Lý do của việc bỏ lơ nầy sử sách của triều Nguyễn không nói rõ. Phải chăng triều đình Huế không phải chỉ có bàn định mà thực ra đã cử người thay thế hai ông Giản và ông Hiệp trong việc kỳ kèo ngoại giao với người Pháp nhưng người Pháp ở Sài Gòn không chấp nhận nói chuyện với những ông sứ thần mới của Tự Đức gởi vào Sài Gòn và để khỏi xấu hổ với hậu thế chính sử nhà Nguyễn phải cong queo viết rằng việc ấy rồi bỏ lơ đi? Trên thực tế, nếu quả thực sứ đoàn mới của Tự Đức được đề cử nhằm mục đích sang gặp hoàng đế Napoléon III của nước Pháp để thưa gởi, khiếu nại về việc Bonard bắt ép 2 ông Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp nhượng đất thì lại càng chứng tỏ cho thấy tính cách ấu trĩ, dốt nát bộc phát, lúng túng trong chính sách đối ngoại của đám triều thần tung hê ở Huế kể cả ông hoàng đế Tự Đức sáng chói thi văn tao đàn và đầy đạo đức Khổng, Mạnh: qua mặt Bonard bằng cách tự động dùng mấy chiếc tàu ọp ẹp từ thời Gia Long để chở đoàn sứ Đại Nam lần mò vượt đại dương sang Pháp? Cách nầy thì vượt quá khả năng của chính quyền Tự Đức vào lúc đó. Hay là chỉ còn một cách là cứ gởi đoàn sứ vào Sài Gòn nói thẳng với Bonard rằng ông ta phải cung cấp tàu biển và thủy thủ chở đoàn sứ Đại Nam sang Pháp gặp thượng cấp của ông ta là hoàng đế Napoléon III để tố cáo về những việc làm sai quấy của ông ta trên đất nước Đại Nam? Hỏi như thế tức là đã trả lời và kiểu cách ghi chép của sử sách nhà Nguyễn "nhưng việc ấy rồi bỏ lơ " là một sự luồn lách lường gạt, khinh thường hậu thế! ° Từ khi hòa ước được hai bên ký kết, Tự Đức truyền lệnh cho kháng chiến cùng với quan binh ở Nam Kỳ nghỉ binh và đòi Trương Định về Phú Yên. Kháng chiến quân ở 3 tỉnh Gia Định, Định Tường, Biên Hòa không chịu cầu hòa với quân Pháp, tôn Trương Định làm Đại đầu mục để cầm đầu quân kháng chiến tiếp tục đánh. Triều đình phải cử Phan Thanh Giản đi hiểu dụ, Trương Định vẫn không chịu về Phú Yên, vì vậy bị triều đình cách chức hàm. Nguyễn Tri Phương từ Bình Thuận theo lệnh của Tự Đức về chầu triều và được Tự Đức hỏi ý kiến về cách làm việc của Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp. Nguyễn Tri Phương nhận định như sau: -Thanh Giản và Duy Hiệp phải làm theo lệnh vua nhưng lòng người dân ở Nam Kỳ không chịu khuất phục quân Pháp cho nên vẫn tiếp tục chiến đấu, không theo lệnh ngừng chiến của nhà vua và ngay cả cá nhân của Nguyễn Tri Phương cũng không đủ sức dập tắt. -Theo ý Giản và Hiệp thì sau khi việc nghị hòa được 2 bên phê chuẩn thì đất nước sẽ lại được phú cường như trước nhưng theo ý của Nguyễn Tri Phương thì không thể trông mong vào kết quả của hòa ước vì đến lúc đó tài lực nhân lực của đất nước đã bị tiêu hao mất rồi thì làm sao mà giàu mạnh được? -Nguyễn Tri Phương cho rằng những ý kiến của mình không phù hợp với ý kiến của Thanh Giản và Duy Hiệp cho nên không thể nói ra cho họ biết mặc dù Nguyễn Tri Phương vẫn luôn luôn