Vào năm 1967, Châu đã trở thành một trong những chính khách thành công nhất ở nước ông. Châu trở về tỉnh cũ Kiến Hoà để tranh cử quốc hội và thắng với số phiếu lớn không ngờ. Lúc Châu chuyển từ một sĩ quan quân đội sang làm chính khách dân sự cũng là lúc chương trình bình định đi vào giai đoạn cải tổ cuối cùng của nó. Vì quá mệt mỏi với những cuộc xung đột nội bộ lặt vặt giữa cánh quân sự và cánh dân sự trong bộ máy quan lại của Mỹ ở Sài Gòn, Tổng thống Johnson đã cử chính Robert Komer trợ lý về bình định của ông tại Nhà Trắng, với hàm Đại sứ sang Việt Nam và bảo ông này hãy làm tất cả những gì có thể làm được để củng cố chương trình này. Robert Komer yêu cầu Tổng thống Johnson cho William Colby, lúc đó đang làm tại tổng hành dinh của CIA, sang Việt Nam làm phó cho ông. Thế là William Colby lại phải rời bỏ công việc của mình tại CIA để sang Việt Nam một lần nữa. William Colby có ấn tượng rất tốt với cái kế hoạch thông minh của con người không bao giờ chịu lùi bước là Robert Komer, nhằm hàn gắn những mảnh vụn của chương trình bình định lại với nhau. William Colby nói “Robert Komer biết rằng nếu giao chương trình bình định cho cánh quân sự thì mọi sự sẻ hỏng bét hết vì quân lính mà hành quân thì họ gặp đâu bắn đó chẳng chừa ai. Nhưng Komer cũng biết rằng quân đội nhất định chẳng chịu chia quyền với ai cả. Do đó, ông đã chỉ ra cách duy nhất là đặt chương trình bình định dưới sự kiểm soát của cánh quân sự, nhưng trong tay cánh dân sự. Đây phải nói là cái nhìn thiên tài của Robert Komer. Và ông còn làm cho cánh quân sự điên đầu nhiều năm sau đó nữa”. Việc cải tổ đã đưa Westmoreland lên địa vị người cầm đầu chương trình bình định, Robert Komer chỉ làm phó cho Westmoreland thôi, nhưng lại phụ trách xử lý mọi việc hàng ngày. Mặc dầu chính Westmoreland đã triển khai một chiến lược quân sự có thể coi là một phản đề của chương trình bình định, nhưng ông vẫn phấn đấu trong nhiều năm để đặt cánh dân sự dưới quyền kiểm soát của ông, cho nên ông sẵn sàng chấp nhận một thoả hiệp có một quan chức dân sự làm phó cho ông. Một quan chức dân sự làm phó cho ông mà lại có tầm cỡ như Robert Komer thì thật là chưa bao giờ ông dám nghĩ đến. Tướng Westmoreland bình thường là một người lịch thiệp, mẫu mực và rất dè dặt, trong khi nói về các bạn đồng nghiệp trong hồi ký, nhưng ông lại không thể tự kiềm chế khi nói về Robert Komer: “Có Chúa biết, Tổng thống đã giao cho tôi một con người vui vẻ hoạt bát là Robert Komer. Cái biệt danh “Đèn hàn” thật là thích hợp với ông ta”. Và mặc dầu sau này Komer đã gây cho ông bao rắc rối, ông vẫn thừa nhận rằng Komer chính là con người có khả năng làm cho mọi con người khác nhau trong bộ máy thư lại chịu làm việc chung với nhau trong một đội ngũ. Cái con vật cồng kềnh mới ra đời để phụ trách bình định này có tên là CORDS - Civil Operations and Revolutionary Development Support (Hoạt động Công dân vụ và Phát triển cách mạng). Điểm chủ yếu trong cuộc cải tổ này là tại một nửa số tỉnh của Nam Việt Nam sẽ có người cố vấn trưởng là quân sự, người phó là dân sự; còn một nửa kia thì người cố vấn trưởng là dân sự, với