Trước khi Lưu Cơ cáo lão về quê, từng dâng lên cho Chu Nguyên Chương hai kiến nghị. Lúc bấy giờ, đại tướng Từ Đạt đã chiếm được Đại Đô của triều nhà Nguyên (nay là Bắc Kinh). Chu Nguyên Chương có ý định sẽ lấy quê hương cũ của mình là Phượng Dương để làm Trung Đô. Đồng thời cũng đang có kế hoạch tập trung binh lực để tiêu diệt viên thống soái của nhà Nguyên là Khuếch Khoách Thiết Mộc Nhi. Lưu Cơ nói: - Phượng Dương tuy là quê hương cũ của bệ hạ, nhưng điều kiện địa lý ở nơi đây không tốt, vậy không nên xây đựng kinh đô tại đấy. Riêng quân Nguyên tuy đã bại trận, nhưng Vương Bảo Bảo (tức Khuếch Khoách Thiết Mộc Nhi), vẫn là một tiềm lực quân sự của nhà Nguyên. Vậy, việc dụng binh đối với ông ta cần phải hết sức thận trọng. Vì ông ta là người dụng binh linh hoạt, nếu xem thường sẽ bị gặp trở lực. Lưu Cơ rời đi ba tháng sau, Chu Nguyên Chương cảm thấy lời nói của ông rất có lý, lại nghĩ tới thời gian qua, lúc nào ông cũng trung thành với triều đình, nên nhà vua tự xuống lệnh biểu dương công luân của Lưu Cơ, và triệu ông trở lại Nam Kinh. Chu Nguyên Chương chán ghét sự chuyên quyền hống hách của Lý Thiện Trường, nên có ý muốn đổi người lên thay chức vụ Thừa tướng. Nhà vua từng trưng cầu ý kiến của Lưu Cơ về người có thể lên giữ chức vụ này. Lưu Cơ nói với Chu Nguyên Chương: - Lý Thiện Trường là người có công lớn trong quá trình xây dựng nước, đức cao vọng trọng, được các tướng yêu quý, có thể điều động các tướng dễ dàng, vậy không nên thay đổi. Chu Nguyên Chương nói: - ông ta đã mấy phen mưu hại khanh, thế tại sao khanh còn nói tốt cho ông ấy. Theo trẩm, tốt nhất là khanh nên lên giữ chức Thừa tướng vậy. Dưới tình trạng tập đoàn Hoài Tây của Lý Thiện Trường nắm quyền, Lưu Cơ biết mình không sao có thể đứng vững chân tại triều đình được. Do vậy, ông vội vàng từ chối, nói: - Muốn thay thế rường cột thì phải dùng gỗ to, chứ không thể dùng nhiều cây bé nhỏ cột lại mà thay thế được. Vì chẳng bao lâu sau, nó sẽ bị sức nặng của ngôi nhà đè bẹp mất. Chu Nguyên Chương lại hỏi những người như Dương Hiến, Uông Quảng Dương và Hồ Duy Dung như thế nào? Dương Hiến tuy là bạn của Lưu Cơ, nhưng Lưu Cơ không do vậy mà tiến cử ông ta. Lưu Cơ bèn có lời bình luận rằng: - Dương Hiến tuy có đầy đủ tài năng để làm Thừa tướng, nhưng lòng dạ thiếu rộng rãi. Một vị Thừa tướng phải "có lòng dạ như một dòng sông, biết lấy nghĩa lý để mà xét đoán, không thể xử sự theo tình cảm” còn Uông Quảng Dương thì Lưu Cơ cho rằng lòng dạ quá hẹp hòi, còn kém hơn cả Dương Hiến. Riêng đối với Hồ Duy Dung, ông cho rằng nếu được cử làm Thừa tướng thì cũng như trao cho ông đánh một cổ xe, chẳng những ông ta đánh xe không tốt, mà còn làm cho gọng xe gãy đi nữa là khác! Sau khi đã bàn tới bàn lui, cuối cùng Chu Nguyên Chương nói: - Xem ra vị Thừa tướng của trẫm, chỉ có tiên sinh đảm nhận mới được mà thôi. Nhưng Lưu Cơ một lần nữa nói rõ khuyết điểm của mình. Ông bảo ông ghét cay ghét đắng những kẻ thích nói xấu những người khác, tính tình thiên lệch, lại nóng nảy, nên không thể làm tốt những việc cần bình tĩnh, không khéo, e rằng sẽ không xứng đáng với ân điển của hoàng thượng. Ông cũng nói thêm, những người hiền tài có mặt đều không thích hợp để làm Thừa tướng. Nhưng thiên hạ rộng lớn như thế này, có lo chi thiếu người đủ tài