Vào khoảng giữa tháng 12 năm 1946 tình hình chính trị và quân sự giữa Việt và Pháp đã tới giai đoạn căng thẳng. Những cuộc điều đình giữa Pháp và Việt không có kết quả nào như ý muốn của người Việt là Việt Nam phải được độc lập tự do hoàn toàn và thống nhất Nam – Trung - Bắc một nhà. Quân đội Pháp vừa trở lại chiếm đóng nhiều đô thị do quân đội Nhật đầu hàng Đồng minh đã bị quân Tưởng Giới Thạch tới giải và trao cho Pháp chiếm đóng. Tại Huế bà Nam Phương biết được nhiều tin tức từ nhiều người mang lại cho thế nào cuộc chiến tranh Việt – Pháp cũng nổ ra, chiến sự sẽ vô cùng khốc liệt. Tháng 3 năm 1946, Cố vấn Vĩnh Thuỵ đã đi sang Trung Quốc và được tin là ông ở lại bên đó cùng với Lý Lệ Hà. Ở Huế bà Nam Phương thấy tuyệt vọng, vì nếu ra Hà Nội thì ông Cố Vấn Vĩnh Thuỵ chưa chắc sẽ trở về đoàn tụ với gia đình, vì biết tánh ông Vĩnh Thuỵ nhẹ dạ và đa tình. Có thể ở Trung Hoa ông đã bị một số người ngoại quốc  mua chuộc ông để dùng làm bình phong chính trị cho lá bài Việt Nam sau này, hoặc bị những người đẹp dụ dỗ ông ở lại ăn chơi cờ bạc để giải buồn vì ông đã mất ngai vàng rồi. Bà Từ Cung đã tản cư về vùng quê, còn bà Nam Phương và các con vẫn đang ở trong cung An Định. Bảo Long đang học ở Đà Lạt ở với bà bác (bà Didelot) thì cũng được đưa về Huế để sống chung với gia đình vì ở Đà Lạt sợ bị bắt cóc làm con tin của nhiều phía. Bà Nam Phương cũng nghĩ xa, nghĩ gần bây giờ ông Vĩnh Thuỵ đã bỏ đi rồi, tức là không còn giữ chức Cố vấn nữa. Như vậy chính phủ Việt Nam chưa chắc đã có hành động gì để giúp đỡ gia đình bà. Vì vậy bà phải tự tìm cách để sống giữa làn đạn bắt đầu nổ ở ngoài đường phố. Bà Nam Phương đã ngỏ ý thưa với bà Từ Cung là để quản lý thì hy vọng mũi tên hòn đạn không xen vào nhà thờ. Nhưng bà Từ Cung phản đối kịch liệt, và lúc đó giữa hai mẹ con, mẹ chồng và nàng dâu trở nên đối chọi nhau. Còn với chính quyền Cách mạng khi đó thì cũng không có thái độ gì khắt khe với hoàng gia và còn cho bộ đội canh giữ cung An Định nơi gia đình hoàng gia đang cư ngụ. Bây giờ biết đi đâu để lánh nạn? Giữa ngã ba đường: Ở lại cung An Định thì nguy vì chiến tranh hòn đạn, quả bom… không từ nơi nào. Còn đi tản cư về vùng quê thì cũng vất vả, nhất là quen nếp sống vương giả từ nhỏ, các con cái của bà Nam Phương cũng khó hoà nhập được với những đứa trẻ đồng quê. Còn đưa các con vào một trại lính của Pháp chiếm đóng để tạm trú thì cũng không được. Như vậy là con bà Hoàng tử Bảo Long sẽ hết hy vọng lên ngôi kế vị thân sinh, vì lại sa vào vết chân cũ mà thân sinh đã theo Pháp, may mà thân sinh được sự khoan hồng của Hồ Chủ tịch, của nhân dân, chứ không thì cũng theo chân Phạm Quỳnh, Ngô Đình Khôi, Ngôi Đình Huân… đã bị nhân dân Huế xử tử rồi. Bây giờ chỉ còn có cách là cho Bảo Long vào trú ẩn trong nhà dòng Chúa Cứu Thế, nơi các linh mục người nước ngoài là Canada quản trị, một nước trung lập không theo Pháp hay Mỹ, Nga… Bà Nam Phương đã suy nghĩ kỹ, và bà cho Bảo Long đi trước rồi gia đình sẽ đi sau. Những ngày ở cung An Định những người lính bảo vệ, nhất là cán bộ chính trị viên của đơn vị canh gác tại cung An Định cũng biết ý định của bà Nam Phương sẽ không sớm thì