Quyền hành của vua Thành Thái ngày càng thu hẹp, nhà vua bị cô lập dần, nên u uất đến cao độ. Ông trút sự phẫn nộ của mình lên các công văn bằng những lời phê gay gắt, kể cả những giấy tờ trao đổi với tòa Khâm Sứ. Đến năm 1906, Khâm Sứ Levécque vốn là một người nóng nảy, hách dịch, không những lấn át mà còn coi rẻ cả nhà vua. Sự xích mích giữa hai bên ngày càng nghiêm trọng. Ngày 12 - 10 - 1906, Levécque sắp đi Hà Nội, các Cơ Mật Đại Thần đề nghị vua Thành Thái qua thăm Khâm Sứ, nhưng nhà vua lấy cớ đau chân, nhất định không đi. Thế là Levécque liền cho phao tin Thành Thái mắc bệnh điên để làm mất uy tín nhà vua. Khi đội nữ binh trong Đại Nội được thành lập, hành động ấy của nhà vua liền bị Levécque lợi dụng để làm cho Toàn Quyền và Bộ Thuộc địa tưởng nhà vua điên thật, sẽ dễ dàng đồng ý khi nào Khâm Sứ quyết định phế truất. Ngày 12 - 7 - 1907, sau khi nhà vua không chịu phê chuẩn việc thăng bỏ một số quan lại đã được Khâm Sứ bàn và thỏa thuận với Hội Đồng Thượng Thư, Levécque tuyên bố: - Nhà vua không thành thật cộng tác với Chính Phủ Bảo Hộ thì từ nay mọi việc Hội Đồng Thượng Thư cứ tùy nghi mà làm". Rồi Levécque thông báo cho vua biết: - Từ nay nhà vua không còn quyền hành gì nữa và không được ra khỏi nơi ở đã dành cho mình trong Đại Nội. Đồng thời với việc truất phế và giam lỏng cua Thành Thái, một Hội Đồng Phụ Chính được thành lập do Trương Như Cương cầm đầu. Hội Đồng này cùng với tòa Khâm Sứ ra một bản thông cáo chung nhấn mạnh rằng; - Vì Thành thái mắc bệnh điên nên hai Chính Phủ đã quyết định như vậy để bảo vệ lợi ích của quốc gia cũng như chính bản thân nhà vua. Cuối cùng, một giải pháp được Pháp lẫn Hội Đồng Phụ Chính và cả vua Thành Thái đồng ý, là theo tập quán Việt Nam " Phụ truyền Tử Kê " ( cha truyền con nối ) Toàn quyền Đông Dươngf và Khâm Sứ Levécque phải chọn một người con trai của vua Thành Thái cho đăng quang. Ngày 2 - 9 - 1907, các đại thần vào điện Càn Thành, dâng lên một tờ biểu có chữ ký của các đại thần, trừ Ngô Đình Khả. Kém theo tờ biểu là một dự thảo Chiếu Thoái vị. Nhà vua đọc bản dự thảo, nhếch mép cười, ghi hai chữ " phê chuẩn " rồi quay lưng đi vào. Chín ngày sau, Pháp cho áp giải Thành Thái vào Séi Gòn rồi đưa ra quản thúc ở Cap Saint Jacque, cho đến năm 1919 thì bị đày ra đảo Réunion, đồng thời với vua Duy Tân. Sau 31 năm bị đày, nhà vua " điên " này mới được phép về Tổ G Quốc, nhưng bắt buộc phải ở Sài Gòn. Đến tháng 3 - 1953 nhà vua mới được về Huế thăm lăng tẩm tổ tiên, rồi phải trở vào Sài Gòn. Ngày 24 - 3 - 1954 vua Thành Thái mất, con cháu mới được phép đưa thi hài về chôn ở Huế. 
Vua Thành Thái về thăm Huế lần cuối
Vua Thành Thái về thăm Huế lần cuối