năng. Chỉ cần cố gắng tìm kiếm, thì nhất định sẽ tìm được người thích hợp hơn. Cuối cùng, Chu Nguyên Chương cho rằng ông quá khắt khe, quá cầu toàn, nên không nghe theo lời khuyến cáo của ông, cử Dương Hiến, Uông Quảng Dương, Hồ Duy Dung làm Thừa tướng. Kết quả, đúng như Lưu Cơ đã tiên liệu, những người này đã gây ra nhiều vấn đề rắc rối. Việc Lưu Cơ bình luận về người có đủ điều kiện để ra làm Thừa tướng, không dựa vào sự ưa thích hoặc sự không ưa thích của cá nhân minh, mà chỉ dựa vào tài năng thực sự để tiến cử với nhà vua. Ông chỉ nghĩ đến chuyện chung của đất nước, và nói lên những ý kiến rất sáng suốt, có tầm nhìn xa, chứng tỏ ông là người có tài xét đoán rất đặc biệt. Lý luận và thực tiễn trong việc trị quốc của Lưu Cơ xuất phát từ chỗ vì dân, vì vua. Ông chủ trương lấy “nhân" và "pháp" để tương trợ nhau, và luôn chứ trọng đến việc đề bạt nhân tài, khiến những năm đầu niên hiệu Hồng Võ, nền chính trị của triều đại nhà Minh khá trong sáng. Năm thứ ba niên hiệu Hồng Võ (1370), Lưu Cơ được cử giữ chức Học Sĩ Hoằng Văn Quán. Trong lịch sử, Hoằng Văn Quán là nơi to nhất dùng tàng trữ tranh sách và các loại văn hiến khác. Học Sĩ Hoằng Văn Quán chưởng quản việc hiệu đính các loại tranh và sách, cũng như lo việc dạy dỗ con em của hoàng gia, quý tộc về kinh sử. Trong tờ chiếu cáo mệnh gởi cho Lưu Cơ, Chu Nguyên Chương đã nhớ lại công lao to lớn của Lưu Cơ trước khi kiến quốc, có nói: "Ban đầu khi trẫm đến Triết Hữu, các ngươi đã hưởng ứng việc cử binh hợp chính nghĩa của trẫm, đến khi trẫm về kinh sư, các ngươi cũng đến phụ tá cho trẫm. Lúc bấy giờ dân ở Quát Thương (Xứ Châu) vẫn chưa hoàn toàn quy thuận. Kịp khi tiên sinh đến thì tình thế ở Triết Đông mới triệt để ổn định". Ý nghĩa trong lời nói trên, là hy vọng Lưu Cơ sẽ tiến lên một bước phát huy ảnh hưởng của mình tại Hoằng Văn Quán. Tháng mười một cùng năm, Chu Nguyên Chương đại phong công thần đã có công trong việc thống nhất miền Bắc nước Trung Quốc. Lưu Cơ được phong làm Thành ý Bá, và cử giữ các chức "Khai Quốc Dịch Vận Thủ Chính Văn Thần”, “Tư Chính Đại Phu”, "Thượng Hộ Quân" đem đến cho Lưu Cơ một danh dự rất cao. Một hôm vào năm thứ tư niên hiệu Hồng Võ (1371), trên một ngọn núi có phong cảnh xinh đẹp tại khu núi Thanh Điền, cây cối xanh um, những cội tòng đơn độc đứng ngạo nghễ, trăm chim đua hót, tiếng nước suối chảy róc rách bên tai. Trên một con đường mòn ngoằn ngoèo nằm giữa hoa cỏ rừng núi, có một cụ già râu dài, tóc bạc, người dong dỏng cao, hai mắt sáng, đang nhìn ngắm những con chim nhỏ bay lượn khắp nơi trong rừng, cảm thấy tâm hồn vô cùng sảng khoái. Cụ già cất tiếng ngâm bài "Quy khứ lai từ” của Đào Uyên Minh. Vân vô tâm dĩ xuất tụ, Điểu quyện phi nhi tri hoàn, Cảnh ế ế dĩ tương nhập, Phủ cô tòng nhi bàn hoàn. Quy khứ lai hề, Thỉnh tức giao dĩ tuyệt du. Dịch: Mây vô tâm rời đỉnh núi, Chim mệt mỏi bay trở về. Nắng ảm đạm sắp tắt lịm, Vuốt cổ tòng lòng lê thê. Hãy trở về đi chừ, Xin chấm dứt sự giao tiếp, Để tha hồ đi ngao du. Cụ già này chính là Lưu Cơ, một nhân vật tiếng tăm lẫy lừng, trước đây không lâu, ông từ biệt Chu Nguyên Chương, cáo lão trở về quê nhà. Phải chăng ông đã buồn chán đối với cảnh quan trường? Chu Nguyên Chương đối với công lao hạn mã do ông đã lập được, không bao giờ lãng quên. Nhà vua bao giờ cũng ban thưởng đối với từng công lao của ông. Kể từ ngày ông rời núi cho tới nay, ông đã lần lượt giữ các chức quan to như Ngự Sử Trung Thừa kiêm Thái Sử Lệnh, Thái tử Tán Thiện Đại Phu, Hoằng Văn Quán Học Sĩ, Khai Quốc Dịch Vận Thủ Chính Văn Thần, Tư Chính Đại Phu, Thượng Hộ Quân, v.v... Đến năm công nguyên 1370, ông lại được phong Tước Thành ý Bá, bổng lộc mỗi năm hai trăm bốn mươi thạch, như vậy trong quan trường ông cũng đã là người danh vọng hiển hách. Có điều cần nói đến, ấy là những năm đầu khai quốc, Chu Nguyên Chương đối với việc thu thuế lương tại Xứ Châu, vẫn theo chế độ cũ của nhà Tống là mỗi mẫu thêm năm hộp. Nhưng Chu Nguyên Chương muốn cho quê hương của Lưu Bá Ôn đời đời truyền tụng sự tích tốt đẹp của ông, nên đã đặc biệt xuống lệnh, thuế lương tại Thanh Điền không thêm, để cho ân huệ của Lưu Cơ được trải rộng ra khắp thôn ấp của mình. Như vậy, cũng xem là một điều vinh dự cho ông. Thế thì tại sao ông lại quy ẩn vào rừng núi? Ngoài việc ông cương quyết chém Lý Bân và do đó đắc tội Lý Thiện Trường ra, nguyên nhân căn bản là vì ông đã nhận thức được một cách sâu sắc ý nghĩa chân thật của cuộc sống, chân lý của lịch sử, và những tang thương biến đổi của nhân thế. Ông tự biết cá tính của mình, tài năng của mình, chỉ có thể phát huy được trong một thời điểm nhất định, trong một phạm vi nhất định mà thôi. Nếu thay đổi thời điểm, thay đổi hoàn cảnh, thì vị tất ông có thể thích ứng được. Việc “thỏ chết làm thịt chó săn" là việc nào phải hiếm hoi trong lịch sử? Nhưng cũng không thiếu gì trường hợp khi sự việc đã hoàn thành thì biết kịp thời rút lui. Phạm Lãi từng bơi thuyền ra đi trên hồ rộng, và đi khắp bốn phương. Trương Lương đã mạnh dạn rút lui kịp thời. Họ được sống một cuộc sống có tuổi thọ cao, tránh được những bi kịch như Văn Chủng, Thương Ưởng, Lý Tư, Hàn Tín. Với một người khảng khái và có tiết tháo, có tri thức sâu rộng, có đầu óc triết lý như Lưu Cơ, những sự kiện lịch sử đó hết sức quen thuộc. Do vậy, tất nhiên ông cũng hiểu được ý nghĩa trong những sự kiện trên. Từ góc độ đó mà xét, thì việc ông quy ẩn là điều tất nhiên. Con người thường khi đã đánh mất một cái gì mới biết chân giá trị của vật đó. Vào mùa đông cùng năm, sau khi Lưu Cơ trở về quê quy ẩn, Chu Nguyên Chương mới cảm thấy Lưu Cơ đối với mình là quan trọng biết chừng nào: Do vậy, ông bác bỏ tất cả dư luận chung quanh, đích thân viết một bản chiếu văn, nói rõ tường tận công huân của Lưu Cơ và triệu Lưu Cơ trở về kinh, ban thưởng nhiều tiền bạc và tài vật quý báu, lại truy tặng cho tổ phụ, thân phụ cua Lưu Cơ làm Vĩnh Gia Quận Công, cũng như phong thêm chức tước và mời Lưu Cơ trở vào cung. Nhưng Lưu Cơ lúc đó đã hiểu thấu tình đời, cũng biết được trong triều đình nhà Minh tập đoàn Hoài Tây đang chiếm ưu thế tuyệt đối, mình sẽ không làm gì được. Cho nên ông cương quyết từ chối không nhận một thứ của vua ban, để trở về quê tiếp tục quy ẩn. Sau khi Lưu Cơ trở về đến quê hương, hằng ngày ngoài việc du sơn ngoạn thủy, di dưỡng tinh thần, ngâm thơ làm văn để thố lộ tình cảm ra, ông còn thích cùng uống rượu đánh cờ với dân làng, bình phẩm những bức tranh, những bức chữ viết đẹp, hoặc cùng với trẻ con nô đùa, nói chuyện đủ thứ, hoàn toàn quên mất địa vị của mình, tự xem mình như một bình dân bá tánh. Qua