người phó là quân sự. Phần lớn các cố vấn dân sự đều là cán bộ hoạt động đối ngoại; năm hoặc sáu người là của CIA. Xa hơn nữa, các cố vấn về bình định của Mỹ ở một tỉnh về sau đã thống nhất quân dân sự lại với nhau làm một. John Paul Vann được giao một nhiệm vụ lãnh đạo bên ngoài Sài Gòn. Việc cải tổ này có thể được coi là một thắng lợi lớn trong cuộc chiến tranh: hai năm sau khi đổ quân ồ ạt vào Nam Việt Nam, lần đầu tiên người Mỹ mới tổ chức nổi một bộ máy phối hợp tương đối được với nhau. Bộ máy của CORDS thì làm việc được rồi, nhưng công việc bình định trong thực tế có được gì không vẫn còn là chuyện nghi ngờ, ít ra cũng là trong các nhà báo. Cái được bàn cãi nhiều nhất là chương trình máy tính điện tử do Robert Komer thiết lập để đánh giá tiến độ của CORDS, dựa vào một bảng câu hỏi cho các quan chức CORDS tại địa phương trả lời. Chương trình điện tử này được gọi là “Hệ thống lượng định Hamlet” ( Hamlet Evaluation System - HES). Komer cho rằng báo chí đã cường điệu vai trò của máy tính điện tử trong chương trình bình định làm cho công chúng Mỹ và Quốc hội đâm ra hoài nghi toàn bộ chương trình bình định luôn. Năm 1968, Komer nói “Hầu hết những người phê phán chương trình HES đều không được thông tin đầy đủ về vấn đề này. Chẳng hạn như thượng nghị sĩ John Tunney, bang California. Tôi không chỉ trích John, nhưng ông ta nói “Làm sao một cố vấn Mỹ mới ở Việt Nam có một năm và lại không biết nói tiếng Việt lại có thể phân tích trái tim và khối óc của người nông dân Việt Nam được?” Tôi nói, John, xin ông hãy tin chúng tôi một chút. Chúng tôi đâu có ngu tới mức đó. Tôi giao cho hệ thống này lượng định những hiện tượng khách quan chứ đâu có đo trái tim và khối óc. Chúng tôi chỉ yêu cầu những người của chúng tôi đo những gì có thể đo được. Họ biết khi nào thì một trái moọc-chê rơi vào trong làng, hoặc có một sự cố bắn nhau vào ban đêm. Họ biết một cây cầu có được xây dựng hay một ngôi trường có được hoạt đông, hay có nước uống được trong một làng hay không?” Thế là ông ta lại hỏi tôi một câu không được khách quan cho lắm: “Hạ tầng cơ sở của Việt Cộng có bị phá huỷ không?” Tôi nói: “John, ông định bắt bí tôi. Đó là vấn đề khó phân tích nhất, tôi phải thừa nhận như vậy”. Chính là vấn đề tổ chức chính trị và hành chính của cộng sản hay là hạ tầng cơ sở của Việt Cộng, như Komer thích gọi - có tồn tại và phát triển không đã đưa Komer tới chỗ phải tổ chức ra chương trình Phượng Hoàng. Bởi vì William Colby, người phó của Robert Komer, là một quan chức CIA được mọi người biết, và chương trình Phượng Hoàng lại do CIA tố chức, nên Colby thường được coi là cha đẻ của chương trình Phượng Hoàng - Châu cũng đau lòng khi thấy về sau người ta công kích Colby, bởi vì Châu biết rằng chương trình Phượng Hoàng bắt nguồn từ những đội chống khủng bố của ông và trên thực tế, ông mới là cha đẻ của Phượng Hoàng, mặc dầu sau này nó đã phát triển ngoài sự mơ ước ban đầu của ông. Thực ra hiện nay, Phượng Hoàng không còn là hoạt động bí mật đã được mọi người biết mà đã trở thành một cuộc cải tổ hệ thống quan liêu do Komer tiến hành cũng như ông đã làm đối