạn để dứt điểm luôn. Một đạo binh khác kéo đến vây kín Đại Việt doanh. Nhưng thấy hai nơi này do hai tướng Phạm Cống, Phạm Quyền phòng thủ cẩn mật nên chúng chưa dám tấn công. Lâu nay dân Chân Lạp vẫn đồn đãi với nhau là người Việt có thần giúp sức, lại qua mấy trận đụng độ với người Xiêm trước đây, người Việt lúc nào cũng chiến thắng quá dễ dàng nên nhiều người Chân Lạp càng tin chuyện ấy. Vì lẽ đó, khi đối mặt với lính Việt, lính Chân Lạp cảm thấy bị khớp, tỏ ra ngần ngại. Nhờ thế, cung thất thái hậu và Đại Việt doanh chưa bị xâm phạm.  Chan thấy như vậy bèn hỏi mọi người: - Cung thái hậu Ngọc Vạn và Đại Việt doanh có tướng giỏi binh hùng giữ chắc quá nếu bao vây lâu ngày thì tốn sức, ta định phóng hỏa đốt quách có nên không? Hoàng thân Nặc Nậu nói: - Theo tôi nghĩ, điện hạ không nên sát hại thái hậu, đó là một việc tối kỵ. Nếu thái hậu Ngọc Vạn mà bị giết, tôi tin chắc chỉ hôm sau là quân Đại Việt sẽ tràn sang Chân Lạp, điện hạ liệu có chống nổi không? Chan giật mình: - Thế bây giờ theo hoàng thân thì nên tính thế nào? Hoàng thân Nặc Nậu nói: - Điện hạ nên cho người làm sớ dâng lên thái hậu xin lỗi về việc đã làm kinh động ngài. Điện hạ hãy trình rằng điện hạ bao giờ cũng coi thái hậu là bà mẹ kính yêu. Việc đáng tiếc vừa xảy ra chẳng qua là trong lúc hỗn loạn không kềm chế quân lính kịp chứ không dám cố ý xâm phạm cung thất thái hậu. Đồng thời điện hạ trình bày vì lý do bị cha con Outey cướp ngôi buộc lòng phải nổi dậy giành lại quyền vị của mình. Nói thế thì thái hậu sẽ không có lý do để khiển trách điện hạ. Việc giết cha con Outey chỉ là vấn đề tranh chấp nội bộ, không đụng chạm tới quyền lợi người Việt, tất phía Đại Việt không có lý do để gây hấn. Phải làm như thế thì ngôi vị điện hạ mới có thể vững vàng, không đến nỗi phải cầu cạnh người Xiêm để cho họ tìm cách lợi dụng. Chan nghe qua mừng lắm, nói: - Nếu không có hoàng thân dạy cho, ta lầm lỡ mất! Thế là Chan hạ lệnh giải tỏa vòng vây ở cung thái hậu cũng như ở Đại Việt doanh. Chan lại cho người viết sớ để dâng lên thái hậu trình bày như  ý hoàng thân Nặc Nậu đã vạch ra cho ông. Thái hậu Ngọc Vạn đứng trước tình huống ấy, đành xuống chiếu cho triều đình lập Chan lên làm vua Chân Lạp (1642-1659). Chau Ponhea Chan lên ngôi xong, ông lập người vợ Mã Lai lên làm hoàng hậu. Cả vua lẫn hoàng hậu đều theo đạo Hồi nên dưới triều đại Chau Ponhea Chan, đạo Hồi có cơ hội phát triển mạnh mẽ nhất ở trên đất Chân Lạp. Cũng từ đó, người Việt trên đất Chân Lạp không còn được hưởng nhiều đặc quyền đặc lợi như trước.  Thái hậu Ngọc Vạn tuy vẫn được ưu đãi, tôn trọng nhưng tuyệt nhiên không hề được dự bàn đến việc triều đình. Để giải sầu, bà hay tìm đến các chùa chiền ở kinh thành Oudong để dâng hương lễ Phật. Dù rất ghét ông vua con ghẻ Chau Ponhea Chan thái hậu cũng không biết làm sao hơn là chờ đợi sự can thiệp của chúa Nguyễn. Nhưng thời gian ấy, chúa Nguyễn lại liên miên lo việc đánh nhau với quân Trịnh làm sao có thể rảnh để nghĩ đến việc phương Nam! Thành thử những năm tháng dài đằng đẳng ấy, thái hậu đã phải sống như một người bị quản thúc.  