đó, ông hưởng được một cuộc sống phiêu diêu thế ngoại, quên hết những điều vinh nhục trong đời, để siêu thoát ra khỏi cảnh trần ai thế tục. Có khi ông còn đàm luận với những tiều phu, những ngư phủ về những chuyện vui trong núi rừng, những nhã hứng trên dòng sông. Cũng có khi ông cùng tản bộ với những lão già trồng dâu, làm ruộng, để cùng nhau bàn bạc về phép dưỡng sinh. Nhưng, ông tuyệt đối không bao giờ nhắc đến công danh chiến tích của mình trước kia, và cũng không thích người khác đề cập tới chuyện đó. Nếu có ai nói cùng ông những lời dua nịnh, chắc chắn ông sẽ bất mãn, thậm chí ông sẽ không tiếp xúc với người đó nữa. Do vậy, mọi người trong làng quen biết ông đều gọi ông là "Bá ôn huynh", chứ không gọi chức danh của ông nữa. Cho nên những người chưa từng biết ông, vẫn tưởng ông là một ẩn sĩ thông thường, muốn gác bỏ thế sự ngoài tai. Viên huyện lệnh Thanh Điền từ lâu đã ngưỡng mộ tài học của Lưu Cơ, nghe ông trở về quê hương, nhiều lần xin gặp mặt nhưng Lưu Cơ dứt khoát không tiếp, hoặc lấy lời uyển chuyển để từ chối. Đối với việc viên huyện lệnh đề nghị chăm sóc, chiếu cố ông, ông cũng không tiếp nhận. Qua câu chuyện sau đây cho thấy việc mai danh ẩn tích của ông, cũng có ít nhiều màu sắc truyền kỳ. Một hôm, có một người ăn mặc theo lối nông dân, tìm đủ cách mới hỏi ra chỗ ở của Lưu Cơ. Ông ta phải lặn lội nhọc nhằn mới vào được núi sâu và xin ra mắt Lưu Cơ. Lúc bây giờ Lưu Cơ đang dùng một chiếc chậu rất thô sơ để rửa chân, khi nghe có người xin gặp, ông vẫn tưởng đó là những người cùng quê đi qua đường, nên vui vẻ bằng lòng tiếp kiến, và cho người nhà dẫn người nhà quê đó vào chòi tranh. Người này bảo mình chưa từng quen biết với ông, nhưng trong câu chuyện hai người tỏ ra rất hợp ý nhau. Ông giữ người này ở lại để dùng một bữa cơm gạo kê. Sau khi ăn xong, người nhà quê này nói: - Xin Lưu học sĩ tha tội nói đối của tiểu thần. Thực ra, tiểu thần đây là Tri huyện Thanh Điền từ lâu đã ngưỡng mộ học thức và tính tình của tiên sinh, nên mới cải trang đến đây yết kiến. Lưu Cơ nghe xong kinh ngạc, vội vàng đứng lên, nói: - Xin tha thứ cho sự bất kính của tiểu dân, Cơ này xin cáo từ. Nói dứt lời, Lưu Cơ bèn đi ra khỏi chòi tranh, bỏ rơi viên huyện lệnh ngồi tại đấy ngơ ngác, một lúc sau mới buồn bã ra về. Từ đó trở đi, viên huyện lệnh này không bao giờ được trông thấy hình bóng của Lưu Cơ lần thứ hai nữa. Lưu Cơ cắt đứt sự qua lại với các quan viên và những người giàu có, hành tung không cố định, cử chỉ khác thường, thể hiện phong cách của một văn nhân có tính ngông. Kỳ thực, đấy chính là sự thể hiện khác thường của cá tính vốn "ngay thẳng, ghét những chuyện xấu, và thường không vừa lòng đối với nhiều sự việc trong đời". Ông định dùng hành động không bình thường có tính cực đoan đó, để tránh tai họa cho mình, và chống lại với sức quyến rũ của tư tưởng tế thế vốn có, tạo điều kiện cho cá tính của mình được phát triển. Nhưng nói cho cùng, ông vẫn là người đọc nhiều kinh sách, chịu ảnh hưởng sâu sắc tư tưởng “nhập thế” Nho gia, nên ông càng muốn siêu thoát bao nhiêu, thì chuyện phiền muộn trong thế gian càng quấy rầy ông bấy nhiêu. Sự việc xảy ra như thế này: Sau khi Lưu Cơ quy ẩn chẳng bao lâu, Hồ Duy Dung được cử giữ chức Tham tri chính sự tại Trung thư tỉnh. Ông này vẫn ghim trong