để tâm lo âu làm sao cho nên việc nước mà thôi. Trong khi chờ đợi kết quả công tác thương lượng của Phan Thanh Giản trong Nam Kỳ, Tự Đức chỉ thị Nguyễn Tri Phương cùng với Đoàn Thọ và Trần Tiễn Thành cùng nhau hợp bàn, chuẩn bị để phối hợp cùng với Phan Thanh Giản tìm những phương cách phù hợp với tình thế mà đối phó. Tháng 8 âl, Tự Đức 15 (1862), người Pháp khởi công xây cất nhà sứ của họ trên bờ hữu ngạn sông Hương. (Lê Thanh Cảnh, bài viết trong ĐTHCTS-BAVH đã dẫn, trang 389). Tháng 8 âl nhuận (1862), tỉnh Tuyên Quang có hơn 10,000 giặc thổ phỉ do 2 đầu đảng tên là Huân (Uẩn) và Nông Hùng Thạch chỉ huy quấy phá: bố chánh Nguyễn Tất Tố và án sát Nguyễn văn Tố nộp thành cho giặc rồi bỏ chạy trốn sau đó cả hai đều bị quan binh triều đình xử tội chết, dựng bia nơi mã để là gương. Tỉnh Cao Bằng thì có thổ phỉ người hoa Lý Hợp Thắng vây đánh; tỉnh Bắc Ninh thì có cai tổng Vàng cướp phá khiến cho triều đình phải lo ngại. Tự Đức và đình thần mật bàn chọn người bổ nhiệm làm tướng ở quân thứ Tây Bắc. Đình thần đề cử Nguyễn Tri Phương, Trương Đăng Quế đề cử Trần Tiễn Thành. Khi được hỏi ý kiến, Nguyễn Tri Phương và Trần Tiễn Thành đều thoái thác không nhận với lý do là không biết được được lòng dân và tình thế ở Bắc Kỳ. Tự Đức quyết định cử Nguyễn Tri Phương sung làm Tây Bắc tổng thống quân vụ đại thần, Phan Đình Tuyển giữ chức Tán lý, Tôn Thất Tuệ sung làm Đề đốc, Phạm Hán và Hoàng Mân giữ chức Đốc binh quân thứ Tây Bắc (Bắc Ninh, Thái Nguyên, Tuyên Quang) Tháng 8 âl nhuận, Tự Đức 15 (1862), một đầu mục kháng chiến ở An Giang là tú tài Trịnh Quang Nghi đã bắt giết 44 tín đồ theo đạo Gia tô vì họ không chịu chối bỏ đạo. Phan Thanh Giản tấu trình xin bắt tội Quang Nghi nhưng Tự Đức không nghe theo lời tấu của Phan Thanh Giản. Phan Thanh Giản lại đề nghị cách chức Tri huyện của một đầu mục kháng chiến khác ở Vĩnh Long là cử nhân Đoàn Tiến Thiện vì thấy rằng Thiện kháng chiến chỉ để được hưởng lương tiền của triều đình. Tự Đức cũng không nghe theo đề nghị của Phan Thanh Giản. Ngày trước nước Xa Lý Ti (nay thuộc đất Vân Nam của Trung Quốc) đánh nhau với nước Nam Chưởng. Quốc trưởng nước ấy là Thiệu Bằng Xà chạy đem theo hơn 100 dân đinh sang xin trú ngụ ở Điện Biên (thuộc tỉnh Hưng Hóa của Đại Nam). Sau khi thôi đánh nhau, dân chúng nước ấy xin rước Xà về. Tự Đức lệnh cho tỉnh thần nên vỗ yên mà cho về. Trước đây, quân Xiêm yểm trợ đưa Norodom đệ I về làm vua nước Cao Miên rồi đặt quan cai trị người Xiêm ở U đông để bảo hộ nước nầy. Sau khi hòa ước năm Nhâm Tuất (1862), được ký kết, vào khoảng tháng 9 d.l năm 1862 Bonard đã sang U đông gặp chính quyền bảo hộ người Xiêm cùng với vua Norodom. Người Xiêm thì muốn liên kết với Pháp để chống lại Đại Nam, vua Norodom thì muốn dựa vào Pháp để thoát ảnh hưởng của Xiêm và ảnh hưởng của Đại Nam vì thế Bonard được tiếp đón trọng thể nhưng chưa có một sự ký kết nào giữa Bonard và