Đối với thái hậu, cung vàng điện ngọc rộng lớn bấy giờ chỉ làm tăng thêm cái không khí lạnh lẽo, cô quạnh chung quanh bà. Bà không còn con cái, không có thân thích, không bằng hữu, thậm chí không một người đày tớ có chút ít khả năng hiểu bà để bà có thể giải bày tâm sự. Nhiều lần thái hậu hối hận tại sao mình không quyết tâm thêm chút nữa để ở luôn tại chùa Diệu Quang! Sau khi bỏ chùa mà trở lại kinh thành bà đâu còn làm được việc gì ngoài việc chứng kiến thêm những cảnh sóng gió đổi đời đầy máu và nước mắt? Phải, trời phạt ta bị tuyệt tự vì chính ta có ác tâm muốn chiếm đoạt cơ nghiệp của các con ta! Còn chàng, tại sao lại viết thư hứa hẹn suôn sẻ bái kiến ta làm gì? Chính lá thư đó đã làm ta mất lập trường để bây giờ phải sống những ngày như hôm nay! Không, không phải lỗi ở chàng đâu! Chính ta lỗi thề với chàng trước! Tới giờ chàng vẫn trôi nổi vô định trong bể đời vì ai nếu không phải vì ta? Những ý nghĩ đó cứ lẩn quẩn trong đầu óc thái hậu, cứ dằn vặt bà triền miên. Những cơn ác mộng liên hệ tới chồng bà, tới các con bà, cứ liên tiếp quấy phá với bà. Nhiều khi bà còn mộng thấy hoàng hậu Pha Luông trở thành quốc mẫu, lợi dụng quyền thế để hành hạ, đọa đày bà trăm chiều. Một thời gian sau bà trở nên sợ hãi bóng tối, sợ hãi đêm đen. Vì thế, đêm nào bà cũng phải cho thắp đèn nến sáng rực trong cung thất, lâu dần thành lệ. Phải nói là từ đó, thái hậu Ngọc Vạn không bao giờ còn được một giấc ngủ yên, một bữa ăn ngon! Bao nhiêu đêm bà ôm gối khóc thầm, thân xác bà mỗi ngày một khô héo... Đến năm Mậu Tuất (1658), hai người con khác của hoàng thân Outey là So và Ang Tan dấy binh đánh lại Chau Ponhea Chan. Nhưng vì thiếu hậu thuẫn nên cuộc nổi dậy đã bị Chau Ponhea Chan bẻ gẫy dễ dàng. So cùng Ang Tan phải chạy đến xin thái hậu Ngọc Vạn che chở. Thái hậu Ngọc Vạn gọi hai người lại khuyên: - Các ngươi đến nương nhờ ta, lẽ nào ta lại không vì tình mà che chở! Nhưng không lý các ngươi cứ phải sống lén lút hoài? Chi bằng, hãy lén sang Đại Việt cầu cứu với chúa Nguyễn, chắc chắn chúa Nguyễn sẽ đưa quân sang giúp các ngươi, như vậy địa vị vương hầu của các ngươi đâu có mất! Ta sẽ giúp các ngươi một phong thư, các ngươi cứ nghe ta thì sẽ gặp chuyện sẽ tốt lành.  Thế là anh em So cùng Ang Tan mang bức thư giới thiệu của thái hậu, bí mật trốn sang Thuận Hóa.  Bấy giờ ở Thuận Hóa chúa Hiền Nguyễn Phúc Tần lên ngôi đã được  mười năm. Lúc ấy phần đất còn lại của Chiêm Thành đã bị Việt hóa gần hết. Ranh giới Đại Việt đã có phần nối tới Chân Lạp. Đọc được thư người cô ruột  (thái hậu Ngọc Vạn) gởi, chúa Hiền mừng khôn xiết. Chúa liền cho triệu So và Ang Tan vào an ủi cùng hỏi han tình hình rất kỹ càng.  Sau khi nắm vững tình thế nước Chân Lạp, chúa ra lệnh cho phó tướng dinh Phú Yên là Nguyễn Phúc Yến cùng với cai đội Xuân Thắng, tham mưu Minh Lộc kéo 3.000 quân sang đánh thành Hưng Phước (Mỗi Xuy) của Chân Lạp. Vua Chau Ponhea Chan được tin liền đem binh đến cứu. Nhưng quân Chân Lạp gặp quân Đại Việt thì y như gà gặp rắn, dáo dác hoảng sợ mà thua nhanh chóng ở cả hai mặt thủy lẫn bộ. Người con út của Outey là Ang Em theo phe Chau Ponhea Chan bị giết trong trận thủy chiến ở Bà Rịa. Chau Ponhea Chan bị quân Nguyễn bắt nhốt vào cũi đem về Quảng Bình, nơi chúa Hiền đang đóng để xem xét việc binh ở mặt Bắc. Chúa Hiền bèn hội các quan lại hỏi: - Vua Chân Lạp là Chau Ponhea Chan đã bị ta bắt, các khanh thử nghĩ bây giờ ta nên xử trí như thế nào? Thuận Nghĩa hầu Nguyễn Hữu Tiến hỏi lại: - Bây giờ chúa thượng có ý định chiếm giữ lấy nước Chân Lạp luôn không? Chúa Hiền cười: - Sao lại không? Nhưng lúc này ta lấy sức đâu mà chiếm giữ! Ta định ủng hộ So về làm vua Chân Lạp với điều kiện cắt dâng ta một ít đất đai và dành những ưu đãi đặc biệt cho dân Đại Việt thôi. Thế có được