lòng việc Lưu Cơ trước đây đã nói những lời không tốt đối với mình, bèn mượn cớ gièm pha Lưu Cơ trước mặt Chu Nguyên Chương. Thì ra, gần quê hương của Lưu Cơ là Thanh Điền, có một địa phương tên gọi Đạm Dương. Nơi đây đường giao thông thủy lục đều thuận lợi. Núi sông ao hồ nối liền nhau, dễ thủ khó tấn công. Trước kia nó là một trong những vùng đất không ai quản lý, bọn thổ phỉ thường ra vào, bọn trộm cắp thường tụ tập gây rối. Phương Quốc Trân cũng đã phát tích từ mảnh đất này, quy tụ quân sĩ rồi đứng lên chống lại triều đình, gây tai họa cho nước cho dân không ít. Lưu Cơ mắt thấy tai nghe mọi nguyện xảy ra ở đây, nên trong lòng cảm thấy rất lo lắng. Khi ông còn làm quan ở triều đình, đã từng dâng sớ yêu cầu nhà vua cho đặt "Tuần Kiểm Ty" tại đây để lo việc trấn thủ, tiết chế. Nhờ đó mà bọn đốt nhà cướp của, hãm hiếp trộm đạo, mới không dám hoành hành tự do như trước. Sau khi Lưu Cơ trở về quy ẩn, gặp phải bọn đào binh Minh Dương làm phản gây rối, phương hại đến sự an toàn của triều đình. Đám phiến loạn này thường quấy nhiễu bá tánh, không việc ác nào mà chúng không làm. Nhưng quan viên địa phương của nhà Minh muốn giấu chuyện này không cho Thái Tổ biết. Lưu Cơ nói cho cùng vẫn là một người nhiệt tình, nóng tính, rất ghét bọn giết người cướp của, mặc dù ông không ra mặt, nhưng để cho đứa con trai là Lưu Liễn, dâng sớ thẳng lên Hoàng đế để báo cáo việc này, mà không thông qua Trung thư tỉnh. Hồ Duy Dung biết được chuyện này thì hết sức vui mừng, cho rằng cơ hội trả thù Lưu Cơ đã đến. Hắn sách hoạch một cách tỉ mỉ, rồi xúi giục đồng đảng là Hình Bộ Thượng Thư Ngô Vân tố cáo Lưu Cơ, vu khống ông tranh đoạt vùng đất Đạm Dương với bá tánh. Vì Đạm Dương là một địa phương dựa lưng vào núi, trước mặt là sông, phong thủy rất tốt, lại có “vương khí" nên Lưu Cơ muốn xây mộ địa nơi đó, để mưu đồ chuyện bất chính về sau. Vì bá tánh không chịu nhường cho ông ta, nên ông ta đã phái “Tuần Kiểm Ty" lấy danh nghĩa quan quân để xua đuổi bá tánh, khiến bá tánh tức giận nổi lên làm loạn. Tờ sớ tố cáo rất sinh động, khiến ai xem cũng phải tin là thật. Sau khi Ngô Chương Vân trình tờ tố cáo lên triều đình, Hồ Duy Dung bèn mượn chuyện công để báo thù riêng, xin nhà vua xử phạt nặng nề, và yêu cầu cho bắt đứa con trai của Lưu Cơ. Minh Thái Tổ xem qua tờ tấu văn, cảm thấy Lưu Cơ cũng thật quá đáng, nên rất bực tức. Nếu xét xử theo bình thường, thì chuyện này chắc chắn cả nhà Lưu Cơ sẽ bị bắt và giết cả chín tộc. Nhưng Chu Nguyên Chương nghĩ tình Lưu Cơ là vị khai quốc công thần, có công lao rất to, không nhân tâm buộc tội ông,  chỉ xử phạt tượng trưng là cắt hết bổng lộc đã ban cho ông, rồi có minh thư chuyển đến để cho ông biết rõ mọi việc đã xãy ra. Sau khi Lưu Cơ tiếp nhận văn thư của Thái Tổ, kinh ngạc như sét đánh ngang mày. Ông suy tới nghĩ lui, đoán biết bên trong việc này có người muốn hãm hại. Vậy phải đi gặp Thái Tổ ngay để nói rõ nguyên nhân, làm sáng tỏ mọi việc, mới mong tránh khỏi đại họa. Thế là ông thu xếp hành trang tức khắc lên đường vào Nam Kinh. Sau khi tới Nam Kinh, ông phát hiện tình thế đối với mình hết sức bất lợi, vì bên trong lẫn bên ngoài triều đình đều là bè đảng của Hồ Duy Dung cả, chẳng ai hằng lòng nói tốt cho ông đâu. Do vậy, ông bèn xóa bỏ ý định thanh minh với Thái Tổ, để