Cuốn sách này là một cuốn sách để thảo luận ý kiến, với mục đích chỉ đè xướng ra mà không kết thúc các cuộc thảo luận. Vì thế tác giả, do thời giờ eo hẹp, đã tự cho phép bỏ qua phần chú thích sau mỗi chương. Sự thiếu sót này là do điều kiện biên soạn cuốn sách: tác giả, vì không thề dành một khoảng thời gian liên tục để viết, đã phải lập trước một bố cục, sau đó viết dần dần từng chương một trong vòng bốn năm, trung bình mỗi ngày một vài giờ, đôi khi trên xe lửa hoặc máy bay. Cách viết như vậy không cho phép ghi chú tỉ mỉ những tài liệu trích dẫn. Bù lại, những trích dẫn quan trọng đã được ghi ngay trong các bài viết, như độc giả có thề nhận xét.Vì là một cuốn sách ý kiến, và hơn nữa ý kiến cá nhân, nên việc liệt kê tài liệu lại càng khó. Tác giả viết với kiến thức và suy tư cá nhân của mình cho nên nếu muốn liệt kê hết các tài liệu đã ảnh hưởng trực tiếp hay gián tiếp lên cuốn sách thì có lẽ phải liệt kê hết tủ sách của mình. Điều này không phải chỉ khó mà còn không thể làm được vì, một mặt, có những tài liệu, như báo chí, tác giả đã tự ý huỷ bỏ vì không có chỗ lưu giữ và, mặt khác, có những biến cố đã khiến tác giả nhiều lần mất tất cả hay gần hết tủ sách.Trong những trích dẫn về Khổng giáo, tác giả sử dụng bản Luận Ngữ do Nguyễn Hiến Lê biên soạn và nhà xuất bản Văn Nghệ (Nam Cali, Mỹ) phát hành, có đối chiếu với các bản nghiên cứu Luận Ngữ bằng tiếng Pháp của Bùi Đức Tín (Pierre Gastine) và Anne Cheng. Ở đây xin lưu ý độc giả là tác giả không đồng ý với phần lớn những giải thích về Khổng giáo và Khổng Tử trong các lác phẩm này. Theo tác giả, Luận Ngữ và Khổng Tử cần được hiểu theo bối cảnh xã hội Trung quốc thời Xuân Thu Chiến Quốc trong khi các tác phẩm nói trên thường vô tình giải thích theo những quan niệm về Nho giáo được hình thành rất lâu sau giai đoạn này. Phần lớn các số liệu về thế giới được lấy từ những nguồn tài liệu được cập nhật hoá hàng năm sau đây:- Encyclopedia Universalis (Encyclopedia Universalis, Paris),- Etat du Monde (Edition de la Découverte, Paris),- Bilan Economique ét Social (của nhật báo Le Monde, Pháp),- The World Almanac (Houghton, Miftline Company, Hoa kỳ),The World Bank anual Report (do Ngân hàng thế giới phát hành hàng năm).Vì Tổ quốc ăn năn là một cuốn sách để thảo luận về ý kiến nên tác giả đã ít dùng những tài liệu thống kê. Các số liệu được đưa ra thường là những con số có ý nghĩa quan trọng đặc biệt vì thế độc giả có thề tin là chúng đã được kiểm chứng một cách thận trọng.Về bố cục, cuốn sách này gồm năm phần. Mỗi phần gồm một số chương, trong cùng một chủ đề. Độc giả ít thời giờ có thề đọc từng chương một cách độc lập với nhau, nhưng cách đọc đúng nhất vẫn là đọc theo thứ tự của cuốn sách vì trong mỗi chương tác giả coi như độc giả đã nắm được ý của phần trước. Tuy được viết thành những chương ngắn nhưng Tổ quốc ăn năn không phải là một tuyển tập những bài nghị luận mà là một cuốn sách.Phần một: Đất nước và con người, gồm 24 chương, mỗi chương bàn về một khía cạnh của địa lý Việt nam và con người Việt nam, mục đích là để nhận diện những điểm mạnh và yếu của chúng ta. Như tinh thần đã được trình bày trong lời đầu, nó sẽ không nhắc lại những gì mà mọi người đều đã biết, đã đồng ý và tác giả cũng không thấy có gì đặc biệt cần nói thêm. Phần này chỉ tập trung nói lên những gì không ổn và