với CORDS năm 1967. Việc cải tổ này liên quan đến hằng hà sa số những tổ chức tình báo hoạt động rất ít phối hợp với nhau. Trong nhiệm kỳ đầu tiên của Colby với tư cách là người đứng đầu chi cục CIA ở Sài Gòn, ông đã giúp thành lập một tổ chức tương tự như CIA cho người Việt Nam, được gọi là Tổ chức Trung ương tình báo (Central Intelligence Organization). CIA cũng hoạt động và giúp đỡ cho một ngành đặc biệt của Cảnh sát Quốc gia. Tình báo quân sự của Hoa Kỳ thì hoạt động với tổ chức tương ứng của nó bên phía Việt Nam là Cơ quan Tình báo Quân sự Việt Nam (Military Intelligence Service). Lại thêm những hoạt động của những phòng G-2 thuộc các đơn vị quân đội và tất cả mọi người khác có tiền để dựng lên một mạng lưới tình báo. Công việc tình báo ở Việt Nam là cả một bãi lầy hỗn loạn, mà mỗi đơn vị đều tranh giành quyền lực và ganh tỵ lẫn nhau giấu những bí mật riêng cho mình. Mục đích của chương trình Phượng Hoàng là thâu tóm mọi nguồn tình báo lại một mối, ở cấp tỉnh hoặc cấp huyện, để phát hiện và tiêu diệt tổ chức chính trị và hành chính của Việt Cộng. Colby và những người phụ trách khác của Pượng Hoàng đã nhấn mạnh nhiều lần rằng phải nhắm vào mục tiêu chủ yếu là các quan chức Việt Cộng đi tuyên truyền và giáo dục nông dân, thu thuế và tuyển mộ thêm người vào du kích. Rõ ràng là một người có tài tổ chức được một trăm người vô du kích thì có giá trị trong cuộc chiến hơn là một người cầm súng và làm theo mệnh lệnh. Điều đó là rõ ràng đối với tất cả mọi người, trừ giới quân sự Mỹ bởi vì những ông này vẫn theo chiến lược càng có nhiều xác chết của kẻ thù càng tốt mà một xác chết mặc bà ba đen thì cái nào cũng như cái nào. Colby định nhét vào đầu giới quân sự tư tưởng cho rằng cuộc chiến tranh không thể nào thắng được nếu trước tiên không thủ tiêu được tổ chức chính trị của cộng sản. Colby đề nghị CIA cho mượn một số ít sĩ quan để cho chương trình này bắt đầu và sau đó những trung tâm tình báo được thành lập ở từng huyện trong cả miền Nam Việt Nam. Chương trình Phượng Hoàng, như Colby nhiều lần cố gắng giải thích, chỉ sưu tập những tin tức tình báo phối hợp. Khi tổ chức Phượng Hoàng phát hiện một thành viên trong tổ chức chính trị của Việt Cộng thì họ chuyển tin đó cho người khác hành động, hoặc cho Cảnh sát Quốc gia, hoặc cho đơn vị tình báo của tỉnh, cho quân đội Sài Gòn hoặc cho quân đội Mỹ. Nói cách khác, tổ chức Phượng Hoàng không làm công việc thủ tiêu Việt Cộng. Ngoài ra, khi một Việt Cộng bị giết trong một cuộc hành quân thông thường và sau đó được nhận biết là Việt Cộng thì tên của anh ta sẽ được đưa vào danh sách của tình báo và được kê khai như một thành tích của chương trình Phượng Hoàng. Ngay từ đầu, Phượng Hoàng đã là một đề tài tranh cãi và thu hút mọi sự phản đối chiến tranh ở Hoa Kỳ. Một số điều nghi ngờ đã bắt nguồn từ chính cái tên thật của nó. Theo truyền thuyết dân gian Việt Nam thì con rùa tượng trưng cho sự sống lâu, con cá chép tượng trưng cho sự thông thái, nhưng chính con phượng hoàng mới thật thần kỳ, một con chim dũng mãnh và anh hùng có thể sống lại từ đống tro tàn. Thần thoại về phượng hoàng đã có