muộn sẽ rời cung An Định đi một nơi nào đó để tránh nạn. Đã có lần người chính trị viên ngỏ ý phản đối kịch liệt về ý định bà Nam Phương đưa gia đình đi khỏi cung An Định, nhưng bà Nam Phương đã khéo léo giải thích với người cán bộ nên sau đó họ cũng làm ngơ để tuỳ bà quyết định lấy. Cung An Định chỉ cách nhà thờ dòng Chúa Cứu Thế có một quãng ngắn, và cũng cách nhà thờ Thiên Hựu không xa, nơi quân đội Pháp đang chiếm đóng. Khi mới chạy vào nhà dòng Chúa Cứu Thế, mới đầu vị linh mục người Canada là cha Larouste bề trên nhà dòng thấy cả gia đình bà Nam Phương và các con vào đó, linh mục bề trên cũng lo ngại, vì sợ quân đội Việt Minh sẽ lấy cớ gia đình cựu hoàng ẩn trốn trong này thì họ sẽ đem quân đội tới giải thoát và làm khó dễ nhà dòng. Và cũng có thể họ sẽ bắt Bảo Long đi để khỏi lọt vào tay người Pháp dùng sau này. Ngay từ hôm được tạm trú ở nhà dòng, gia đình bà Nam Phương và các con đã biết hoà nhập vào đời sống tản cư, đầy người tứ xứ tới tạm trú. Tại tu viện có nhiều chúng sinh bằng tuổi Bảo Long, và cả những đứa trẻ ngoài đời cũng cùng gia đình chạy vào tạm trú trong nhà dòng nên Bảo Long tỏ ra rất thích được sống hoà đồng với những bạn trai cùng lứa tuổi nơi đây. Vốn nhà dòng đã quen biết thân thiết với hoàng gia từ nhiều năm trước, nhất là sáng nào bà Nam Phương cũng đi lễ tại nhà thờ dòng Chúa Cứu Thế, nên nay tới tạm trú nhà dòng đã dành riêng cho gia đình bà Nam Phương và 4 người con cùng một cô hầu phòng duy nhất đi theo gia đình bà. Đời sống tạm trong tu viện cũng thật gian khổ, sáng sáng các con bà phải tự đi tìm nước để rót vào ca đem rửa mặt. Cuộc chiến giữa Việt và Pháp thực sự nổ ra, quân đội hai bên đang dàn trận để chiến đấu rất khốc liệt. Tiếng súng nổ nhiều ngả đường, máy bay Pháp luôn luôn quần trên bầu trời Huế ngày đêm để thả dù tiếp tế và quân đội. Sau nhiều tuần lễ, tiếng súng chỉ nổ lẻ tẻ, quân đội Việt Minh  bao vây những nơi quân đội Pháp trú đóng, còn Pháp thì chưa được tiếp tế quân đội tới để giải vây và tiếp tế súng đạn nhiều. Một bữa, Phòng Nhì Pháp đã cho người tới liên lạc với bà Nam Phương và cho biết nếu cuộc tấn công lớn xảy ra nay mai thì quân đội Việt Minh sẽ bắt cóc Bảo Long đi để họ đề phòng người Pháp trở lại Việt Nam thì họ sẽ dùng Bảo Long để tái lập nền quân chủ và đưa Bảo Long ra nhiếp chính trong khi Bảo Đại còn đang lưu vong ở xứ người. Và quân đội Pháp cũng chỉ biết nếu quân đội Việt Minh mà tấn công chiếm đóng nhà dòng thì quân đội Pháp sẽ tới đánh gỉải vây ngay. Nhà dòng thấy rất nguy kịch đến nơi nên đã bàn nhau là phải che dấu Bảo Long ngay từ bây giờ, và phải cắt tóc ngắn cho Bảo Long cùng đặt một cái tên mới cho Bảo Long là Nguyễn Ngọc Bảo để dễ trà trộn với những chúng sinh và những đứa trẻ đang trốn trong nhà dòng. Linh mục ở nhà dòng còn nghĩ đến cách cải trang cho mấy hoàng nữ ăn mặc theo lối con nông dân và người giúp việc cho nhà dòng, nhưng bà Nam Phương cũng còn lo nghĩ là không biết có bị lộ tông tích không? Những tiếng súng bắn sẻ vào nhà dòng làm những linh mục và những người đang trú ẩn trong đó lo sợ, còn bà Nam Phương thì cũng thấy tình thế nguy kịch đến nơi nên bà đã nghĩ: Nếu cứ ở