cần được xét lại trong cách mà người Việt nam nhìn dân tộc và đất nước mình.Phần hai: Đoạn đường đã qua, gồm 19 chương về lịch sử, chắc chắn sẽ gây nhiều thảo luận. Tác giả không có tham vọng viết lại lịch sử mà chỉ đặt lại một số vấn đề lịch sử. Có quá nhiều nhận định về lịch sử mà chỉ cần suy nghĩ bình tĩnh một chút ta có thề thấy ngay là sai nhưng vẫn cứ tiếp tục được coi là đúng và có ảnh hưởng rất lớn trên cách suy nghĩ và phát biểu của người Việt nam. Tại sao chúng ta có thề sai lầm về lịch sử của mình đến như vậy còn chờ đợi một giải thích, nhưng chính sự kiện chúng ta hiểu sai lịch sử của mình lại có thể giải thích những thảm kịch mà chúng ta đã phải gánh chịu. Nhận định của tác giả là người Việt nam chúng ta nói chung viết sử một cách không đứng đắn và cũng đọc sử một cách không đứng đắn do đó mà chúng ta không biết chúng ta là ai, từ đâu đến đây và sẽ phải làm gì. Nếu phần này gây ra tranh luận và, do đó, một ý thức xét lại lịch sử thì mục đích của nó đã đạt được.Phần ba: Vì đâu nên nỗi? gồm 17 chương vè các vấn đề tâm lý và văn hoá Việt nam. Những bài đầu cố gắng dưa ra một nhận định về di sản văn hoá nước ta với một khẳng định rằng chúng ta chỉ có thề vươn lên nhờ tiếng Việt và bằng tiếng Việt. Văn hoá Việt nam đã là văn hoá Khổng Mạnh trong gần hai ngàn năm và cũng sẽ còn là văn hoá Khổng Mạnh trong nhiều thập niên sắp tới dù thanh niên Việt nam có du học phương Tây, chương trình CNN có được truyền đi hàng giờ, các tiệm ăn Mac Donald có mọc lên khắp nơi và mỗi gia đình đều có Intemet. Bởi vậy cần tìm hiểu Khổng giáo và cách mà chúng ta đã tiếp thu Khổng giáo để hiệu chúng ta là ai và tại sao chúng ta lại là chúng ta ngày nay. Tác giả biết rằng phần này sẽ gây sóng gió, nhưng là một sóng gió cần thiết, nếu chúng ta không muốn ngủ yên trong sự thua kém.Phần bốn: Vài hành trang cho tương lai, gồm 15 chương, có mục đích đề nghị một số kiến thức và nhận thức cơ bản để nghĩ lại và làm lại nước Việt. Tác giả sẽ trình bày các vấn đè về phát triền kinh tế, quản lý kinh tế tài chính, các ý niệm nền tảng về quốc gia dân tộc, về dân chủ và vè chế độ chính trị. Độc giả có thề coi phần này như những đề nghị, dù thực ra tác giả chỉ đã cố gắng để trình bày một cách thực khách quan những kiến thức rất cơ bản nhưng tiếc thay vẫn chưa được nắm vững trong các cuộc thảo luận về đất nước, ngay cả trên những diễn đàn được coi hoặc tự coi là có trình độ cao. Ai cũng có quyền có lập trường riêng của mình nhưng tác giả không tin là có “quyền hiểu lầm” và “quyền lý luận sai” trên những sự kiện đã rõ rệt. Tác giả tin rằng nếu mọi người dân chủ nắm vững những khái niệm cơ bản này thì các cuộc thảo luận sẽ dễ dàng và tình hình đất nước có thề khai thông nhanh chóng. Sự hiểu biết cũng là một dụng cụ và một vũ khí. Phần này vì vậy là một hành trang đề nghị cho tương lai.Phần thứ năm: Vươn mình lớn dậy, cũng là phần kết, mở đầu bằng một cái nhìn thoáng qua một lục địa rất xa xôi là châu Phi để thấy thảm kịch của sự thiếu vắng một cố gắng cần thiết nhưng lại không được ý thức và do dó không được thực hiện; tiếp theo là chương Tổ quốc ăn năn, cũng là tên của cuốn sách, đặt lại tương quan giữa người Việt nam và nước Việt nam; sau cùng là bài Gởi vào giấc mộng nhắn ra cuộc đời trong đó tác giả mạn phép nói chuyện riêng với một số độc giả đặc biệt.