tránh gặp cảnh bị mọi người tố cáo, làm cho Thái Tổ càng không vui. Thế là ông thay đổi ý định ban đầu, vào ra mắt Thái Tổ để lên tiếng tự trách, và xin nhà vua trị tội. Chu Nguyên Chương thấy thái độ của ông hết sức thành thật, nên không truy cứu, và câu chuyện trên xem như đã giải quyết xong. Sau khi gặp phải sự kiện trên, Lưu Cơ biết cuộc sống quy ẩn theo kiểu Đào Uyên Minh là không thể thực hiện được. Và để tránh có thể tiếp tục bị vu cáo nữa, ông dứt khoát dọn đến Nam Kinh ở, và không bao giờ dám ra khỏi nhà. Chẳng mấy hôm, Lưu Cơ bị ngã bệnh. Ít lâu sau, Thái Tổ lại thăng Hồ Duy Dung làm Thừa tướng. Lưu Cơ đang bệnh nghe được tin này, cảm thấy đau đớn, nói: - Hồ Duy Dưng lên làm Thừa tướng, chắc chắn sẽ sinh đại họa, quốc gia sẽ gặp đại loạn, sinh linh lại phải chịu tai ương. Nếu lời nói của tôi không ứng nghiệm, thì đó chính là đại hồng phúc của bá tánh nhân dân. Trái lại, nếu lời nói cửa tôi ứng nghiệm, thì cuộc sống của đông đảo chúng sinh biết làm sao đây? Nào ngờ lời nói trên thấu tai Hồ Duy Dung, khiến ông ta càng căm thù Lưu Cơ hơn nữa, quyết tâm tìm cơ hội để trả thù Lưu Cơ, dồn ông vào chỗ chết mới nghe. Trong khi đó, Lưu Cơ do quá phẫn uất, nên bệnh tình ngày một nặng, nằm liệt giường không còn dậy nổi. Tháng ba năm thứ tám niên hiệu Hồng Võ, Minh Thái Tổ thấy bệnh tình của Lưu Cơ càng ngày càng nặng, hơi thở chỉ còn thoi thóp, nên không khỏi động lòng trắc ẩn, đích thân viết biểu văn gởi đến Lưu Cơ, và đặt phái sứ giả hộ tống ông trở về quê nhà. Sau khi trở về quê, bệnh tình của Lưu Cơ không thuyên giảm mà ngày một nặng thêm. Một tháng sau, ông rời khỏi nhân gian, mang theo nỗi u uất trong lòng. Ông chết năm sáu mươi lăm tuổi. Cuộc đời của Lưu Cơ, một bậc mưu lược đại sư có tầm nhìn sâu rộng, đã yên nghỉ vĩnh viễn trên ngọn núi quê hương đầy thê lương như thế. Cái chết của Lưu Cơ trước tiên có liên quan trực tiếp đến việc gièm pha của Hồ Duy Dung. Sử liệu ghi chép, lúc Lưu Cơ bị bệnh nặng, Hồ Duy Dung giả vờ quan tâm chăm sóc, phái thầy thuốc đến chữa trị cho ông. Sau khi người thầy thuốc này cho Lưu Cơ uống một thang thuốc, thì trong bụng Lưu Cơ xuất hiện một vật cứng như đá, to bằng nắm tay. Lưu Cơ là người có tâm hồn khoan hồng đại độ, tuyệt đối không nghĩ rằng Hồ Duy Dung sẽ dùng thủ đoạn đê hèn như thế để hãm hại mình. Đúng là ông đã dùng lòng dạ của người quân tử, để đo lòng dạ của kẻ tiểu nhân. Ngoài ra, cái chết của Lưu Cơ cũng có tương quan đến bản tính đa nghi của Minh Thái Tổ. Nhà vua đối với một vị công thần lúc nào cũng trung thành với nhà vua, mà vẫn không yên tâm. Đối với bản sớ tố cáo Lưu Cơ của bè đảng Hồ Duy Dung, nhà vua không cho điều tra cặn kẽ để tìm hiểu sự thật, mà lại kết luận một cách mù quáng. Như vậy, không làm cho Lưu Cơ đau khổ sao được? Tất cả những việc đó, chứng minh Lưu Cơ trước đây xin về quê quy ẩn là một người có tầm nhìn rất xa. Chẳng qua vì sự quy ẩn của ông không triệt để, nên cuối đời vẫn chạy không thoát cái cảnh “chó săn bị làm thịt". Cho đến chết, Lưu Cơ vẫn không quên lòng trung thành muốn góp sức với vương triều nhà Minh. Trước khi lâm chung, ông đã dùng tâm huyết của mình viết ra một bản tấu chương dự đoán thời thế, nhân sự, để tâu trình lên Minh Thái Tổ. Điều đó cho thấy tâm trạng vừa bi phẫn vừa lạnh nhạt, vừa ấm