các chức quyền của Cao Miên. Ở mặt Hải Dương và Quảng Yên, Trương Quốc Dụng và Đào Trí hành quân giải vây thành Hải Dương Tháng 9 âl, Tự Đức 15 (1862), chấp thuận cho Trương Đăng Quế thôi coi việc bộ Binh. Bonard thông báo cho triều đình được biết là hoàng đế nước Pháp cũng như nữ hoàng Y Pha Nho đã ký chuẩn phê hòa ước năm Nhâm Tuất và hẹn đến tháng 11 sẽ sai sứ giả đến kinh đô Huế để 2 phía trao đổi cho nhau. Triều đình lại lấy cớ rằng người Pháp không thi hành đúng thời hạn một năm thủ tục phê chuẩn cho nên lại sai Phan Thanh Giản và Lâm Duy Hiệp vào Sài Gòn bàn thảo thêm, yêu cầu người Pháp kéo dài thời hạn phê chuẩn đồng thời tìm cách sửa đổi điều khoản nhượng đất. Pháp không chịu dời thời hạn vì họ cho rằng "lời lẽ hạn trong một năm được ghi trong hòa ước không nhất thiết là phải đầy đủ một năm. Còn nghi lễ tiến lui triều yết, thì đợi gần đến kỳ sẽ nghĩ định trả lời sau". (ĐNTLCB, quyển XXVII đã dẫn, trang 344). Tháng 10 âl, Tự Đức 15 (1862), Tạ Quang Cự mất, tuổi hơn 90, được truy tặng hàm Thái bảo, cho tên thụy là Trung Khắc. Người Pháp dụ Trương Định ngưng chiến quy hàng nhưng Định không thuận. Phan Thanh Giản lại xin Tự Đức ban sắc chỉ để dụ Định. Tự Đức cho rằng phong trào kháng chiến tiếp tục của Trương Định có lợi cho mưu tính lấy lại đất cho triều đình vì thế không nghe theo lời xin của Phan Thanh Giản. ° "Le 12 Décembre (1862) une dépêche de Huế datée de 2 Novembre 1862 (khoảng tháng 10 âm lịch) permit enfin de voir clair dans la politique annamite. Cette dépêche avait été apportée par un mandarin du rang inférieur, qui repartit précipitement sans attendre la réponse. La cour demandait la restitution des trois provinces." (A. Schreiner đã dẫn, trang 249). tạm dịch: "Ngày 12 tháng 12 một khẩn thư của triều đình Huế đề ngày 12 tháng 11 năm 1862 giúp cho thấy rõ chính sách của phía người An Nam. Lá khẩn thư nầy do một quan lại cấp thấp mang đi và trở về (Huế) một cách hộc tốc mà không cần chờ có thư hồi đáp. Triều đình yêu cầu hồi phục 3 tỉnh". Theo như lời lẽ của tác giả A. Schreiner thì lá thư khẩn cấp nầy do một viên quan cấp nhỏ của triều đình Huế chạy tờ mang đi để trao tận tay cho người nhận. Vậy người nhận là Phan Thanh Giản? Là Trương Định? Hay phía người Pháp? A.Schreiner không cho biết lá khẩn thư đó trao cho ai nhưng nhờ đâu mà A. Schreiner biết được nội dung của lá thư là yêu cầu hồi phục 3 tỉnh đã mất vào tay người khác. Tác giả dùng chữ demandait có nghĩa là yêu cầu. Nhất định là Tự Đức không yêu cầu Phan Thanh Giản mà chỉ cần ra lệnh. Trong lúc nầy thì Trương định "cứng đầu" thề không đội trời chung với quân xâm lược Pháp cho nên, không nghe lệnh của triều đình Huế, muốn đơn phương chống Pháp cho nên dù Phan Thanh Giản thay mặt triều đình có yêu cầu Trương Định ngừng bắn thì Trương Định vẫn xem thường lời yêu cầu của ông Giản khiến ông Giản phải cầu cứu sự can thiệp của Tự Đức. Thái