hàng nhiều thế kỷ. Thời Ai Cập sơ khai, Phượng Hoàng là vật tượng trưng cho thần mặt trời, tục truyền là sống tới trăm năm, sau đó bị thiêu huỷ để rồi hồi sinh hoàn toàn trẻ trung hơn xưa. Dùng cái tên của biểu tượng hồi sinh mà toàn thế giới đều biết để chỉ một chương trình nhằm tiêu diệt tổ chức chính trị / hành chính của Việt Cộng bằng cách giết người lạnh lùng khi cần thiết gợi cho người ta nhớ lại những trại tập trung của phát xít Đức với khẩu hiệu “Lao động sẽ làm cho các người tự do” che đậy việc làm thực sự của chúng. Mặt khác, người Mỹ lại có cái sở trường là chọn tên không thích hợp hoặc buồn cười, và không dính dáng gì với động cơ ban đầu mà người sĩ quan ít ai biết tiếng kia đã đặt cho nó. Phần lớn những lời phê phán đều do cách Colby và Komer định nghĩa chương trình Phượng Hoàng, bằng những danh từ quan liêu mà chỉ có họ hiểu rõ thôi. Theo cách họ diễn đạt thì chương trình Phượng Hoàng là nhằm “vô hiệu hoá” cái “hạ tầng cơ sở” của Việt Cộng, trong đó một cán bộ “tuyên truyền cổ động” là mục tiêu quan trọng hơn một du kích. Vô hiệu hoá - đó là một từ đẹp đẽ để chỉ ám sát, cũng tương tự như nói “kết liễu với tổn thất cao nhất”? Hạ tầng cơ sở? Còn cán bộ “tuyên truyền cổ động” (agitprop) là gì? Họ không thể giải thích việc làm của họ bằng một thứ tiếng Anh quen thuộc dễ hiểu cho tất cả mọi người nên mọi người đều hiểu rằng việc làm của họ là ám sát mọi người vô tội đối lập với chính phủ Sài Gòn rồi cố tình che đậy những hành động vô luân của họ bằng những lời nói rối rắm không ai hiểu nổi. Robert G. Kaiser, Jr., một phóng viên của tờ Washington Post, một người vốn có thái độ hoài nghi đối với cuộc chiến tranh Việt Nam, cảm thay cần phải xua tan những sự hiểu lầm chung quanh chương trình Phượng Hoàng, đã viết một bài dằng dặc trên báo này số ra ngày 17 tháng Hai, 1970, với đầu đề “Các cố vấn Hoa Kỳ Việt Nam coi thường chương trình Phượng Hoàng”, trong đó ông nói rằng quan niệm của người Mỹ ở trong nước về Chương trình Phượng Hoàng không giống với thực tế đang diễn ra ở Việt Nam. Kaiser viết: “Một số nhà phê phán chiến tranh ở Hoa Kỳ đã công kích chương trình Phượng Hoàng là một công cụ để tàn sát chính trị hàng loạt. Ở Việt Nam không nghe ai mô tả ảm đạm như vậy, ở đây người ta chỉ coi Phượng Hoàng là một trò hề rẻ tiền, thỉnh thoảng cũng có người cường điệu cho nó ảm đạm thêm một chút mà thôi. Mâu thuẫn giữa tiếng xấu cho rằng Phượng Hoàng là một loại Công ty giết người Việt Nam (Vietnamese Murder, Inc.) với thái độ mọi người coi khinh ở đây là điển hình của lời trách móc của các quan chức Mỹ ở Việt Nam: “Ở nhà người ta không thông cảm với những gì họ đang làm ở Việt Nam”. Kaiser đi đến chỗ cho rằng “Rất nhiều lời tố cáo đối với chương trình Phượng Hoàng không hề được chứng minh trong thực tế Việt Nam. Một số lời tố cáo đó hình như do hiểu lầm cách dùng danh từ và thống kê mà thôi”. Ngày hôm sau bài báo của Kaiser, James Sterba của tờ New York Times cũng viết một bài ủng hộ ý kiến của Kaiser về chương trình Phượng Hoàng. Chương trình bình định mang tiếng nhơ phần lớn là do các đội trinh sát tỉnh (PRUs) đã giết