trong nhà dòng thì cũng nguy đến nơi, còn chạy vào trại lính Pháp trú ẩn thì không thể được vì bà cũng đã lên tiếng ủng hộ Việt Minh và đã có lần hô hào nhân dân thế giới hãy ủng hộ Việt Nam để chống thực dân Pháp trở lại Đông Dương, nhất là chống quân đội Pháp đang chiếm đóng đất Nam bộ nơi quê hương bà đang bị bom đạn của giặc Pháp. Vì vậy bà Nam Phương đã nghĩ phải tìm đến một nơi nào trung lập, không phải trại lính Pháp. Và sau này Bảo Long còn kể lại: “Người Pháp cũng khéo chơi, thông qua các tu sĩ Cứu Thế, họ ra sức lung lạc tinh thần mẹ tôi. Cứ xem cách Việt Minh đối xử và che chở cho bà nội tôi, Đức Hoàng Thái hậu Từ Cung lúc này đang đi tản cư, tôi thiết nghĩ rằng họ sẽ đến tìm và sẽ đón mẹ tôi và các em đi tản cư trong vùng họ kiểm soát. Bởi lẽ chúng tôi đứng về phía họ, họ sẽ càng được nhân dân ủng hộ” (Theo sđd của D. Grandclément). Thấy tính thế ở trong nhà dòng không ổn, tới tháng 4 năm 1947, bà Nam Phương quyết định rời nhà dòng nơi bà và gia đình đang tạm trú dưới sự che chở của các linh mục người Canada. Bấy giờ mà bà chấp nhận sự giúp đỡ của người Pháp, thì có nghĩa là dưới con mắt Việt minh, và của tất cả mọi người dân Việt Nam kể cả thế giới nữa, bà Nam Phương Hoàng hậu đã chạy theo gót chân người Pháp rồi. Còn Bảo Long, cũng tiết lộ sau này: “Nhưng nếu mẹ tôi ngả theo Việt Minh thì sao? Tôi cho rằng nếu được như vậy thì vị thế của Việt Minh trước người Pháp sẽ được củng cố khá mạnh và có thể máu sẽ đổ ít hơn. Việc mẹ tôi rời khỏi sự che chở của người Canada chắc chắn đã không giúp được gì cha tôi mà chỉ khiến ông càng dứt khoát rời khỏi Cụ Hồ. Về mẹ tôi, tôi thấy bà là một người phụ nữ hiền thục, có phẩm hạnh đáng quý, vào thời điểm thúc bách đó chỉ một mực lo làm sao cho các con được yên ổn, chứ không có tham vọng gì về chính trị. Và cũng có thể lúc này cha tôi đang ở quá xa, bà không có cách nào liên lạc được. Còn trường hợp cha tôi sau này thì khác, ông đã đắn đo rất nhiều trước khi quay về hợp tác với người Pháp. Không phải chỉ có bà Nam Phương lo sợ, mà chính các linh mục nhà dòng Chúa Cứu Thế lúc đó cũng lo ngại, nhưng họ không dám nói ra thôi. Và sau này, có người hỏi lại diễn tiến trong thời gian đó, thì linh mục Bề trên nhà dòng thời đó đã kể lại: “Chính các cha xứ Canada gốc Pháp hồi đó đã giảng giải cho bà Nam Phương thông cảm ý muốn của họ là gia đình bà nên rời nhà dòng để tránh phiền phức cho họ sau này.” Do người Pháp đã liên lạc với bà Nam Phương trước đó, nên đến nửa đêm quân đội Pháp đang cố thủ ở trường Thiên Hựu đã dàn quân ra ngoài đường để mở lối bảo vệ cho bà Nam Phương và gia đình chạy sang phía bên kia đường nơi có quân đội Pháp đang canh giữ. Và theo sự sắp đặt, đúng nửa đêm bà Nam Phương và các con cùng người hầu đã chờ sẵn ở trong cổng nhà dòng để chờ tín hiệu báo ra là đào tẩu. Cả gia đình mỗi người đeo một cái túi vải sau lưng để chứa những vật dụng cần thiết. Theo lời kể của gia đình bà Nam Phương thì: “Như thường lệ, Bảo Long là người đi đầu tiên. Phải chạy vài chục thước mới đến chỗ lính Pháp đang bố trí che chắn. Tại sao lại chọn Bảo Long đi đầu tiên? Rõ ràng ai cũng biết phải tận dụng yếu tố bất ngờ, người đi đầu sẽ không có nguy cơ bị dính đạn, như người thứ hai hoặc thứ ba, đối phương đã kịp đề phòng. Người Pháp cũng đã tính toán. Phải đảm bảo an toàn cho Bảo Long trước tiên để sau này còn có người giữ ngôi báu”. Và mọi người đã dự kiến nhiều biện pháp để đề phòng để tạo thuận lợi cho việc vượt qua được con phố, nhưng họ quên mất việc để cho Bảo Long cải trang, mà lúc đó lại vẫn để Bảo Long mặc chiếc quần soọc lửng màu trắng như mọi hôm, và như vậy sẽ tạo ra một vệt sáng trong đêm tối. Như vậy mục tiêu dễ bị lộ. Nhưng mặc kệ Bảo Long cứ nhắm một lối đi qua hàng rào thép gai bao quanh trường Thiên Hựu để chạy thục mạng, và suýt vấp té, nhưng cuối cùng th ì cũng qua được sang phía lính Pháp một cách an toàn. Sau đó bà Nam Phương cũng dắt mấy đứa con nhỏ chạy theo. Lúc đó bộ đội Việt Minh quá bất ngờ nên họ không phát hiện kịp để ngăn chặn được, hoặc họ còn nhân đạo nên không nỡ xả súng vào những người vô tội, nhất là có mấy đứa trẻ thơ. Khi đã chạy vào trường Thiên Hựu, nơi quân đội Pháp đang trú đóng thì có mấy xe bọc thép của quân đội Pháp đã tới nơi để bảo vệ và chờ lệnh sẽ đưa gia đình bà Nam Phương đi đâu đó. Người Pháp báo tin cho bà Nam Phương biết là chiến cuộc nay mai sẽ xảy ra ác liệt, khu nhà dòng Cứu Thế sẽ ở giữa hai làn đạn, rất nguy hiểm nên họ đã tìm được một nơi an toàn và kiên cố để đưa mẹ con bà Nam Phương tới lánh nạn trong Ngân hàng Đông Dương. Nơi này cũng là chỗ quen biết của bà Nam Phương vì bà đã gửi tiền bạc trong Nhà băng này, và vị Giám đốc Nhà băng cũng đã gặp bà Nam Phương một đôi lần rồi. Nhà băng tuy không phải là trại lính, nhưng nơi này có một hầm kiên cố dưới lòng đất đã xây để chứa bạc, vàng, châu báu… của khách hàng gửi trước đây. Nơi này bây giờ để mẹ con bà Nam Phương tạm ở được và an tâm. Theo như tài liệu của D. Grandclément đã tả thì: “Chiếc scout-car bọc thép qua ngã tư đại lộ Jules Ferry, quẹo trái, chạy tiếp một quãng trên đại lộ Clemenceau dọc theo bờ sông Hương, rồi vượt qua cổng vào sân. Xe gắn súng máy đỗ ngoài đường đợi. Bọn lính đi bảo vệ nhìn chăm chăm về phía thành nội bên kia sông, nơi đang tập trung lực lượng Việt Minh, cũng là nơi xuất phát các cuộc tiến công vào các vị trí Pháp ở bên này sông. “Trong sân, chiếc scout-car lăn bánh chầm chậm trên sỏi đến một nền cao, xây kín ba mặt nằm giữa nhà băng và dãy nhà phụ đằng sau, xa đường, bên ngoài không thể nhìn thấy được. Nhưng xe vừa dừng thì người lái thay đổi ý kiến, lui xe và dừng lại trước lối vào chính, chân cầu thang lớn, nơi ông Fafard, giám đốc nhà băng đang đứng đợi sẵn. “Bà Nam Phương đã biết ông này từ lâu. Hai năm trước đây, khi ông mới đến nhậm chức bà đã gặp hôm ông vào bệ kiến Nhà Vua. Bữa nay bà thấy ông có vẻ khô khan, nghiêm nghị hơn như thường lệ, trong ánh sáng lờ mờ lọt qua cửa bên trên gác lửng rồi xuống bậc tam cấp. Bà Nam Phương chú ý đưa mắt tìm bà Fafard nhưng chỉ thấy một mình ông đứng đó. Còn cả gia đình đang ở trên gác nấp sau cánh cửa chớp đóng kín. Các con ông bà Fafard vận quần áo chỉnh tề, sạch sẽ, gọn gàng theo đúng tác phong của một gia đình công chức Pháp phải đối phó với tình huống bất hạnh. Cử chỉ gần như anh