không? Thuận Nghĩa hầu Nguyễn Hữu Tiến nói: - Chúa nghĩ như vậy là rất phải, mình phải bước từng bước thật vững chắc. Chứ bây giờ mà ôm lam hết thì phải chia lực lượng để giữ gìn an ninh trật tự ở đó, tất phải sẵn sàng đối địch với quân Xiêm nữa, lỡ giặc Trịnh lại vào đánh, hai mặt thọ địch ta chịu sao nổi! Chiêu Vũ hầu Nguyễn Hữu Dật thưa: - Theo thần nghĩ, Chau Ponhea Chan dù sao cũng là dòng vua chính thống, còn So và Ang Tan chỉ là anh em với tiếm vương. Nếu mình vì tiếm vương mà diệt dòng chính thống e rằng không được chính nghĩa sợ dân Chân Lạp không phục. Dân không phục tất dễ nẩy sinh mầm loạn, như vậy là ta phải bận tâm việc chi viện quân sự lôi thôi. Tốt hơn hết, chúa nên vỗ về Chau Ponhea Chan rồi trả y về ngôi cũ. Đồng thời ta nên cho anh em So làm phó vương để chia bớt quyền lực. Như vậy cả hai phe đều cám ơn ta mà dân Chân Lạp cũng không oán ta được. Vậy là ta cứ việc ngồi không từ từ tùy cơ mà thu lượm thành quả Nam Tiến. Mặt khác, ta vẫn rảnh tay để sẵn sàng đối địch với giặc Trịnh bất cứ lúc nào. Chúa Hiền khen: - Ý kiến thật tuyệt diệu! Vậy, các khanh hãy giúp ta khuyến giáo Chau Ponhea Chan rồi cho hắn về nước! Thế rồi chúa sai các tướng lần lượt đến thăm Chau Ponhea Chan, ân cần nói chuyện  phân tích điều hay lẽ phải cho y nghe. Sau cùng, chúa mới sai người đưa Chau Ponhea Chan đến gặp mình.  Chau Ponhea Chan thấy mặt chúa Hiền thì quì xuống xin tha tội. Chúa ôn tồn nói: - Anh em So và Ang Tan tố cáo ngươi giết vua soán ngôi, lại chỉ biết củng cố quyền lực mà không biết lo cơm no áo ấm cho dân, vì thế ta phải đem binh bắt tội. Tội ngươi đáng lý phải giết đi mới phải. Nhưng nể tình cô dượng ta, ta coi ngươi như con cô ta vậy, nên ta tha cho ngươi về giữ lại ngôi báu với vài điều kiện nhỏ, ngươi bằng lòng không? Chau Ponhea Chan lạy thưa: - Bẩm ông chúa đã tha mạng mà cho tôi phục quốc thì ông chúa dạy gì tôi cũng xin vâng hết! Chúa Hiền nói: - Ngươi biết vậy là tốt. Trước hết, ta muốn anh em ngươi hòa thuận với nhau. Ngươi tuy trở về ngôi cũ nhưng ngươi phải chấp nhận để So làm phó vương để cùng tham dự việc nước với ngươi. Thứ nữa, ta muốn ngươi dành mọi sự dễ dãi cho người Đại Việt sang Chân Lạp làm ăn, phải che chở giúp đỡ họ những khi họ gặp khó khăn. Những điều kiện đó chắc không khó lắm chứ? Chau Ponhea Chan thưa: - Bẩm ông chúa, tôi xin vâng theo những lời ông chúa dạy bảo! Thế là chúa Hiền sai người đưa cả ba anh em vua Chân Lạp về nước. Chau Ponhea Chan vẫn đóng ở Oudong, phó vương So thì đóng ở Mỗi Xuy. Cũng dịp này, chúa Hiền cũng gởi theo một số tù binh bắt được của họ Trịnh trong trận chiến Ất Mùi để họ sang Chân Lạp khai khẩn đất hoang làm ăn. Năm Kỷ Hợi, Chau Ponhea Chan lâm bệnh nặng mà qua đời. Chúa Hiền bèn phong cho So chính thức làm vua Chân Lạp, lấy hiệu Batom Reachea.  Để lấy lòng chúa Nguyễn, vua Batom Rechea tỏ ra ưu đãi di dân người Việt hơn bao giờ hết. Thế là bao nhiêu người Việt gặp khó khăn vì chiến tranh như dân, binh của Đàng-Ngoài bị bắt, những người bị nghi ngờ làm gián điệp tay sai cho Đàng-Ngoài đều được đưa sang Chân Lạp. Đây cũng là cơ hội hiếm có nên đến đâu họ cũng ra sức cần cù làm ăn để lập lại cuộc đời đến đó. Không bao lâu sau, các nơi họ đến làm ăn đều trở nên những khu vực kinh tế trù phú. Người Chân Lạp và các thổ dân địa phương kẻ dễ tính thì hòa nhập với di dân, kẻ kỳ thị văn hóa Việt thì âm thầm bỏ đi nơi khác, không hề có sự tranh giành, ngăn trở...