người bừa bãi lúc đầu mới phát triển của chúng, các đội này nguyên lúc đầu là các đội chống khủng bố thành lập theo sáng kiến của Châu, nhưng trong thời kỳ hỗn độn sau cuộc đảo chính Diệm đã phát triển vô tổ chức thành những đơn vị ô hợp. Theo như Kaiser đã nói thì phần lớn những sự lạm dụng đã bị ngăn chặn và các đơn vị này đã bị khép vào kỷ luật. Nhưng tiếng dữ vẫn đồn xa và các phóng viên Mỹ không do dự gì mà không khai thác. Cũng trong tháng mà bài của Kaiser và của Sterba thể hiện trên tờ Post và tờ Times thì con người vốn điềm đạm, trầm tĩnh là George Anne Geyer, bạn thân của con người báo thù Keyes Beech, lại đăng một bài trên tạp chí True với đầu đề “CIA thuê bọn giết người”, bắt đầu bằng những dòng sau đây “Khi cuộc chiến mang nặng tính chất chính trị hơn quân sự thì mục tiêu của nó cũng chuyển dịch từ quân đội sang những nhà lãnh đạo dân sự của họ. Để làm việc này, Hoa Kỳ đã huấn luyện một đám người tinh nhuệ nhiệm vụ ám sát để thanh toán cái chính phủ bí mật của Việt Cộng”. Dùng giọng nói cứng rắn của những tờ tạp chí dành cho đàn ông, bà Geyer kể lại việc bà đã đi theo một nhóm PRUs trong một cuộc hành quân ở đồng bằng, trong đó có chín người của “hạ tầng cơ sở Việt Cộng” đã bị giết và hai mươi sáu người bị bắt. Theo con số của bà thì phải nói rằng số người này bị giết và bị bắt trong một cuộc chạm súng thông thường như bất cứ hoạt động quân sự nào khác ở Việt Nam thì đúng hơn. Những bài viết như của Geyer về hoạt động của PRUs càng làm tăng cảm tưởng của mọi người là CIA đang tiến hành một chiến dịch ám sát và chính William Colby đã vô tình cung cấp tư liệu cho những người lên án chương trình Phượng Hoàng vì chính ông đã công khai báo cáo rằng đã có hai mươi ngàn cán bộ Việt Cộng đã bị chương trình Phượng Hoàng thanh toán. Thực ra phần lớn số này đã bị giết trên chiến trường và sau đó mới được phát hiện là cán bộ Việt Cộng. Việc đưa số cán bộ Việt Cộng bị giết này vào những cột thống kê thành tích của chương trình Phượng Hoàng là một cách để làm cho chương trình có vẻ như có kết qủa thực tế. Chính Colby cũng thừa nhận “Chương trình Phượng Hoàng đâu có hiệu nghiệm đến như vậy. Chương trình này cũng giống như những chương trình khác, nghĩa là không hề đạt được kết quả như đã dự kiến. Nhưng nó tập trung mũi nhọn hoạt động vào nhân tố then chốt và là nhân tố cần thiết, tức là đấu tranh chống bộ máy bí mật của Việt Công. Hoat động của nó làm cho Việt Cộng cảm thấy lúc nào cũng bị đe doạ. Hễ họ bị mất liên lạc với dân chúng và bị đẩy ra khỏi vùng hoạt động thì Việt Cộng lại cho đó là tại các đơn vị tự vệ hay các hoạt động khác đại loại như vậy của chương trình Phượng Hoàng. Việt Cộng cho rằng tại chương trình Phượng Hoàng mà họ gặp nhiều khó khăn trong thời kỳ đó, vì vậy tôi thấy rằng Việt Cộng cũng phạm một sai lầm như người Mỹ nghe nói về mọi hành động rùng rợn của Phượng Hoàng vậy”. Colby thừa nhận rằng một số hành động ghê rợn của Phượng Hoàng là có thật: “Tôi biết là trong hoạt động của Phượng Hoàng có một số việc làm thái quá. Tôi biết là có một số việc đáng lẽ không nên làm. Tôi không phủ nhận điều đó, và