độ lưng chừng của Tự Đức là vừa thương lượng vừa đánh, vừa nhờ tay người khác đánh: thứ nhứt là vì quan binh triều đình chỉ biết rút lui chứ không đủ khả năng đối đầu với quân xâm lược; thứ hai là để Tự Đức phủi tay không chịu trách nhiệm nếu đối phương đỗ tội hiếu chiến cho triều đình Huế cố tình phá vỡ cuộc đàm phán vãng hồi hòa bình bằng cách sẽ đối chất rằng: không phải quân chính quy của triều đình tiếp tục gây rối nhưng chính là do nhân dân nổi lên chống quân xâm lược mà điển hình là đoàn dân quân kháng chiến của Trương Định. Triều đình Huế muốn che mắt người Pháp bởi vì Tự Đức không những đã ngầm say người đến phong chức cho Trương Định để lấy lòng mà cũng âm thầm yểm trợ thêm quân binh của triều đình cho ông Định đánh phá các đồn lũy của quân xâm lược trong khi ngoài mặt vẫn khiến say ông Giản thương thuyết để tỏ rõ thiện chí hòa bình của Tự Đức và triều đình Huế - một thiện chí giả tạo và gượng ép. Vì thế, khi được tấu thư của ông Giản xin Tự Đức và triều đình ra lệnh cho ông Trương Định ngưng bắn, Tự Đức đã không nghe theo mà còn tỏ thái độ bực bội với ông Giản. Sách Đại Nam Thực Lục Chính Biên ghi như sau:" Phan Thanh Giản hằng dụ Trương Định, Định thề không cùng giặc Tây dương cùng sống. Binh dân ứng nghĩa ở 6 tỉnh thuộc vào trong bộ ngũ của trương Định đều cùng cầm cự chống lại giặc Tây dương. Tướng nước Phú chiêu dụ Định, Định không chịu khuất, Thanh Giản lại xin xuống sắc để dụ Định. Vua bảo các thị thần rằng: lòng người như thế, cũng là một sự giúp cho cuộc mưu tính lấy lại, há lẽ nào cứ răn dụ lặt vặt mãi." (ĐNTLCB; đã dẫn, trang 345-346). Rõ ràng là Tự Đức trông mong rất nhiều về lực lượng kháng chiến của ông Trương Định và có thể Tự Đức thay vì nghe theo lời yêu cầu của ông Giản để ra lệnh cho ông Định ngưng bắn thì lại cho người mang thư khẩn cấp vào trao thẳng cho ông Định để yêu cầu ông Định cứ tiếp tục chiến đấu. Có thể ông Giản không hay biết gì về lá khẩn thư nầy của Tự Đức gởi cho Trương Định. Lá thư khẩn nầy có hiệu lực như một hiệu lệnh nổi dậy tấn công đồng loạt, cho nên chỉ 4 ngày sau khi lá thư khẩn tới tay Trương Định ngày 12/12/1862 thì kể từ ngày 17/12/1862 các lực lượng kháng chiến của Trương Định đã nổi lên tấn công liên tục liên quân xâm lược khiến cho Phó Đề Đốc Bonard phải xin thêm viện quân. Ngày 11 tháng 2 năm 1863, Bonard treo giải thưởng cho bất cứ ai chém được và nọp đầu các thủ lãnh kháng chiến quân. Ngày 25 tháng 2 năm 1863, Bonard bao vây và càn quét kháng chiến quân khắp nơi nhưng Trương Định trốn thoát. (A. Schreiner; đã dẫn; trang 249-250). Nghi vấn còn lại ở đây là tại sao A.Schreiner đã dựa vào đâu để nêu ra bức khẩn thư đề ngày 2 tháng 11 dl năm 1862 của Tự Đức và triều đình Huế gởi cho Trương Định và viên quan "vô danh" có nhiệm vụ trao lá khẩn thư cho Trương Định là ai mà đi, về có vẽ hấp tấp bí mật? Đây là 2 nghi vấn xin để lại cho người sau truy xét.