ức lại vừa nặng tình của một vị mưu sĩ ngay thẳng, nói lên tính cách của Lưu Cơ vừa phiêu dạt khoáng đạt, lại vừa không thể gác bỏ mọi chuyện của trần thế ngoài tai. Điều đó phản ánh rõ rệt tính cách điển hình của một người nho học. Lưu Cơ nằm trên giường bệnh, chỉ còn da bọc xương, hơi thở thoi thóp, thế mà vẫn cố gắng gọi người con trai là Lưu Liễn đến bên cạnh, rồi dùng bàn tay run run lấy từ dưới gối ra một quyển sách nhỏ đã ngã màu vàng, trao cho con, nói: - Đây là một quyển sách có tương quan đến hiện tượng thiên văn và nhân sự. Nó chính là kinh nghiệm được tổng kết từ thực tiễn quân sự cũng như từ việc trị quốc nhiều năm qua của cha. Con hãy mang nó đến trao cho triều đình, và tâu với hoàng thượng là đừng để cho người hậu thế học tập. Quyển sách trên chính là quyển "Thiên văn thư" mà cho tới ngày nay, mọi người đều có cảm giác là nó hết sức thần bí. Về sau, Thái Tổ xuống lệnh xếp quyển sách này cùng với quyển "Bách chiến kỳ lược", là loại văn hiến cơ mật, không được công bố ra ngoài. Do vậy, về sau cả hai quyền sách này đều bị thất truyền. Có thể nói đấy là một sự tổn thất to đối với lịch sử. Ông lại trao cho đứa con trai kế là Lưu Cảnh một bản tấu chương khác, dạy rằng: - Phép cai trị thì phải có khoan dung, có trừng trị, chẳng khác nào một sự tuần hoàn, có lúc phải nới lỏng, có lúc phải siết chặt. Khi cần thanh trừng trong thiên hạ thì phải có hiệu lệnh nghiêm minh, kẻ có tội phải bị xử chém, phải lấy phép nước để trị dân. Nhưng khi thiên hạ thái bình, nhất là như hiện nay, thì phải nghĩ tới chuyện dưỡng sức dân, phải lấy phép cai trị nhân đức mà cai trị dân, giảm thiểu hình phạt, thực thi nhân nghĩa. Những nơi có địa thế hiểm yếu quan trọng, thì cần phải gắn chặt với kinh sư. Ta vốn muốn viết một tờ di biểu nói rõ quan điểm trên, nhưng do Hồ Duy Dung đang nắm quyền triều chính, dù có viết cũng không có tác dụng gì, trái lại, sẽ gây hại cho các con. Ta tin chắc Hồ Duy Dung sẽ có chuyện xảy ra. Sau khi hắn có chuyện, thì hoàng thượng nhất định sẽ nghĩ tới ta. Nếu hoàng thượng có hỏi gì về ta, thì các ngươi hãy dâng lên cho nhà vua bản tấu chương cơ mật này. Hai người con trai ứa lệ, im lặng gật đầu nhận lệnh của cha. Về mặt triều đình, sau khi Dương Hiến, Uông Quản Dương lần lượt bị tội và bị cách chức, Hồ Duy Dung nắm hết quyền bính ở Trung thư tỉnh, chuyên quyền độc đoán, lạm dụng sự sinh sát để mưu đồ tư lợi, kết bè kết đảng để làm lợi riêng tư. Tất cả những bản tấu chương của các quan bên trong lẫn bên ngoài triều đình, Hồ Duy Dung đều xem qua trước. Thấy bản tấu chương nào có lợi cho mình thì hắn trình lên nhà vua, thấy bản tấu chương nào có hại cho mình thì hắn giữ lại, giấu kín không báo lên cho vua biết. Đồng thời, hắn tìm cơ hội để trừng trị quan viên nào vạch trần những tội lỗi của hắn. Trong nhất thời, bao nhiêu vụ án đẫm máu đã xảy ra, khiến ai ai cũng căm hờn, oán hận, khiến cả triều đình đều ngột ngạt không khí đen tối. Chu Nguyên Chương cảm thấy mọi việc không ổn, đồng thời cũng thấy được những hành động khác thường của Hồ Duy Dung. Cho nên nhà vua bèn liên tưởng đến việc Lưu Cơ trước đây có nói sau khi dùng thuốc của Hồ Duy Dung thì trong bụng xuất hiện một vật cứng to bằng nắm tay. Lúc bấy giờ Thái Tổ vẫn không để ý, nghĩ rằng Lưu Cơ đa nghi, nhưng nay nhớ lại thì mới thấy đó là một vấn đề nghiêm trọng. Chắc chắn có người đã lợi dụng thang thuốc này để mưu hại Lưu Cơ. Thế là nhà vua ra lệnh tra xét về cái chết của Lưu Cơ. Hồ Duy Dung biết mọi việc sắp bị bại lộ, nên nghĩ bụng: “Nếu hoàng thượng tra xét cái chết của vị công thần này, khi biết được sự thật, thì làm sao có thể tha thứ cho ta? Vậy để bại lộ mà chết, thi chi bằng nổi lên làm loạn có chết cũng cam. Vậy ta phải tiên hạ thủ vi cường, biết đâu còn tìm được cơ hội sống sót". Thế là hắn cấu kết với bè đảng của hắn, liên lạc với giặc lùn ở ngoài biển, cũng như tàn binh của triều Nguyên, bí mật chuẩn bị việc đột kích vào triều đình để giết hại Thái Tổ, lật đổ vương triều nhà Minh. Không ngờ mọi việc bị bại lộ, Thái Tổ kết tội hắn mưu phản và đem chém. Số người liên lụy đến vụ án này lên đến hàng nghìn người. Sự tiên liệu của Lưu Cơ quả đã ứng nghiệm. Sau khi vụ án Hồ Duy Dung giải quyết xong, quả nhiên Chu Nguyên Chương lại nghĩ đến Lưu Cơ. Hai đứa con trai của Lưu Cơ bèn tuân theo lệnh cha, dâng lên triều đình "Thiên văn thư” và bản mật tấu. Thái Tổ tiếp nhận những di vật này, có cảm tưởng như trông thấy vị lão thần trung thành với mình, nên đã cảm động đến rơi lệ. Nhà vua nói với hai đứa con trai của Lưu Cơ: - Khi Lưu Bá Ôn còn sống. Cả triều đình đều là bọn "Hồ đảng", chỉ riêng có một mình ông ấy là không theo chúng, nên mới bị chúng thư (bỏ thuốc độc). Năm thứ mười ba niên hiệu Hồng Võ (1380) Chu Nguyên Chương ban bố cáo mệnh, ra lệnh cho con cháu của Lưu Cơ được hưởng tước lộc truyền từ đời này qua đời khác của Thành ý Bá. Lưu Cơ mặc dù chưa từng chính thức giữ chức Thừa tướng của triều đình, nhưng với tài đức của ông, công huân trác tuyệt của ông, đã được người hậu thế hoài niệm và tôn kính. Minh Võ Tông đã khen tặng ông là người "Độ giang sách sĩ vô song, khai quốc văn thần đệ nhất" (nhà mưu lược có một không hai đã giúp cho triều nhà Minh vượt sông để bình định thiên hạ, cũng là bậc văn thần khai quốc đứng hàng đầu). Lưu Cơ là một phần tử trí thức của giới địa chủ, thời trẻ tuổi sự học vấn đã uyên thâm, là người "thông cổ kim chi biến" (tinh thông mọi sự diễn biến tự cổ chí kim). Thoạt tiên ông từng phục vụ cho giới thống trị của triều nhà Nguyên, nhưng về sau do bất mãn trước sự hủ bại đen tối của Nguyên Thuật Đế, nên đã đi theo con đường chống lại sự áp bức dân tộc, và bị lôi cuốn vào dòng xoáy của cuộc nông dân khởi nghĩa cuối đời nhà Nguyên. Ông theo Chu Nguyên Chương Nam chinh Bắc chiến, vận trù định mưu cho đế quốc đại Minh. Ông đã cống hiến cho triều nhà Minh nhiều sách lược quan trọng. Ông làm quan thanh liêm ngay thẳng, lúc nào cũng chống lại tham quan ô lại, chủ trương làm việc cho đất nước một cách trong sạch. Ông có tính ngay thẳng, không biết sợ cường quyền, không a dua theo bọn quyền quý. Ông là người siêu thoát trong những cuộc đấu tranh giữa các hệ phái chính trị trong triều đình, tự mình giữ mình trong sạch, đứng ngoài sự quyến rũ về vật chất. Chỉ đáng tiếc một người tài trí hơn người như ông, lại không thoát khỏi sự hãm hại của kẻ tiểu nhân hèn hạ. Đứng trước sự vu cáo ông không có cách nào chống đỡ, dẫn đến phải ôm hận mang xuống tuyền đài. Sự thật đó phản ánh một cách sâu sắc sự khuynh đảo tàn nhẫn giữa nhau trong tập đoàn chính tri xã hội phong kiến.