chính vì tôi không bao giờ phủ nhận những hành động cực đoan có thật đó mà tôi gặp nhiều rắc rối”. Chắc chắn là Colby rất nhạy cảm với những cạm bẫy sẵn có trong chương trình Phượng Hoàng, một chương trình hoạt động bị phản đối nhiều nhất trong cuộc chiến tranh này. Ông ta công khai thừa nhận những khuyết điểm trong chương trình này - công khai một cách đáng ngạc nhiên - và rõ ràng là thành thật muốn sửa chữa những sai lầm đó. Tuy nhiên, đó chỉ là quan điểm của ông ở Sài Gòn mà thôi. Trong cuộc chiến tranh này, những chỉ thị được đưa ra từ Sài Gòn không bao giờ được thi hành đúng đắn ở cơ sở và những báo cáo phản hồi không bao giờ nói hết sự thật. Pat McGarvey, một sĩ quan CIA đã hoạt động rất sớm trong chương trình này từ năm 1964 đã nói: “Có một tên tố cáo một người là Việt Cộng chỉ vì gia đình anh ta đã ba đời nợ tiền của người này. Bây giờ anh ta tìm cách thủ tiêu người chủ nợ của mình mà thôi”. Và phải nói là tình hình thực tế ở nông thôn không thay đổi bao nhiêu từ đó đến nay. Những biện pháp kiểm soát do Colby đặt ra để chấm dứt mọi sự lạm dụng như sự lạm dụng mà McGarvey đã thấy trước đây, nhưng không ai dám nói là nó đã chấm dứt được mọi hình thức đe doạ và tống tiền mà chương trình Phượng Hoàng đã tạo cơ hội cho các quan chức của hệ thống chính phủ Sài Gòn. Chỉ cần đe doạ một người dân lương thiện để bắt họ nộp tiền, một quan chức tham nhũng của Sài Gòn có thể biến chương trình này thành một cách làm giàu. Lại còn có vấn đề về giá trị của những quan chức Việt Cộng được chọn làm mục tiêu của chương trình Phượng Hoàng nữa. Theo kế hoạch thì họ được phân loại A, B hay C hoặc được mã hoá bằng những màu khác nhau. Chính Frank Snepp đã nhiều lần tham gia hành quân với các đội PRUs, mặc dầu một nhà phân tích của CIA không có trách nhiệm làm việc đó, đã kể: “Có lệnh là tất cả người Mỹ không được để cho bị tấn công hay bị bắt. Chỉ có những đội PRUs được đi mà thôi. Nhưng trong trường hợp đặc biệt hôm đó, chúng tôi đi tới rìa một cái ấp thì dừng lại và để cho đám PRUs đi vào. Chính tôi đã giúp lập ra một danh sách những mục tiêu và tôi rất tự hào là đã phát hiện được một tình nghi Việt Cộng. Anh ta là một cán bộ ấp mới được kết nạp vào đảng, một cán bộ tuyên truyền cổ động. Họ đã bắt được anh này và anh ta mới có mười tám tuổi hay mười chín tuổi mà thôi. Tôi rất thất vọng, tự nhủ: “Kẻ thù của chúng ta đây sao? Giết hay bắt anh ta thì có lợi gì?” Nói cho cùng thì chương trình đã bị tách ra khỏi bối cảnh mà Châu đã dự tính ban đầu. Thực ra nó không đủ để giết các quan chức cộng sản. Chính phủ Sài Gòn cần phải có cái gì khác hơn mới chống lại nổi hoạt động của cộng sản. Và muốn làm được điều đó, họ cần có nhiều người Việt Nam nhiệt tình cống hiến như Châu hơn nữa mới được. Tuy vậy, cho tới năm 1970, chương trình bình định đã đạt được thắng lợi đáng kể nhất trong chiến tranh. Trong khi phong trào chống chiến tranh lên mạnh ở Mỹ và phong trào đòi rút hết quân đội Mỹ về nước đang phát triển, thì những quan chức Mỹ như Ellsworth Bunker và William Colby ở Sài Gòn bắt đầu cảm thấy rằng cuối cùng họ đã đi đúng đường và đang thắng.