Nhiệm vụ hoạt động ngầm chưa bao giờ được nêu rõ ràng trong quy chế thành lập CIA. Tuy nhiên, chức năng đó ngày càng có uy tín và được ủng hộ trong nội bộ CIA ngay từ khi mới thành lập năm 1947, qua chiến tranh Triều Tiên 1950 -1953, và chiến tranh Việt Nam 1968 - 1970, và đỉnh cao của nó là các cuộc thập tự chinh bí mật chống cộng của chính quyền Reagan (Johnson 1996). Khi chiến tranh Việt Nam chuyển biến xấu thì hoạt động ngầm bị sút giảm nhanh, và xu hướng đó được tăng cường thêm do chính quyền Nixon cắt giảm chi tiêu theo yêu cầu của George MacMahon, vị chủ tịch đầy quyền lực của Ủy ban chuẩn chi Hạ nghị viện. Ngân sách của CIA giảm từ 5 tỷ USD năm 1969 xuống còn 3 tỷ USD vào năm 1973 (phỏng vấn Schlesinger 1994). Góp thêm vào sự giảm sút đó là những bước mở đầu của Nixon nhằm tiến tới hòa dịu với Liên Xô và sự phê phán rộng khắp đối với các hoạt động đặc biệt, có lẽ đáng chú ý nhất là chiến dịch của CIA chống lại Salvador Allende, vị Tổng thống Chile được bầu thông qua bầu cử dân chủ, và việc đó bị tiết lộ năm 1974 (Treverton 1987).Vào thời gian cuối của chính quyền Carter, sự quan tâm đối với những hoạt động ngầm lại được phục hồi tiếp theo việc Liên Xô đưa quân vào Afghanistan. Đặc biệt trong thời kỳ chính quyền Reagan, người ta say mê với việc dùng hoạt động bí mật để thanh toán những rắc rối bên ngoài đối với Hoa Kỳ và các hoạt động ngầm đã lên tới mức kỷ lục (chủ yếu là những hoạt động ở Afghanistan và Nicaragoa). Tuy nhiên, sau vụ bê bối về hoạt động bí mật chống Iran, chính quyền Reagan đã từ bỏ cách làm này. Tổng thống George Bush (1994) thừa nhận rằng ông thấy phương án thầm lặng là có ích, nhưng trong thời kỳ ông làm Tổng thống, ngân sách cho các hoạt động ngầm đã giảm đi, cuối cùng chỉ còn dưới 1% tổng ngân sách của CIA (Woolsey 1993 a). Dưới thời Tổng thống Clinton, ngân quỹ dành cho hoạt động ngầm có tăng lên tuy chỉ đến mức dưới 2% tổng ngân sách của CIA (tài liệu đã dẫn) do hoạt động ngầm đã được ưa chuộng phần nào với tư cách là công cụ trong cuộc đấu tranh của CIA chống lại đối tượng được lo ngại và đáng ghét nhất là vấn đề phổ biến vũ khí. Hơn nữa, hoạt động ngầm còn là một phần trong cố gắng bị thất bại của chính quyền năm 1994 nhằm lật đổ tập đoàn quân sự Haiti mà không phải tiến hành một cuộc xâm lược quân sự của Hoa Kỳ.Hoạt động ngầm, trên tư cách là một chỉ dẫn về thay đổi, đã có sự giảm sút lớn nhất về mức độ nhấn mạnh trong những năm được chuyên đề này nghiên cứu. Sự giảm sút rõ rệt trong việc dùng hoạt động ngầm dưới thời Bush và Clinton cũng khớp với mức giảm năm 1977 -1978 khi Tổng thống Carter, một người có xu hướng cải cách và cảnh giác (trước hết là nghi ngờ CIA), chỉ sử dụng phương án đó một cách dè dặt và hạn chế cho đến khi cuộc xâm lược ở Afghanistan năm 1979 gây sốc cho Tổng thống Carter và làm ông có quan điểm bi quan hơn đối với những ý đồ toàn cầu của Liên Xô.Tuy hiện nay những hoạt động ngầm đang có vị trí thấp, chiếm 1-2% trong ngân sách ước tính của CIA là khoảng 3,1 tỷ USD (Smith 1996) chỉ là một sự thay đổi không đáng kể về tiền bạc thì phương án thứ ba đã chứng tỏ sự dai dẳng của nó, có thể sẽ lại có vị trí cao hơn trong những năm tới, và có lẽ sẽ chiếm dược một tỷ lệ ngày càng lớn hơn của ngân sách tình báo trong cuộc chiến tranh chống lại tình trạng phổ biến vũ khí. Giám đốc CIA Deutch đã tuyên bố vào đầu nhiệm kỳ của ông (1995): Tôi tin rằng Hoa Kỳ cần duy trì và thậm chí có lẽ cần mở rộng các hoạt động ngầm như là một công cụ chính sách (1995).Như vậy, hoạt động ngầm đang chờ đợi các Tổng thống và giám đốc CIA ưa thích hành động bí mật và các hình thức quyến rũ của nó từ tuyên truyền bí mật đến các hoạt động chính trị và kinh tế ngầm nhằm chống lại các hoạt động buôn bán vũ khí bất hợp pháp, thậm chí cả các hành động bán vũ trang để phá hủy các địa điểm để sản xuất vũ khí. Ngoài ra, các tổng thống tương lai có thể bị lôi cuốn vào việc sử dụng các cong cụ bí mật đó để tiến hành thập tự chinh chống lại những vụ lạm dung nhân quyền ở nước ngoài hoặc chống lại chủ nghĩa găngxtơ và tham vọng độc tài mới phục hồi trong các nước thuộc Liên Xô (cũ).