hùng mà không biết. Sẵn sàng được giới thiệu khi bà Hoàng hậu tới trú ẩn trong nhà băng. “Suốt chiều nay, khi được biết gia đình cựu Hoàng đế đến ẩn náu trong nhà mình các cô gái đã tập các cử chỉ đón chào sao cho cung kính, lễ phép. Chúng tập nhún chân khi nghiêng mình chào khách, ôn lại cách đi đứng, chào hỏi cho đúng phép tắc. Dù đang lúc chiến sự diễn ra ác liệt, các quả đạn trái phá 75 ly từ hoàng thành bên kia sông bắn qua đầu sang phía trường Thiên Hựu, các cô gái vẫn hớn hở rối rít chờ đón sự có mặt của gia đình Nhà Vua trong nhà mình. Những người trong gia đình ông chủ nhà băng Đông Dương ở Huế vẫn coi việc mẹ con bà Hoàng đến lánh nạn ở nhà mình là một vinh dự đặc biệt. Đối với họ, coi như không có chuyện Nhà Vua thoái vị. Ông Fafard thuộc phái ủng hộ chính phủ Vichy thân Đức, ông còn là bạn thân của Toàn quyền Decoux, không thể một sớm một chiều quên ngay hình ảnh về chế độ quân chủ cũ.” (Theo tư liệu của D. Grandclément, Nguyễn Văn Sự dịch, nxb Phụ Nữ). Sống tạm trú ở nhà băng Đông Dương được ít lâu, bà Nam Phương thấy thiếu thốn và cũng lo sợ nếu chiến tranh lan rộng không biết phe nào chiếm đóng được nhà băng, hay bắn phá vào nhà băng thì cũng nguy đến tính mạng của những người đang trú ẩn trong đó. Vì vậy bà Nam Phương lại nghĩ cách cho người liên lạc với người chị của bà đang ở Đà Lạt để có thể bà (Nam Phương) sẽ tìm đường đưa cả gia đình về Đà Lạt tạm sống qua ngày để tránh bom đạn. Vì vậy, bà Nam Phương lại tạm rời khỏi nhà băng Đông Dương để trở lại nhà dòng Chúa Cứu Thế tá túc vài ngày rồi tìm đường về Đà Nẵng và để từ đó nhờ máy bay vào Đà Lạt. Theo tài liệu SDECE- Service de Documentation Exterieure er Contre-Espionnage, của Cơ quan tình báo và phản gián Pháp, đã cho biết là họ đã đến thăm dò bà Nam Phương xem ý định của bà ra sao. Nhưng khi gặp bà Nam Phương, bà đã không có một lời ca tụng sự chiến thắng của người Pháp, nhưng bà Nam Phương lại nói: “Những hy sinh của tôi chẳng là gì cả so với những khổ cực hiện nay của nhân dân”. Đây là một câu nói chính trị và giáo điều. Ở nhà dòng mấy ngày thì có một đoàn xe quân đội Pháp tới để hộ tống cho một chiếc xe hàng chở gia đình bà Nam Phương, gồm mấy người con và người hầu đi kèm. Với những chiếc xe bọc thép, súng ống đầy đủ để bảo vệ xe dân sự đi từ Huế vào Đà Nẵng không bị quân đội Việt Minh phục kích ngăn chặn được. Nhưng trong khi đi bằng xe đò vì say xe nên Bảo Long và mấy công chúa bị nôn, chóng mặt và cảm sốt. Tới đỉnh đèo Hải Vân xe phải ngưng lại để chờ mấy tiểu thư và hoảng tử lấy lại sức khoẻ và uống thuốc cảm cho qua khỏi cơn sốt và ói mửa. Khi xe dừng lại, những chiếc xe bọc thép quay súng ra bìa rừng để bảo vệ nếu có du kích trong rừng rậm ra tấn công thì họ sẵn sàng trả đũa để ngăn chặn. Tới Đà Nẵng cả gia đình được vô sự tốt lành. Rồi từ Đà Nẵng bà Nam Phương xin đi nhờ máy bay của quân đội Pháp vào Đà Lạt. Vào tới Đà Lạt đáng lẽ gia đình bà tới ở biệt điện của Bảo Đại có sẵn, nhưng bà Nam Phương đã không ở đấy mà về về ở voíư bà chị ruột là bà Didelot cũng có một biệt thự lớn và đầy đủ tiện nghi. Ở Đà Lạt được ít tháng thì năm 1947 bà Nam Phương đưa các con sang Pháp sống.